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哥白尼的公理在各个方面均有见证。地球确实在自转，地球和其他行星也确实在环绕太阳运动，这确实能解释逆行的行星轨道，同时，没有发现任何恒星视差是由于恒星过于遥远。目前还不清楚是什么促使哥白尼制定出这些公理，并与传统的世界观分离，也许他是受到多梅尼科·玛丽亚·诺瓦拉的影响，后者是他在意大利时的一位教授。诺瓦拉保持毕达哥拉斯学派的传统，这一传统也是阿里斯塔克斯哲学的根源，而正是阿里斯塔克斯在1700年前最先提出了日心说。
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《简评》是天文学领域发生反叛的一道宣言，是哥白尼对古代的托勒密模型的丑陋的复杂性表示沮丧和失望的宣泄。后来他这么谴责地心说的临时性质道：“这就像一个艺术家为他要创作的形象从不同模型那里收集来手、脚、头和其他肢体，每个部分都绘制得很好，但都与一个整体不搭，因为它们无法以任何方式彼此匹配，结果则只能是一个怪物，而不是一个人。”然而，尽管内容激进，但这本小册子却没有在欧洲的知识分子中造成波动，这部分是因为没有几个人看过它，部分是因为它的作者是一个处在欧洲边缘的年轻教士。
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哥白尼并没有气馁，因为这是他改造天文学努力的开始。在他叔叔卢卡斯于1512年去世（很有可能是被条顿骑士团毒死的，他们形容他是“人形魔鬼”）之后，他有更多的时间去从事自己的研究。他搬到了弗龙堡城堡，在那里建立了一座小型天文台，集中精力充实他的论证，补充了《简评》所缺少的所有数学细节。
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在接下来的30年里，哥白尼反复修改他的《简评》，将它扩充成一部有200页的权威手稿。纵观这段长时间的研究，他花了大量时间来考虑其他天文学家会对他的宇宙模型做出怎样的反应，这个模型从根本上违背了公认的智慧。很多时候，因为担心会遭到来自四面八方的嘲笑，他甚至考虑放弃出版他的著作的计划。此外，他怀疑神学家了解了这种亵渎性的科学猜测后会变得根本无法容忍。
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他的担心是有道理的。教会后来在迫害意大利哲学家吉尔达诺·布鲁诺——哥白尼后一代的持不同观点者——这件事情上就显示了它的不能容忍的态度。宗教裁判所指控布鲁诺犯有8项异端邪说罪名，但现存的记录并没指明是哪8项。历史学家认为，这很可能是布鲁诺写的《无限宇宙和世界》一书冒犯了教会。这本书认为宇宙是无限的，恒星都有自己的行星，在这些行星上都存在蓬勃的生命演化。当判处他死刑时，他回答说：“或许判处我死刑的人比我更害怕接受这个事实。”1600年2月17日，他被带到罗马的鲜花广场，脱得一丝不挂，堵上嘴，绑在火刑柱上被活活烧死。
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哥白尼对这种迫害的恐惧原本可能使他过早地结束他的研究，但幸运的是，来自维滕堡的一位年轻的德国学者进行了干预。1539年，格奥尔格·约阿希姆·冯·劳琛，即著名的雷蒂库斯，来到弗龙堡找到哥白尼，想了解有关他的宇宙模型的更多的细节。这是个勇敢的举动，因为这位年轻的路德教学者不仅很可能会在天主教的弗龙堡遭到冷遇，而且他自己教派的同事们也不同情他的使命。马丁·路德记下了当时的境遇，他存有关于哥白尼的餐桌谈话记录：“有传闻说新的天文学家想证明地球在运动，转动的不是天空、太阳和月亮，（现有的天文学）就好像某个坐在马车或轮船上的人，可能会认为他静止地坐着，而大地和树木在行走……这个傻瓜想推翻整个天文学。”
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路德称哥白尼是“违背圣经的傻瓜”，但雷蒂库斯却像哥白尼一样有着不可动摇的信念：探索天体真理的道路由科学奠定而不是圣经。66岁的哥白尼因为25岁的雷蒂库斯的关注而感到心里美滋滋的。雷蒂库斯花了三年时间在弗龙堡阅读哥白尼的手稿，向他提供阅读后的意见，并和他一样对这一理论有信心。
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到1541年，雷蒂库斯在对外交往和天文学技能方面的综合能力已经成熟到足以让他获得哥白尼的信任，于是受哥白尼委托他将手稿交由纽伦堡的约翰内斯·彼得雷乌斯印刷所出版。他计划留下来监督整个印刷过程，但因为急事被突然叫走去了莱比锡，临行前他将监督出版的责任移交给了一个名叫安德烈亚斯·奥西安德尔的牧师。最后，在1543年春天，《天球运行论》（“论天球的旋转”）一书终于出版了，几百本新书启程送往哥白尼的住处。
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在此期间，哥白尼在1542年底已遭受脑出血，他躺在床上顽强地与死神抗争，要亲眼见到耗费他一生心血的专著面世。他的大作到达得正是时候。他的朋友吉泽主教给雷蒂库斯写了一封信描述哥白尼当时的困境：“很多天里，他的记忆已经丧失而且神志不清。直到去世那天，他在弥留之际才看到自己的完整的作品。”
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哥白尼已完成了他的职责。他的著作为世界提供了有利于阿里斯塔克斯日心模型的有说服力的论据。《天球运行论》是一本巨著，但在讨论它的内容之前，先说明围绕其出版前后的两个错综复杂的谜团是很重要的。第一个涉及哥白尼的不完全的致谢。《天球运行论》的序言提到了几个人，如教皇保罗三世、卡普亚的红衣主教和库尔姆的主教，但没有提到雷蒂库斯这位杰出的徒弟，他为哥白尼模型的诞生发挥了助产士的重要作用。历史学家都百思不得其解，为什么他的名字被省略了？他们只能推测，计入一个新教教徒的贡献可能会引起天主教高层的不满，而哥白尼正试图打动这些高层人士。致谢中的这一缺失使得雷蒂库斯感到被冷落，因此在《天球运行论》出版后他再也没跟这本书打过交道。[2]
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第二个谜团是《天球运行论》的前言，这篇东西加到书中并没有得到哥白尼的同意，而且有效地贬损了他所宣称的实质。总之，这篇前言破坏了书中的其余部分，它宣称哥白尼的假设“不必是真的，甚至并不一定可能为真”。它强调在太阳为中心的模型里有“许多荒诞不经的东西”，这意味着哥白尼自己详细的和精心论证的数学描述不过是一种虚构。这篇前言不承认哥白尼系统与合理精度下的观测结果是相容的，认为它仅仅是一种方便的计算方式，而不是试图代表实在。哥白尼的原始手稿仍然存在，所以我们知道，原初的开篇在语调上与这篇轻视自己工作的印刷体前言完全不同。因此这篇新的前言必定是在雷蒂库斯带着原稿离开弗龙堡后被人插入书中的。这表明哥白尼是在临终前第一次读到它，那时书已经印刷，做任何改变都已经太晚了。也许正是看了这篇前言将他送入坟墓。
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那么是谁撰写并插入的这篇新的前言？主要嫌疑人是在雷蒂库斯离开纽伦堡前往莱比锡后接手出版工作的牧师奥西安德尔。事情可能是这样，他认为哥白尼的想法一旦广为人知，就会使他遭受迫害，他可能是怀着最大的善意插入这篇前言的，希望能够平息批评意见。对于奥西安德尔的担忧的证据可以在他给雷蒂库斯的一封信里找到。他在这封信里提到了亚里士多德的信徒们，意指那些信奉地心说的人：“亚里士多德的信徒和神学家们很容易被安抚，如果他们被告知……目前提出的这些假说不是因为它们揭示了真正的现实，而是因为它们对于表观的复合运动的计算最方便的话。”
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图10 这个引自哥白尼《天球运行论》的图阐明了他的旋转宇宙观。太阳坚定地坐落在圆心，行星围绕着它做轨道运行。地球本身有月亮围着它转，其正确定位在金星和火星的轨道之间。
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但在他计划的前言中，哥白尼一直很明确，他宁愿对反对他的批评家采取挑衅姿态：“也许有这么一些胡言乱语者，他们虽然完全不懂数学，但却自诩为数学专家，并且为了其自身目的而严重曲解《圣经》的某些段落，并胆敢对我的事业吹毛求疵，妄加指责。对于这些没有根据的批评，我绝不予以理睬。”
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终于鼓起勇气来发表了自古希腊人以来最重要也是最有争议的天文学突破后，哥白尼悲惨地到死方知奥西安德尔已经将他的理论歪曲成无非是一种奇技淫巧。因此，《天球运行论》在出版后的前几十年里几乎没人知晓，因为不论是公众还是教会都不予以认真对待。第一版没有卖完，在下一个世纪里这本书只被重印了两次。相比之下，同一时期里推进托勒密模型的书仅在德国就被重印了一百次。
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然而，《天球运行论》之所以缺乏冲击力，奥西安德尔的怯懦的、重在调和矛盾的前言只是部分原因，另一个原因在于哥白尼这本书的令人畏惧的写作风格。这本四百页的书排得密密麻麻，行文非常复杂。而且这是他的第一本天文学著作，哥白尼这个名字在欧洲学术界还不是很有名望。这还不是灾难性的，最糟糕的是哥白尼现在已经离世，无法再推进自己的作品。最后一根稻草是雷蒂库斯，他可能是唯一赞同《天球运行论》观点的人，但他因为被冷落，已不再想与哥白尼体系有任何关系。
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不仅如此，就像阿里斯塔克斯的原版日心模型的化身，《天球运行论》之所以不受重视还因为在预测行星的未来位置方面，哥白尼体系不如托勒密的地心模型准确——在这方面，这个基本正确的模型（如图10）根本不是那个本质上有缺陷的模型的对手。造成这种奇怪状态的原因有两个。首先，哥白尼模型缺少一个关键要素，而没有它这一理论的预言能力就不可能精确到足以让人接受这个理论。其次，托勒密模型通过本轮、均轮、对点和偏心等设置已经取得了很高的精度，因为引入这样的修修补补因素之后，几乎任何有缺陷的模型都能得到挽救。
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当然，哥白尼模型还受到所有那些曾导致阿里斯塔克斯的日心说被放弃的困难（见表2）的困扰。事实上，日心说优于地心说的唯一属性是它的简单性。虽然哥白尼也借重本轮概念，但在他的模型里，每颗行星基本上采用的是简单的圆形轨道，而托勒密的模型则异常复杂，它需要对每一颗行星的本轮、均轮、对点和偏心进行微调。
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对哥白尼来说幸运的是，简单性是一种珍贵的科学资源。这一点生活在14世纪英国的奥卡姆的威廉就已经指出。威廉是英国方济各教会的神学家，生前因主张教会不应该拥有自己的财产或财富而闻名。他是如此热情地推销他的观点，以至于跑到牛津大学外去散布，于是教会不得不将他贬到法国南部的阿维尼翁。而在那里他又指责教皇约翰十二世为异端。毫不奇怪，他被逐出教会。1349年，他因黑死病谢世。但奥卡姆却因他在科学上的遗产——奥卡姆剃刀——而死后成名。所谓奥卡姆剃刀是指，如果有两个相互竞争的理论或解释，所有其他方面均相同，那么，较简单的那个更可能是正确的。奥卡姆将其表述为：“切勿浪费较多的东西去做用较少的东西同样可以做好的事情。”
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例如，假设经过一夜的暴风雨后，你在场地中央发现了两棵倒下的树木，而且没有明显的迹象表明是什么造成了它们的倒伏。简单的假设认为，这些树木是被暴风雨刮倒的。而较复杂的假设可能是，从外太空同时飞来两颗陨石，正好分别砸到每棵树上，造成树木倒地，而这两颗陨石接着发生对头碰撞并汽化，从而没留下任何物证。运用奥卡姆剃刀，你很快就会确定是风暴而不是这对陨石是更为合理的解释，因为它简单。奥卡姆剃刀并不能保证答案的正确，但它通常能指引我们走向正确的方向。医生在诊断疾病时通常也会运用奥卡姆剃刀，因此医学院的学生都会得到忠告：“当你听到马蹄声时，应判断是马而不是斑马。”而另一方面，阴谋论者则往往鄙视奥卡姆剃刀，他们经常拒绝简单的解释，而喜欢代之以一种更令人费解的且耸人听闻的推理。
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奥卡姆剃刀偏爱哥白尼模型（每颗行星一个圆）而不是托勒密模型（每颗行星都有一套均轮、本轮、对点和偏心），但只有当两种理论都同样成功时奥卡姆剃刀才具有唯一的决定性。而在16世纪，托勒密模型在几个方面明显要更强有力一些。最值得注意的是，它给出的行星位置更准确。因此，日心说的简单性被认为是无关紧要的。
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而对于许多人来说，日心说还是太过激进，让人无法接受，以至于哥白尼的著作可能导致一个旧词有了新的含义。有一种词源学理论就认为，“revoIutionary”这个词是指一种完全违背传统智慧的想法（革命性的），其灵感就是来自哥白尼的这本书的书名——“论天球的转动”。与revoIutionary一样，宇宙的太阳中心模式似乎也是完全不可能的。这就是为什么哥白尼这个名字的德语词“k pperneksch”在德国巴伐利亚州北部地区被用来形容一个令人难以置信的或不合逻辑的命题。
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总而言之，日心说是一种超前的想法，太革命，太难以置信还太不精确，难以赢得广泛的支持。没几个书店的书架上会有《天球运行论》，研究的人很少，读它的只是寥寥几个天文学家。日心说的想法在公元前5世纪就已由阿里斯塔克斯提出，但被人忽略了。现在它已经得到哥白尼的改进，但还是再次被忽略。这个模型只好进入休眠状态，等待有人来挽救它，研究它，完善它，并找出缺失的关键要素，以便向世界其他地方证明，哥白尼的宇宙模型是现实的真实写照。事实上，找出证明托勒密是错的，而阿里斯塔克斯和哥白尼是正确的证据的任务将留给下一代的天文学家。
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