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令人开心的是，大多数正确的科学理念表面上看起来并不激进，而且随着时间的流逝，它们变得越来越容易为人所接受。最后，科学发现终于盛行起来。今日，没有人会质疑以太阳为中心的学说或是宇宙膨胀学说。然而，至少对于像戈斯一样严肃对待这些问题的忠实信仰者而言，字面的解释依然会引起一系列问题。
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17世纪之前，人们很少纠缠《圣经》的字面意义，这使得这个时代之前的争端相对少很多。在午间闲聊时，学者、宗教史学家凯伦·阿姆斯特朗（Karen Armstrong）解释了为何现代科学与宗教之争在早期并不真正存在。宗教文本在很多层级上被阅读，这使得对应的解释去字面化、去教条化，因此变得不那么棱角分明。
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在公元5世纪，天主教思想家奥古斯丁明确了这种观点：“非基督徒掌握了一些关于地球、天堂以及世界其他部分的事情，也许有关它们的运动以及围绕恒星的运动轨道，甚至有关它们的尺度或者距离。这些知识确实是出于理性与实验得来的。然而，于一个无信仰主义者而言，听一个基督徒对这种事情胡言乱语，而且声称他是从《圣经》中得出这些结论，这不仅失礼而且可耻。我们应该想尽办法避免这种令人尴尬情况的出现，以免无信仰者只看到基督徒的无知，从而展示他们的嘲笑与轻蔑之情。”[3]
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敏感的奥古斯丁甚至走得更远。他解释道，上帝故意在《圣经》中引入了一些谜题，以使人们获得解答它们的乐趣。[4] 这既指晦涩的字句，又指需要隐喻解释的篇章。奥古斯丁看起来对讨论合乎逻辑与不合乎逻辑这两个问题十分感兴趣，他还尝试解释一些基本的悖论问题。例如，“一个人在没有时间旅行的前提下，如何能完全地理解或者感激上帝的安排呢”。[5]
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伽利略本人坚持站在奥古斯丁的立场上。在1615年一封写给时为意大利托斯卡纳大公夫人的克莉丝汀娜·洛兰夫人（Madame Christina of Lorraine）的信中，伽利略写道：“首先，虔诚谨慎地讲，《圣经》从不妄语——无论何时它的真正含义都能被人们理解。”[6] 他甚至声称哥白尼也如此认为，说哥白尼“从未忽略《圣经》，他非常清楚，就算他的理论被证实了，也不能作为《圣经》错误的依据，直到《圣经》被人们正确地理解了”。[7]
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伽利略充满热情地如此引用奥古斯丁的话：[8]
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任何想要以《圣经》的权威来反驳显而易见的道理的人都不明白，他并非在扮演自己想象的角色。因为他对真理的反驳并非《圣经》的真正含义（事实上这些意义超出了他的理解范围），而是他自己的解释。这些解释并非出于《圣经》，而是他自己想象出来的，并且幻想存在于《圣经》之上。
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奥古斯丁假设那些文本总是有其合理的意义，灵活解读了《圣经》。任何从对外在世界观测中得来的明显矛盾都是出于解读者的错误理解，即便那些解释是不明显的。奥古斯丁认为，《圣经》是人类受到神启之后的产物。
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分析《圣经》中的字句，至少分析其中的一部分，并把它看作作者个人经验的体现，可以发现，奥古斯丁对《圣经》的解释在某些方面与我们对艺术的定义非常接近。教会不需要原路返回以面对奥古斯丁思维模式中的科学发现。
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伽利略意识到了这一点。对于他以及一些有着相似想法的人而言，如果《圣经》中的字句被恰当地解释了，那么科学与《圣经》之间本不该有任何冲突。任何可见的矛盾并非出于科学事实，而是出于人们的理解错误。有时于人类而言，《圣经》是难以理解的，而且肤浅地看，它确实与我们的观测结果相矛盾。但是，根据奥古斯丁的解释，《圣经》从来不会出错。伽利略是虔诚的，即便出于逻辑，他也并不认为他有资格反驳《圣经》。多年之后，教皇约翰·保罗二世（Pope John PaulⅡ）声称，伽利略是反对过他的神学家中最出色的一位。
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然而，伽利略也信仰他自己发现的理论。在一堆虔诚的废话之后，他有先见之明地如此考虑：[9]
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注意，神学家们，如果你们期望通过讨论太阳和地球到底谁静止不动而建立信仰命题，那么你们正在冒的风险是：你们最终必须谴责那些声称‘地球静止不动，太阳变化位置’的人为异教徒——而我认为，最终太阳静止不动、地球运动不止将逐渐被物理与逻辑所证实。
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很明显，基督教并不总是遵守这种哲学，否则伽利略就不会锒铛入狱，今日的报纸也不会用大量篇幅来报道有关智能设计论的争议了。即便很多宗教执业者有着灵活的信仰，一系列对物理现象的严格解释还是可能证明宗教理论中存在很多问题，而从字面意义来理解《圣经》是一种非常危险的尝试。随着时间的推移，由于技术让我们得以探索新的领域，科学与宗教会有更多的交叉领域，它们的潜在矛盾会只增不减。
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今天，世界宗教人口的一个重要平衡方式就是从对各自信仰更加宽容的态度出发，以避免这种冲突。它们并不依赖于对《圣经》严格的解释或是从某个特定信仰出发的对教义的解释。他们相信自己可以在接受严密科学发现的同时，保持自己精神生活的信条不变。
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是“上帝的魔力”，还是实实在在的物理关联
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我们要面对的本质问题是，宗教与科学之间的矛盾比任何语言与措辞所能表达的都要深刻。即便不去忧心对某个特定文本的字面解释，科学与宗教也各自依赖于彼此不相容的逻辑原则，当我们认为宗教领域通过一个外在之神的干涉作用于我们的世界与存在时更是如此。神的行为并不受科学框架的制约，不论是作用在山上还是你的道德心上。
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关键性的比较介于如下两者之间：宗教是社会性或者心理性的一种经验，还是建立在一个经常通过外在干涉影响我们或我们所处世界的上帝基础之上呢？毕竟于一些人而言，宗教信仰是纯粹的私人事情。那些在这条路上摸索的人们也许会满足于成为志趣相投宗教组织的一部分的社会联系感，或者在一个更大的世界背景之下检视自我的精神满足感。这一类人的信仰与他们的个人实践及其选择的生活方式相关。这些共有的目的成为安慰之源。
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很多这样的人认为这就是信仰。宗教提升了他们存在的意义——宗教提供了背景、意义、目的以及一种群体归属感。他们并不把宗教的角色当作一种解释宇宙运作的机制。对宗教，他们只专注于个人的钦佩与怀疑，而这些也许有助于他们与他人和世界之间的互动。很多这样的人会认为，宗教与科学之间可以完美而容易地共存。
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宗教不仅仅是一种生活方式或者一种哲学。大多数宗教会有一个总是以神秘方式干涉人类的神，它超越了人们与科学的描述之所能及。这种信仰方式，即使于思想开明、愿意接受科学发展的信仰者而言，也不可避免地会在他们试图调停这种思维与科学指导原则之间的矛盾时陷入窘境。即便是允许上帝或是早期作为“原动力”出现的一种有外在影响的神力存在，从科学的视角来看，上帝可以继续通过一种如春梦了无痕一般的手段，在不留下任何物质性踪迹的前提下干涉人类，这也是令人难以置信的事情。
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为了理解这种冲突，更好地理解科学的本质，我们需要更充分地理解科学的唯物主义观点。这种唯物主义的特质告诉我们，科学在一个物质宇宙中应用，以及各种积极影响之间存在的物理关联。第1章中介绍过，科学的图景正是建立在这种理念之上。通过它，我们可以在每一个尺度层级上识别所有物质的组分。大尺度上的存在由小尺度上的原料构成。即便我们没有必要通过理解所有基本物理元素的方式来解释大尺度上发生的一切，那些组分也是基本而必要的。引起我们兴趣的现象的物质构成于解释它们本身而言并不总是足够的，然而那些物理关联于解释它们的存在却很有帮助。
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一些人转向宗教领域以寻求他们认为科学所不能回答的艰深问题的答案。的确，唯物主义科学观并不意味着我们可以理解一切——事实上，仅仅靠理解所有的基础组分并不能做到这一点。利用把宇宙按照尺度分类的方法，科学家们意识到，我们不可能立即回答所有的问题。即便我们所知的基本结构是本质的，它也不必立即回答我们已知的全部问题。即便掌握了量子力学，我们依旧使用牛顿定律，因为在描述一个球体如何在地球引力场中下落这一方面，从原子尺度的图景来导出结论是非常困难的。球体无疑由原子构成，但是原子尺度的图景于解释这个球体的运动轨迹并无益处，即便它一定相容于这个图景。
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这种思想可以推广到日常生活中的很多现象。我们经常可以忽略底层细节或者构造，即便这些原料是本质的。
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我们在驾驶车辆时并不需要掌握车辆的内部工作原理。当我们烹饪食物时，我们仅仅会关注：鱼片是否切得够薄？蛋糕有没有烤熟？燕麦片有没有泡成糊状？蛋奶酥的表面有没有膨起？除非在练习“分子烹调法”，我们是不会关心导致这些变化背后隐藏的原子尺度的结构变化的。但这并不会改变缺少这些实质的食物不可能好吃这一事实。蛋奶酥的成品与它的原料看起来截然不同（见图3-2）。食物中的分子与其他成分虽然在你看来可能不重要，但是于它们的存在而言却是必不可少的。
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图3-2 蛋奶酥成品与组成它的原料看起来非常不同。类似地，物质之间也许有着截然不同的性质，甚至可能各自服从于天差地别的物理定律，但它们同样由更基本的物质构成。