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今天我们所说“十二等程律”，朱载堉称其为“新法密率”。“新法”是对往昔三分损益旧法而言，“密率”即多达25位数的2的12次方根：
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他对“新法密率”定义为：“创立新法，以密率除之，凡十二遍。”现代物理学辞典、音乐辞典也如是定义十二等程律。
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严格规定八度音程为2，就是十二等程律的半音。它也是由初项为1，末项为2构成的十二个等比数列的公比数。因此，若知起始音的音高为M，将M累乘（或除）以，就可以获得十二等程律。朱载堉设定各种M值，作出精确计算，其数据多达25位。今日的袖珍电子计算器只能算到10位数。朱载堉在《律学新说》、《律吕精义内篇》中详细阐述了他的“新法密率”。
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由于等程律是等比数列，所以它既可五度相生，也可四度相生、二度相生等，而三分损益律只能五度相生。等程律五度相生的比例因子为：
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这两个比数是在万历九年（1581年）成书的《律吕融通附音义》中写下的。可见，朱载堉至晚在1581年之前已完成十二等程律的全部创建工作。
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朱载堉还谱写了大量的等程律乐曲；制造了多种以等程律演奏的乐器：弦乐器“均准”、琴、瑟；管乐器编管、排箫，笛；簧乐器笙等。
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然而，朱载堉发明的“新法密率”在明清两代受到极不公正的待遇。他将《乐律全书》献上明朝廷，得到的是“宣付史馆，以备稽考，未及实行”的结果。清朝，康熙帝《御制律吕正义》一书，窃用朱载堉成果以建其十四律制；乾隆帝《御制律吕正义后编》，诬载堉新理论为“十大臆说”，甚而在十年间下了六道“上谕”、“御诗”、“御文”，令皇六子永瑢及内廷翰林“辟识”（今批判是也）朱载堉新学说。下旨“（新法密率）只备一家言或可，束之高阁正相当”。在康、乾祖孙高压下，清代鲜有人敢袭用新法密率，甚至如陈澧（1810～1882年）等乐家、学问家，明知其是，而言其非。从顺治朝起的清代268年间，只有一个人是朱载堉的知音知己，那就是江永。
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江永（1681～1762年）从而立之年起，一心追求乐律在数学上返宫，在实践上的旋宫转调。直到他77岁第一次读到《乐律全书》，则“悚然惊，跃然喜”，“是以一见而屈服也”。一年后，他写成《律吕阐微》一书，在序中表达对王子载堉的敬佩，驳乾隆帝等“无理辟识，妄加评隙”。他在其书中，又以祖冲之圆周率重算等程律律管，使“言律学者无可凿智翻案之理”。《四库全书》的编纂者，捧乾隆圣旨，收入《律吕阐微》一书时，公然将其“序”撕下，不予披露，不留后患。
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九、关于等程律理论的优先权之争
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在欧洲，提出等程理论的两个人，一是荷兰数学家、物理学家斯蒂芬（Simon Stevin, 1548～1620年），一是法国数学家和科学家梅森（Marin Mersenne, 1588～1648）。后者于1636年以无理数1.059463调律，比朱载堉《律吕融通》晚55年。前者在约1600年写下《论歌唱艺术的理论》一文，文中对等程律作出某种计算。但此文不久遗失了，待到1884年发现该文时，已时过境迁。由此，长久以来，人们说：“欧洲等程调音音阶的起源是模糊不清的。”（A New Dictionary of Physics, ed. by H. J. Gray and A. Issacs, Longman Ltd, 1975, p. 530～531。）
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由于以上原因，1970年以前，大家几乎公认朱载堉发明的优先权。英国科学史家李约瑟（Joseph Needham, 1900～1994年）于1962年出版的《中国科学技术史·物理学》中曾说：“欧洲独立发明等程律一事是极可疑的”，“朱载堉对人类的贡献是发现了将音阶调谐成相等音程的数学方法”，“毫无疑问，首先从数学上系统阐述等程律的荣誉当归之于中国。”李约瑟还写道：“发明者的姓名较之发明的事实，仍属次要，而且朱载堉本人肯定是第一个给另一研究者以应得评价并最后一个争优先权的人。”比李约瑟更早时候，中国的学者刘半农（1891～1934年）、德国音乐家黎曼（Hugo Riemann, 1849～1919年）、英国音乐理论家埃利斯（A. J. Ellis, 1814～1890年）、德国物理学家赫姆霍茨（Hermann von Helmholtz, 1821～1894年）等都曾说过类似的话。
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然而，1970～1975年间，正当我们大闹“文化大革命”的时候，有人提出了不同看法。1970年，荷兰学者代斯特赫伊斯（E. J. Dijksterhuis）在编辑《斯蒂芬：约1600年荷兰的科学》一书中，写了一篇《导论——斯蒂芬的音乐观》。该文将先前认为斯蒂芬《论歌唱艺术的理论》的写作时间约1600年提前到1585年，比朱载堉《律学新说》（作序于1584年）一书只差一年。因此，代斯特赫伊斯在他的“导论”结束段中借用李约瑟的话说：“发明者的名字比起发明的事实本身并不重要，斯蒂芬本人肯定是第一个给另一个研究者以应得的评价并最后一个争优先权的人。”从他口中说出这句话，显然是不争之争的笑面语。
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相比之下，1975年，美国音乐家库特纳（Fritz A .Kuttner）就毫不掩饰了。他在其大作《王子朱载堉的生平和著作》（载于Ethnomusicology, vol.19, No.2, 1975, pp. 163～201）一文结语中不客气地说：“要重新评价”朱载堉，以免在优先权问题上“给人产生片面之感”，“抹去王子朱在等程律上存在的虚幻的光环”，“要把某些学者归功于朱载堉的过高荣誉调整到一个较为现实的评价上”云云。
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我国音乐界前辈、音乐史家杨荫浏读完库特纳论文后，迫不及待地叫我到他府上，指着那篇文章给我看，语重心长地说：“不知道批林批孔能不能批这个”。“你回去好好读读，看看他玩什么数学手段”，“有机会写篇文章，和他理论理论”。从1984至1988年间，笔者曾写下多篇有关朱载堉数学、乐律方面文章和一本书《朱载堉——明代的科学和艺术巨星》。库特纳得悉我的书后，即复信告知：他的汉字“不识一百个”，只是于1949年前曾“在中国上海圣约翰大学教过三年英语”；并表示愿意修正自己的学术看法。由此看来，他是个真正的学者。
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然而，问题并未完全、彻底解决。朱载堉的等程律理论传播到欧洲的证据尚付阙如。若不解决此问题，只能得出朱载堉与斯蒂芬各自独立发现等程律数学理论。
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十、等程律数学方法西传之可能
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大约1995年，美国北得克萨斯大学音乐学教授卓仁祥先生（Dr. Prof. Gene J Cho）也开始研究朱载堉，并为此特来北京与本文笔者讨论有关问题。卓教授通过在欧美各大图书馆寻觅史料，终有所发现：西学东渐的标志性人物、传教士利玛窦（Matteo Ricci, 1552～1610年）曾两次在致书罗马教皇中涉及朱载堉及其改历建议。我们将此事件的前因后果作如下概述。
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先必须了解斯蒂芬《论歌唱艺术的理论》一文如何求解等程律？
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