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两汉时期的农学著作如《氾胜之书》、《四民月令》等涉及的生物种类要少一些，但还是涉及不少农作物及相关的生理和遗传育种知识。另外，南北朝时期的《齐民要术》中也包括大量的生物学内容，其中包括提到北方各种类型的农作物，作物的变异和发酵的温度控制等等。特别值得注意的是，《齐民要术》中第十章收集了大量由方志著录的植物，对后世的本草学和农学著作保持相关资料，留供后人参考起了良好的示范作用。
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二、本草学和园林植物著作的涌现
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这一时期本草学著作开始发展起来。药物学体现了当时人们对药用动植物的辨识。对这类知识进行全面总结的作品就是各种“本草”。本草一词最早见于《汉书》，该书记载西汉的时候，从事这方面工作的已经是一项与“天文”、“历算”和“小学”平行的专门职业。我国古代之所以将药物学著作称为“本草”，是由药物主要为植物这一特点决定的。《说文解字·草部》：“药，治病草”的条文，很好地解释了这一点。在汉代，人们积累的药物学知识已经非常丰富，20世纪70年代在湖南马王堆西汉墓出土的医书中已经提到200多种药物。
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前面提到神农尝百草的传说，后人在这个传说的基础上，将神农说成是我国药物学的始祖，我国已知最早的本草学著作也被冠名为《神农本草经》（如图1.7所示）。它约写成于东汉年间，收录360余种药物，根据药物的性质和功能分成上中下三类。其中记载了200多种植物药和数十种动物药。从其内容可以看出，日常中主要的粮食和蔬菜及果树都被当作药物，可见在古代中国，药物和食物是同源的。这种类型的著作集中记述可用于治病和食用的动植物，而且随时间的推移，生物种类不断增多，内容不断充实，因此在古代的生物学知识的积累方面有重要的意义。
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南北朝时期我国的本草学也很发达。这一时期出现的陶弘景《本草经集注》是历史上著名的药物学著作。陶弘景，字通明，生于刘宋孝建三年（公元456年），卒于萧梁大同二年（公元536年）。丹阳秣陵（今江苏句容）人。他是南朝的著名医学家、道教徒。《本草经集注》在《神农本草经》360余种药物的基础上，根据以往名医新用的药物增添360余种，使全书记载的药物达到730种左右。在分类上突破传统的三品分类法，参考《尔雅》的分类模式，“分别科条，区畛物类”，按药物的本身自然属性先分成玉石、草木、虫兽、果菜、米食和有名未用等七类，然后在每类中再按功效分上、中、下三品，这样的分类方法既系统地整理了以前散乱的药学资料，发展了《本草经》的药品分类原则，又建立了新的分类和编写体例。书中已经开始对药物有一些形态学的描述，也包含不少作者的生物学习性观察，如作者注意到土蜂将卵寄生在捉到的蜘蛛体中。这在生物形态学等的发展方面有重要意义。
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两晋南北朝时期，由于社会动乱、政治腐败，人们普遍丧失安全感，为了保全自己的生命，这一时期崇尚清谈的新道家以寄情山水的方式来逃避现实，无形中与大自然有更亲密的接触，对自然的生物的观察方面体现出很高的兴致。典型的特征是这一时期有关动物的小赋很多，其中不乏很有生物学价值的作品。
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历史学家都知道，两晋时期统治阶级极端重视出身门第，修家谱之风盛行，这也在一定程度上影响了人们对专门植物的记述方式。当时的学者戴凯之就是一个明显的例子，他的《竹谱》以非常具有时代特色的文体（骈体），对我国南方各地普遍分布（以南方种类居多）、在生产和生活中用途极为广泛的一类植物——竹子作了系统的介绍，共计36种。在某种意义上类似于一种便利的专门类型的生物学知识手册，开了我国古代专门植物著作之先河。
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另一方面，在南北朝时期，伴随园林艺术的发展和学术的深化，又开始出现一些类似《魏王花木志》园林花木类著作。该书记载的是园林花卉，原书没有保存下来〔6〕，但见于当时的农书《齐民要术》等的引用。它是这种类型著作的嚆矢。
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三、“经学”影响下的生物学知识积累
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这段时期，出现了根据对《诗》中出现的生物种类的别名、形态、习性和产地作解说的著作。这是因为，孔子的话导致人们格外重视其中生物的解说。《诗》是古代社会重要的教化启蒙著作，其中的生物学知识当然也就成为人们必须掌握的基本常识。另外，因为随年代的逝去和生物名称的变化及文字的进化，这种注解式的作品是非常必要的，它可以使人们在学习《诗》的时候更好地掌握其中的生物学内容。这样一来，物种的考释就变成许多学者关心的问题。在《诗》变成儒家经典之一后，更是如此。西晋陆机作的《毛诗草木鸟兽虫鱼疏》是其中的代表（如图1.8所示）。
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《毛诗草木鸟兽虫鱼疏》不像《尔雅》那样简单而内容宽泛。它把诗中涉及的动植物辑录出来，加以解释，秉承孔子的“多识”思想，为学习生物学的读者提供了具体的课本。同时也为古人学习《诗》，更好地了解诗的含义提供了一本良好的工具书。这个著作可以看作是我国古代第一本纯正的综合性生物学著作。其描述生物的方式显然吸收了前人的长处，并对后代生物学产生了比较深远的影响。根据有关学者考证〔7〕陆机可能到过黄河流域许多地方。罗振玉对相关资料进行收集，制作了一个辑校本。这当然不可能是原先的全部内容，但内容也很可观。全书分为上下二卷。上卷解说植物，共计90余种。下卷解说动物，计60余种。其中鸟类20多种，鱼类、爬行类及兽类动物20多种，昆虫等近20种。作者先将《诗》中提到生物的句子罗列出来，然后按一定的顺序编排，逐条解释其中的生物，不注释“草木鸟兽虫鱼”以外的内容。形式简练、明晰，颇有点辞典的意味。
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《毛诗草木鸟兽虫鱼疏》的显著特点是解释联系实际，对有关生物的描述具体、形象，有较高的科学价值。各种生物解说的侧重点有所不同，详略不一，内容包括《诗》中述及各种动植物对应于当时可知的名称、各地的别名、生活环境、习性、形态特征、生长规律、产地、用途诸方面，堪称是我国历史上第一部生物学著作。
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《毛诗草木鸟兽虫鱼疏》以翔实的内容对后世产生了深刻影响。后代许多学者是都以此书作为考订生物的重要参考史籍。陆机的著作方式也为后人所推重，如清代徐鼎的《毛诗名物图说》，日本天明年间（公元1886年前后）本草学家冈元凤作的《毛诗品物图考》，其中一些格式就是模仿《毛诗草木鸟兽虫鱼疏》一书。此外，书中用以描述生物的若干形态和分类术语“蔓生”、“科生”、“赤节”、“毛刺”等也都为后人沿用。不难看出这部著作对古代生物学的发展所起的重要作用。陆机之后，东晋时期的著名博物学者郭璞为《尔雅》中有关生物作的详细说明，在一定程度上反映了他对这一时期人们积累的生物学知识的总结，为后人学习相关的生物学知识提供了极大的便利。前面已经提到，他曾作《尔雅音图》（如图1.9所示），给《尔雅》一书涉及的动植物配上插图。这种举措无疑对人们更好地辨识动植物提供了条件。因为有图很容易可以看出描绘的是何种生物，不用添加很多的说明。他的工作对后世博物学的发展产生了重要的影响。
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上面几类著作是我国已知最早对大量生物个体进行直接描述的作品，这是当时生物学进步的一个重要标志。这些“异物志”、本草、花木谱录和专门注释经典的生物学著作，构成我国古代生物学（或称博物学）著述的主要形式。
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四、其他生物学知识的积累
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汉代的《淮南子》等著作还包含有当时思想家的原始进化思想和有关遗传和变异的思考。对海洋动物随光周期变化而产生的生理变化也进行了相应的观察。著名思想家王充在其《论衡·奇怪篇》提出“物生自类本种”，在《讲瑞篇》说，“试种嘉禾之实，不能得嘉禾”等，注意到遗传稳定性的论说，对当时的一些唯心的、附会生物变异现象的不经邪说作了有力的批评，在生物学发展史上有重要意义。
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另外，根据《汉书·王莽传》记载，汉代太医曾通过解剖犯人的尸体，“量度五脏，以竹签导其脉，知所终始”，借此获得人体内脏和血管的知识。显示出当时的解剖学有了新的发展。而葛洪《肘后备急方》记有“疗瘈犬咬人方”，提到用疯狗的脑敷治狂犬咬伤，体现了免疫思想。而从《齐民要术》的记载中可以发现，当时人们的酿造技术体现出的实用微生物水平有了新的提高，而且开始栽培茯苓等大型真菌。
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第三节 唐宋的形成时期
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唐宋时期，随社会的发展和学术的进步，生物学方面同样取得了令人瞩目的成就。在保持“异物志”、“虞衡志”发展的同时，还衍生出纯粹的生物学著作。特别是宋代，凭借生物学知识的广泛积累，有关生物的学问已逐渐从原来更为广泛的知识门类中分离，开始形成一门关于“鸟兽草木之学”的学问，或许我们可以称之为古典的生物学。这一时期，政府组织编写的本草学著作开始附图。从当时留下的绘画来看，唐宋时期的生物图画已经比较准确；而且出现彩色的本草图。另外，当时人们在动物化石的认识、人体解剖学和金鱼育种方面都有突出的成果。
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一、学术分化和专门生物学著作的出现
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