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然而阴阳学说的这种哲学思辨性却不是与生俱来的。在其诞生之初，不过是用于表述四季寒暑自然变化，即所谓“四时之序”。天地万物本源的一体之“气”，两分为阴阳（寒暑）；阴阳又分为少阳、太阳、少阴、太阴，看上去是“一分为二”并不断“一分为二”的哲理使然，但实际上太少阴阳之分，不过是春夏秋冬的属性而已。研究“四时之序”，论说统治者应当如何顺应自然来施政，乃是先秦“阴阳家”的学问与立身之地。医家接受这种学问，便有了《黄帝内经》“四气调神大论”所述春生、夏荣、秋收、冬藏的养生之道。
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阴阳、五行两种学说在漫长的历史时期中出现过一个有趣的变化：当阴阳可以不断两分的对立属性被人们更多利用后，阴阳之气周而复始的“循环”属性反而日渐淡漠了；而原本用于分“类”、定“性”的五行学说反而因相生、相克之说的盛行，成了循环观念的典型代表。
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在《黄帝内经》中，阴阳学说已经更多地用于表述对立、平衡的抽象概念，这种阴阳学说实质上已大不同于上述的阴阳家学。在阴阳的概念中既包含有以阴阳二气的融合构成宇宙万物之本体的一面，亦有注重阴阳不同属性特征之“象”学的一面。前者在医学理论中表现为对于生命形成、禀赋厚薄、情志形体特征等的解说；后者则可具体地指导诊断与治疗——阴阳的辨识是“辨证施治”的核心。其最高度的概括是：
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阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始，神明之府也，治病必求于本。（《黄帝内经·素问·阴阳应象大论》）
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关于医学与阴阳学说关系的问题还有一点值得注意：由于明代医学家张景岳说“不知《易》，不足以言大医”，并说这是唐代名医孙思邈之垂训。所以后世鼓吹“医易同源”、“医源于易”者多引此为“最高指示”。然而不仅在早期的医学著作中丝毫看不到《易》学的踪影在孙思邈的原话中，不过是教诲医家要博览包括《易》在内的“群书”，并未将其与医家著作、医学理论相提并论，而且即便是在研究“医”与《易》之关系最著名、力倡医源于《易》之张景岳的著作中，归根结底所得实质性结论也不过是“欲该医易，理只阴阳”——要想概括医学和易学的关系，只在“阴阳”之理。五行学说的重要，远不及阴阳学说。五行学说的本质及其在医学中的作用，首先是一种分类、定性的工具——所有的事物都可以纳入“木火土金水”所代表的五种属性，例如东西南北中“五方”、辛甘酸苦咸“五味”、青黄赤白黑“五色”、心肝脾肺肾“五脏”、忧思悲恐惊“五志”等等。并在类比思维的指导下，在同类事物间建立起某种联系：肝属木、色青、味酸，所以颜色发青，病必在肝，当用酸味之药治疗等等。同样还是基于类比思维建立起五类之间“相生”、‘相克”的关系，例如木生火、克土，火生土、克金等。这种关系，对于医家构建脏腑之间的联系、间接治疗方法（如“补水制火”）有所帮助，但却不是绝对全部适用的。及至像《难经》作者那样，据此构建“五腧穴”之间相互代用关系者，便纯粹是司马迁所说“拘者为之”（牵强附会）了。
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阴阳与五行两种学说又往往结合在一起，产生在东汉时期的“运气学说”便是一个典型的例证。所谓“运”，即天地间周而复始运转着的木火土金水“五运”；通过设定其各有“太过”（+）与“不及”（-），便与阴阳学说结合在一起了。所谓“气”，即同样是周而复始运转于天地间的三阴三阳“六气”；为使其能与五行相配合，故将二阳（木、火）三阴（土、金、水）之五行中的“火”改造成“君火”、“相火”，这样不仅解决了公元72年皇帝与群儒会聚“白虎观”时所讨论过的“五行中阴阳不均等”的问题，也使五行能与六气配合完璧。根据每年的“运”与“气”预测当年疾病的属性，便是“运气学说”。遗憾的是当代力主中医为科学者，牵强附会地将这种纯属虚构的理论说成是“气象医学”。总之，中医与阴阳、五行学说的关系属于“借用”，但二者在医学中皆得到了极大的发挥。正如《中医学概论》所言：“中医的自然观和对人体生理病理的认识，以及对诊断、治疗、药物等等的理解，都可以用阴阳五行来加以说明和述理的。”
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2．脏腑与藏象
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从《黄帝内经》到《中医学概论》，“脏腑”都是其理论体系的重要组成部分，其中的“脏腑”构成也没有什么变化。包括：
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（1）五脏：心、肝、脾、肺、肾；
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（2）六腑：胃、大肠、小肠、膀胱、胆、三焦；
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（3）奇恒之腑：脑、髓、骨、脉、胆、女子胞（子宫）。
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除“三焦”腑外，其他的脏器名称都沿用至今，所指实体也与现代解剖学完全吻合。只是对其功能的认识，古今、中西有所不同。这是因为古代的脏器名实原本就是由实际观察而来，但在不具现代生理、生化知识的情况下，是不可能对其功能建立正确认识的。例如没有肺脏微观结构与气体交换的知识，便不可能正确认识肺在呼吸过程中的真正作用；没有胆汁激活胰蛋白酶才能完成蛋白质消化吸收的生化知识，便无法知道胆与胆汁的功能；在不了解尿生成机理的时代，中外医家都会十分自然地想像喝入胃肠道的水分，是从肠道“渗入”膀胱的，所以古代中医才需要“构建”一个位于腹膜之内、脏器之外，专司“水液代谢”的“三焦”腑。正因如此，现代中医学采用《黄帝内经》中讲述脏腑功能的“六节藏象论”篇名中的“藏象”一词，称中医的脏腑为“藏象学说”。并解释说：
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藏，即脏字，泛指人体的各个脏器；象，是指表现于外的各种现象。因此‘藏象’二字，简单地说，也就是指人体内各个脏器所表现于体外的各种现象。中医书中一般所提到的脏器，虽然在某些地方有现代所说的脏器含义，但它更主要的方面，却不是指脏器的本身，而是指体内脏器所表现于体外的各种现象。换句话说，也就是在人体表面的各种生理病理现象，都可以根据它的特点，把它归纳到各个不同脏器的作用范围。正因为中医一般所谈的脏器名称，不一定是指着各脏器的本身，而主要是指藏象，所以，我们便不能够硬用现代所说的脏器概念来衡量它。
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这便是“中医现代化”的具体表现之一：尽管古代对脏器功能的认识并不正确，但这些内容已经成为中医基础理论体系中不可割裂的组成部分，因此便需要对中医的“脏腑”进行新的定义。以下我们再以“六腑”与“奇恒之腑”中何以都有“胆”作为分析的切入点，进一步了解脏腑学说的“构建”过程：
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黄帝在《素问·五脏别论篇》中首先提出了这样一个问题：“我听说方士们或说脑髓是藏，或说肠胃是藏，或说是府。虽然所说相互矛盾，但都自称正确。不知其故，愿听讲解。”
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黄帝的医学教师岐伯回答说：“脑、髓、骨、脉、胆、女子胞，此六者是地气所生，与蕴藏万物的大地相同，所以藏精气而不泻，名曰奇恒之腑。而胃、大肠、小肠、三焦、膀胱，此五者是天气所生，与天同类，所以饮食之物在其中不能久留，泻而不藏，名曰传化之府。”
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接着岐伯又说：“所谓五藏者，藏精气而不泻，故满而不能实；六腑者，传化物而不藏，故实而不能满也。”
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