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1）后世派
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这一医学流派派的产生，最能体现日本文化“后进性”特点。即某一事情、制度，或某种思想、学说，往往会晚于其原发生地一段时间在日本出现；但却不需要经历自身积累、孕育成长的过程。以田代三喜于长享元年（1487年）入明留学，十二年后携种种明代医学著作归国为嚆矢，代表着当时中国医学最新水准的“宋明医学”思想与治疗技术首先为日本医界普遍接受；经三喜弟子曲直濑道三的推广而蔚然成风。同时，以道三为首的脱离僧籍的医家也逐渐增多，从而在社会中形成了谓之“儒医”的新的医家群体。但日本学术界对后世派的评价并不高，认为是“沿袭中国医学的产物”。
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2）古方派
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“古方派”，是指一些彻底否定阴阳五行、脏腑经脉等所有中医基础理论，反对宋明医学，独尊汉代张仲景《伤寒杂病论》为特征的医家。这一流派的兴起，固然与儒学复古思潮具有密切关系，但自古以来，许多革新运动都是以复古为名进行的——日本的古方派也是以回归实证性的张仲景医学精神为名，然而实际上却是以建立未必拘泥于张仲景的新医学为目标〔56〕。由于古方派具备的两个最基本特点：所谓注重实证经验的“科学性”和日本医学的“独创性”，所以备受日本史家的赞誉。
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其创始人后藤艮山所创“一气留滞”说，与《吕氏春秋》中的有关论说具有直接关系；而头号代表人物吉益东洞的“万病一毒”说，也与中国金元四大家中张从正的“攻邪论”如出一辙。
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3）折中派
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生活于江户时代后期的中川修亭（1771～1850年），在其著作中记述了当时之人对于“古方”、“后世”两家的评说：
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夫人之有疾，如宅中有盗贼。古医方唯谋驱贼，而敢于不顾家之存亡；新医方唯主保守其家，不敢问贼之去否。〔57〕
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因而无论是在理论方面，还是临床实际治疗中，出现兼采两方之长的所谓“折中派”，乃是必然与自然之事。一般认为，折中派的先驱是欲取两派之长、补其短，以使治疗臻于完璧的望月鹿门。其后，在京都有福井枫亭、和田东郭；在东京则是山田正珍、多纪元简等注重文献考证与研究的著名学者。然我以为特别值得一提的乃是毕生追求华佗“麻沸散”，以首次在麻醉状态下成功地实施了乳癌切除手术而著称的华冈青洲（1760～1835年）。
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青洲以“内外合一、活物穷理”为核心理念；在尊崇中国传统医学的基点上吸收荷兰外科技艺，成为汉兰折中的“华冈流”。他的弟子本间枣轩之“医道训”表明了对于医学基本价值的判定（活物），治学之道（穷理、博采、试验），体用（尚轩岐、不排蛮貃之术）等多种基本理念：
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吾所主张亦活物穷理，尚轩岐未必尽信其书，恶蛮貃未必尽排其术，博采诸五大州中，日试月验一以归尔活人，即是神州之医道耳。
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在古方与后世两派间进行折中的医家往往被称之为“考证派”，这是因为他们特别注重文献研究，能够以平等的态度对待各种医学理论与治疗方法——目的惟在“治病”。例如许多考证派的医家都对度量衡进行研究，其目的在于弄清《伤寒论》的用药计量究竟如何。他们的古代医学文献研究，颇受中国医家称道。
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3．从太极、阴阳之理，到“腹诊”之法
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由于在中国传统医学中看不到系统的腹诊内容，所以日本学者总是骄傲地强调：“腹诊法”，是生（发明）于东瀛、长（体系化）在扶桑，可以向全世界夸耀的日本独特的诊断方法之精华〔58〕。并认为这种舍弃脉诊，而是通过“切腹”来诊断全身疾病的方法，是由那些手技娴熟却不懂理论者所创。但通过研究各种早期腹诊著作，可以发现它们不仅都有各自的理论框架，而且充满了从太极、元气之究极性本源，到阴阳、脾肾、先后天之体用的论说。如与当时注重理论的“后世派”的其他医学著作相比，早期的腹诊著作在理论方面不仅毫无逊色，而且毋宁说是更胜一筹。足以给人留下深刻印象的，恰恰就是其中游刃有余地运用太极、阴阳等抽象概念，而建立起腹诊的理论框架与诊察原则的具体过程。换言之，腹诊形成不就是将这些形如虚幻的究极真理，在“腹”上加以实在化的过程吗？
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