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应当指出，慧思提倡的观心，是要求先观“身本”，即观“如来藏”、“自性清净心”（所谓“真心”），然后再观自己的“身心”或无明烦恼之心（所谓“妄心”），两者还是分开的；而到智提倡的观心则强调直接观六识中的“意识”，即作为“惑本”之心、当下无明烦恼之心[26]。从佛教心性论和修行论的发展史来看，智的观心论更具有容易被人接受的现实主义的特性。
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另外，在《随自意三昧》中也有与《诸法无诤三昧法门》所述一致的观心思想。此著一卷六品，教导修持大乘菩萨道者应首先学习“随自意三昧”，以慈悲之心看待众生，并以般若空观、中道不二的思想来观察周围世界的一切现象和人的身心问题。是说如果做到这点便可在行、住（立）、坐（侧重坐禅）、眠（卧）、食、语的“六威仪”当中具足六波罗蜜（六度：布施、持戒、忍辱、精进、禅定、智慧）。《行威仪品》中说，菩萨在行动时、举足时、将生起念头之时，应当“先观未念欲念，心未起念时，无有心想，亦无心、心数（按：心所）法，是名心性。是心性，无有生灭，无明无暗，无空无假（按：假有、现象），不断不常，无相貌，无所得故，是名心性，亦名自性清净心。是自性清净心者是涅槃，不能觉了者即是生死。”[27]这是教导修行者在做任何事情之前应当观察体认自己本具的清净无染、无生无灭、空寂无相的“心性”或“自性清净心”，说体悟此心者即达到涅槃解脱，否则仍为没有摆脱生死的众生。从内容上看，随自意三昧相当于天台宗四种三昧中的“非行非坐三昧”。
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在《随自意三昧》中有“众生性即菩提性，菩提性即众生性”，“菩提众生无二”，“是凡圣根无一无二。不觉是凡夫，觉了是圣人。生死烦恼根即是圣慧根”，“初心菩萨用二种识：一者转识，名为觉慧，觉了诸法慧解无方；二者名为藏识，湛然不变，西国云阿梨耶识，此土名为佛性，亦名自性清净藏，亦名如来藏。若就随事，名智慧性，觉了诸法时名为自性清净心”等语句，反映了慧思对大乘教理特别是心性思想的理解。《语威仪品》中说“先起慈悲孝顺之心，静心正念”，将儒家的孝顺与大乘佛教菩萨之道的“慈悲”联结在一起，具有重要意义。
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3.《大乘止观法门》和“性具染净”的心性论
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《大乘止观法门》在唐末已佚，北宋真宗咸平六年（1003），日本天台宗僧寂照从日本带来赠给在四明（今浙江宁波）的遵式（964—1032），国内才又有此书。[28]长期以来，学术界多疑此为伪书，认为书中引《大乘起信论》之处很多，而《大乘起信论》出世约在慧思的晚年。[29]也有的甚至认为书中内容受后世唯识宗和华严宗思想的影响，当在唯识宗、华严宗兴盛时由天台宗人所作。[30]1971年圣严法师在所撰《大乘止观法门之研究》中对此书的作者和思想作了深入考察和研究，认为此书虽不是慧思亲撰，但“由其口述口传，到他的弟子，甚或是再传弟子之时，始被写成”，与《续高僧传》本传所说的“凡所著作，口授成章，无所删改”是一致的。[31]笔者基本同意此说。这里简单谈三个问题：
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（1）关于《大乘起信论》和《大乘止观法门》的成书问题
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长期以来，相传为印度马鸣著、南朝梁真谛（499—569）译《大乘起信论》的真伪，是学术界热烈争论的问题。尽管如此，对《大乘起信论》出现于南北朝后期是没有怀疑的。关于其出世年代有三种说法：《历代三宝记》卷十一载为梁太清四年[32]（550）；《开元释教录》卷六载为梁承圣二年（553）；《大乘起信论》智恺（或作“慧恺”）的序作梁承至三年（554），前后相差5年。据《续高僧传》卷十八《昙迁传》记载，他在北周灭齐（557）之前已经精研《华严经》、《起信论》等。慧思在北齐天保五年（554）到达光州，次年入大苏山，在此传法约十四年。从时间上看，慧思在这里读到《大乘起信论》是可能的。因为弟子智的著作中没有提到《大乘止观法门》，更有可能是慧思是在陈光大二年（568）与智分手到南岳以后读到《起信论》才撰写此书的。慧思在南岳修行与传法十年。南岳相距传为《大乘起信论》译出的场所衡州始兴郡（今广东省韶关）不是很远，他在此地读到《大乘起信论》和进行研究著述，并非不可思议。从内容看，此书以如来藏缘起思想为基础，与慧思在《诸法无诤三昧法门》中强调坐禅时应先观“身本”——“如来藏”、“自性清净心”是一致的。
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（2）“性具染净”的心性论
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本书的内容是论述修习大乘止观的理论与方法。“止”就是“定”、“禅定”；“观”也称为“慧”，实际是观想，指在禅定中观悟佛教义理。然而不同的人对此有不同的见解。
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慧思提出，修习大乘止观应“依止心”。“依止”意为依据，这里所指是观想的中心内容。此书卷称：
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此心即是自性清净心，又名真如，亦名佛性，复名法身，又称如来藏，亦号法界，复名法性。[33]
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此一心既是世界万有的本体，也是众生觉悟解脱的内在依据。慧思在对心性的论证中受《大乘起信论》思想的影响最大，也多次引用，但也有新的发挥。这主要表现在他提出的心具染、净二性的论述中。
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为什么“心性是一”，而“能生种种果报”？慧思的解释是：心体“并具染净二性”。《大乘止观法门》说：
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心体若唯具染性者，不可得转凡成圣，既并具染净二性，何为不得转凡成圣耶！……一一众生心体，一一诸佛心体，本具二性而无差别之相，一味平等，古今不坏，但以染业熏染性故，即生死之相显矣。净业熏净性故，即涅槃之用现矣。然此一一众生心体依熏作生死时，而不妨体有净性之能；一一诸佛心体依熏作涅槃时，而不妨体有染性之用。以是义故，一一众生，一一诸佛，悉具染净二性。（卷一）
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如来之藏，从本以来俱时具有染净二性。以具染性故，能现一切众生等染事，故以此藏为在障本性法身，亦名佛性。复具净性故，能现一切诸佛等净德，故以此藏为出障法身，亦名性净法身，亦名性净涅槃也。（卷二）[34]
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书中类似论述还有一些。
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按照《胜鬘经》和《大涅槃经》等大乘经典，“如来藏”是在烦恼隐覆中的法身、佛性。慧思将它作为众生的心性，即先天内在所具有的本性。慧思的话不外是说，众生之所以或轮回生死，或觉悟成佛，是在不同条件下由自心所具有的染（恶）、“净”（善）两种不同的本性显现的结果。从事读经、坐禅修行等净善之业，可促使心体具有的净善之性显现，即可转凡成佛；如果从事违背佛教的一切染恶之业，就会促使心体本有的染恶之性显现，那就要轮回生死，不得超脱。然而在任何场合，无论是众生还是佛，所具有的染净二性是不可改变的。
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慧思受《大乘起信论》中的“一心二门”思想的影响，称“真如平等心”为“体”（《起信论》的“心真如门”），称“阿梨耶识”（“心生灭门”）为“相”，但又用唯识学说的“三性”（分别性、依他性、真实性）的说法，对所谓第八识的阿梨耶识（心的另一种说法）所具有的染净二性进行独特的分析，说阿梨耶识中有“清净分依他性”（相当于“清净种子”），此为“圣人体”，还有“染浊分依他性”（“染污种子”），此为“众生体”。（卷二）在论述中运用的唯识种子说和“三性”、“三无性”（无相性、无生性、无性性）的理论，显然是受《摄大乘论》等经典的影响。
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慧思论述心性染净的目的，是教人用这种观点指导坐禅，在禅观过程中净化心体，做到去染显净，达到觉悟。此书还用很大篇幅对止观境界、止观程序、止观效果和作用进行详细说明。
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慧思的性具染净的心性理论，无论是在中国佛教史上还是在中国哲学史上都有重大意义。智后来提出的“性具善恶”的心性论，应当说是在继承慧思的思想基础上发展起来的。当然，智接受这种观点未必是在看到《大乘止观法门》之后，当是他在正式成书之前直接听慧思讲授的。
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（3）“定慧双开”
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从慧思的著作来看，他是以注重禅法著称的。他在继承汉译佛经所介绍的大小乘禅法的基础上，特别依据大乘经典《般若经》、《法华经》及宣传如来藏、佛性理论的《胜鬘经》、《楞伽经》、《大涅槃经》和《大乘起信论》等，提出了自己的禅法理论。
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