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开皇十六年（596）智回到天台山，从事传法和著述，并规划扩建寺院事宜，预言寺院将是“王家所办”。此后，杨广虽又派人来请，但因老病已不能出山。智在死前向弟子灌顶口述给杨广的遗书，让他把杨广赠送给他的香炉、犀角如意奉还作为永久纪念，并亲自手书：“使永布德香，长保如意。”（《续高僧传·智传》）[50]在遗书中他对杨广兴隆佛法寄予很深的期望，一再表示深感厚恩，表示死后若有“神力”定当保佑杨广，说：
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贫道灰壤虽谢，愿留心佛法，询访胜德，使义门无废，深穷佛教，治道益明，遍行遍学是菩萨行。如来灭度，法付国王……生来所以周章者，皆为佛法，为国土，为众生。今为法门仰寄三为（按：为佛法，为国土，为众生）具足，六根（按：感觉思维功能——眼耳鼻舌身意）释矣。命尽之后，若有神力，誓当影护王之土境，使愿法流衍，以答王恩。
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在遗书中还希望杨广为天台山寺院建造以及国家度僧等予以留心，甚至提出：
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王秉国法，兼匡佛教，有罪者治之，无罪者敬之，起平等不可思议心，则功德无量。（《国清百录》卷三）[51]
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当时晋王杨广尚不是皇帝，甚至还没有被立为太子（当时太子是杨勇），然而智在遗书中对杨广的期待甚大，简直把他看作是一位君临天下的皇帝。
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智于隋开皇十七年十一月二十四日逝世，时值公元598年1月7日，年六十岁。智一生著述甚多，哪些内容是他的主要思想呢？我们不妨看一看他的弟子灌顶对他临死前言行的一些记录：
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听《法华》竟，赞云：法门父母，慧解由生。本迹旷大，微妙难测……唱经[52]竟，索香汤漱口，说十如、四不生、十法界、三观、四无量心、四悉檀、四谛、十二因缘、六波罗蜜，一一法门摄一切法，皆能通心到清凉池（按：意为涅槃境界）。（《智者大师别传》）[53]
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其中的“十如”源自《法华经·方便品》所说的“诸法实相”，所谓“如是相，如是性，如是体，如是力，如是作，如是因，如是缘，如是果，如是报，如是本末究竟等”；“四不生”是一切不自生、不从他生、不共生、不无因生，出自《中论》：“诸法不自生，亦不从他生，不共不无因，是故知无生”；十法界包括天、人、修罗、畜生、饿鬼、地狱、声闻、缘觉、菩萨、佛；三观是观空、观假、观中道。其他略。以《法华经》为最主要的经典，辅之以《大涅槃经》、《大品般若经》、《华严经》以及《大智度论》、《中论》等，发挥十如、四不生、十法界、三观等思想构成庞大的理论体系，正是天台宗的重要特色。
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智生前造大寺35所，度僧4000余人。从他受菩萨戒的人很多，《续高僧传·智传》所说的“传业学士三十二人，习禅学士散流江汉”，当持指在俗弟子讲的。身边弟子中以灌顶、智越、智璪等比较有名。
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灌顶（561—632），俗姓吴，祖籍常州义兴，后因避乱全家迁至临海章安。自幼出家，后师从智，学习天台教义，为陪同智出访和讲经的高足弟子之一。智逝世前，灌顶亲承给晋王杨广的遗旨遗书及纪念信物，然后亲自送给杨广。翌年，杨广按照智的遗旨和构想派人前往天台山扩建寺院——国清寺。灌顶继智之后任天台山住持。杨广对灌顶十分器重，把他看作是“同学”，入嗣太子后，特地迎请他入京讲经。灌顶精通儒佛之学，文笔超群。智在建康、江陵、荆州诸寺讲经，皆由他作笔录，然后整理成书。智的《法华文句》，《法华玄义》、《摩诃止观》以及其他不少著述就是由灌顶笔录整理而成的。灌顶于唐贞观六年（632）逝世，年七十二岁，后被天台宗奉为继智之后的五祖。[54]
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灌顶与智越、智璪等人在智死后继续与杨广保持联系。在杨广登皇帝位时，天台山僧团派人前往祝贺。杨广在即皇帝位后，大业元年（605）赐予天台山“国清寺”之寺额。
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（二）智著述——天台三大部和五小部
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《智者大师别传》记载：
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智者弘法三十余年，不畜章疏，安无碍辩，契理符文，挺天生智，世间所伏。有大机感，乃为著文。[55]
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是说智智慧非凡，善于讲经说法，但在一般情况下不轻易动笔撰写文章。现存智的著述将近有一半是弟子灌顶记录整理的。现将智的撰述简单介绍如下：
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