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陈后主即位后的第三年（585），接连派使者入山请智到京城传法。智认为“道通惟人，王为法寄”[42]，便应请入京，在皇宫太极殿讲《大智度论》、《仁王般若经》等。陈后主下敕在灵曜寺设“禅众”（按文意当为习禅僧众），请智传授禅法。在智登太极殿讲《仁王般若经》时，陈后主亲临听讲，陈朝的僧正慧、僧都慧旷、长干寺慧辩等也到场，有时还展开辩论。当时陈后主正计划“检括僧尼”，要令万余名没有僧籍而经考核佛经不合格的僧尼还俗，因听了智的反对意见而下令停止实行。智还应请为太子授菩萨戒。
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隋开皇九年（589）晋王杨广等率兵攻入建康，陈灭。智离开建康，先后到过现在的湖北、湖南一些地方，曾在庐山隐居。隋秦王杨俊“崇敬佛道”[43]，当时镇守汉口，特派人请智出山行道。智虽想前往，但因水路遇风未能成行。
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智在南朝的声望与活动，早已引起隋朝廷的注意。隋文帝在开皇十年（590）派人给智送去一封信，其中说他敬信佛教，正在大力复兴佛法，平陈的目的是“为民除害”；接着对智委婉地提出规劝：
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师既已离世网，修己化人，必希奖进僧伍，固守禁戒，使见者钦服，闻即生善，方副大道之心，是为出家之业。若身从道服，心染俗业，非直含生之类无所归依，仰恐妙法之门更来谤。宜相劝励，以同朕心。（《国清百录》卷二）[44]
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这不外是告诫智应当遵守佛教戒律，带领好徒弟，并劝勉其他僧众，安分守己地修行传教，不要从事与自己身份不符合的世俗政治活动，引起世人非议。从这封信一方面表现出隋文帝对长期受到敌国君臣尊崇的智的戒心；另一方面也反映对这位在南方社会很有声望的高僧的期待。
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早在东晋时代道安就说过：“不依国主，则法事难立”。[45]智创立天台宗得以成功，首先靠的是南朝陈宣帝、陈后主的“外护”；其次是晋王杨广（后即位后为隋炀帝）的大力支持。隋灭陈后，杨广任扬州总管，坐镇江都（今江苏扬州），建立佛、道二教的四道场。其中慧日、法云二道场是佛寺，把江南一些著名的学僧招到自己周围。如成实和涅槃学者智脱、法论、慧觉，三论学者法澄、道庄、智矩、吉藏等人，都被他请入慧日道场。智是他最敬信的和尚。
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杨广任扬州总管的第二年（590），即遣使招请智到江都为他授戒，“奉以为师”。智到江都后，对杨广说“我与大王深有因缘”，但对让他担任戒师表示辞让，最后不得已提出四个条件，大意是：
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1.自己“虽好学禅，行不称法”，人们对禅法有不同的评论，请不要在禅法上对他寄予过大期望。
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2.“身暗庠序，口拙暄凉”，“域间樽节，一无可取”，意为自己不熟悉世俗礼节和规矩，请不要以此来要求他。
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3.“微欲传灯，以报法恩，若身当戒范，应重去就”，是说他本以传佛法为己任，然而如果担任王的戒师，就不能轻易离开；这样一来，就会影响传法。相反，“去就若轻”，又会招人非议。因此，希望不要用去、就的轻重来要求他。
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4.“三十余年，水石之间，因以成性”，谓国家既然已经统一，佛法再兴，希望能随时允许他出游山水或归山[46]。（详见《智者大师别传》、《续高僧传·智传》）
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杨广答应了他的要求，在江都举办隆重的千僧会，由智任戒师授为他菩萨戒。这是依据《梵网经》授的大乘戒，有十条重戒，四十八条轻戒。智在授戒仪式上为杨广授法名为“总持”。杨广对他说：“大师禅慧内融，道之法译，辄奉名为智者。”这就是后来杨广自称：“菩萨戒弟子总持”和智被世人称为“智者大师”的由来。[47]
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智为杨广授戒后不久，便向杨广告辞还乡，沿江西下。隋开皇十二年（592）智先至庐山，后到达荆州，在当阳县的玉泉山建寺。此寺原名“一音寺”，后来隋文帝赐额“玉泉寺”。智又重修十住寺。他在此与弟子弘传佛法，闻名来投其门下者很多。据他死前给杨广的信中说，在荆州时“听众一千余僧，学禅三百”，甚至引起州官的不安。[48]在智住荆州期间，杨广曾两次派人请他回江都传法。开皇十五年（595）智再次下江都[49]，应杨广请求著《净名义疏》二十八卷，又为杨广之妻祈祷病愈而举行斋会。
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