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据《智者大师别传》，如按智原讲说的内容写出可达三十卷，灌顶仅笔录其“初分”十卷。本书释经超出以往佛教典籍的格式，自具特色，理论自成体系，是天台宗作为独立宗派所依据的重要理论著作之一。
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湛然撰《法华玄义释签》二十卷为此书作解释。
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《摩诃止观》，也称《天台摩诃止观》，十卷（分为二十卷）。
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隋开皇十四年（594）智于荆州玉泉寺说，灌顶笔录。据传，前后有三种版本：第一本二十卷，第二本十卷，皆题《圆顿止观》，佚失；现存本是第三本，过去有人称为“略本”，实为最后定本。[58]是智依据自己的佛学见解和修持实践而论证大乘禅法的著作。灌顶说此书是智“说己心中所行法门”。
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全书分十章：大意、释名、体相、摄法、偏圆、方便、正观、果报、起教、旨归。其中的“大意”叙述全书内容的概要。“正观”，为“正修止观”之略，论述智对止观的基本主张，篇幅最大，占全书的3／5；按所观之境分为十项，称为“十境”，即：阴入界境、烦恼境、病患境、业相境、魔事境、禅定境、诸见境、上慢境、二乘境、菩萨境。又以“阴入界境”为论述重点，说“观心”（心，指意识）具有十法门：观不思议境、起慈悲心、巧安止观、破法遍、识通塞、修道品、对治助开、知次位、能安忍、无法爱，此即为“十重观法”或“十乘观法”。观想其他境时也按十个方面顺次进行。对天台宗的教理“十界互具”、“百界千如”、“一念三千”、“三谛圆融”等有比较集中的论证。然而全书仅写到“诸见境”结束。
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湛然撰《止观辅行传弘决》十卷（分为四十卷），对此书做详细解释。
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《维摩经文疏》，也称《净名经疏》。
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隋开皇十五年（595），智应杨广之请从荆州重到江都，撰写《净名经疏》，同时又为此经写《玄义》。智回到天台山后用两年时间重新撰《净名玄义》，并将《维摩经》注释到它的《佛道品》。两者合称为《净名义疏》，为三十一卷。智临死前派人带着自己的《遗书》及《净名义疏》给杨广送去，又特别提出请将他“前所送《玄义》及入文者（按：‘入文者’或‘入文解释’当指《文疏》），请付弟子焚之”，表示对此前所完成者很不满意，要收回焚毁。[59]灌顶《智者大师别传》载：“奉命撰《净名义疏》至《佛道品》，为二十八卷。”现存智《维摩经文疏》当即此书，但实际上此书后三卷是灌顶撰的。可以推测，智最后完成的《文疏》是二十五卷，《玄义》为六卷。
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《维摩经略疏》十卷。
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湛然将前书略编为此书，后世称为《略疏》，而称前书为《广疏》或《大疏》。
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《维摩经疏》，又称《维摩经略玄》、《维摩经玄义》、《净名玄义》，六卷。
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此书从释名、出体、明宗、辨利用、判教相五个方面来论释经义，是智创用的玄义文体，当即他从江都回天台山后写定的《净名玄义》。
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《四教义》六卷（分为十二卷）。
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湛然在《法华文句记》卷一之中说，智为晋王（杨广）原著（《净名玄义》）为十卷，此后重撰《净名疏》及《略玄》（前六卷本《净名玄义》），“乃立前《玄》分为三部，别立题目，谓之《四教》六卷，《四悉》两卷，《三观》两卷”。[60]据此，《四教义》原是智在江都所撰十卷《净名玄义》中的一部分。“四教”为藏、通、别、圆四教，是天台宗的重要判教著作。灌顶《天台八教大意》可作为参考。
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《观心论》一卷。
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《四念处》一卷。
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《释禅波罗蜜次第法门》三十卷。
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智把禅法分为“渐次止观”、“不定止观”和“圆顿止观”。此为讲述“渐次止观”的，对佛教大小乘禅法按照浅深次序作了系统介绍。是智在南陈建康瓦官寺说，弟子法慎记，后由灌顶略为十卷。现存本将卷一、卷三各分为上下，共有十二卷。
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