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隋开皇十五年（595），智应杨广之请从荆州重到江都，撰写《净名经疏》，同时又为此经写《玄义》。智回到天台山后用两年时间重新撰《净名玄义》，并将《维摩经》注释到它的《佛道品》。两者合称为《净名义疏》，为三十一卷。智临死前派人带着自己的《遗书》及《净名义疏》给杨广送去，又特别提出请将他“前所送《玄义》及入文者（按：‘入文者’或‘入文解释’当指《文疏》），请付弟子焚之”，表示对此前所完成者很不满意，要收回焚毁。[59]灌顶《智者大师别传》载：“奉命撰《净名义疏》至《佛道品》，为二十八卷。”现存智《维摩经文疏》当即此书，但实际上此书后三卷是灌顶撰的。可以推测，智最后完成的《文疏》是二十五卷，《玄义》为六卷。
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《维摩经略疏》十卷。
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湛然将前书略编为此书，后世称为《略疏》，而称前书为《广疏》或《大疏》。
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《维摩经疏》，又称《维摩经略玄》、《维摩经玄义》、《净名玄义》，六卷。
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此书从释名、出体、明宗、辨利用、判教相五个方面来论释经义，是智创用的玄义文体，当即他从江都回天台山后写定的《净名玄义》。
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《四教义》六卷（分为十二卷）。
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湛然在《法华文句记》卷一之中说，智为晋王（杨广）原著（《净名玄义》）为十卷，此后重撰《净名疏》及《略玄》（前六卷本《净名玄义》），“乃立前《玄》分为三部，别立题目，谓之《四教》六卷，《四悉》两卷，《三观》两卷”。[60]据此，《四教义》原是智在江都所撰十卷《净名玄义》中的一部分。“四教”为藏、通、别、圆四教，是天台宗的重要判教著作。灌顶《天台八教大意》可作为参考。
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《观心论》一卷。
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《四念处》一卷。
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《释禅波罗蜜次第法门》三十卷。
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智把禅法分为“渐次止观”、“不定止观”和“圆顿止观”。此为讲述“渐次止观”的，对佛教大小乘禅法按照浅深次序作了系统介绍。是智在南陈建康瓦官寺说，弟子法慎记，后由灌顶略为十卷。现存本将卷一、卷三各分为上下，共有十二卷。
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《六妙门》一卷。
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此是讲“不定止观”的。智在南陈应尚书令毛喜之请讲说。“六妙门”原为小乘五门禅之一的“数息观”，包括“数、随、止、观、还、净”六个禅定阶段，然而智作了新的发展，提出“但观心源，具足六妙门”，强调观心在达到解脱中的意义。
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《童蒙止观》，也称《小止观》、《修习止观坐禅法要》一卷。
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智为俗兄陈针而作，讲述如何坐禅，重点讲“三止”（体真止、方便随缘止、息二边分别止）及“三观”（空观、假观、中观），与《摩诃止观》的思想一致。宋代元照在序言中认为此书所述实是《摩诃止观》的“梗概”。
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《法华三昧忏仪》一卷。
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《方等三昧行法》一卷。灌顶记。
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《法界次第初门》三卷（分为六卷）。
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《释摩诃般若波罗蜜经觉意三昧》，简称《觉意三昧》，一卷。灌顶记。
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