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所谓“三千非三千，具足三佛性”中的“三佛性”，是指正因佛性、了因佛性和缘因佛性。一切善恶诸性，皆包含在这三佛性之中。“三因”的说法原出自《大涅槃经》。此经卷二十六说“众生佛性亦二种因：一者正因，二者缘因。正因者谓诸众生，缘因者谓六波罗蜜”；“正因者名为佛性，缘因者发菩提心”。此外又提出“生因”、“了因”的说法，谓“因有两种，一者生因，二者了因。能生法者是名生因，灯能了物故名了因。烦恼诸结是名生因，众生父母是名了因。如谷子等是名生因，地水粪等是名了因”。[118]但在经文中并没有对正因、缘因、了因作出一致的解释。从所作的论断来看，它们之间往往混同使用。从字面含义来说，正因指成佛的内在依据或主体，缘因指辅助性的外在因素，了因则指能促成觉悟的禅观、智慧等。
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智利用上述“三佛性”的概念来论证他的佛性理论。对应于他所说的“三轨（三法）”：真性轨、观照轨、资成轨，提出正因佛性、了因佛性和缘因佛性的说法。然而他对三轨的说法也很不一致。从所讲的主要内容来看，真性轨是指禅修所观想的境，包括一念所具的“三千”（一切内外事物）和空假中三谛，或特指三谛相即圆融的中道实相；观照轨是指止观、智慧，或指一切智、道种智和一切种智等；资成轨是指读经、忏悔等诸善行。智又将三轨与三佛性会通，说“真性轨是正因性，观照轨是了因性，资成轨即是缘因性”。（《法华玄义》卷五之下）[119]这样一来，不仅内在的“心性”、一心所具的三谛、三智皆为佛性，连各种修行也被纳于佛性之中。因为将一切皆看成是佛性，故它们的本质属性自然是有善有恶的。
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应当指出的是，因为智强调“一念三千”中的“一念”是“一念无明之心”，而“无明”是与“烦恼”、“恶”等大体同义的，所以有时他也把“性具善恶”解释为在恶性中包含着善性。智《法华玄义》卷五之下说：
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若有无明烦恼性相，即是智慧观照性相。何者？以迷明故起无明，若解无明即是于明。大经（按：《大涅槃经》）云：无明转即变为明。《净名》云：无明即是明。当知，不离无明而有于明。如冰是水，如水是冰。又凡夫心一念即具十界，悉有恶业性相，只恶性相即善性相。由恶有善，离恶无善，翻于诸恶，即善资成。如竹中有火性，未即是火事，故有而不烧，遇缘事成，即能烧物。恶即善性，未即是事，遇缘成事，即能翻恶。如竹有火，火出还烧竹。恶中有善，善成还破恶，故即恶性相是善性相也。[120]
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这是以无明（根本烦恼）即菩提，生死即涅槃为前提推论出来的，立足点是一个“恶”字。“恶”可概释为世俗世界、世俗心理。认为“恶”本身包含着转变为“善”的可能性，从这一点来说，“恶”就是“善”。这是说心性具有善恶，在恶的心性中有善的心性，好像竹（恶）中包含燃烧的可能性（善）一样。
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智在《观音玄义》中对性具善恶有比较系统的论述。《观音玄义》是对《法华经·观世音普门品》的论释。《法华经·观世音普门品》讲观世音菩萨以大慈大悲的精神普现于众生之中，用各种不同的形象和方法普度众生。智通过对性具善恶的论证，力图说明佛与菩萨之所以能出入恶的世界教化恶的众生，是因为他们并未断除恶的本性。同时也向人们说明，极恶的人如“一阐提”（佛教原称善根断绝及“信不具足”者），之所以仍可成佛，是因为仍有善的心性。智的论证采用的是问答体：
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问：缘、了（按：缘因佛性与了因佛性）既有性德善，亦有性德恶否？
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答：具。
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问：阐提与佛，断何等善恶？
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答：阐提断修善尽，但性善在。佛断修恶尽，但性恶在。
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问：性德善恶，何不可断？
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答：性之善恶，但是善恶之法门。性不可改，历三世无谁能毁，复不可断坏。譬如魔虽烧经，何能令性善法门尽？纵令佛烧恶谱，亦不能令恶法门尽。如秦焚典坑儒，岂能令善恶断尽耶？
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问：阐提不断性善，还能令修善起。佛不断性恶，还令修恶起耶？
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答：阐提既不达性善，以不达故，还为善所染，修善得起，广治诸恶。佛虽不断性恶，而能达于恶，以达恶故，于恶自在，故不为恶所染，修恶不得起，故佛永无复恶；以自在故，广用诸恶法门化度众生，终日用之，终日不染，不染故不起，那得以阐提为例耶？若阐提能达此善恶，则不复名为一阐提也。若依他人，明阐提断善尽，为阿梨耶识所熏，更能起善。梨耶即是无记无明，善恶依持为一切种子。阐提不断无明无记，故还生善。佛断无记无明尽，无所可熏，故恶不复还生。若欲以恶化物，但作神通变现度众生尔。问，若佛地断恶尽，作神通以恶化物者，此作意方能起恶。如人画诸色像，非是任运。如明镜不动，色像自形，可是不可思议理能应恶。若作意者，与外道何异？
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今明阐提不断性德之善，遇缘善发。佛亦不断性恶，机缘所激，慈力所熏，入阿鼻（按：指无间地狱）同一切恶事化众生。以有性恶，故名不断；无复修恶，名不常。若修、性俱尽，则是断；不得，为不断不常。阐提亦尔，性善不断，还生善根。如来性恶不断，还能起恶，虽起于恶，而是解心无染，通达恶际即是实际，能以五逆（按：五种重罪，如杀父母及诽谤佛法等）相而得解脱，亦不缚不脱，行于非道通达佛道。阐提染而不达，与此为异也。（《观音玄义》卷上）[121]
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这段引文主要有两个意思：
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1.佛与一切众生皆具有善恶两种心性。在正因、缘因、了因三佛性中，正因佛性被认为是先天本具，一般简称为“性”，而认为后二者为后天修习（善行与观智）而来，称为“修”[122]。“由修照性，由性发修”，故“修性不二”[123]，统为佛性。从缘因佛性与了因佛性来说，据称也有属于先天而有的“缘因种子”和“了因种子”，二者同为“性德”，而后天的修习则为“修德”。三种性德处于“因”位时“不纵不横”；成为“果”时分别为法身、解脱、般若，称之为“涅槃三德”。既然缘因、了因二性同具善恶（性德善、性德恶），也就等于说佛性（或称心性）同具善恶。无论佛乃至一般众生，包括极恶的“一阐提”在内，也都本具善、恶两种心性。那么，他们之间难道没有区别了吗？智认为，一阐提虽然丧失“修善”（禅观、修行等善的行为），但他本具的善性还在。佛虽然断除“修恶”，却仍有恶性。为什么这样呢？既然称之为“性”，那么“性”的定义就是“不可改”，“不可断坏”，就是说它们是永恒不变的，佛与众生本具的善恶性也永远存在。
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2.既然性具善恶，那么恶人是否还能行善，佛是否能做恶事？智认为，恶人如一阐提，并没有断尽善性，虽不“通达”理解善的道理，但遇到善的机缘，仍可以产生“善根”，改恶行善。佛虽然还留有恶性，但因为对恶有透彻的理解，所以即使生活在世俗的恶的环境，甚至现身于地狱之中，能用种种为各界众生熟悉的思想和方法教化众生（所谓“恶事”）[124]，都不能说是有意作恶。智进一步说，佛在特定条件场合仍做恶事，但因为“通达”恶的本身就是真如、法性（所谓“实际”），即了解“烦恼即菩提”，所以能不为恶所污染，甚至能在犯“五逆”重罪的情况下达到解脱，即所谓“行于非道通达佛道”。这与《般若经》、《维摩诘经》中所讲的大乘佛教的“方便”、“善巧”是一致的，然而独特之处是提出了这样做的心性上根据——恶性未断。
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对于佛、菩萨要到世俗社会借用世俗手段化度众生这点，原是大乘佛教的主张，并不是天台宗的发明。南北朝时北方地论学派（相州北派）和弘传南北的摄论学派曾对一阐提何以能“起善”，佛何以能“以恶”化度众生作过解释。他们是信奉大乘唯识学说的，认为第八识阿梨耶（阿赖耶）识是“无记无明”之心，内藏一切善恶种子。一阐提因为有此阿梨耶识，故在一定条件下可引发善种，做善的行为，而“佛断此识，无恶种熏，永不起恶”。[125]佛之所以能入世俗世界用恶法化度众生，是因为他有广大神通，可以变现各种形象到众生之中。对于这种说法，智表示反对，认为这如同外道一样是故意造作，有意地“起恶”，而不是依据心性而自然而然地“任运”以恶度人。
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人性善恶问题是中国哲学史上的重要问题。春秋时儒家创始人孔子（前551—前479）不轻易地说性与天道，只说过“性相近也，习相远也”（《论语·阳货篇》）。战国时孟子（约前372—前289）开始明确地主张性善论，说“人性之善也，犹水之就下也”，“仁义礼智，非由外铄我也，我固有之也”（《孟子·告子上》），目的是论证伦理道德源于人的本性。与他同时的告子主张“生之谓性”，“食色，性也”，“无善无不善”（《孟子·告子上》），反对道德天赋论。据说战国时周人硕德主张“人性有善有恶。举人之善性，养而致之则善长；性恶，养而致之则恶长”（东汉王充《论衡·本性篇》），认为善恶两性在后天的发展取决于教养。此后荀子（约前313—前238）提出性恶论，说“人之性恶，其善者伪（按：意人为）也”（《荀子·性恶篇》），认为只有通过圣人的礼义道德的教化和严格的法制，才可使人为善。西汉董仲舒（前179—前104）提出善、恶、中的性三品说，认为“圣人之性”（善性）和“斗筲之性”（恶性）不可改变，只有“中民之性”靠“王教”可以为善（《春秋繁露·实性篇》）。此后，扬雄（前53—18）提出“人之性也善恶混”的理论（《法言·修身》），认为人之所以成为善人、恶人，是由后天的修养决定。这些说法皆是为了论证施行礼义道德教育的根据和必要性，是否人人可以为善成为圣贤。主张性善论者认为礼义道德本来符合人的天性，如顺其本性而施教，则人人可以成为尧舜。主张性恶论者则认为人性本恶，必须借助礼义道德的强制教化，人才会为善，社会才会得到治理。主张性善恶混论者实际是将性善论与性恶论加以折中。从中国思想史来看，孟子的性善论对后世影响最大，以致成为宋明理学的正统人性学说。