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密宗直接移植印度的密教，自称教义是来自法身大日（音译“摩诃毗卢遮那”）如来的宣示，不仅超越于以往小乘的声闻、缘觉二乘，也比以往的大乘优越，是义蕴深奥的能普度一切众生的秘密之教，而称以往佛教经教为显教。
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《大日经》卷二将称佛教五乘为佛地三昧道、菩萨三昧道、声闻三昧道、缘觉三昧道、世间三昧道，而将密教置于五乘之外，称为真言法教道或真言教法。《菩提心论》称密教为真言法，说凡夫执著名闻利养，“恣行三毒、五欲”；声闻、缘觉二乘虽破人执，仍有法执，难以达到解脱；大乘主张经“三无数劫”才有可能成佛，“所习法散，致有次第”。然而如果修持真言密教，发菩提心，以大悲为怀，誓愿利益安乐一切众生，通过修持“瑜伽胜上法”，能永超外道、二乘境界，“能从凡入佛位者，亦超十地菩萨境界”。[175]在一行《大日经疏》中，对密教有很多不同的称法，或称如来秘密藏、毗卢遮那宗，或称瑜伽道、瑜伽宗等；称修持密教者为瑜伽行者、瑜伽行人、真言门菩萨、真言行者等。
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空海在《辨显密二教论》中，列举大量经典对显教、密教进行论证。他说：
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佛有三身，教有二种。应化开说名曰显教，言显略逗机；法佛谈话，谓之密藏，言秘奥实。
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问：显密二教，其别如何？答：他受用、应化身随机之说，谓之显也。自受用法性佛说内证智境，是名秘也。[176]
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按照这种说法，密教以外的佛经皆是属于他受用身（报身）佛、应化身佛适应众生的根机而说，教义浅显、浅略，所以名之为显教；由自受用法性佛（法身）为自己眷属所说的亲自证知的智慧境界，教义深奥、秘密，难为一般人理解，称为密教或真言秘密教。
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密教所说的自受用法性佛，也就是《大日经》中的大毗卢遮那佛，意译大日佛、大日如来，说他光明遍照，显现于宇宙一切场所，随时显现各种形象，通过身、语、意向众生演示宣说深妙佛法。《大日经》卷一说：“毗卢遮那一切身业，一切语业，一切意业，一切处，一切时，于有情界宣说真言道句法。”[177]
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据不空译《金刚顶瑜伽三十七尊出生义》、唐海云集《金胎两界师资相承》、《两部大法相承师资付法记》、造玄增补《胎金两界血脉》及唐赵迁《大唐故大德赠司空大辨正广智不空三藏行状》等著作，并参考空海《十住心论》，密教所奉的传承世系是：大日如来法身佛授法于金刚萨埵（金刚手），约千年之后传于龙猛（即龙树），再过数百年后龙猛传于龙智，又过数百年后龙智传于金刚智和善无畏。
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密宗判教理论将法身佛大日如来置于至高无上的本尊地位，又将真言密教置于佛教大小乘教派中最高的地位，目的是宣示密宗是佛教中最为优越的教派。
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三 密宗的基本教义
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密宗是在大乘佛教发展的后期形成的教派，在教义思想方面既吸收了大乘佛教的中观、唯识学说，又吸收了印度教和印度民间信仰的某些成分，以重视梵字（真言）咒语、祭祠、各种仪规和富有神秘色彩的教义为特色。在发展中，后期密教甚至吸收印度教性力派的某些做法，形成所谓“左道密教”，日趋堕落。
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唐代从印度传入密教基本属于中期密教，后人称为“唐密”。
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（一）大日如来和一切佛、菩萨、执金刚
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密宗以法身佛大日（音译“摩诃毗卢遮那”）如来为最高本尊，以不同语句描述大日如来与释迦牟尼佛乃至大乘一切佛（一切如来）、菩萨皆一体不二，相即为一，连密教特有的侍奉守护大日佛的“金刚”（执金刚）也是大日佛“心数”（心所，心识的反应、作用）的显现。
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大日佛，在一行编撰《大日经疏》中也称为大毗卢遮那、毗卢遮那本地法身、婆伽梵（按：世尊）大毗卢遮那如来、薄伽梵毗卢遮那、大日世尊等。一行《大日经疏》卷一是对“入真言门住心品”的解释，说此品统论《大日经》的大意。其中说：
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梵音毗卢遮那者，是日之别名，即除暗遍明之义也。然世间日则有方分（按：方位），若照其外不能及内，明在一边不至一边，又唯在昼光不烛夜。如来智慧日光则不如是，遍一切处作大照明矣，无有内外、方所、昼夜之别。……如来日光遍照法界，亦能平等开发无量众生种种善根，乃至世间出世间殊胜事业，莫不由之而得成办。……世间之日不可为喻，但取其少分相似故，加以大名，曰摩诃毗卢遮那也。[178]
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在这里将密教所奉的大日佛或大日如来所蕴含的宗教意义作了比较清楚的解释，虽称作日却又不同于世间的日，是带有比喻性质的“如来智慧日光”，能照彻一切内外各种场所，开发众生“善根”，令其觉悟。又说：
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薄伽梵，即毗卢遮那本地法身；次云如来，是佛加持身；其所住处，名佛受用身。即以此身，为佛加持住处。如来心王，诸佛住而住其中，既从遍一切处加持力生（按：和尚、修行者），即与无相法身，无二无别，而以自在神力，令一切众生，见身密之色，闻语密之声，悟意密之法，随其根性分种种不同，即此所住名加持处也。[179]
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佛有十大名号，薄伽梵（世尊）、如来是佛的两个名号。“加持”，意为神力佑助或“佛所护念”。“如来心王”，实为法身佛的另一种说法。所谓“本地法身”，即是法身，与真如、实相、法性、佛性同义，是超言绝相的；“本地”相当本原、本体，意为大日法身佛是一切佛、菩萨乃至万物的本原、本体。“佛加持身”，大体相当大乘佛教所说的应身、化身，在密教持指大日佛的显现，形象随缘应机而现，数量难以计算。“佛受用身”也作“受用法身”，在这里是体现大日法身佛的报身佛和净土（身土不二），为大日佛所依托（“所住处”）并借以显示神通，化现佛、菩萨、执金刚等形象，以“自在神力”普入一切众生之间随机宣说密教妙法[180]，让他们“见身密之色，闻语密之声，悟意密之法”（三密）。这表明，密宗所说的大日佛虽是法身佛，然而同时与加持身、受用身相即不离，亦即法、报、应三身是三位一体的。这个意思在《大日经疏》卷十三对“怛哩三迷”的解释作了明确的表述，谓：“三迷者，谓佛三身，谓法、报、化合为一身，教化众生也。”[181]
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密宗认为大日如来是最高的佛，神通广大，无所不能。据《大日经》及《大日经疏》，大日佛所居“广大金刚法界宫”及“大楼阁宝王”皆为大日佛身所变现，所坐“师子座”是“菩萨之身”。在大日佛周围担任侍卫的十九位“执金刚”[182]，从虚空无垢执金刚到金刚手秘密主“上首”，以及其他难以计算的“十佛刹微尘数众”的执金刚，皆是大日佛“内证功德”（智）、“心数”（心所）所变现的。同样，包括普贤菩萨，慈氏菩萨，妙吉祥（文殊）菩萨及其他无量数的菩萨，也皆是如此。《大日经疏》谓：
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如是毗卢遮那，普于十方一切世界，一一皆现佛加持身，是一一身，各有十佛刹，微尘数等菩萨、金刚大众。
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非但示现佛身充满十方一切世界，所现金刚、菩萨等身，亦复遍一切处也。[183]
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按照这种说法，佛教所说的一切佛、菩萨、执金刚等，皆为大日法身佛的显现。这样更不难理解，在密教经典中，常用“一切如来”来称呼大日如来，因为一切如来为大日如来的显现，彼此是相互融通、相互涉入的。
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《大日经》借金刚秘密主的话说，大日如来拥有至高无上的“一切智智”（佛智，相当一切种智），能“为无量众生广演分布，随种种趣、种种性欲，种种方便道，宣说一切智智，或声闻乘道，或缘觉乘道，或大乘道，或五通智道，或愿生天，或生人中及龙、夜叉、乾闼婆（按：司乐神），乃至说生摩罗伽（按：蟒神）法。若有众生应佛度者，即现佛身，或现声闻身，或现缘觉身，或菩萨身，或梵天身，或那罗延（按：欲界天之一，又名毗纽天）、毗沙门（四天王之一）身，乃至摩罗伽人非人（按：以上人与非人的总称）等身，各各同彼言音，住种种威仪，而此一切智智道一味，所谓如来解脱味”[184]。这有点像《法华经·观世音普门品》对观音菩萨神通的描述。是说大日如来可以显现为任何形象深入到包括人、非人在内的“无量”众生之中，既可宣说大小乘佛教，也可宣说外道。《大日经疏》卷一称此为“普门应现，教化群生，虽深浅不同，粗细有异，然究其实事，无非秘密加持，各能开示如来清净知见”，解释为大日佛终究是以密法教化众生，令他们“开示如来清净知见”[185]，达到觉悟。