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然而，真正令达尔文学派不得不引起重视的是比希对人类凝血机制的研究。我们的血液的凝结过程（不会凝结过度，而是刚刚好）是由大约20多种不同的分子结构参与的十个步骤。如果我们的血液不能凝结（就像血友病患者会出现的症状一样），哪怕只是一个最小的针眼都会成为致命的伤害。反之，如果伤口愈合后我们的血液仍旧继续不停地凝结，那恐怕我们就得变成一大块血冻了。
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因此，在我们体内起作用的凝血机制成了关键所在。要制造出一个完全平衡的凝血系统，一连串的蛋白质成分必须在很短时间内被注入血液。比希将那样的现象称为一个“层叠式”过程，很像是多米诺骨牌效应。当你把一些多米诺骨牌排成一行，每块骨牌之间留少许间距，然后推到第一块骨牌，它就会击倒第二块骨牌，第二块又击倒第三块，然后是第四、第五块……所有的骨牌必须同时在相应的位置，整个过程才有可能实现。比希因此做出结论，人类凝血过程的“不可还原的复杂性”完全否定了“渐进式的”达尔文理论，并同时证明了有一位“智能设计者”存在的假设。
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在以科学依据对达尔文理论提出质疑的同时，一批像比希那样的有威望、治学严谨的科学家也同时开始披露达尔文主义者对待他们所提出的事实依据时的并不严谨的态度。显而易见的是，被冠以“科学”头衔的达尔文理论并不总是“真正的科学”。
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当世界知名的学者拉塞尔·杜立德博士（Dr. Russell Doolittle）对比希的观点提出质疑的时候，有关达尔文进化论的论战进入了一个新的阶段。杜立德博士是加州大学圣地亚哥分校的生物化学家，同时还是拥有极高威望的美国国家科学院院士。他曾40年如一日地从事人类凝血机制的研究。在刊登在麻省理工学院的《波士顿观察》上一篇名为《精巧的平衡》的论文中，杜立德引用了《细胞》杂志上登出的一篇研究报告，那篇报告指出人类的凝血机制是由一种自然的进化过程产生。在论文结尾处杜立德这样写道，“在凝血过程中，全体蛋白质的集体到场并不是必需的，这就好比一个小型乐队同样可以奏出和谐的乐章。”看上去似乎杜立德已经成功地驳斥了比希的观点。
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比希非常认真地回应了杜立德的质疑。然而，当他仔细阅读了杜立德引用的那篇研究报告之后，他不禁大吃一惊。虽然拉塞尔·杜立德曾认真研究过人体的凝血机制，但他似乎还算不上是一位严谨认真的阅读者——要不就是他太过倾向于认为那些实验必定能够证实自己所持的观点。事实上，他完全误解了刊登在《细胞》杂志上的那篇研究报告。那份报告的结果其实恰恰证实了比希的观点：如果去掉一部分蛋白质，整个凝血机制就出现紊乱——其结果将是致命的。
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于是，比希给杜立德发了一封电子邮件，建议他更加仔细地重读一次那篇实验论文中的结论。杜立德在回信中承认自己的确误解了那篇论文的意思，但仍坚持认为他那篇文章中的其他理论依据已足以反驳比希的观点。而他也一直未曾收回他所发表的那篇文章。
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除了粗心大意，一些达尔文主义者甚至对事实完全不予理会，只是对反对者进行谩骂攻击，甚至恐吓威胁。
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达尔文进化论的主要卫道者之一、牛津大学教授理查德·道金斯（Richard Dawkins）在回答一名记者提出的有关比希的问题时这样说：“设想一下……一群组织严密、资金充足的疯子死硬着要证明古罗马帝国从来就没有存在过，哈德良长城、维鲁拉米亚姆、庞培、罗马城都纯属捏造。拉丁文和它所有丰富的文学遗产，以及所有其他的拉丁系语言，都不过只是维多利亚时代编造出来的谎言。当然，那些罗马的‘否定论者’只是一些对社会无害的狂热分子，至少不如他们所效法的犹太种族大屠杀的‘否定论者’那样有害。我们只需要用微笑和容忍对待那些疯子就够了，就像我们也曾对‘地球扁平论学派’微笑一样。不过，如果你刚好是一位毕生从事古罗马历史、语言和文学研究的学者和教师，那么你也许会渐渐失去容忍的能力。”
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听到有人把自己和为种族大屠杀辩护的“狂热分子”相提并论自然不是一件值得开心的事情。然而在比希看来，对方那样丧失理智的言辞恰恰说明他们根本无力反驳自己的观点。《达尔文的黑匣子》出版近十年以来，还没有人能够真正驳斥比希的观点。对于比希而言，这已经是最大的褒奖了。
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今天，如果你胆敢向任何一间校董会提出达尔文进化论的谬误，或是建议允许在课堂内对“智能设计论”进行讨论，你将要面对的很可能不仅仅是遭到拒绝，你还很可能会被人谩骂，被诬图谋推翻美国宪法，以及被贴上“无知的宗教激进主义者”的标签。人们甚至还会把你和塔利班相提并论。你只需看看如今在全国性媒体上对发生在堪萨斯、俄亥俄以及全国其他地方的激烈争论的报道就知道我说的意思了。诚实无伪的辩论和令人信服的科学证据已完全不被容忍。
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为什么人们不能容忍？为什么我们不能听一听两边的意见？这难道不就是科学的功用吗——对假设提出疑问，在疑问中探寻真知？
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曾在华盛顿大学和加州大学伯克莱分校任教的贝勒大学社会学教授罗德尼·斯达克（Rodney Stark）提出了一个近乎合理的解释。斯达克声称自己既不是一名进化论者，也不是智能设计论者，他说自己只是一名乐于寻求历史证据的学者，并称自己对达尔文主义者进行了一项深入的研究。他的那篇名为《为了上帝的荣耀》的研究报告已由普林斯顿大学出版社出版。斯达克认为，有关进化论的论战并不是一场“英勇的”科学家想要竭力击退宗教“狂热分子”的迫害的争斗。斯达克在文章一开始就这样写道，“从本质上说，这场争斗是披着科学外衣的好战的无神论者对宗教进行的一场攻击，目的是想要反驳一切涉及造物主的宗教观念。因此，他们常常试图禁止所有针对达尔文理论提出的科学性的批评意见。”
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例如，被称为“达尔文的斗犬”的托马斯·亨利·赫胥黎（Thomas Henry Huxley）在论战中就采用了“只提供两种选择”的策略：要么接受达尔文，要么相信《圣经》的字面意义（在赫胥黎时代，知识分子最害怕的就是被扣上“圣经字义论者”的帽子）。赫胥黎对质疑达尔文理论的人提出的新物种可以在没有祖辈的情况下出现的观点大加嘲讽，然而，就连他自己也知道，寒武纪时期大量出现的新物种正是属于那样的情况。正如斯达克所指出的那样，在达尔文正统学说被建立150年之后的今天，进化论仍然无法填补存在于不同生命物种之间的那一段空白。
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然而，赫胥黎家族却依然一代接一代地继续着他们的误导行动。1958年，托马斯·赫胥黎的孙子朱利安·赫胥黎大胆地宣称：“达尔文所提出的进化论是一个无可争辩的事实”。斯达克认为，对达尔文学说认识得更为全面的朱利安·赫胥黎之所以会那样说，是因为他相信“自己的谎言可以为‘启蒙运动’的更为重要的利益服务。”
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如今，这样故意欺骗的模式依然如故。例如，曾恶意攻击过比希的理查德·道金斯就曾说，“即便没有能够支持达尔文进化论的真实证据……我们仍然有理由认为进化论优于其他所有理论。”真的吗？就算没有证据也可以？
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正如斯达克所说，事实上就连达尔文本人也承认自己的理论中存在大量有待解决的问题。例如，他从来都没能证明“自然选择”可以使一种物种转变成为另外一种。他进行过的所有繁殖实验都没能证明他的理论，因此他一直无法对那些物种的发源地作出合理的解释。另外，他还曾经承认，自己所提出的自然的“渐进式演化”是支持他理论的最为重要的原则，然而他一直都未能找到可以证明那样原则的证据。如今，虽然已经过了这么长时间，进行了无数次的考古挖掘，科学家们仍旧未能找到任何可以支持“渐进式演化”原则的证据。达尔文曾坦言，如果生命形态并不是自发产生的，那就一定是“某种神奇的力量使它们在这个星球上出现。”
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在仔细审视达尔文的观点之后，斯达克这样说，“达尔文的理论的确是建立在非常离奇的假设之上。”
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斯达克说，尽管达尔文主义者未能证实自己的观点，但进化论的神话还是被保留了下来。在他看来，其中的原因是达尔文主义者总是利用恐吓威胁的手段去镇压它们的反对者——正像迈克尔·比希所发现的那样。例如，当著名科学哲学家卡尔·波普尔（Karl Popper）指出进化论只是未经证实的同义重复，而非真正意义上的科学理论时，他立刻收到来自各方的恶意诋毁和人身攻击。
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任何一个读过斯达克分析报告的人都很难不得出结论说——至少对于我是如此——达尔文主义者一直都未能以坦率的态度示人。在面对其漏洞无法自圆其说的情况下，他们干脆对反对者们展开毫无理性的人身攻击。
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然而，这一切背后的原因究竟是什么？其中一个极具说服力的理由是源于达尔文主义那见不得人的小秘密。尽管达尔文主义者坚称自己的理论是一项科学理论，然而事实上那只不过是一种世界观而已。他们真正反对的，其实是任何会涉及是否存在一位创造并护理宇宙的上帝的问题。那才是后启蒙运动思想家眼里的末日景象。尽管斯达克在他的分析中尽力不去质疑达尔文主义者们的动机，然而他还是忍不住一语道破了理查德·道金斯内心的秘密：“有了达尔文主义，就有了做一名学术上成功的无神论者的可能性。”斯达克指出，众多的历史记录表明，那正是许多达尔文主义者内心深处的隐秘动机。
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放弃达尔文主义就意味着放弃物质主义。那不仅仅是科学的范畴，同时也是政治和社会哲学的范畴。
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斯达克因此总结说，“无神论其实才是达尔文主义者们所关注的中心。”放弃达尔文主义就意味着放弃物质主义。那不仅仅是科学的范畴，同时也是政治和社会哲学的范畴。
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你也许会问，真的会有人对某种理论产生兴趣后就义无反顾地为它辩护，甚至已经发现它的缺陷后依然故我吗？也许你只需要看看艾伯特·斯匹尔的例子就可以明白其中究竟了。人类拥有一种似乎永无穷尽的自我辩护的能力。我从自己在白宫的经历中也清楚看到了这一点。
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然而，在这一章中我们面对的问题是：究竟哪一方才是正确答案？唯一能使我们回答这个问题的途径，是用诚实的心审视我们所拥有的证据。那意味着我们需要抛弃头脑中已经存在的对“智能设计论”和“进化论”的任何一方的偏好。无论事实将把我们引到哪个方向，科学的任务始终应该是去寻求与事实相符的真理。
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要做到这一点，我们还必须正确认清这场论战的真实含义：事实上，它并不是信仰（或者宗教）与科学之间的论战；而是信仰与信仰，科学与科学之间的论战。相信上帝发出话语的命令创造了宇宙当然需要信心；另一方面，无论是相信宇宙一直就存在，无始无终，还是相信宇宙是通过自我爆炸而形成（该理论违反非矛盾定律），也同样需要极大的信心。相信人类是按照上帝的形象受造需要信心；而要填补化石记录中的断裂代，相信是一种名叫“自然选择”的过程创造出了井然有序的宇宙，并且那种过程可以一直追溯至宇宙时间的起点，同样需要非常大的信心。没有人能够带着一部摄像机回到宇宙时间的起点，因此，所有的观点其实都是信心的观点，我们需要将它们彼此分开，逐一审视。
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