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手稿中大约有40页不见了。最初在手稿中，每16页折在一起构成一个单元，总共有17个单元。手稿的最后部分没有文字，只在页边绘有星图。这暗示，图是先画上去的，而文字是后加上的。如果确实如此，那么这些图也许只是装饰。尽管如此，还有很多人试图从这些画中发现秘密。有人主张，每页上星星、妇人和花朵的数目也是编码的一部分。植物学家取得了一些成绩，他们认出了图中的植物。93页图中画的好像是向日葵（也可能不是）。101页图中的果实像是辣椒。这二者都是美洲植物，在哥伦布从美洲返回（1493）以前，欧洲人不知道这些东西。此时距罗杰·培根去世已有200年。
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人们设想过各种稀奇古怪的可能性：这部手稿是用一种已经失传的语言写的；为了为难破译者，手稿故意避免使用原来的语言中最常见的字母；手稿是为了骗钱而伪造的，根本没什么实际内容（伪造者是约翰·迪伊，耶稣会的教士，还是伏尼契？）；作者像詹姆士·乔伊斯 （James Joyce）一样，发明了一种自己的语言；这部手稿是被人遗忘多年的疯子的狂躁的胡言乱语。伏尼契手稿令我们想起博尔赫斯的短篇小说《特伦、乌克巴尔、奥尔比斯·特尔提乌斯》（可以设想，博尔赫斯受到伏尼契手稿的启发）。在博尔赫斯的故事中，一个古怪的百万富翁设计了一个阴谋：让一群学者编造一部关于“特伦”的百科全书，特伦是他们幻想出来的国度。第一稿是用英语写的，但是根据计划，百科全书要被翻译成“特伦语”（当然这也是编造出来的），并且用漂亮的手写体书写出来，最后炮制出一部天衣无缝的作品。
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现在，伏尼契密码已成为密码破译师们竞相攀登的珠穆朗玛峰。许多20世纪最天才的军事密码破译师试图解开伏尼契密码，以显示自己的才华。赫伯特·亚德利（Herbert Yardley）是美国密码专家，曾在“一战”期间破解了德国人的密码，也曾攻克日本人的外交密码——虽然他并不懂日语。约翰·曼利（John Manly）破译过瓦贝斯基密码，威廉·弗里德曼（William Friedman）破译过40年代日本人的“紫色密码”。但是在伏尼契密码面前，他们都失败了。近些年，计算机被应用于这项破译工作，但仍然没有进展。
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有些人会觉得奇怪，计算机竟然对伏尼契密码无能为力。在实际操作中，解密码的工作主要在于发现其“破绽”。在切割钻石时，必须沿着晶体本身的狭隙入手。同样的道理，破译密码的关键在于找到泄漏天机的规则。伏尼契密码看来是一种难以驾驭的密码，它只是一串符号，各种普通语言的统计规律在这里都消失了。人们对它无处下手，就好比在切割钻石时才发现，整个钻石完美无缺，无处下凿子。
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除非这部手稿是编造的，否则，手稿的文本对于作者来说一定有某些意义。（下面我们将看到，几乎可以肯定它不是编造的。）这意味着，作者部分地根据自己在当时的思想写下了手稿。但是，这些意义是依附于这种符号模式之中，还是依附于已经失传的密钥中？或者依附于以上二者的结合之中？我们破解密码的可能性依赖于它的意义，而意义既隐藏在符号模式中，又存在于现在我们已不可能了解的作者的心理活动中。
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我们很难相信，培根（或者其他中世纪作者）单枪匹马地设计出了一种比几十种后世的军事密码更安全的密码。有些人因而主张，伏尼契密码是无意义的符号串。一组符号未必有意义。那么，有什么办法鉴别一组符号中是否包含信息吗？这是知识研究中最困难的问题之一。
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设想在非常遥远的未来，某人挖到了一个藏有文物的罐子，里面是一张我们这个时代的报纸。当时，英语已经失传，就连拉丁字母也被遗忘了。一位考古学家见到这张报纸，认为这一定是一部作品。他希望破解这部作品，以此了解埋下这个罐子的那个时代人们的生活。可是另一位考古学家说：“不要浪费你的时间！那不过是墙纸！人们把它贴在房间的墙上。那些小小的黑色涂雅是装饰图案，当时流行这玩意儿。”
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也许你会认为，第一位考古学家很容易证明，这份报纸是作品而非装饰图案。在报纸上可以找到规律——常见字母，常见单词，句子结束的地方有句号。这些规律说明，它是作品。问题在于，装饰图形也能找到规律。我们不能随随便便地下结论说，这种规律性一定属于某种未知的文字，而非某种未知的图案。这种文字（或图案）越奇异，我们做判断时越缺乏信心。
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第一位考古学家为了证明他的观点，不一定非得破解出报纸上的文字。人们根据埃及象形文字作品本身从未找到破解之法，只是意外发现的罗塞塔碑文向现代世界透露了这个秘密。
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伏尼契手稿提供了一种让人们忧喜参半的吸引力。解读这部手稿的意义不仅在于发现一部中世纪日记、一本魔法书或违禁的色情作品，更重要的是，伏尼契手稿难以解读的性质提示了知识的脆弱性。
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罗杰·培根
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有两位培根都是科学方法的先驱，一位是13世纪的方济各会修道士罗杰·培根，另一位是三个世纪以后的伊丽莎白时代的政治家弗朗西斯·培根爵士（1561~1626）。这两个人中，罗杰·培根要神秘得多。关于他的生平，我们所知甚少，只能根据他的著作做些推测。我们知道他是一个教育家，在牛津和巴黎讲课。在某个时间，他加入了方济各修道会，立誓过清贫的生活。
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那个时代的人相信亚里士多德的学说，大约在1247年，培根对此越来越不满。他认为，直接观察和实验优先于对权威的信赖。他把强调实验的观点归功于迪朗·德圣普凯（Durand de Saint-Pourcain），此人是法国哲学家，关于此人我们同样知之甚少。1267年，培根报告说，若干年来他在实验和“秘籍”上已花费了2 000多巴黎镑。他从一本秘籍中学到了火药的配方。他语焉不详地介绍了配置炸药的过程。
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培根的观点与方济各修道会产生了冲突。幸运的是，他的一位朋友做了教皇，即克莱门特四世。克莱门特从一部哲学百科全书中了解到培根的观点，命令培根送给他一份抄件。这位教皇认为，这些观点已经有人发表过了。实际上，培根只是在与朋友的通信中大致描述过这些观点。但是培根没有做解释，而是继续工作。他瞒着修道会的同事从事研究，也没请抄写员。一年半以后，他完成了三部曲——《大著作》《小著作》和《第三部著作》。
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这些著作使培根以幻想未来技术而闻名。他描述了望远镜（但是没有做出实际的模型）。他设想了汽车，而且不大精确地设想了飞机。培根设想的是人力飞行器，用人的手臂拉动人造翅膀提供动力。他还得出结论：在气球内填充比空气轻的气体可以使气球飘起来。
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培根相信地球是圆的。《大著作》描述了一段从西班牙到印度的海上旅行。红衣主教皮埃尔（Cardinal Pierre d’Ailly）在他的《世界图像》（1480）一书中剽窃了培根的文字，哥伦布读过这段文字，在写给裴迪南和伊莎贝拉（西班牙国王和王后）的信中，哥伦布引用了这个段落。
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最终，培根精通巫术的名声害了他。1278年左右，方济各修道会把他监禁，罪名是“涉嫌异端”。据说他死后，他的敌人销毁了他的著作，但是这种说法显然是假的。据我们所知，他的主要著作都保留下来了。
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假破译
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有些人因为研究伏尼契手稿，即使没疯，也陷入了严重的妄想症。有不止一人至死都相信自己破解了伏尼契手稿。
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1921年，宾夕法尼亚大学的威廉·罗曼·纽博尔德（William Romaine Newbold）教授宣布，他已经破译了伏尼契手稿，并且将在美国哲学学会的一次会议上公布自己的发现。纽博尔德和许多人一样，相信这部手稿是罗杰·培根写的。他认为，这部手稿证明培根已经造出了显微镜和望远镜，比伽利略和范·列文虎克（van Leeuwenhoek）分别早几个世纪。纽博尔德认为，第68页的图是仙女座的螺旋星云，这个星云从培根的望远镜来看就是这个样子。他还报告说，望远镜的镜片花了培根相当于现在1 500美元的钱。其他图显示了精子和卵子。纽博尔德的简短披露吸引了媒体和大众。一位妇女对纽博尔德已掌握了培根的黑咒语充满信心，她跑了几百英里的路来求纽博尔德为她驱鬼。
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不幸的是，现在看来，被鬼迷住的正是纽博尔德本人。最初，他不愿意公布太多自己的发现。密码本身并未解开，他不过是把自己的直觉加了进去。他公布的发现越多，这种情况就变得越明显。纽博尔德让培根用一架反射望远镜发现了仙女座星云的螺旋结构，但是天文学家指出，这种螺旋结构不可能用任何望远镜发现，只能通过定时曝光照片显示。纽博尔德还没让培根发明照相机。从地球观测仙女座星云，看到的几乎全是侧面。第68页的画无论画的是什么，总之画的是正面，它的轮廓是圆形的。
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纽博尔德从手稿中“发现”的密码是一厢情愿的幻想的典型。他在手稿的最后一页找到了一个几乎无法识别的“密钥”。（不止一个学者曾经设想，这段铭文就是密钥。也有人认为，这段铭文的笔迹与正文不同，所以是作者以外的其他人加进去的。）纽博尔德宣称，这些符号翻译成拉丁语是“A mihi dabas multos portas”（你正在给我许多入口）。他认为这句话表示手稿用到了不止一种密码。
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纽博尔德认为，培根的原文是拉丁语，用双字母密码加密。应用双字母密码，原文中的一个字母转换成密码表现为两个字母。以13世纪密码学的发展水平衡量，这是极为巧妙的设计，应当足以确保作者的文字不被破解。
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纽博尔德主张，这仅仅是一个环节，手稿还采用了一环套一环的密码系统。在普通的双字母密码中，加密后的信息（称为“密文”）长度是原文（称为“明文”）的2倍。纽博尔德认为，培根为了使密文更精简，精心选择了字母对，使得一对字母中的后一个总是与下一对字母中的前一个相同。例如，当培根加密拉丁语单词“unius”时，他会以“or”代替u，以“ri”代替n，如下表：
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