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“上帝与其目标同一”的观点直接导致了非正统的泛神论神学的出现。上帝的本质，无论对于人，还是对于他自己，都是不可知的，因为他不是一个可知的对象。其逻辑上的理由（尽管约翰没有明说）就是：上帝就是一切。所以，不可能出现既有知者又有所知对象的情形。约翰的“三位一体”理论与普罗提诺的没有什么不同。上帝的存在正是通过万物的存在来显示的，其智慧体现于万物的秩序，其生命体现于万物的运动。这与圣父、圣子和圣灵相一致。至于在理念的范畴，它们则构成了逻各斯，通过圣灵的作用导致或产生不存在独立物质性的个体，上帝从虚无中创造了万物，其含义就是这种虚无就是上帝本身，因为他超越一切知识，所以就是虚无。于是约翰藉此来反对亚里士多德允许“个体具有物质性存在”的观点。另一方面，根据创造和被创造标准做出的前三种划分，则源自亚里士多德类似的原动和被动划分标准。第四种划分则派生于狄奥尼修斯的新柏拉图学说。狄奥尼修斯这位圣·保罗的雅典弟子，是一篇论文的假定作者，该论文融合了新柏拉图主义与基督教义。约翰曾从希腊文中翻译了该著作，他很可能因此而受到了保护，因为凭着与圣·保罗的关系，这位罗马的假狄奥尼修斯被误以为是正统人士。
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11世纪，欧洲终于进入了新生时代。诺曼底人遏制了来自北方和南方的外来威胁。他们征服英格兰后，结束了斯堪的纳维亚人的侵犯，而他们在西西里的战争则使该岛彻底摆脱了萨拉森人的统治。修道院改革进展顺利，教廷选举和教会组织的原则也在重新审议。随着教育状况的改善，文化水平不仅在教士中间开始提高，而且贵族在一定程度上也是如此。
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圣职买卖和禁欲问题是当时困扰教会的两大难题。从某种意义上说，两者都和多年发展起来的教士地位有关。由于教士是宗教奇迹与权力的执行人，他们就逐渐对世俗事务产生了很大的影响。这种影响要发挥其作用，必须要人们在总体上不怀疑这些权力的真实性。在整个中世纪，人们的这种信念始终是真诚和广泛的。然而权力总是刺激人的欲望。如果没有强有力的道德传统加以指导，那些地位优越的人很可能就会营私舞弊，中饱私囊。这样一来，靠授予教职来换取金钱，就成了那些掌握了这种权力的人敛财和加强势力的一种手段。这些做法最终腐蚀了教会本身，于是人们又不时地向这种邪恶行为宣战。而在教士禁欲的问题上，效果却不那么明显。这个问题在道德方面从来没有得到最终解决。无论是东正教还是西方后来改良后的宗教，都从未认为禁欲在道德上有多少价值。另外，伊斯兰教甚至对禁欲问题大加抨击。但同时，从政治角度出发，当时的种种变革并不是所有的根据都那么合理。如果教士结了婚，特别是当其中还有保留财产的经济动机时，他们就有可能发展为一个世袭的阶层。另外，教士应该与其他人有所区别，禁欲就宣扬了这种区别。
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修道院改革的中心是创建于公元910年的克律尼修道院，一项新的组织原则就是在这里首次得到了实施。修道院只直接对教皇负责，院长又对克律尼所属的机构行使权力。新体制致力于防止走向奢靡和禁欲两个极端。紧随其后的其他改革者建起了新的修士会：卡玛勒多兹修士会创建于1012年，卡尔图斯修士会创建于1084年，而奉行本笃教规的西多修士会则建于1098年。
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◎被逐出教门的亨利四世，正请求女修道院院长玛蒂尔达进行调解。
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对于教廷本身，改革主要是皇帝与教皇争夺最高权力的结果。为了改革教廷，格里高利六世从前任本笃九世手中买下了教皇职位。然而皇帝亨利三世（1039～1056）虽然也是一位年轻而充满干劲的改革者，却不赞成这一交易，不管格里高利的动机有多么值得称道。1046年，22岁的亨利突然来到罗马，废黜了格里高利。从此，亨利在任命历届教皇时始终非常小心谨慎，如果他们有负期望，就会被免职。在亨利四世（1056～1106年在位）年幼的时候，教廷再次恢复了某种程度的独立。教皇尼古拉二世通过了一项教令，让红衣主教掌握教廷的实际选举权，而将皇帝排斥出局。同时，尼古拉也加强了对大主教的控制。1059年，他派彼得·达米安（一位卡玛勒多兹学者）前往米兰，以示教廷的权威，并支持当地的改革运动。达米安提出了一种有趣的学说，即上帝不受矛盾律的约束，并且能够做到“从头再来”。这个观点后来遭到了阿奎那的抵制。达米安认为哲学是神学的婢女，他还反对辩证法，认为上帝应该能够推翻矛盾律，其中的暗示就带来了万能概念上的麻烦。例如，如果说上帝是万能的，他就不能造出一块连自己也搬不动的石头；但他又应该能，如果他真是万能的话。因此，他似乎既能，又不能。“万能”最后成了一个不可能的概念，除非人们放弃矛盾律。但放弃矛盾律又会使论证无法进行下去。正是由于这个原因，达米安的理论才必然遭到了反对。
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尼古拉二世继承人的选举问题，加剧了教皇与皇帝之间的冲突，形势变得对红衣主教有利起来。1073年，希尔得布兰得被选为新教皇，称格里高利七世。他在任职期间，与皇帝在授职问题上发生了严重的冲突，这个问题后来持续了几百年之久。把戒指和权杖（职位的象征）授与一位新主教，历来都是由世俗统治者来做的，为了巩固教廷权威，格里高利掌握了这项权力。1075年，当皇帝任命一位新的米兰大主教时，矛盾到了白热化的地步。教皇威胁说要将皇帝废黜并开除其教籍，皇帝则宣称自己拥有最高权力，并决定废黜教皇。作为报复，格里高利宣布皇帝和主教已被废黜，并开除了他们的教籍。起初是教皇占了上风，1077年，亨利四世来到卡诺萨以苦行赎罪，但是，这只是他走的一步政治棋。虽然他的教皇已经选出了一个取代他的对手，但亨利及时地战胜了他的反对派，当1080年格里高利最终宣布支持鲁道夫称帝时，为时已晚了。1084年，亨利带着自己挑选的一个伪教皇进入罗马，并举行了加冕大典。格里高利虽然在西西里诺曼底人的帮助下，迫使亨利及其伪教皇仓皇逃离，但他自己也成了其保护者的阶下囚，并于次年死去。
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尽管格里高利自己未能成功，但他的策略在后来还是有效的。不久，坎特伯雷大主教安瑟伦（1093～1109）等人和格里高利一样，也和世俗权威发生了争执。安瑟伦因发明了有关上帝存在的本体论，而在哲学史上占有重要地位。作为思维最大的可能对象，上帝不可能不存在，否则他就不会是最大的思维对象。实际上，这里的错误在于“存在是一种品质（属性）”的观点。但许多哲学家却从此抓住这一争论不放。
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当西方世界被皈依了基督教的蛮族蹂躏的时候，东罗马帝国逐渐遭到了伊斯兰教徒的践踏。尽管伊斯兰教徒并没有决意改变被征服民族的宗教信仰，但他们却允许对那些加入了伊斯兰教的人免征贡税。这个优惠政策也让绝大多数人从中获益。穆罕默德的纪元要从海格拉算起，公元622年，他从麦加逃到麦地那。
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公元632年他去世后，阿拉伯人的扩张在短短一个世纪里就改变了世界。叙利亚、埃及、印度、迦太基、西班牙，分别于公元634～公元636年、公元642年、公元664年、公元697年、公元711～公元712年陷落。公元732年的图尔战役使局势发生了逆转，阿拉伯人退到了西班牙。君士坦丁堡于公元669年和公元716～公元717年两次被围。拜占廷帝国在日益缩水的领土上维持着，直到1453年奥斯曼帝国的土耳其人攻占了该城。帝国在这一时期的普遍衰竭，助长了穆斯林活力的爆发。
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另外在许多地方，入侵者还从当地的冲突中找到了可乘之机。尤其是叙利亚和埃及，由于不属于正统而备受磨难。
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◎安瑟伦
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从某个角度看，先知穆罕默德所宣称的新宗教是对《旧约》中严格的一神论的回归。他摒弃了《新约》中添加的神秘内容，和犹太人一样禁止供奉偶像，所不同的是，他还禁止饮酒。后面这条禁令究竟保持了多大的有效性是值得怀疑的，而前一条则与奈斯脱流斯教徒反对崇拜圣像的态度一致。侵略扩张几乎成了一种宗教职责，尽管《圣经》里的人民不应该受到伤害。禁令也影响了基督教徒、犹太教徒和拜火教徒，他们各自遵守着自己神圣经文里的教义。
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一开始，阿拉伯人并没有制定系统的征服计划。他们生活在干旱贫瘠的土地上，习惯了越境掳掠。但由于没有遇到强有力的抵抗，袭击者就成了征服者。在很多情况下，这些新主人并没有触及和改变原有的管理模式。阿拉伯帝国的统治者是哈里发，他们是先知的继任者，也是其权力的继承人。虽然最初的哈里发们由选举产生，但没多久就变成了乌玛亚德统治下的王朝。这一统治家族遵循先知的教谕，反对狂热，这么做并非出于宗教原因，而是出于政治上的考虑。总之，阿拉伯人扩张的宗教因素并不是很多，他们的动机（正如最初一样）只是为了夺取物质。正是由于不狂热，所以他们尽管人数不占优势，却能够统治广大的地区，那里居住着信仰各异、更文明的人们。但是在波斯，先知的教谕却根植于昔日的宗教和思辨传统已有充分发展的土地上。公元661年，穆罕默德的女婿阿利死后，伊斯兰教分裂为逊尼派和什叶派。后者是少数派，忠于阿利，不允许来自乌玛亚德家族的人加入该派。波斯人就属于这个少数派，也许正是通过他们的影响，乌玛亚德王朝才被阿拔西人推翻并取代，首都也从大马士革迁到了巴格达。新王朝的政策给了伊斯兰狂热教派更多的自由。不过他们失去了西班牙，从家族覆没中幸存下来的一个乌玛亚德人在科尔多瓦建立了一个独立的哈里发政权。在阿拔西王朝统治期间，哈伦·阿尔·拉细德使帝国出现了辉煌的局面。拉细德是查理曼的同时代人，因其在《天方夜谭》中出现而闻名于世。由于大量使用土耳其雇佣军，他于公元809年去世后，帝国开始深受其害，就像当初罗马人招募蛮族兵士一样。阿拔西王朝的哈里发政权衰落了，并于1256年随着蒙古人对巴格达的洗劫而覆灭。
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穆斯林文化的源头在叙利亚，但不久其中心就转移到了波斯和西班牙。在叙利亚，阿拉伯人继承了奈斯脱流斯教派所推崇的亚里士多德传统，而当时的新柏拉图主义者则坚持正统的天主教，但是亚里士多德的理论与新柏拉图学说的糅和造成了许多混乱。在波斯，穆斯林逐渐掌握了印度的数学，并且引进了阿拉伯数字（实际上应该称之为印度数字）。尽管有13世纪的蒙古人入侵，波斯文明还是孕育了菲尔杜锡这样的诗人，并且保持了其艺术高水准。阿拉伯人是通过奈斯脱流斯传统，才开始接触希腊知识的。这些传统在更早的时期，公元即481年拜占廷皇帝芝诺关闭埃德撒学院之后，就已经传到脱流斯。穆斯林思想家们从这两个来源中学习了亚里士多德的逻辑学和哲学以及古代的科学遗产。
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◎穆斯林世界的扩张
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波斯最伟大的伊斯兰哲学家是阿维森纳（公元980～公元1037年）。他出生在波卡拉省，后来在伊斯巴罕讲授哲学和医学，最后定居于德黑兰。由于持非正统观点，他遭到了神学家们的敌视。他的著作被翻译成拉丁文，在西方世界产生了不小的影响。他主要关心的一个哲学问题就是长期争论不休的共相问题，这一问题后来还成了经院哲学的中心问题。阿维森纳的解决办法就是试图把柏拉图与亚里士多德调和起来。他最早提出“形式”的普遍性产生于思维，阿威罗伊及后来的阿勒贝尔图斯·马革努斯（阿奎那的老师）也提出过这一亚里士多德式的观点。但阿维森纳对其观点作了进一步限定。共相同时存在于万物之前、万物之中和万物之后。当上帝按某种模式创造万物时，它已存在于上帝心中，即万物之前；当万物属于外部世界时，它存在于万物之中；当人们通过经验来辨别模式时，它存在于人的思维之中，即万物之后。
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西班牙也孕育出一位杰出的伊斯兰哲学家，他就是阿威罗伊（1126～1198）。他出身于科尔多瓦一个民事法官家庭。除了其他知识，他还学过法律，曾任塞维利亚的民事法官，后来又在科尔多瓦任职。1184年，他当了一名宫廷医生，但最终由于坚持哲学观点、不满足于自己的信仰而被流放到摩洛哥。他的主要贡献就是把亚里士多德研究从新柏拉图主义的扭曲中解放了出来。就像后来的阿奎那一样，他认为只能在理性的基础上去证明上帝的存在。关于灵魂，他坚持亚里士多德的观点，认为灵魂并非不朽，尽管“奴斯（即理性、智慧）”是不朽的。由于这种抽象的理性和智力是一元的，其存在并不意味着个人的不朽，基督教哲学家们自然不肯接受这些观点。通过拉丁文译本，阿威罗伊不仅影响了经院哲学，而且也受到了后来被称为“阿威罗伊派”的自由思想家们的普遍推崇，这些人也反对灵魂不朽的说法。
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在格里高利七世去世的时候（1085年），他的政策似乎已经从教廷手中夺回了他在帝国事务中的权力和影响。但结果说明，世俗势力与宗教势力之间的斗争远没有结束。事实上，教廷还没有达到其政治生涯的巅峰。同时，由于有了伦巴底各个新兴城市的支持，教皇在宗教事务方面的权威得到了提高，十字军则最先增强了他的威信。
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教皇乌尔班二世（1088～1099）重新挑起了授职问题的争端，因为他再次夺取了这项权力。1093年，康拉德起来反对其父皇亨利四世，他寻求并得到了乌尔班的支持。北方各城倾向于支持教皇，于是整个伦巴底被轻易地征服了。法兰西国王腓力普也于1094年被招了安。这样一来，乌尔班就可以作一次穿越伦巴底和法兰西的胜利巡游了。在第二年的克雷尔蒙会议上，他煽动了第一次十字军东征。乌尔班的继任者巴沙尔二世成功地延续了由教廷授职的政策，一直到亨利四世去世（1106年）。而新皇帝亨利五世至少在日耳曼土地上占有优势。教皇建议皇帝不要干预授职，并以教士们放弃世俗财产权作为交换条件。但是教士们对世俗世界的感情要比这个虚伪提议所设想的坚定得多。因此，建议的条款一公布，日耳曼的教士们便惊呼大祸难临头了。当时亨利五世正在罗马，他威逼教皇屈服，并为自己举行了皇帝加冕大典。但他的胜利是暂时的，11年后，也就是1122年，教皇喀列克斯图斯二世根据沃尔姆斯宗教协定，重新取得了授职权。
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