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◎阿威罗伊
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在皇帝弗里德里希·巴巴罗撒统治期间，斗争进入了新的阶段。1154年，英格兰人哈德里安四世当选为教皇。最初，教皇和皇帝联合起来对付公然藐视他们的罗马城。罗马人在布累斯齐亚的阿诺德的领导下，开展了独立运动。阿诺德是一位勇敢的异端分子，他激烈地抨击了教士们世俗的荣华富贵。他坚持认为，教会人士如果拥有世俗财富，就不能进天堂。教会的“王侯们”自然不会接受这一观点，阿诺德也因其“异端邪说”而受到了激烈的攻击。其实早在前任教皇时期，这些麻烦就已经开始了，只不过在哈德里安当选教皇后才达到了白热化地步。哈德里安以内乱为由惩罚了罗马人，他下令剥夺了他们的教权。结果，罗马人的独立精神瓦解了，同意流放他们的异端领袖。阿诺德躲了起来，但后来落到了巴巴罗撒军队手中，并被立即烧死。1155年，皇帝加冕登基，自然又对在现场示威的群众进行了一番血腥镇压。但是，两年之后，教皇与皇帝决裂了，接下来就是两股势力长达20年的战争。与其说伦巴底联盟是为教皇而战，不如说是为了反对皇帝。战争局面变化莫测。1162年，米兰被彻底摧毁。同一年晚些时候，巴巴罗撒和他的伪教皇遇到了一场灾难，在他们向罗马进军的途中，军队由于瘟疫而严重减员。1176年，巴巴罗撒在雷格纳诺战役中被打败，他瓦解教皇权力的最后一次企图终于落空了。双方达成了一个并不可靠的和约。皇帝参加了第三次十字军东征，1190年死于安那托利亚。
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◎哈德里安四世，惟一的英格兰人教皇。
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教会与帝国之间的频繁斗争，最终导致两败俱伤。北部意大利的一些城邦开始发展成新的势力。只要他们的独立受到皇帝的威胁，他们就转而支持教皇；当这种威胁消失了的时候，他们就根据自身的利益发展出一种有别于教会的世俗文化。虽然在名义上还是信仰基督教，但他们却提出了一种十分自由的观点，这一点很像17世纪以后新教组织的倾向。在十字军东征期间，北部意大利的沿海城市作为舰船和给养的供给地，重要性日益明显。宗教狂热也许曾是十字军运动的原动力之一，但在当时起作用的还有强烈的经济动机。东方提供了掠夺财富的希望，而且这种希望还能以道德与神圣的名义去实现。而近在眼前的欧洲犹太人则成了他们发泄宗教义愤的最方便的对象。起初，基督教骑士们并没有明显意识到，自己是在穆斯林世界里，与一种比自身文化更优越的文化发生对抗。
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作为一种运动，经院哲学以“结论先于事件”而区别于古典哲学。它必须在正统轨道内发挥作用。经院哲学最高的古代典范是亚里士多德，他的影响逐渐取代了柏拉图。在方法上，经院哲学遵循亚里士多德的分类法，运用了辩证的论证，却忽视了事实。其中最重要的问题之一就是共相问题，这个问题将哲学世界分成了两个对立的阵营。实在论者从柏拉图的观点及其理念论出发，主张共相就是万物；唯名论者正相反，他们借助亚里士多德的权威，坚持认为共相只不过是一些名称。
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通常，经院哲学从罗瑟林算起，他是一位法兰西教士，还是阿伯拉尔的老师，其生平不详。他的哲学思想主要记载于安瑟伦和阿伯拉尔的著作中。罗瑟林是一位唯名论者，按照安瑟伦的说法，罗瑟林认为共相仅仅是声音的轻微流动。他不仅否定了共相的实在性，而且还进一步否定了“共相高于个别”的观点，这一观点必然导致一种呆板的逻辑性原子论。该理论与三位一体观点一联系，很自然地产生了异端的观点，1092年，他被迫在莱姆斯宣布放弃这些观点。
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阿伯拉尔生于1079年，是一位更重要的思想家。他在巴黎求学和讲学，曾一度研究过神学，但在1113年又重返教坛。在这一时期，他和厄罗伊斯谈起了恋爱，没想到却激怒了女友的叔父坎农·福勒伯特。坎农阉割了这位莽撞的情人，并把两个人分别送进了教士收容所。阿伯拉尔活到了1142年，并继续以教书而获得了巨大的声誉。他是一位唯名论者，但比罗瑟林更为明确地指出，我们判断某个词的属性时，所根据的并不是它的存在，而是它是否具有意义。共相的确产生了事物间的类似性，而类似性本身并不像唯实论者错误设想的那样，也是某一事物。
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13世纪，经院哲学运动达到了顶峰，教皇与皇帝之间的斗争也同样达到了顶峰。在很多方面，这一时期都可以算欧洲中世纪的高潮。在后来的世纪里，即从15世纪意大利的文艺复兴到17世纪科学与哲学的再次兴起，各种新势力纷纷登台。
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从政治上说，最伟大的教皇是英诺森三世（1198～1216），在他的治理下，教廷的权威达到了后无来者的高度。巴巴罗撒的儿子亨利六世已经征服了西西里，并娶了该岛罗曼王室的后裔康斯坦斯女王为妻。亨利死于1197年，其子弗里德里希继位时才两岁。教皇英诺森三世就职后，小皇帝被母后置于教皇的监护之下。教皇表示尊重弗里德里希的权力。作为回报，皇帝也承认教皇的地位至高无上。教皇获得了大多数欧洲统治者类似的承认。但是在第四次十字军东征中，教皇的计划却毁在了威尼斯人手里，威尼斯人为了实现自己的目的而强迫教皇攻取君士坦丁堡。不过，他对阿勒比占西斯派采取的冒险行动却大获全胜。在这次行动中，法兰西南部的异教被彻底摧毁和清除。在德意志，皇帝奥托被废黜，弗里德里希二世此时已经完全长大成人，于是被选中继位。这样一来，英诺森三世就真正地控制了皇帝和各地王侯。在教会内部，罗马教廷获得了更大的权力。然而从另一个角度看，教廷在世俗方面的成功恰恰预示了它的没落。因为教廷对现世的控制越牢固，它在来世问题上的权威就越小，正是这种情形后来导致了宗教改革。
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◎教皇英诺森三世，教皇至上的倡导者。
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弗里德里希二世虽然在教廷的支持下被选中继位，但也付出了承认教皇地位至高无上的代价。除非迫不得已，年轻的皇帝是不愿意信守这些承诺的。这位年轻的西西里人有着日耳曼及诺曼血统，在他成长的社会里，正在形成一种新的文化。穆斯林、拜占廷、日耳曼和意大利的影响在此汇聚，并产生了一种现代文明，这一文明为意大利文艺复兴注入了原动力。由于深受这些传统的影响，弗里德里希才能够赢得东西方同样的推崇。他的观点远远超越了他所处的时代，他的政治改革也颇具现代色彩。同时，他还喜欢独立思考，做事雷厉风行。其强有力的建设性政策使他获得了“人间奇才”的盛名。
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英诺森三世和日耳曼前皇帝奥托（败给了弗里德里希）在两年内先后去世。霍诺留斯三世继承了教皇一职，年轻的皇帝很快就和他闹僵了。熟悉阿拉伯文化的弗里德里希不同意进行十字军东征。另外，伦巴底也出现了麻烦，因为日耳曼文化在那里普遍不受欢迎，而教皇却得到了伦巴底各个城市的支持，这就进一步加剧了皇帝与教皇的冲突。1227年，霍诺留斯三世去世，格里高利九世继任后立刻开除了弗里德里希的教籍，理由是后者没有进行十字军东征。然而皇帝并没有对此感到惶恐不安，因为他已经娶了耶路撒冷诺曼王的女儿为妻。1228年，他前往巴勒斯坦。他虽然被逐出了教会，但却在那里通过协商，解决了与穆斯林之间的问题。耶路撒冷的战略价值虽然不大，但基督教徒却对它有着很深的宗教依恋感。于是圣城便按条约的规定交了出来，弗里德里希被加冕为耶路撒冷之王。
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按照教皇的想法，这种解决纠纷的方式实在太理性了，但是在成功面前，他又不得不于1230年同皇帝讲和。随后就进入了一改革时期，其间西西里王国有了一套现代管理模式和一部新法典。国内所有关税壁垒的取消刺激了商贸的发展，那不勒斯大学的建立推动了教育的进步。1237年，伦巴底再次出现了敌对情绪，于是弗里德里希又忙于和历任教皇进行持久战，直到1250年去世。斗争的残酷性掩盖了他早期开明时代的光辉。
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◎皇帝弗里德里希二世，西西里一个现代国家的缔造者。
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对异教的清除进行得很投入，尽管并不是完全成功。阿勒比占西斯派（法兰西南部的一个摩尼教派）的确在1209年被十字军全部清除了，但其他的异教运动仍然存在着。1233年创立的宗教裁判所从未彻底消灭过西班牙和葡萄牙的犹太教徒。12世纪后期，瓦勒都教派掀起了一场运动，这预示了宗教的改革。该派在彼得·瓦勒都的率领下，从里昂流亡到了阿尔卑斯山的丕德蒙特河谷，该河谷位于都灵的西面。他们在那里作为新教徒和讲法语的社团一直存在到了今天。从这类事件中，人们也许会认为后世的人已经懂得，采取政治迫害的手段是不可能轻易扼杀思想的，但是历史却似乎表明，这类教训并没有被人吸取。
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◎阿勒贝尔图斯·马革努斯，当时最重要的亚里士多德派哲学家，正给阿奎那授课。
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13世纪的宗教尽管处于极有影响的地位，但也不是高不可及的。即使在纯教会领域，如果现有的教会未能与其创立者的宗旨保持基本一致，那么它的内部就会产生两个修士会。刚开始，它们还起到了一些平衡作用，早期的多米尼克修士会和弗兰西斯修士会都遵循创立者圣·多米尼克（1170～1221）和圣·弗兰西斯（阿西西人，1181～1226）的戒律。这些修士会最初都坚持托钵化缘，但安于清贫的誓约却并没有束缚他们多久。多米尼克和弗兰西斯这两个修士会都以处理宗教裁判所的事务而著称，所幸的是，宗教裁判所从来没有传到英格兰和斯堪的纳维亚。也许曾经有人一度认为，尘世间的暂时苦痛能够拯救灵魂，使其免受永恒的诅咒，因此宗教裁判所施加的酷刑正是为受刑者的未来着想。然而毫无疑问，实用方面的考虑往往也增强了法官们的虚伪。于是英格兰人眼睁睁地看着圣女贞德被酷刑处死，却不敢提出任何反对意见。而多米尼克和弗兰西斯修士会却背离了其创立者的初衷，逐渐致力于追求学问。阿勒贝尔图斯·马革努斯及其学生阿奎那属于多米尼克修士会，而罗吉尔·培根、邓斯·司各脱和奥卡姆·威廉则是弗兰西斯修士会的成员。他们对当时的文化所作的真正有价值的贡献是在哲学方面。
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如果说教士们主要是从新柏拉图主义的源泉中找到了自己的哲学灵感，那么13世纪他们则目睹了亚里士多德思想的胜利。托马斯·阿奎那（1225～1274）试图在亚里士多德哲学的基础上建立天主教教义。运用纯粹的哲学方法，究竟能使这一事业取得多大程度的成功，这确实是令人怀疑的。首先，亚里士多德的神学与基督教认可的上帝概念是完全不同的。但毫无疑问，作为教会内部的一种哲学影响，托马斯的亚里士多德主义得到了完整而持久的坚持。托马斯主义成了罗马教会的官方教义，并按原样在教会所有的学校里讲授。除了辩证唯物主义（马克思主义的官方学说），今天已经没有任何其他哲学能够享有如此显赫的地位和强大的后盾了。诚然，托马斯的哲学也并不是在他的时代一下子就达到了这种特权地位的。但随着他的权威日益牢固，哲学的主流再一次走进了世俗道路，并恢复了独立精神，这种精神渗透了整个古代哲学。
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