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到14世纪，教廷势力在迅速衰落。尽管在与皇帝的斗争中，教廷证明了自己的强大，然而要想动辄以威胁开除教籍来控制基督徒，已经不再那么容易了。人们开始敢于独立思考关于上帝的问题，教廷已经在道德和宗教方面失去了对思想家及学者的约束力，而国王和民众也同样对教皇的使者征敛巨额钱财十分不满。所有这些因素正在开始形成，尽管在世纪之交尚未发展成公开的冲突。是的，教皇鲍尼法斯八世在“一致神圣”的训令中强调了教廷的至高无上，他的强硬甚至超过了英诺森三世。他宣布1300年为大赦年，所有前往罗马朝圣的教徒都将予以大赦。这不仅可以突出教皇的宗教权威，而且也是聚敛钱财的好机会，同时也能使罗马人富起来，因为他们的生计与为朝圣者提供临时服务紧密相关。大赦年办得如此成功，以至于后来改为50年一次，继而又改为25年一次，以取代原定的100年一次。
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无论表面上看来是多么的至高无上，鲍尼法斯八世的权力基础还是脆弱的。作为人，他对金钱的热爱超过了做教会之王；即便是在信仰问题上，他也不能算正统派的榜样。他在任职期间，不是和法兰西主教们，就是和法兰西国王腓力普四世发生冲突。在这场争执中，法兰西国王成了胜利者。1305年当选的下一任教皇是克莱门特五世，他是法兰西人，于1309年在阿维农上任。在他的任期内，在他的纵容和默许下，腓力普四世镇压了圣殿骑士团。这种掠夺性的做法靠的是莫须有的异端罪名。
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一般说来，从此以后教廷的争端往往是损害了自身的权威。约翰二十二世与弗兰西斯派的分歧招致了奥卡姆的批驳。由于教皇在阿维农而不是罗马，因此在克拉·第·李恩济的领导下，罗马出现了短暂的分裂。起初，李恩济这位罗马公民只是反对腐败贵族，最后公然蔑视起教皇和皇帝来，并声称罗马应该像过去一样成为宗主国。1352年，李恩济被教皇克莱门特六世抓获，直到两年后教皇去世，他才被释放。虽然他又重新在罗马掌了权，但几个月之后却被暴民杀害了。
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由于流亡法兰西，教廷的威望大打折扣。为了弥补这一损失，格里高利十一世于1377年回到了罗马，但他第二年就去世了。继任者乌尔班六世（意大利人）又和法兰西大主教们发生了争执。大主教们选举日内瓦的罗伯特（法兰西人）为他们的教皇，称之为克莱门特七世，并重新住在阿维农。由此产生的宗教分裂一直持续到了康斯坦斯全教会议。法兰西人拥护他们的阿维农教皇，而帝国只承认在罗马的教皇。由于两个教皇都任命了各自的大主教，而这些主教们又都选举了教皇的接班人，因此裂痕便到了无法弥合的地步。为了打破这一僵局，1409年在比萨召开的全教会议决定废黜两位现有的教皇，并在会上选出了一位新教皇。但是被废黜的教皇都不肯退位，于是就有了三位教皇，而不是过去的两位。1414年召开的康斯坦斯全教会议终于恢复了某些秩序。新当选的教皇被废黜，罗马的教皇被劝退，阿维农的教皇则由于缺乏在法兰西得势的英格兰人的支持，最终解体。1417年，全教会议任命马丁五世为教皇，这才算结束了宗教大分裂。然而教会自身的内部改革并不成功，教皇通过反对会议运动，进一步削弱了教廷原本可以赢得的威信。
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◎当康斯坦斯会议选举马丁五世为教皇时，宗教大分裂便结束了。
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在英格兰，约翰·威克利夫（约1320～1384）进一步开展了对罗马的抵制。威克利夫是约克郡人，也是牛津的学者和教师。值得一提的是，英格兰和欧洲大陆相比，长期以来就不大顺从于罗马。征服者威廉早就有规定，在他的疆域内，未经国王同意不得任命主教。威克利夫是一位世俗的教士，他的纯哲学著作不如弗兰西斯派的重要。他放弃了奥卡姆的唯名论，倾向于更接近柏拉图的某种形式的实在论。奥卡姆赋予了上帝绝对的自由和权力，而威克利夫则认为上帝的律法是必需的，而且这种约束对上帝本身也有效。世界不可能超越它存在的样子，这个观点明显受到了新柏拉图学说的启示，并于17世纪在斯宾诺莎的哲学中再次出现。威克利夫晚年渐渐开始反对教会，首先是因为教皇和主教们沉醉于奢靡的世俗生活之中，而广大信众却十分贫困。1376年，他在牛津的一次演说中提出了一种世俗统治的新观点，即只有正直、正义的人才有权获得财产和权威。教士们迄今为止都未能经受住这种考验，这就意味着他们放弃了财产，财产问题应当由国家来决定。无论如何，财产都是弊端的根源：如果基督及其门徒原本一无所有，那么今天的教士们也不应该拥有任何财产。有财产的教士们自然不喜欢这样的观点，但正准备停止向教皇进贡的英国政府却很支持。教皇格里高利十一世发现威克利夫与巴都阿的马西哥利欧有着同样的异端见解，于是就下令审判他，但审判却为伦敦市民们所否定。另外，牛津大学也坚持自己有服从国王的学术自由，而否定了教皇将其教师送上法庭的权力。
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◎约翰·威克利夫，教会的异端分子和批判者，1381年的农民起义部分受其激发。
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宗教大分裂之后，威克利夫甚至声称教皇是反基督分子。他和一些朋友一起出版了《圣经》的英译本，并建立了一个清贫教士的世俗修士会，会员都是为穷人服务的巡回传教士。最后，他还谴责了“化体论”观点，后来的宗教改革领袖们也痛斥了这一观点。威克利夫在1381年的农民起义中采取了中立，尽管他以前曾是起义的同情者。1384年，他在路特渥尔兹去世。他生前逃脱了迫害，死后却被康斯坦斯全教会议鞭尸泄愤，他的英格兰追随者（罗拉德派）也遭到了无情地消灭。而在波希米亚，威克利夫的学说却启发了胡斯运动，该运动一直持续到宗教改革。
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如果我们问自己，希腊思想和中世纪思想的主要区别是什么？那我们就完全可以说，希腊思想中缺乏原罪意识。希腊人似乎并不为遗传下来的个人罪孽负担感到苦恼。也许他们的确注意到了现世生活是朝不保夕的，随时可能因为神灵的心血来潮而毁灭。但他们绝不会认为这是对过去罪孽的一种正义的报应。由此可见，希腊人心灵里没有赎罪或灵魂获救这种观念。因此，总体上看，希腊人的伦理思想完全不是形而上学的。在希腊化时代，尤其是随着斯多葛主义的兴起，某种忍受苦难的特性悄然潜入了伦理学，后来又传给了早期的基督教各派。然而说到底，希腊哲学并没有遭遇过神学问题，因而始终是彻底世俗的。
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当西方世界为基督教所控制的时候，伦理问题的形势便发生了剧烈的变化。对基督教徒而言，今生是在为更好的来世作准备，一个人的各种苦难是其必须经历的考验，是为了消除其原罪负担。但是，从字面上理解，这似乎是超人才能完成的任务。为了成功地经受住考验，人需要神的帮助，而神则可能愿意，也可能不愿意提供帮助。在希腊人眼里，德行是对自己的奖赏，而基督徒则认为行善是因为上帝有此要求。虽然仅靠遵循严格的德行原则并不能确保灵魂获救，但无论如何这也是一个先决条件，其中的一些信条当然要深信不疑，这正是神的帮助首先介入的地方。由于人必须通过对神的皈依来获得信仰，因而就得尊重信仰的各种条款。那些连第一步都做不到的人就只能无可救药地被诅咒了。
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正是上述背景使得哲学逐渐具有了某种宗教功能。虽说信仰超越理性，但信仰者还是可以尽量利用理性来展示其信仰，从而增强自己抵制疑惑的意志，于是，哲学在中世纪就成了神学的婢女。只要这种观点还盛行，基督教哲学家也就必然是教会成员。迄今为止，所有的世俗学问都是教士们和某些大修士会成员所开办的学校（或后来的大学）保留下来的。这些思想家所使用的有效哲学手段可以追溯到柏拉图和亚里士多德，尤其是亚里士多德派还在13世纪占据了主导地位。不难理解为什么亚里士多德比柏拉图更容易被基督教神学采纳。用经院派语言来说，我们可以这样来解释这一点：在对事物的处理上，实在论者的理论没有给神权留下丝毫发挥关键作用的余地，而唯名论却在这方面提供了更广阔的空间。尽管犹太教与基督教的上帝并不等于亚里士多德的神灵，但无论如何，亚里士多德学说也确实比柏拉图学说更适合基督教方案。柏拉图的学说很容易激发出泛神论观点，正如我们下文将介绍的那样，斯宾诺莎就是一个例子，尽管他的泛神论特征完全是逻辑性的。只要承认理性在一定程度上支持信仰，那么哲学与神学之间的这种融洽就会持续下去。自从14世纪的弗兰西斯派学者否定了这种可能性，并坚持认为理性与信仰互不相干后，中世纪观念就逐渐从舞台上消失了，神学领域不再继续使用哲学。奥卡姆使信仰彻底摆脱了与理性探索的联系，从而使哲学回到了现世主义的老路上去。16世纪以后，教会就不再在哲学领域占主导地位了。
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◎中世纪人眼中的亚里士多德
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这次宗教大分裂，还使人们能够把自己的理性活动与宗教活动严格区分开来。如果认为这是一种虚伪，那就完全错了。无论过去、现在还是将来，总有很多人不愿让自己的实际信仰干预宗教信仰。相反，可以十分肯定地说，只有通过这种方式，宗教才能保持独立性，使自己免遭怀疑的袭击，因为只要神学进入了辩证法领域，就必须遵循理性讨论的规则。
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而当人们必须相信某个不符合经验探索结果的命题时，又会走进另一个无法摆脱的困境。拿地球的年龄来说，《旧约》的估计是5750年左右，这是正统派必须相信的数字；而另一方面，地质学家们却拿出了种种证据，认为地球的年龄在40亿年以上。这样一来，其中的一个信念就必须加以纠正，除非具有宗教思想的探索者打算在星期日坚持一个观点，而在其余几天则坚持另一个观点。这里的重要意义在于，在宗教原则与探索结果出现冲突的地方，宗教总是处于防守地位，并且不得不改变其立场，因为从本质上看，信仰绝不应该和理性发生冲突，既然这样的冲突在理性辩证法的领域之内，那么宗教就总是不得不败下阵来。但是在这种情况下退却之后的宗教，却能够维持自己独特而独立的地位。
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◎神圣三位一体的本质：一个持久的经院哲学问题。
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经院派哲学家们在试图尽量合理地解释宗教教义时，常常显示出他们过人的独创性和巧妙思维，这些实践的长远影响锤炼了后来中世纪思想家们所继承的语言工具。这或许就是经院派所完成的最有价值的工作。它的缺陷在于对经验探索不够重视，这个缺陷一直到了弗兰西斯派学者那里，才引起了重视。在一个关注上帝和来世甚于今生的时代，如此轻视经验探索的结果，也是很自然的。文艺复兴思想家们再次强调了以人为中心，在这个思潮中，人的活动应该以其自身价值而受到重视，由此，科学探索的步伐也开始以惊人的速度向前迈进。
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在近三、四百年里，一种重视活动的伦理观不仅改变了西方世界，而且也改变了世界其他地方。由于世界已经为西方的技术所征服，所以其伦理观也随之在一定程度上产生了新的影响。
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