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以上所述提出了一个问题：自然哲学讨论作为整体的灵魂还是讨论作为部分的灵魂。如果讨论作为整体的灵魂，那么除了自然哲学之外，没有给其他哲学留下任何讨论这个问题的余地。因为讨论处于相对关系下的对象往往属于一种理论的范围，如感觉和可感对象处于相对关系之下，理智和思想的对象也处于相对关系之下，两者都要为同一种理论所探讨，这就意谓着自然哲学将要把所有问题包揽无余。或许作为整体的灵魂以及灵魂所有部分的集合都不是运动的本原或原则。灵魂的某一部分，比如植物所具有的那一部分，是成长的动因，另一部分即感觉部分是质变的动因，还有一部分即非理智的某一部分是运动的动因。不仅人，其他动物也具有运动的力量，尽管这些动物无一具有理智。显然，我们必须探讨的不是作为整体的灵魂。因为不是作为整体的灵魂构成动物的本性，只是灵魂的某个部分和某些部分。
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自然理论探讨的不是从事物中分离抽象出来的东西，因为自然创造所有事物都是为了某种目的。显然，如同技艺寓于技艺作品之中，在事物本身中存在着某种本原和原因，它们正像“热”和“冷”那样，来自一切事物。如果天有生成的话，那它是由这种原因生成的，并由这种原因来维系存在的，相信这个事实比相信有死的动物如此生成和存在更具有充分的理由。因为秩序和确定性在天体中比在我们身上显示得更为突出，而变化和偶然性更是有死之物的特征。但有人承认每种动物由自然而存在和生成，却认为天乃是由偶然性和自发性产生和维系存在的，尽管事实上在天体中没有任何偶然性和无序性的征象显现出来。十分明显，必定存在着运动趋向的最终目的，如果运动过程中没有任何东西阻碍，我们总是说此物是他物的目的因。显然，存在着一种我们称为“自然”的东西。因为一种特定的种子不会产生任何偶然的东西，也不会由偶然的东西产生，某种东西只能来自某种东西。因此，种子由之产生的东西是由种子产生的东西的本原和创制者。因为这是由自然所决定了的，无论如何子代根据自然由种子发育而成。同时，子代在逻辑上先于种子，因为种子是一种生成，而实体才是目的。先于两者的是种子从中产生的东西。种子有两种意义：它由之而生的东西和它所产生的东西。它既是产生它的东西的种子，如马，又是它所产生的东西的种子，如骡子。这里所讲述的是两种不同形式的种子。种子是潜能意义上的存在，我们已经知道潜能之于现实是何种关系。
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存在着两种原因，即目的因和必然性。因为许多事物由必然性而生成。或许有人会问，当我们在说必然性时，说的是什么样的必然性。这里所讲的大概不是在其他哲学著作中所讲的那两种的任何一种。[10]在所有生成的事物中存在着第三种必然性。比如我们说“营养”是一种必然性，但并非那两种意义上的必然性，而是说如果没有它，动物便不会存在。这种必然性即“条件的必然性”。比如，一把斧子，为了劈开木头必然是坚硬的。如果是坚硬的，必然由铜或铁做成。躯体也是如此，因为它也是一种工具。（作为整体的躯体和躯体的每个组成部分一样，都是为了某种目的而存在，）如果要实现目的，必然具有某种特定的性质，必然由某种质料构成。
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显然，存在着两种样式的原因，在这里必须尽可能对两者做出说明，或者至少必须做出说明的尝试。那些不能做出说明者实际上没有告诉我们有关自然的任何事情。因为事物的自然或本性比质料更是本原。（的确，在某些方面恩培多克勒触及了这个问题，在真理性事实的引导下，他不得不说逻各斯是构成事物的实体和自然。如在说明什么是骨头时，他并没有说它是一种、二种、三种或所有各种元素，而是说它是元素混合的逻各斯。显然，他会用同样的方式说明肉以及每种同类的部分是什么。）我们的先哲们之所以没有达到这种解决问题的途径，原因在于在他们那里没有“是其所是”的观念，没有关于实体或本性的界定。第一位论及该问题的当属德谟克里特，但他并未把它视为自然理论的必然方法，只是迫于事实不能不采用。在苏格拉底时代，对该方法的认识有长足的发展，然而那时人们放弃了对自然的探究，哲学家们把注意力转向有益的德性和政治学。
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这种方法的例子如下。在讨论“呼吸”问题时，我们必须指出其发生是为了某种目的，并且发生过程的每一环节都出于必然性从另一环节中产生。必然性有时意谓着如果某物的目的因将是如此，则必须存在着达到该目的的前提条件；有时必然性又意谓着某物之所以是其自身，乃是出于自身的本性。“热”必然有进有出以提供机体的抗力，“气”的流入也是必然的。在制冷过程中体内的“热”提供着抗力，这就导致了体外的“气”进出通道的产生。以上我们举出了如何运用方法的例子，并例示了我们所必须寻找的种种现象的原因。
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【2】 有些人试图借助把物种划分为两个不同的“属差”系列来把握动物的绝对形式，这种方法既非容易，亦非可能。有些物种只有一个“属差”系列，如“有足的”、“两足的”和“分趾的”，其余所加均属多余，这个“属差”系列是唯一具有确定性的系列，如果不如此划分，必然会做出许多无谓的重复。另外，把每个物种进行拆散分离是不恰当的，正像某些作者在分类时所做的那样，把一些鸟分为一类，把另一些鸟分为另一类。在他们那里，一些被列为“水栖的”，其他的被归为另一类。（对这两类来说，一类被命名为“鸟”，另一类被叫做“鱼”，但还有其他的类并不具有名称，如“有血的”和“无血的”，两者中任何一种都没有名字。）如果一定不能分离拆散同种动物，那二分法就是无效的了，因为这种划分方法必然意谓着分离和拆散。如把“多足的”动物中的一些分为“陆生的”，另一些分为“水栖的”。
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【3】 再者，二分法必然导致缺失性词项[11]的产生，坚持二分法的人实际上正是这样做的。缺失性词项因为其缺失性从而否定了“属差”的存在。因为不可能存在着根本不存在的“属”，如“无足的”或“无羽毛的”，它们不能像“有足的”或“有羽毛的”“属”那样存在着；一个普遍性的“属差”必然包含着“属”，如果不是这样，那又根据什么说它是普遍的，而不是个别的呢？一些“属差”的确是普遍的，并包含着“属”。如“有羽毛的”，有些是“有刺的”，有些是“无刺的”；又如“有足的”，一些是“多分趾足的”，一些是“偶分趾足的”，像具有双分趾蹄的动物，还有一些是“无分趾足的”或“不分裂的”，像具有坚硬蹄子的动物。要把不同动物归于某个包含着“属”的“属差”之下，每一种动物都要包括在内，而且同一种动物不能同时出现在多于一种的“属差”之中，这是非常困难的。（如“有翼的”和“无翼的”，像蚂蚁、萤火虫和其他一些生物同时具有两种“属差”。）用二分法把它们划分为相互对立的两类“属差”系列更是困难重重，实际上也是不可能的。因为每个“属差”必须属于某些“属”，同样否定性的“属差”也要属于某些“属”。对于不同“属”的动物来说，它们具有某些相似的本质特征，但这些本质特征不能完全是“一”而不可分割，它们总是有所区别的。（如鸟和人都是“两足的”动物，但两者的“两足”是截然有别的。而且如果它们都是“有血液的”动物，那么“血液”必然是不同的，否则“血液”就不能作为它们本性的一部分。）如果承认了上述事实，那么一个“属差”必将属于两个“属”。如果这样，显然，缺失性词项就不能是“属差”。
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假如每个“属”都是不可分的，而且每个“属差”也是不可分的，又假如各个“属”之间没有共同的“属差”，那么“属差”的数目必将等同于“属”的数目。（如果一个“属差”尽管是不可分的，却能够共同属于不同的“属”，那么显然，由于具有共同的“属差”，不同“属”的动物就会处于同一个划分单位中。如果包含所有不可分的“属”的“属差”是个别的，那必然不存在共同性的“属差”，否则不同“属”的动物就会处于同一个分类单位中。）既不应当把同一个不可分的“属”置于两个以上的被划分的“属差”系列，也不应当把不同的“属”归于同一个被划分的“属差”系列。每个“属”必须被置于某个合适的“属差”系列。显然，像那些使用二分法的人试图通过划分动物或其他的“种”来把握不可分的“属”乃是不可能的。因为按照他们的观点，最后“属差”的数目必将等于动物的全部不可分的“属”的数目。设定存在某个“种”，它的第一“属差”是“白色的”和“非白色的”。按此方法，两个“属差”的每一种又会分出其他两个“属差”，这样继续分下去，直到发现最后的不可分的“属差”，其数目或为四，或为二的乘方，这也是最后的“属”的数目。
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（“属”是处于质料中的“属差”。没有任何一种动物的部分可以离开质料而存在，也没有任何一种动物的部分只是纯粹的质料：因为躯体的存在并不是动物或动物的部分，正像我多次讲的那样。）
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再者，必须根据事物的实体或本性进行划分，而不能仅仅根据事物的属性。比如，在划分几何图形时，把图形分为“内角和等于两直角的”和“内角和大于两直角的”乃是错误的做法，因为这只是内角和等于两直角的三角形的属性而已。
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另外，他们通过“相互对立的词项”[12]进行划分。〔“相互对立的词项”即相互区别的“属差”〕如“白的”和“黑的”、“直的”和“曲的”。〔如果划分双方中的任何一方，必须借助“相互对立的词项”进行，而不能一方用“会游泳的”，另一方用“有颜色的”。〕此外，他们还根据属于肉体和灵魂的共同功能划分生物，如上面提及的“行走的”和“飞翔的”。然而有些物种如蚂蚁，具有双重属性，既是“有翼的”又是“无翼的”。再者，按照“野生的”和“驯服的”对动物划分，似乎把同一个“属”肢解分裂，因为正如我所讲的，所有“驯服的”动物恰恰同样都是“野生的”，如人、马、牛、狗、猪、山羊和绵羊。如果所有所谓的“驯服的”和“野生的”动物都拥有一个共同的名称，实际上在它们之间并未做出划分；如果每种动物在“属”上都是“一”，则“野生的”和“驯服的”就不是有效的差异。
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总之，无论采用何种“属差”系列进行划分，都必然产生同样的困难。所以应当像大多数人划分鸟类和鱼类那样，根据动物的种类尽力把握物种的形式。每一种类都是通过多种差异系列界定的，并非通过二分法。借助二分法不能把握全部种类。（因为同类动物会被归于多种不同的分类单位之中，异类动物会被置于同一种分类单位之中。）或者借助二分法只能得到唯一的一个“属差”，这个单一的或复合而成的唯一“属差”构成了最高的“属”。如果他们找不到某种“属差”的“属差”，便不得不像那些通过自由组合方式缀词造句的人那样，使划分保持连续一致性。我是说，比如他们把动物划分为“无翼的”和“有翼的”，又把“有翼的”划分为“驯服的”和“野生的”，或划分为“白色的”和“黑色的”。“驯服的”和“白色的”都不是“有翼的”的“属差”，而是另一系列“属差”的开始，出现在这里纯粹是偶然的。正如我们所说，必须首先坚持“多分法”[13]，这样，“缺失性词项”就使差异成为有效的差异，但在二分法当中，它就不能使差异成为有效的差异。
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像某些人所想象的那样，借助把“种”一分为二的方法来把握所有的“属”乃是不可能的。从下述分析来看，这个道理十分明显。
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显然，存在一个包括所有种类的“属差”系列是不可能的，不管这个“属差”是单一的，还是复合的。〔如果不含有诸如“分趾足的”这样的“属差”，我称之为“单一的”；如果除了含有“分趾足的”，还含有“多分趾足的”这样的“属差”，我称之为“复合的”。〕因为在由对“种”的划分开始的整个过程中，“属差”系列的持续性意谓着：全部分类系统是“一”。然而，由于这种表述形式的要求，唯有系列的最后一个词项才被认为是构成“属差”的词项。〔如“多分趾足的”或“两足的”，而“有足的”和“分趾足的”实为多余。〕显然，按照这种划分方法不可能有多种此类的“属差”存在，因为划分不断进行，直到最后的“属差”。〔但无论如何也不可达到最后的词项和最后的“属”。〕例如，如果我们对“人”进行划分，唯一的“属差”要么是单一的，如“分趾足的”，要么是复合的，如“有足的”、“两足的”和“分趾足的”。如果人只是“分趾足的”动物，那这是一个由正确方法找到的唯一“属差”。但人并非仅仅如此，必然会有许多“属差”，它们不能被一种划分单位所包括。同一种动物的多种“属差”不会被二分法的两个分支系列的任何一个所容纳，因为任何一个系列都以一个“属差”而终结，因此对于使用二分法的人来说，要想借助这种方法来把握或发现全部动物的种类是不可能的。
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【4】 难免有人疑惑：出于什么原因人们没有把“水栖的”和“有羽毛的”动物归于一种更为普遍的类，并寻找某个名称来概括指称它们呢？既然两者都有某些共同特征。然而我们认为，现有的分类方式是正确的。因为凡是仅仅在程度上[14]或多或少存在着差异的动物被划为同一种类；凡在特征上具有类比或类似关系的动物被归于不同的种类。如鸟与鸟的差异只是程度上或多或少的差异（有些羽毛长一些，有些短一些）。鸟和鱼是通过类比获得相似性的（在鸟身上为羽毛的东西，在鱼那里相应的是鱼鳞）。要对全部动物的特征作出比较和划分决非易事，因为大多数物种的共同性要靠类比来揭示。
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既然最高的“属”是实体，而包含在它之内的个体在“属”的意义上是没有差异的（如苏格拉底和库里斯科），那么，正如前面所提到的，我们必须首先描述物种的普遍属性，或是每每重述同一些东西。（“普遍的”即“共同的”。我们把同时属于多种事物的东西称为“普遍的”。）应当遵循哪一种方法，或许有人感到迟疑。一方面，既然在“属”的意义上不可分的东西才是实体，那么如果能够胜任，最佳途径莫过于分别考察研究每个在“属”的意义上不可分的种类，如人和鸟（因为“种”包含着“属”），鸟又包含了不可分的“属”，如画眉和仙鹤，也要研究它们。另一方面，这种方法在某种程度上显得不太合理和冗长繁琐，因为它使我们一次又一次地重复同一些属性，这些属性为许多种类所共有。或许正确的方法在于描述每个种类的共同属性，这些种类具有一种共同本性，并在自身内包含着关系不甚疏远的“属”，不管这些种类是被人们的日常用语所正确划分出来的，如鸟类和鱼类，还是没有一个通称来命名，但包含了相近的“属”。至于那些不能如此描述的种类，则分别考察每一种类的属性，如人和其他可能存在的类似的种类。
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实际上，正是通过躯体的部分的形状或整个躯体的形状之间存在的相似性使各个种类区别开来，如鸟类、鱼类、头足类和贝类。在每类动物之间，各个部分之间的区别不可能大到这种程度，以至于它们只有借助类比才具有相似性，如人的骨头和鱼的脊骨。它们只是在躯体的性质或状况上有所区别，如大小、硬软、粗细等等，总之是在或多或少上的差别。
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现在我们已经表明，如何证明关于自然的研究方法，什么是研究自然的最系统、最便利的方式，在划分问题上什么方法最为有用，为什么二分法既是不可能的，又是无效的。对上述这些问题，我们已经作出初步的剖析，现在转入下个问题。
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【5】 在自然创造的实体当中，有些是非生成的、不死的和永恒的，有些则是生成的和有死的。前者最富价值，是神圣的，但我们的理论对之所获甚微。（因为感官所提供的能让我们探究它们以及一切想解释的问题的明证甚少。）然而对于有死的植物和动物，我们所知甚丰，因为我们就生存于它们中间。只要愿意不辞劳苦，我们就能收集有关所有物种的丰富材料。但两种实体各自具有各自的魅力。尽管对永恒实体的认识只是一瞥，然而根据这种实体自身的价值，这一瞥所产生的快乐远远胜过获得关于我们生存于其中的那个世界的知识所带来的快乐。正像对所爱之人瞬间一瞥所产生的快乐超过对其他事物进行精细观察所产生的快乐一样，不管这些事物数有多少，量有多大。另一方面，因为我们能够获取有关地界事物更多、更完备的认识，这一方面的知识具有一定的优越性；还因为地界事物与我们更接近一些，与我们的自然或本性更加息息相通、血脉相连，因此它们能够同有关神圣实体的哲学交换位置。对于神圣实体我们已经讨论过了，现在放下这个问题，接下来探讨动物及其自然，尽最大努力不要疏漏任何一种，无论是卑微的，还是有价值的。尽管它们对于感官缺乏吸引力，但造化它们的自然会给那些能够剖析原因、在本性上具有哲学气质的人带来理论研究上的无法量度的快乐。如果我们在研究动物的相似性上乐此而不疲，因为这可以沉思造化之神功，但又对自然作品本身的研究缺乏爱心或兴趣，这的确是一件怪谬之事。因此我们不应孩子气地耻于对那些卑微动物的探究，因为自然王国中的每种事物都是神奇美妙的。据说，某客人欲见赫拉克利特。当他来访时发现赫拉克利特正在厨房的火炉旁取暖，便踌躇不前。赫拉克利特说：“无妨，请进，火炉里面充满了神灵。”同样，我们不应迟疑和羞耻，而应大胆闯入动物世界的每一角落进行探索追问，因为每种动物无不展示着自然，展示着美。
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在自然作品中没有偶然性，只有目的因。构造和生成过程的目的因充斥于美的事物的各个领域。如果有人认为研究动物是一件无价值的事，那他对于自然的研究必定也会持同样的观点。然而，没有过多的反胃就能观察血、肉、骨、脉等构成人体的要素，这是不可能的。当讨论任何部分和结构时，我们一定不能认为质料是关注的对象，也不能认为讨论就是为了质料，作为整体的形式才是目的。如房屋，我们注意的不是砖块、砂浆和木料，而是结构和形式。因此对于自然，我们讨论的是构造和作为实体的整体，不是那些离开了实体便无从寻找的质料。
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首先，我们必须描述每个种类的属性，即那些属于每种动物的、根据自身本性的属性，然后尽力揭示出它们的原因。前面已经谈过，有许多同时属于多种动物的共同属性，或是绝对同一的（如足、羽毛、鳞片以及相似的感受性等），或是类比的（如有些动物有肺，有些没有，但有对应于肺的部分；有些动物有血液，有些只有某种类似于血液、同血液具备相同功能的部分）。前面已提及，分别谈论那些属于所有动物的共同属性意谓着无谓的重复，因为许多动物具有共同属性。此乃有关该问题的界说。
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因为躯体的每一部分和所有其他器官一样，都是为了某种目的即为了某种活动而存在，显然作为整体的躯体必然为了某种复杂的活动而存在。正像“锯齿”为了“锯齿的活动”，并非“锯齿的活动”为了“锯齿”，因为“锯齿的活动”是器官的使用。同样，躯体为了灵魂而存在，躯体的部分为了它们各自所适合的功能而存在。
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我们必须首先描述具有共同性的活动、属于“种”的东西和属于“属”的东西。“共同性的”是指属于所有动物的东西；“属于种的”是指属于那些在程度上具有差异的动物的东西，如鸟。人是“属”的例子，另外所有不承认定义上的差异的东西也是“属”的例子。这三种共同性分别为类比的、“种的”和“属的”。
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显然，当一种活动是为了另一种活动时，那么完成这两种活动的器官之间也建立了类似的关系。如果一种活动先于另一种活动或者是另一种活动的目的，那么前一种活动从中发生的那部分将先于后一种活动从中发生的那部分，或者是先于后一种活动从中发生的那部分的目的。另外还有第三种可能性，即一种活动和部分是另一种活动和部分的必然结果。（“感受性”和“活动”是指生成、成长、交媾、苏醒、睡眠、行进及其他类似的活动。“部分”是指鼻、目、面，每种被叫做“肢体”或“器官”[15]，其他部分同样如此。）
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有关研究的方法问题我们已经谈了很多，现在让我们竭力描述所有这些事情的或特殊或共同的原因，按照确定的原则，我们首先从第一个问题谈起。
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