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②《森林奥义注》（Bṛhadāraṇyakopaniṣadbhāṣya）
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③《薄伽梵歌注》（Bhagavadgītābhāṣya）
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④《我之觉知》（Ātmabodha）
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⑤《问答宝鬘》（Praśnattararatnamālikā）
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⑥《五分法》（Pañcīkaraṇa）
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⑦《千说》（Upadeśasāhasrī）
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（乙）不二论
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商羯罗进一步发挥了乔荼波陀的不二论思想。他认为真实最高本体的梵（最高我）是世界万物的始基，也是万物的依靠，世界上的一切现象都是从梵中产生出来的。梵是统一的、永恒的、纯净的、先验的意识，它既不具有任何差别、内外、部分，也不具有任何属性、运动、变化。梵既超越于主观与客观，也超越于时间、空间、实体性、因果等的经验范畴。梵不是认识的主体或认识者，也不是认识的客体或对象。总之，梵是不可见、不可闻、不可触、不可说、不可思议的一种绝对实在。
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商羯罗认为梵本身是没有任何属性的精神实体，但是一般人从下智去看它，却给它附上了种种的属性，如全智、全能等，这样梵就有了两个，一个是上梵，即无属性、无差别、无限制的梵，另一个是下梵，即有限制的、有差别的并为属性所限的梵。前者是非经验的和非现象的（niṣaprapañca），后者则是经验的和现象的，下梵是主观化了的上梵。
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商羯罗认为下梵或受无明所限的梵就是神（自在天）、个体灵魂（个我）和世界（jagat）。他对下梵的解释很混乱。在《梵经注》中有三种描述：第一是世界精神，他认为下梵是全能、全智、全嗅、全味的无所不包者，太阳是他的眼睛，天空是它的耳朵，风是它的呼吸；第二是个体灵魂，这个灵魂居于身的中坚，是心的莲花，形如侏儒，长如一指，大如针端，小于芥子；第三是人格化的神，它是生死大海的主宰，是世界的缔造者、保护者和毁灭者。(16)
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商羯罗认为世界是梵的一种表现，是梵通过一种魔力——摩耶所创造出来的，摩耶是显现为现象界的名色的根源，是现象界的种子。(17)摩耶是一种无明（无知，avidyā）或虚妄认识(18)，世界是下智的人对于上梵的无明或虚妄认识所引起的。
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商羯罗认为梵显现为世界是一种幻现的转变（vivarta）(19)，在这种转变中，因不过是假象地和非真实地转化成了果，但本质是不变的。例如有人把绳看成了蛇，但蛇不过是一种假象，绳在任何时候都是绳，它是不可能变成蛇的。同样，梵显现为现象界，现象界也不过是一种假象，梵在任何时候仍是梵，是唯一的实在，它的本性是不变的。
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商羯罗认为从本体论或绝对的（胜义谛，pāramãrthika-satã）意义上看世界和一切现象都是一种摩耶，它们好似梦、魔术中的象和海市蜃楼一样是不真实的。(20)“真实的是梵，其他（世界）都是不真实的”（brahmasatyamjaganmithyā），但在经验的（世俗的vyāvahārika）或相对的（āpekṣika）意义上看则是实在的。例如他说，这个世界的表象虽然是不真实的，但它们并不是像兔角和不孕妇女所生的儿子那样是绝对不真实的。(21)商羯罗这个经验或相对的实在在学者中引起了不同的争论，有人认为是客观的经验，也有人认为是主观的经验，即意识性的存在。我认为后一说比较符合商羯罗的意思，因为在商羯罗看来，世界从相对上看是一种摩耶，是一般俗人无明或虚妄认识的结果，也是心识的假现，绝对和相对乃是一种非本质的（atattvatah，旧译“非实”）差异。
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商羯罗认为世界的各种客体都是由梵通过摩耶所创造的，其创造的过程是：梵生五细微原素（空、风、火、水、地），再由五细微原素结合起来生出同名的五粗大原素（空大、风大、火大、水大、地大），空大是由地所构成，地大是由风所构成。水大、风大、火大也是按照同样的比例构成。(22)至于人可分为细身和粗身，细身是由细微原素所构成，粗身则是由细微原素混合起来的粗大原素所构成。商羯罗这种解释是和《鹧鸪氏奥义》的说法一样的。
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商羯罗对于梵和世界的解释是一种客观唯心主义的说明，他运用诡辩的方法从梵推演出了灵魂和世界，他的梵无非就是人类认识的一种变种，一种被夸大和绝对化了的人的理性。商羯罗对于梵的论证，虽然比西方某些客观唯心主义者还要繁琐、混乱和形而上学，但其主要手法则是一致的。这正如马克思、恩格斯在批判黑格尔及其门徒时所指出：“绝对的唯心主义者要想成为绝对唯心主义者，就必须经常地完成一种诡辩的过程，就是说，他先要把它身外的世界变成幻觉，变成自己头脑的单纯的突发之念，然后再宣布这种幻影是真正的幻影——是纯粹的幻想，而最后便宣告它是唯一的、至高无上的，甚至不再为外部世界的假象所限制的存在。”(23)
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商羯罗的梵融合了印度中世纪各个地区印度教中各个派别以及其他教派所崇拜的实体、神和神灵（甚至是万物之灵）。他想在印度封建分裂的状态下给印度人民假设一个统一的信仰形式和社会生活方式，借以挽救由于封建内哄、政治分裂、种姓、种族和宗教对立等而引起的危机。他的普遍的、至上的和无所不包的梵，就是印度封建专制君主的影形。
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（丙）认识论
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商羯罗在实体的存在和经验的存在之间作了非本质的区分，在认识之间也作了不同的区别。他认为对前者的认识是由“真实认识”或“高级认识（上智）”所认知的，对后者的认识是由“虚妄认识”或“低级认识（下智）”所认识的。“高级认识”是一种超越主客观的意识，在这种认识中认识者、认识的对象和认识都是没有区别的，它不为时、空、因果等经验的范畴所限制。“高级的认识”是一种“直接经验”（anubhava，旧译“随受”），它是由修行者在出神状态下直接领悟到的或亲证的一种认识。这种认识是真正的认识。“低级认识”是从现象世界中得来的，它受着时、空、因果等的限止。它的来源有六：（1）感觉，（2）推理，（3）证言（圣典的证明），（4）类比（upamāna），（5）推定（义准量arthapatti），即从特定事实的结论中推定的一种认识，（6）非存在的认识（无体量，anupalabdhi），这是对非存在或不存在的一种认识，例如我们能够知道“一个瓶在地上不存在”据说就是由于这种认识而获得的。
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从上面的阐述中可以看出：商羯罗的认识论是一种反科学和反理性的理论，这种理论力图排斥认识的客观内容，贬低感性认识和理性认识在认识中的作用和意义，使认识成为一种先验的、绝对的存在，一种感官和科学所不能获得的东西。商羯罗这种认识论是他的宗教修行理论的一个重要组成部分。
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（丁）商羯罗的唯心主义和唯物主义的斗争
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商羯罗的客观唯心主义路线是和印度唯物主义传统的路线相对立的。他在《梵经注》、《广森林奥义注》等著作中对顺世论、胜论、数论和佛教的一切有部等都进行了无情的攻击。
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商羯罗首先攻击了数论原初物质的学说。在上一章已述，数论主张由三德所构成的原初物质是世界终极的原因，世界上的各种现象包括意识在内都是由原初物质所演变出来的。另外，数论还主张原初物质以外的神我，但神我是消极的、被动的。由于数论这种不彻底性，给商羯罗钻到了空子。商羯罗认为，没有意识的物质，如果没有具有意识的精神帮助是从来不起作用的。例如用土制成的瓦罐，需要具有意识的瓦匠所指导。没有意识的牛奶从它的本性中流出只是为了牛犊的哺育。数论虽然承认神我对原初物质的“指导”和“束缚”的作用，但按照数论的解释，神我是一个“观者”、“非能动者”，它不具有性质，也是不活动的，因此神我仍然不能起到指导和推动的作用。原初物质必然还有着其他的、精神的原因。(24)
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商羯罗对数论原初物质的批驳，虽然暴露出了数论的某些弱点，数论还不能科学地解释物质和意识的关系，当然，意识是外界客体通过感官作用于我们大脑的理论是近代科学的产物。但商羯罗的论点则是反科学的，他进一步深化了数论关于神我的唯心主义理论，在他看来，作为主体的、不活动的神我还不能担负起指导原初物质的作用，因而从外面引入了自然界所不能解释的精神，并且给原初物质安排了一定的目的性。按照这种理论，“猫被创造出来为吃老鼠，老鼠被创造出来给猫吃”（恩格斯），这是一种目的论的证明。
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其次，商羯罗对胜论原子学说也进行了攻击。他认为没有意识的原子决不能生出多样性的世界，这是因为：（1）胜论所主张的原子是由“不可见力规律”所推动的，“不可见力规律”按照胜论自己的解释是没有意识的，(25)没有意识的东西不可能成为原子的推动者。另外，胜论虽然主张个体灵魂（个我）是实体范畴的一个方面，但胜论的灵魂是以身体和认识器官等的存在作证明的，为此，灵魂、器官等是不能先于创造者而存在，灵魂决不能是创造的原因。（2）如果运动是原子本身的属性，那么原子将会永远不停地运动，永远不停地运动决不能导致客观对象的劫灭（pralaya）。反之，如果静止是原子的属性，那么原子将永远不停地静止，永远不停地静止也决不能致使客体的创造，因此，原子及其属性不能被证明是世界构成及其运动的原因。（3）胜论认为原子具有各种不同的性质，地有嗅、味、触等性质，火有色、触等性质；并且认为原子是最小和不可分割的，如果按照这种意见，不同的性质将会产生不同的结果，性质较多的原子需要较大的容积，性质较小的原子需要较小的容积，因之土的原子是大于火的原子的，既然原子有着各自不同的大小，那么原子将不能说是最小的或者是不可分割的。因此原子决不能是世界最初的原因。(26)