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根据以上认识，方以智对当时耶稣会士传入的自然科学知识有所批评。他说：“万历年间，远西学入，详于质测而拙于通几；然智士推之，彼之质测犹未备也。”（《物理小识·自序》）当时传教士一般来说掌握了西方较为先进的科技成果，他们所译述的，除了极少数（如天文学上的日心说）外，是能代表当时西方科技水平的。传教士译介的西方学术著作方以智读过的有数十种。他大概没有读多少传教士介绍天主教义的著作。即使读过，在才高志远的方以智看来，传教士宣传天主教义的那些充满神学独断的著作，比起当时中国哲学达到的水平，是显得幼稚的。对方以智这样的哲学大家来说，那些浅近的、为大众说法的宗教小册子中包含的哲学内容是贫乏的。所以方以智说西方人详于质测而拙于通几。此外，方以智是个在博物学上有很高造诣的人，就他对于实证知识的谨严态度和科学精神，就他对当时中国科学技术如天文历法、乐律、医学和机械方面的成就的了解，得出西方“质测犹未备也”的结论也是有理由的。
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但他对西人质测、通几的评论前后有所不同。在早年所作的《通雅》中，他说：“泰西质测颇精，通几未举。”（《通雅》卷首）在作于《通雅》之后，完成于中年的《物理小识》中则说：“彼之质测犹未备也。”总的说，他对西方人精于实证知识这一点是肯定的，把西方人的质测之学作为他学习的对象和知识结构的重要方面是显然的。方以智自述他的志愿：“因邵蔡为嚆矢，征河洛之通符，借远西为郯子，申禹周之矩积。”（《物理小识·总论》）意为，继承邵雍、蔡沉的象数之学，用《河图》、《洛书》中的一般道理来证实具体物理，以西方人的质测之学为效法对象，对中国古代的自然科学理论加以引申发挥。因为这四句话是在《物理小识》的总论中说的，所以可以把它看做方以智实证科学的方法论纲领。这个纲领说明方以智的思想以象数学为基调，不过象数二字在方以智这里强调的不是它的图式的推演、数字的框定，而是象数中实证的、能用数量关系表征的性质，以及理性的而非笼统的、神秘的思想方法。所以当他说“日月星辰，天悬象数如此；官肢经络，天之表人身也如此”的时候，要表达的是“核实难，逃虚易”的实证精神，反对“洸洋之流，实不能知其故，故吹影镂空以为恢奇”（《物理小识·象数理气征几论》）。他反对离开实证，仅凭机械的图式推演和数字衍变，以事实强纳入虚构的框架的“象数”，他说：“其言象数者，类流小术，支离附会，未核其真，又宜其生厌也。”（《物理小识·象数理气征几论》）于此也可以说，继承明代后期的实学而开清代实证主义思潮者，方以智为第一人。以往多推顾炎武为清学的开山祖师，实际上方以智的功劳也是显而易见的。如果说顾炎武主要在社会上较为通行的知识、观念及经书的注释中贯彻了实证思想，那么方以智则主要在自然科学的某些概念的说明和解释中运用了实证方法。而他们对违反实证原则的臆断玄揣的批评，则是共同的。
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方以智据其实证原则，对理学家提出批评，他说：“宋儒唯守宰理，至于考索物理时制，不达其实，半依前人。”（《通雅》卷首）他批评理学家多探讨天人性命及社会政治学说，而忽于对具体物理的探求。即有探求，也多为谬说或依傍前人。方以智认为，他的注重实证知识，是继承了原始儒家本有的传统，而这些传统后来的儒家丢弃了，他说：
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自黄帝明运气，唐虞在玑衡，孔子学易以扐闰，衍天地之五，历数律度是所首重，儒者多半弗问。故秩序变化之原不能灼然，何怪乎举礼节乐律而弁髦之，举伦物旧章而放弃之。（《物理小识·象数理气征几论》）
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他提出，天人性命之说必以具体事物为证，形而上之道和形而下之器是一体两面，不能脱离具体的物理而言天人性命，他提出他的治学理想：
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圣人通神明，类万物，藏之于《易》。呼吸图策，端几致精，历律、医占，皆可引触，学者几能研极之乎？（《物理小识·自序》）
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所谓通神明，即考究隐微不可见的道理，类万物即探索具体事物的性质、原理，并把它们与《周易》所讲的道理贯通起来，用图式和数表来演示细微的地方使其精确，一些实证性较强、数字特征明显的学科尤可类比而触类旁通。他还引述他父亲方孔炤的话说：
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潜草曰：言义理，言经济，言文章，言律历，言性命，言物理，各各专科。然物理在一切中而易以象数端几格通之。即性命、生死，鬼神，只一大物理也。（《物理小识·总论》）
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可以看出，方以智继承了他父亲的易学方法，认为万物皆有其理，而《周易》的象数中包括的数的原理可以概括和刻画一切物理。方以智把性命、生死、鬼神等玄妙的哲学问题都当作实证的物理问题来研究，在他这里，天地万物包括自己的身体，都包含着共同的原理，都可以用象数来刻画和摹拟，他说：
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天示其度，地产其状，物献其则，身具其符，心自冥应，但未尝求其故尔。学者静正，不合俯仰远近而互观之，又何所征哉？（《物理小识·象数理气征几论》）
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他的着眼点在万物的节律、相状、性质和规律，它们既是各个不同的，又有共同点、一般原理，而这些都可以实证地加以考察。学者应该以静定的心态，对事物的这些方面加以个别的、会通的、对比的研究。这一方法贯彻于他早期的一切学术活动中，他儿子方中通记述他编著《物理小识》的方法说：“每有所闻，分条别记，如《山海经》，《白泽图》，张华、李石《博物志》，葛洪《抱朴子》，《本草》，采摭众言，或无征，或试之不验。此贵质测，征其确然者耳。”（《物理小识·编录缘起》）这是方以智早期学术方法的实录。
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应该说，方以智这些思想方法作为探求实证知识的步骤来说是相当精当的，他以此为纲领对许多具体事物的说明也是正确而深刻的。但他对理学家的批评却是片面的，因为理学家对事物的探求方法和目的都与遵循实证路向的哲学家不同。理学不是一种实证的学问，它是人文的、解释的。它重在境界及识度的高明而不在具体知识的精当与丰富，它的目的在于给人精神上的享受而非实际的知识。具体事物的道理只是理学家认识天理、提高精神境界的媒介和工具。理学是不同于实证哲学的另一种哲学形态。在实证的哲学家看来，理学家的论证和方法多笼统漫汗之处，肤廓而不着边际。而在理学家看来，实证哲学家见物不见人，拘拘于实证之理而不能至高明旷达之域。方以智早期实证哲学的倾向很明显，他继承家学中的象数学传统，采撷西学中的自然知识方法论，构成了他思想中实证的一面。这一面在他是很强固的，几乎影响到他的一生。即使晚年他吸收庄子和佛学而成的境界哲学占了主导的方面，他的实证的这一面仍有表现。比如，终其一生，他对理学家持批评态度，这一点与顾炎武对理学家的批评有相同的时代内涵。
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明代哲学史（修订版） 三 气与火、太极与心
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受实证方法和境界论两个方面的影响，方以智的本体论可以分成两个层面，一个是何为构成宇宙万物的物质实体，一个是如何在更广阔的层面解释和看待宇宙万物。在早期思想中，方以智以气为物质实体，而在中晚期特别是出家之后吸纳了其他思想，从宇宙终极处表述他对万物的看法时，他又以太极为宇宙的本体。
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1.气与火 天地间的一切存在，方以智认为都可以归结为物，他提出“盈天地间皆物”的命题，这是他的实证哲学的前提，他说：
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盈天地间皆物也，人受其中以生，生寓于身，身寓于世，所见所用，无非事也，事一物也。圣人制器利用以安其生，因表里以治其心。器固物也，心亦物也。深而言性命，性命一物也；通观天地，天地一物也。（《物理小识·自序》）
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事是物，器是物，心是物，性命亦是物，总而言之，天地间的一切存在皆是物。这里的“心亦物”、“性命一物”重在说明，作为人的思想器官的心是实在之物，性命所表示的人的存在和境遇也是实在之物，精神性的存在的最后依托是物，世间存在的一切皆可以考索其迹象，形容其状态。在方以智的眼里，一切都是有形质根据的。
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方以智对于物的形质的考察，继承了中国古代的气本论，把气作为物的实体，他说：
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一切物，皆气所为也。空皆气所实也。（《物理小识·气论》）
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质皆气也，征其端几，不离象数。（《物理小识·象数理气征几论》）
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虚固是气，实形亦气所凝成者。直是一气而两行交济耳。（《物理小识·四行五行说》）
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他认为不仅物的形质是气，即光声也是气，他说：
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气凝为形，蕴发为光，窍激为声，皆气也。而未凝、未发、未激之气尚多，故概举气形光声为四几焉。（《物理小识·四行五行说》）
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