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气是一切有形之物的本体，气凝结为有形体之物，有形之物蕴聚能量而发光，造成虚空之处而发声。光声皆气所成。气形光声是事物的四种形态，也是认识事物的四个入路。严格说来，气形光声之气与作为万物实体的气是不同的。作为实体的气是一种表示物的构成者所用的抽象符号,它实际上是没有名称的，说它是气是“强名之”。而气形光声之“气”是一种具体物，不过是一种不可见的物。由于是具体物，它才有所谓端几,即可以认识的细微表现。实体之气是没有表现的可能的，它只是一种形式上的、推论出的存有。但在中国传统哲学中，这两种“气”是不加区别的。方以智也没有区别作为万物实体的气和细微不可见的空气这种气，他在《物理小识·气论》中作为万物本体描述的，就是“空气”。他引他父亲对于气的描述说：
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世唯执形以为见，而气则微矣。然冬呵出口，其气如烟；人立日中，头上蒸歊，影腾在地；考钟伐鼓，窗棂之纸皆动。则气之为质，固可见也。充一切虚，贯一切实，更何疑焉！（《物理小识·气论》）
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方孔炤所说的气，也是指不可见的空气，而非表示物质构成的抽象符号的“气”。方以智一切皆气所为的思想，继承了他父亲的说法。方以智还说：
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气行于天曰五运，产于地曰五材；七曜列星，其精在天，其散在地。故为山为川，为鳞羽毛介草木之物，声色臭味，别其端几。（《物理小识·总论》）
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就是说，天地间一切物皆气构成，精粹者为列曜之星，粗笨者为山川动植。所有有内在属性和外部表现的，皆气所为。气是永恒存在，不生不灭的。所以他说：“考其实际，天地间及有形者皆坏，惟气不坏。”（《东西均·所以》）可以说，方以智所谓气，实际上是物的一种具体形态。
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由于方以智是在实证原则的指导下把气这一物质形态作为万物的本原，所以他也可以用另一种物质形态火来作为万物的本原。这在方以智并不矛盾，因为光和火是气的不同表现形态。为了更形象地说明万物的本原所具有的动能和本原在形成万物中发生作用的机制，他用火来代替气作万物的本原。在他这里，火就是气，火具有动能，具有不息的生命力，并且可以由其内部矛盾着的两个方面不断被打破和重新建立平衡来表现其动源和均衡。气着重表示物的构成基元，火着重表示物的动能和攻取生克这些构成因素。这一点实际上也是继承了他的家学，他的祖父方大镇就曾指出：“满空皆火，物物之生机皆火也。火具生物、化物、照物之用。”（《药地炮庄·养生主》引）他的父亲方孔炤也说：“两间之光,皆太阳之火也。”（《物理小识》卷一引）他还引元代医学家朱震亨的观点：“天恒动，人生亦恒动，则火之为也。”（《物理小识·火》）方以智引用这些话的目的，在于论证火是五行中最重要的，天地间的一切运动都以火为根据。这实际是把火的能动的、能改变其他物质的性质加于气之上。也可以说，在方以智这里，气只是构成物的基元，而现实的物是处在形质这一层面，形质则以五行为构成物，而五行中火最重要。方以智有《五行尊火为宗说》论证他的这一观点：
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世人但知火能生土，不知火能生金、生水、生木。盖金非火不能生成，水非火不能升降，木非火不能发荣。……今之土中石中金中海中树中，敲之击之钻之，无不有火出焉。则此火能藏神于万物，而又能生物也。（《周易时论合编·图象几表》）
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这里着重的是火能改变他物、火本身蓄有势能而蕴发为他种物质的性质。方以智也用“火”在人体中的作用来论证火的普遍性：“五行尊火，动静归风，人身以动物载静理，故以火为生死。病人者火也，所以生者即火也。”（《周易时论合编·图象几表·人身呼吸合天地卦气说》）人无一息不动，动灭则死，火为动源，故以火为生之所以然。病即火与其他四行失去平衡。所以他又说：“阳统阴阳，火运水火也，生以火，死以火，病生于火，而养身者亦此火。水火交济，主之者心。火无体而因物为体，人心亦然。”（《物理小识·火》）这里“火运水火”之火，“火无体”之火，指质的动能和生机。动能和生机要靠具体的水火发生作用，而这种动能也有驾驭、驱动具体火水的作用。这一说法吸取了朱震亨医学上表示主从、阴阳的概念“君火”、“相火”。朱震亨说：“太极、动静、阴阳而生五行，各一其性，惟火有二：曰君火，人火也；相火，天火也。火，内阴外阳而主动者也。”（《物理小识·火》）所谓君火，指人身具有的生机和动能，故曰人火。相火指人身体之外的各种物质因素，“内阴外阳而主动”指火的内虚外热而有动势这一性质。方以智发挥朱震亨的说法，提出：“明乎满空皆火，君相道合者，生死性命之故，又孰得而欺之？”（《物理小识·火》）这是说，世间一切物皆在运动中，运动有内因有外因，有主因有附因，所谓“君相道合”。事物内部的动能和外部的各种物质因素二个方面的配合谐调是一切事物存在的根据。人的生命活动如此，万物莫不皆然。火不能绝，亦不得纵，贵在谐调平衡。
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方以智论火和气，是在二个层次上：火以质言，气以构成物质的基元言，二者并不矛盾。但综观方以智的整个思想，他更重视的是火，因为火解释了运动的原因、内与外、天与人、主与从的关系。这是他的学说的重点。五行尊火的思想虽然不是他首创，但他借前人的思想成果对事物的动能及内外、天人、主从关系的说明却是有见地的。更重要的是，他突破了一般哲学家以气为万物本原而不肯向更深的层次钻研的弱点，从原素和原素发生作用的性质和方式二个层面寻求对事物的解释。这说明他更重视实证地探究事物的性质和形态而不仅仅思辨地泛论事物的本原。作为一个重视实证的哲学家，他对事物的探究已经从物的构成基元向物的结构和性质的层面延伸，尽管这种探究和说明还是很肤浅的。
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2.太极 方以智既是个象数学家，又是个本体论哲学家，他既在气与质这个层面探讨万物的构成和性质，又在万物与人的关系这个层面追索万物存在的根据、所以然。这个所以然，方以智认为是太极。他对太极作过这样的描述：
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太极者，先天地万物，后天地万物，终之始之，而实泯天地万物，不分先后终始者也。生两而四、八，盖一时具足者也。自古及今，无时不存，无处不有，即天也，即性也，即命也，即心也。一有一画，即有三百八十四。皆变易，皆不易；皆动，皆静，即贯寂感而超动静。此三百八十四实有者之中，皆有虚无者存焉。孔子辟天荒而创其号曰“太极”。“太极”者，犹言“太无”也。“太无”者，言不落有无也。后天卦爻已布，是曰“有极”；先天卦爻未阐，是曰“无极”。二极相待，而绝待之太极，是曰中天。中天即在先后天中，而先天即在后天中。则三而一矣。（《东西均·三征》）
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这段绝妙的文字，从人的觉解的层面，从本体到方法，全面地描述了太极。首先，太极这个本体不同于道家“有生于无”的“无”。有生于无的“无”是宇宙论的本体，它代表一个宇宙阶段，它与万物是时间上的生与被生的关系。方以智的太极，是本体论的本体，它代表哲学家的一种识度，太极与万物是一般和个别的关系，抽象和具体的关系。它没有时间上的先后际，也没有空间上的整体与部分，也不能用时空中的存在与不存在去规范它。从它是天地万物的根据说，它是先天地万物；从它实际上是时空中的具体存在说，它后天地万物。严格说来，“天地万物的根据”是不能说的，因为这是个形上学的命题。从实证哲学、自然哲学的角度说，天地万物都是个别的实际物，它无所谓根据，无所谓本体。但方以智这里显然是从形上学角度立论的，所以先天后天形上形下皆可以用来描述太极这一本体。太极既先天地万物，又后天地万物；既是物之始，又是物之终。它既是抽象的、无具体相状的，故“泯天地万物”；但又是具体的、实在的，故“二（阴阳）而四（四象）、八（八卦），一时具足”。太极与万物同时具有，“一有一画，即有三百八十四爻”，一画即包三百八十四爻，三百八十四爻可收束为一画。具体的变易、动静是万物的属性，太极则超动静、寂感。由此亦可说是无。“太无”者表示它是本体，非具体，而本体不落有无之对待。此不落对待而绝待之本体相对于先天后天来说是中天，中天表示先天即在后天中。它的方法论是三而一，一而三，一三兼举，不一不异。
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方以智关于太极的这些描述，继承了中国哲学史上关于本体与万物的关系的思想，也与方氏家学一脉相承。他的太极二仪四象八卦一时具足，三百八十四实有者中皆有虚无者存，与王弼关于大衍义的思想是一致的。不过王弼强调一是多的根据，一是多发生作用的所以然；方以智强调的是一即多，多即一。这一思想与理学家讲的“冲漠无朕，万象森然已具”也是一致的，不过理学家多就道德立论，方以智则用之表达他纯形上学的观点。
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在方以智这里，太极是天地万物的统括，天地万物的总体。总体不是个体的机械相加。太极是把天地万物视为一个互相关联、个体不能孤立地在其中活动的总体。从这个意义上说，太极又是万物的统辖和主宰。方以智说：
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谓之本不动者，非静也，於穆不已也。几先知几，贯则为一，小其大，大其小，虚其实，实其虚，而无大小虚实矣。并无三征矣。生成合，生成分，分合合分，分即是合。听百家之各专互胜，而统常变之大常者，通自在也。知所以之天，以安其不得不然之天。（《东西均·三征》）
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就是说，太极本体是“维天之命，於穆不已”的，它超绝动静，它在万物运动之先，又在万物运动之中。当然这个“之先”，不是指时间上的，而是逻辑上的。它离一切法，而贯一切法。它是万物大小、虚实、分合的根据，但这个根据实际上没有参与具体事物的任何活动，而是任万物之自为。万物之自为而共成一太极，这就是“听百家之各专互胜”。太极以不统而实统之，它知万物之必然，而安万物之不得不然，非有任何造作于其中。它是或舒或卷自在无碍的。所以方以智的太极本体是形式的，不是有实际内容的；它是思辨的产物，不是实证的存在。太极不是万物的集合，也不是万物的来源，它是对万物做总体性思考而得到的一种慧识。这个慧识表明方以智已突破实证存在的层面而进入形上学领域。
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3.“所以” 在方以智这里，万物的存在和性质都是有根据的，都有它的“所以”。太极是一切存在的根据。太极是最高的“所以”。他说：“深表两间之所以然曰太极。”（《周易时论合编·图象几表》）在他看来，万物都有其必然性，这个必然性出于其本性，不是外在的东西给予的，也就是说，万物“莫非然”。而此“然”背后有“所以然”。太极就是“莫非然中之所以然”（《易余·绝待并待贯待》）。这个“所以”既用来表说本体，又用来表说事物间的联系，而在表说本体中，它既指宇宙论的本体，又指本体论的本体。因为具体物既是有起始的，又与他物“共成一天”；既可以把它看做一个被生的东西，又可以看做一个独立不依的存在；既可以把它看做无目的、无意欲的气化物，又可以看做有性格、欲望与意志的能动体。因为“所以”有许多不同的规定性，故每一种规定都有不确定的性质，都可以说不得已而名之。方以智对“所以”的描述，是从各个不同的角度出发的：
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推论“所以”，始以一卵苍苍为太极壳，充虚贯实，皆气也。所以为气者，不得已而呼之。因其为造化之源，非强造者，而曰“自然”。因其为天地人物之公心，而呼之为“心”。因其为生之所本，呼之为性。无所不禀，呼之为“命”。无所不主，呼之为“天”；共由曰“道”，谓与事别，而可密察曰“理”。（《易余·目录》）
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“一卵苍苍”，即浑天说之宇宙，宇宙间之物皆以气为基元，故气即“所以”。因“所以”为万物的根据，故为造化之源。而“所以”对于具体物的支配和统辖是无意志和目的的，故又叫“自然”。“所以”无私意造作，并且对万物一例看，无轻重厚薄之别，所以又叫“公心”。因为“所以”乃一物之本质属性，故称其为“性”。其他“天”、“命”从主宰、禀受言，“道”、“理”从共由、条理言，各有所谓。以上这段话从各个不同的侧面全面描述了作为万物根据的“所以”。这些侧面合起来，就是“所以”的属性与功能。这里的“所以”实际就是太极。但太极与“所以”在语言上担负的表达任务不同。有时“所以”等同于太极，如方以智说：“以故新其号曰‘太极’，愚醒之曰‘太无’，而实之曰‘所以’。”（《东西均·反因》）但二者在不同的语境中有不同的功用。总的说，太极重在言本体，“所以”重在言根据。“所以”指现实的功用，而太极则不能发生现实的功用，它表示逻辑关系。也可以说，“所以”是太极的使命的担负者，它是太极与具体事物之间的桥梁。
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方以智的太极观念，是儒释道综合的产物。从儒家说，方以智受邵雍、周敦颐和朱熹的影响最大，他曾说：“邵子以太极为无名公，最妙。周子论始终、虚实、有无、道器之大纲，则实中有虚，虚中有实；有之前为无，无之前为有。……有卦爻与无卦爻对，而太极无对也。”（《东西均·三征》）这里对邵雍、周敦颐“太极”概念的吸取甚为明显，方以智的太极即太无的思想，受周敦颐“无极而太极”的影响；太极与两间之物即一即万、舒卷自如的思想，受周敦颐“物则不通，神妙万物”及朱熹“人人有一太极，物物有一太极”的影响，但清除了周敦颐“阴阳一太极，太极本无极”的宇宙发生论因素。方以智关于太极的思想也受了佛教华严宗的影响，他尝说：“华严归于事事无碍法界，始结一真法界。”（《东西均·全偏》）一真法界即太极，事事无碍法界即万有。一真法界即在事事无碍法界中，一真与万有自在无碍。
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4.太极与心 方以智认为，太极虽是本体，但犹落第二义，若从大地本无一法，亦无本体，破一切相，破一切名言的立场说，一切惟心所转，故太极亦可说是心。
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心在方以智这里最主要的意思是三个，其一为代表事物生生不已的势能，这个意思的心主要说其“生”。方以智说：“气生血肉而有清浊，气息心灵而有性情。本一气耳，缘气生生，所以为气，呼之曰心。”（《东西均·尽心》）意为，人之形体与精神皆为气所生，气是一种生生不息的存在；而描述气之生生不已的性质，以心字最为传神，故心即生生。太极即心，是这一意的引申。方以智以太极为心，亦意在强调人的创造性，他说：
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必言心者，贵人也。人能弘道者心，言性以表心，言心以表人也。心兼形神，性则虚而遍满矣。通言之，则遍满者性，即遍满者心，未有天地，先有此心。（《东西均·译诸名》）
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心与性为同级概念，而心则能表示其生意与创造义，“未有天地，先有此心”，此心即本体所有之生意，生意乃本体所固有。
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方以智的心的第二种意思是“精神实质”，这个意思的心和“迹”相对。方以智的意思是，对于任何事物，要把握他的精神实质，都要通过它的外在迹象，但又不能拘泥于迹；忘记迹，抛弃迹，正所以把握心。方以智说：
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