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在他眼里，世界可归之一心。世界本体，本来就是华严宗所谓空虚寂灭万古如斯的世界，心与本体世界为一，则不见事物大小精粗之别。由一心乃有此形形色色的世界，内外精粗皆由心造。心与本体世界为一，就是了达真空；而连此空也空掉，则是最后真实。这里表达了方以智得于佛教的最重要之点：万法总由心造，心是万物如此、如彼的根据，而心随人的修养功夫，有不同的识度和观法。任何事物，都可由心的识度和观法而有不同的表现。像太极这样的高度抽象的观念，更是如此，他说：
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邈邈言之，则可曰太极，可曰太一，可曰太无，可曰妙有，可曰虚满，可曰实父，可曰时中，可曰环中，可曰神气，可曰氤氲，可曰混成，可曰玄同。以其无所不禀，则谓之为命；以其无所不生，则谓之为心；以其无所不主，则谓之为天。……从此而因事表理，因呼立名，则千百亿名，千百亿化身皆法身也，岂有二哉？（《东西均·译诸名》）
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这些不同的名称，都是对于同一实体的不同表述，用以表达本体的不同侧重，而这些不同侧重，皆因心而起。所以方以智说：“世无非物，物因心生”（《东西均·尽心》）。
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方以智以一心之识度作为万物变换形式的根据，所以他将心比做甄陶万物的陶钧。他将晚年的重要著作定名为《东西均》，就是要表达他的这一思想：两间之物，生生不息，无一时或停。而万物皆泥，人为陶者，心为运钧，众器不同，皆由心造。人生在世，就是一个不断地甄陶众物的过程，无一人例外。方以智称孔子为大成钧，老子为混成钧，孟子为邹钧，佛教为空钧，禅宗为别钧（教外别传意），濂洛关闽为性命钧，经论训话为传注钧，象数、考证、事业、文章为专门钧。世无有非钧者，一有经营，即成匠者，各以其心，甄陶万物。虽有精粗，究不外陶者。这就是方以智的哲学观，也是他的本体论：所谓哲学，就是甄陶万物的现实活动。甄陶活动就是对万物做出某种诠释，这个诠释的根据，就是识度，就是观法，就是心。构成物的实体的是气；形成物的分别的，是心。方以智晚年另一部哲学著作《药地炮庄》的题名也表达了相同的思想：要将庄子这一凉心败火之药，重新加以烹炮，而烹炮此药之薪火，是心，是识。这些都说明，方以智所谓心重在识度之意，这是心最重要的意思。他所谓心，与陆王“心即理”之心不同，更与禅宗“明心见性”之心不同。
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方以智的心的这一含义，很大程度上得于华严宗所谓心。华严宗之四法界，理法界是本体，事法界是现象，理事无碍法界是本体现象舒卷自在而不相碍，事事无碍法界是现象界各具体事物互相包合，层层无尽。但最后归于一心。一心又称一真法界，一真法界开四法界。智俨的《华严一乘十玄门》，第九门曰“唯心回转善成门”，其中说：“前诸义教门等，并是如来藏性清净真心之所建立。若善若恶，随心所转。”法藏的《华严经旨归》说：“明一切法皆惟心现，无别自体，是故大小随心回转，即入无碍。……离心之外，更无一法。纵见内外，但是自心所现。”《华严金师子章》说：“金与师子，或隐若显，或一或多，各无自性，由心回转。”华严宗虽与法相唯识宗都以心为生起万法的根据，但二者不同。法相唯识宗的心是意识心，重在解释人对事物形成了别的根据，揭示人的“执”的由来：由熏习而为种子，种子为因，识为果。而华严宗讲的心是观法心，心的不同观法可得不同结果。他所重的是回转。它要揭示的是“不执”的由来：知万法唯心回转，无实我实法，故不执。方以智所谓心，可以说对佛教各派皆有吸收，但以华严宗为归趣。他尝赞扬华严宗曰：“岂知华严一乘，即别是圆，无一尘非宝光，无一毛非海印乎？此为究竟当然本然之大道，余皆权乘，或权之权也。”（《东西均·道艺》）他对华严宗，一是吸收其理事无碍，事事无碍，“一毛即海印”。另一是以心为回转的根据，一切法唯心所见，“大小随心回转”。
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方以智所谓心、所谓识度，强调吸收各种知识和价值观念，经过自己的独特理解、加工消化而后成，所以他特别注重知识积累和跳出具体见闻的局限，他说：
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古今以智相积，而我生其后，考古所以决今，然不可泥古也。……生今之世，承诸圣之表章，经群英之辩难，我得以坐集千古之智，折中其间，岂不幸乎！（《通雅》卷首一）
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知识是世代探索、积累的，后人实际上都是折中者。方以智个性中对知性活动的喜好，使他对集前人的知识而重新加以衡定充满了自信。这一点是贯穿终身的。他强调须积累而后贯通，贯通靠识度之高明，见解之融通。但具体知识的积累须精密。他非常赞赏明末大儒黄道周的一句话：“吾家物事，切忌笼统，混帐不得。”（《东西均·象数》）这种对积累和贯通的见解使他不契禅宗屏除渐进积累、直下顿悟的学风，即使晚年在禅宗圣地青原山依然如此。他多次对禅宗提出批评，以宗悟为“鬼话”，贬斥那些不学经典、没有知识、专守一个悟字、除此别无伎俩的禅客。他赞成在广泛积累、融会贯通基础上的悟，他说：
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讵知后世之门庭张网者，偶窃一知半见，谓入悟门，便住门限上，登曲录床，此生不可复下。习便遮遣，偏畏多闻，三学十支，挥斥禁绝。一语及学，则（颧骨）为之赤；稍涉质核，曰：“落教家也，罣义路矣。”何况通三教，收一切法乎？（《东西均·道艺》）
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门庭张网者，以一家自限，拘守门户，无往来游学增广见闻。住门限上、登曲录床，谓执著一偏之见，抱残守缺终生。习便遮遣者，习熟于否定法，以一空字抹去积年苦求所得。此类僧人以渐修为大忌，不可语学。吐纳儒释道三教，收摄教门宗门一切法而融会贯通者，何能梦见！方以智的志愿是，集古今中外一切知识，从中提炼出某种识度，然后据这种识度对一切现象进行重新判释。这就是他所谓“且劈古今薪，冷灶自烧煮”所表达的意思。
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明代哲学史（修订版） [:1701942601]
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明代哲学史（修订版） 四 一与二与三
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从以上的论述可以看出，方以智既是一个知识渊博的学问家，也是一个哲学家。他的哲学是中国传统的辩证思维和实证思维的混合物。他的思维方式中，实证和思辨并重，呈现出思想纵横恣肆、知识底蕴深厚、思辨的广大与实证的精微相结合的特点。他的哲学体系，以一二三、交轮几、统泯随为中心，以随说随归、不落一地为归结。
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1.“二” 方以智曾说：“一与二为三，此教父也。”（《东西均·三征》）意为，一、二与三的关系，是他的哲学的核心，他的其他命题无不可归到这三者中来，无不是对这三者的不同侧面的阐发。方以智哲学中一二三都是重要范畴，一指对立双方的统一。二是统一中的二个对立面，矛盾着的两方。三指超越此对立面的矛盾统一，在更高的层面上与之形成新的对立的绝对体。在方以智眼中，一切皆可视作对待之物，一切事物皆以相对待的形式存在，他说：
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一不可量，量则言二。曰有曰无，两端是也。虚实也，动静也，阴阳也，形气也，道器也，昼夜也，幽明也，生死也，尽天地古今皆二也。（《东西均·三征》）
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这是说，统一体是不可量度的；可以量度，可以用感官感知的，皆是对立之物；两间无无对立者。他在《东西均》的《反因》篇中也说：
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昼夜、水火、生死、男女、生克、刚柔、清浊、明暗、虚实、有无、形气、道器、真妄、顺逆、安危、劳逸、剥复、震艮、损益、博约之类，无非两端。
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这些互相反对的范畴包括了自然现象、人的生理心理现象、社会人文现象等，包容十分广泛。方以智认为事物的又对立又统一的性质是世间根本的道理，对立统一是事物本身具有的，他说：
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吾尝言天地间之至理，凡相因者皆极相反。何其颠倒古今而臆说乎？此非我之臆，天地之臆也。（《东西均·反因》）
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这里方以智提出了一个深刻的哲学命题：凡相因者皆极相反。因指根据，相反相因，指以与自己相反的东西为存在的根据。相因者皆相反，互为根据的双方必是异质的，对立的，如生死、男女、刚柔等。这是现实存在的实际情况，不是哲学家的向壁虚造。相反相因可用一与二、奇与偶来表示，这就是：“千万尽于奇偶，而对待圆于流行。夫对待者即相反者也。”（《东西均·反因》）天地间皆相反之物，而相反者必相因。相因相反者在运动中必圆通为一。方以智认为，这个道理虽极平常，但溺于耳目闻见而无形上思考的人则看不见，因此需要打破实证的局限，进入哲学的慧境，这就是他所谓“开顶门背面之目”，也就是他的“扩信”所要达到的目的。“扩信”者，破旧有结论，开睿识新见，除耳目之障，信难信之至理。他的扩信秘诀是：“小中见大，大中见小，虚中见实，实中见虚，长中见短，短中见长，此中见彼，彼中见此。”（《东西均·扩信》）也就是，世界上的事物，必在相反相因的关系中存在，必在相对待中才能显出，才有意义。相反者相因是一切物的存在形式，所以方以智用以展开他的哲学讨论的，也是这样成对的范畴，如奇与庸、全与偏、神与迹、道与艺、张与弛、象与数、疑与信、源与流、消与息等。这些互相对待的范畴构成了方以智哲学的各个侧面，其核心观念是相反相因。
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方以智的相反相因是存在着层次的，就是说，对待着的两方各包含对待，如天地为一个对待，天地中各有阴阳，阴与阳中又各有对待，如此层层无尽。方以智说：“两端之中，又有两端。”（《一贯问答》）这和王安石“物有奇偶，耦之中又有耦”的思想是一致的。而在一个对待中，对待之两端所起的作用不同，二者不是均衡的，而是有主次、轻重的区别。方以智说：“衍古太极者，始皆阳而无阴，阳之所不足处，则为阴，盖主阳也。”（《东西均·公符》）意为，太极最初只有阳，而阳所不足的，就是阴。在这二者中，阳是主动者，阴是补足者。他还说：
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其先阴者，阳藏阴中，阴拱含阳，由静而动，破阴而出。所谓奇冲偶为参两，天贯地中而周乎地外者也。当阴含阳之时，亦重阳也；当阳冲阴而包之之时，亦重阳也。自此对待相交而生生不已，皆阳统阴。犹天统地，夫统妻，君统臣也。（《东西均·公符》）
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这是说，阳的活动总是最先的，即使是阴处于显、阳处于隐之时。此时阳藏于阴中，支配着、统御着阴的活动。而当阳由隐变为显时，便冲破阴的包围，明显地与阴处于相对待之中。此时阳以阴为它的补充者而宰驭之、包笼之，犹天贯地中而同时包围着地。所以，阳始终处于主导的、统领的地位，故时时重阳。这是宇宙的法则。方以智说：
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由此论之，于变易无定之权，而有一定不易之权，则此天统地，阳统阴，夫统妻，君统臣，体统用，善统恶之权也。……重体贱用，而无不用之体；重阳贱阴，而必用阴。（《东西均·颠倒》）