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就是说，天地间之物皆无时不变，不时不动，但主阳主动乃永恒的法则。重体贱用，重阳贱阴，才能使体、使阳始终处于主导地位，它的作用也才能充分发挥。而体和阳的作用的发挥过程，就是带动、提携用和阴的过程。这一思想或有取于魏晋玄学家王弼。王弼有“崇本息末”和“崇本举末”两个方面，从充分发挥本的作用说，须息末方能崇本，而从本末体用相须相济共同发生作用说，崇本必能举末。故崇本息末正所以崇本举末。
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阴在阴阳对立统一体中的作用是补充，是辅助。方以智说：“阴者，阳之臣，阳之余，阳之用也。”（《东西均·颠倒》）这一思想与宋代著名道士陈抟的易学暗合。方以智说：“希夷尝曰：‘阴者阳之余。’凡贞悔卦皆曰：‘坤者乾之余，蒙者屯之余。’以此知恶者善之余也。”（《东西均·公符》）即在卦义或卦象既对立又统一的两个卦中，必有一个处于主导地位，另一个则起补充、辅助的作用。处于主导地位的必是表示能生、能动、积极意义的，如乾（健）、屯（生）、善等。方以智把这一原理用于观察往古的道德生活，认为从古到今皆是一“主善”的局面。他说：
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圣人尊阳尊善，故一以阳为主。（《东西均·颠倒》）
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名教因之，以中道立邪正之大防而主于劝善。故伯夷盗跖等死而右伯夷，学问利禄等累而褒学问，末世皆乡愿盗跖而宁容乡愿，以诈者善也。究竟为善即有恶，有真即有伪。（《东西均·公符》）
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实际上善是相对于恶言，真是相对于伪言，两者是一个统一体中的两个方面。但方以智认为，无论主善还是善恶平等，皆以俗世的眼光立论，犹落第二义。第一义则无善恶可言，所谓“混沌视之，三教皆刍狗也”（《东西均·公符》）。
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2.“一” 方以智在注重统一体皆分为互相对立的两个方面时，也注重两个方面的统一。他认为，事物既对立又连接、既相反又相因是宇宙的普遍法则。他举例说：
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且举大较言之，阳清阴浊，至相反也。霄壤悬判而玄黄相杂，刚柔敌应而律吕协和，雌雄异形而牝牡交感，可不谓相因乎？水湿火燥，至相反也，坎离继乾坤立极，上下经皆终水火，民用甚急，刻不相离。人身之水火交则生，不交则病，可不谓相因乎？《河图》相生，必变《洛书》相克，而后成用。四时之行，雨露而霜雪，春生而秋杀，吉凶祸福皆相倚伏。生死之几，能死则生，徇生则死。静沉动浮，理自冰炭，而静中有动，动中有静，静极必动，动极必静。有一必有二，二本于一。岂非天地间至相反者，本同处于一原乎哉？（《东西均·反因》）
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这是说，大至天地阴阳，小至一人之身，以至生死祸福、律吕医占，皆对立面的统一。无统一则无对立，无对立则无统一，“有一必有二，二本于一”，物概莫能外。方以智的这一观点取自中国古代物生有两、相反相成的思想，加上他对于《周易》的研究，对于自然现象的观察和现实生活的体验得出的，不能视为简单地因袭前人。
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方以智在论证二与一的关系时，说出了对立而连接的二种方式：一种是本体论的方式，一种是宇宙论的方式。宇宙论的方式指原本为一，由于它内部包含有分而为二的潜能或势用，故分而为二。本体论的方式指一之所以为一，本来由二构成；一即二，二即一；一与二非生与被生的关系，而是一种思辨的结果。方以智在论证天地阴阳等较抽象的范畴时，多取宇宙论的论证方法，而在论证较具体的事物如雌雄、水火时多取本体论的方法。另一些如坎离交济、河洛生克、生死倚伏等属于人的智识的设定时，更是取本体论的思辨方法。如：“太一分为天地，奇生偶而两中参。盖一不住一，而二即一者。”（《东西均·三征》）太一代表宇宙最高最先的混沌体，它是能生偶之奇。一不住一，谓太一由其本具的潜能和势用决定，必分而为二。雌雄、水火等则重在说它们必须在统一体中才能发生作用。离开了对待着的另一方，则没有意义。本体论的论证重在一本二，二本一，一即二，二即一。宇宙论的论证则重在一不住一，必表现为二。方以智的论述中，以本体论的论证为多。
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在方以智相反相因的思想中，对立面的相救相胜而相成是他特别重视的方面。这个观点是说，统一是斗争的统一，只有斗争（相胜）才能达到统一（相救相成）。他说：
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天地惟有阴阳动静耳，非可以善恶、是非言也。圣人体道尊德以立法，故名字之。一不住一，故用因二之一，以济民行。因二剔三，二实非三、非二、非一也。举其半而用其余，用余之半皆其半。则所谓相反相因者，相救相胜而相成也。（《东西均·反因》）
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这里方以智提出，阴阳动静不是价值观念，而是自然观念。圣人的作用是体认这种自然法则而以之为思想原则。这个原则就是，一是二之一，不是无差别的一。一因二而用，一与二为三。但须合观一、二、三，视其为一个对立统一中的成分。孤立地、析取地讨论，一与二与三皆无意义。因为是一个统一体，举其半而另一半必为所用，此所谓“成不独成”。所以，一个矛盾统一体，必是矛盾的双方互相补充（救）、互相斗争然后互相成就。方以智非常欣赏《中庸》中“万物并育而不相害，道并行而不相悖”这句话，认为它绝妙地表达了以上矛盾统一的思想。相害相悖是对立面的斗争，并育并行是对立面的统一。凡对立的双方都是互相补充、互相救正的，甚至消极的东西也是积极的东西所以成立的依据，如小人可以磨砺君子，祸患可以锻炼意志，危之然后能安，劳之然后能逸，怨怒然后中和，迅奋必先伏忍。故“反因即正因”。
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方以智的反因即正因，是他关于性情、善恶、理欲等方面的主张的理论根据：他主张性、善、理在情、恶、欲中，二者不一不异。方以智说：
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性馅乎情，理混乎欲澜，犹火与薪，依之即烈。问薪何如，岂能除之乎？不能除而必言除之，适得其平。（《东西均·公符》）
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意思是，性在情中，理在欲中，犹火在薪中，不能割裂。情与欲不能除，除则无性无理，但对于情与欲，又不能不言除。不能除而言除，最后的结果是性情理欲得到调谐。方以智反对尽除情欲，也反对放任情欲，认为此皆两偏。克制与放任的斗争，最后的结果是两者的统一。这就是方以智所谓“公符”。公符既指公理，又指现实。而公符就是理想与现实在历史中由斗争而统一，由不谐调而谐调的结果。公理即现实，此亦“凡现实的就是合理的”之意。他又说：
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天而人，人而天。继续之初，微乎危乎，成之皆阴承阳，而性在情习中。下地之时，善在恶中，理在欲中，前喻素彩是也。当知素在彩先，而有彩之后，素已在彩中矣。故曰：第一念是善，第二即恶。仁一，而甲坼之芽即二。（《东西均·公符》）
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这是认为，就人的性情善恶说，是天和人、先天和后天共同作用的结果。人出生之后，皆既有人性（微）也有人情（危）。性在情中，理在欲中。先天之性是善的来源，后天之情是恶的来源，现实的人皆先天后天不二，故善恶皆有。犹如图画，色彩与素底不二。方以智还认为，既然性善情恶，现实的人是性在情中而得公符，对待它的办法便是不特别在善恶上起意，不起意则善恶双泯，无善恶可言。这是第一义谛。
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方以智关于一与二的关系，总的说，是继承了中国古代关于两一的理论，其中一些比较具体的说法直接取自张载。张载关于两一有一十分精彩的论述，他说：“一物两体，气也。一故神（自注：两在故不测），两故化（自注：推行于一），此天之所以参也。”（《正蒙·参两》）意思是说，气中分为阴阳二种对立的势用，由阴阳的统一故气的作用神妙不测，由一气分为两种对立的势用，所以才有万物的化生。统一时有两端在，两端在运化中推行于一。张载还说：“两不立，则一不可见；一不可见，则两之用息。”（《正蒙·太和》）这是张载气论的中心观点，其太虚、太和、神化、性命诸范畴皆从这里推演出来。张载的思想对后世特别是气学派思想家影响很大。方以智关于两一、神化的某些论述有取于张载，但思考得更加精微。如方以智说：
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一而神，二而化，正谓化其一，而神于两也。一必用二，无言之行生也；两乃用一，上天之载无地。弄微言而屑越大义，与扶大义而不通微言，皆不知行生之载，全大全微者也。（《易余·性命质》）
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“一而神，二而化”与“一故神，两故化”相同，皆一与二为神与化的根据之意。“化其一而神于两”是说，“两故化”是由于两乃一之两，没有一则两之用不会发生，“神于两”是由于一之神必以二为作用。没有二则一之神无发用之地。故“一必用二”，“两乃用一”。一必用二，故天不言而四时行，百物生。两乃用一，故无声无臭之天非别为一物，乃即四时百物。方以智批评的，是偏于一与偏于二两种偏向，弄微言者偏于本体，多形上学之玄论，而遗四时百物。扶大义者则拘守目前，不知天人神化之妙。二者皆只知一端，陷于偏弊。方以智的根本观点是，以二为用，二因一乃神。他说：“因二为真一，执一为遁一，贞一则二神，离二则一死。”（《易余·中正寂场功》）也就是，正确的一，乃表现为二之一。如执一而不知二，则偏于一，此一亦终将不守。方以智的这些思想，论证较张载更为细密，二与一的对立统一关系更加突出，但张载的论证止于两一，而方以智在两一之外，还有大一。这是方以智与张载的重要区别。这个区别的根源在张载以气为最高概念，而方以智则以太极为最高范畴，太极是最高的统一体。所以，具体的两一之上还有生出此两一之大一。
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3.“三” 在方以智这里，对待之两端的矛盾统一是一个层次，在它之上还有本体与之形成另一层次，这个本体就是生出此对待之两端而又主宰、泯没此对待之两端的绝对的一。这两个层次的关系他用∴（读伊）来表示，∴也叫圆伊三点，他说：
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圆∴三点，举一明三，即是两端用中，一以贯之。盖千万不出于奇偶之二者，而奇一偶二即叁两之原也。上一点为无对待、不落四句之太极，下二点为相对待、交轮太极之两仪。三身、三智、三谛、三句皆不外此。总来中统内外，平统高卑，不息统艮、震，无着统理事。即真天统天地，真阳统阴阳，太无统有无，至善统善恶之故。无对待在对待中，设象如此，而上一点实贯二者而如环，非纵非横而可纵可横。（《东西均·三征》）
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这一段话集中表现了绝待之太极与对待之万物不离不杂的关系，与前述他的本体论完全一致。
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首先，方以智设定了一个超绝万物的本体——太极，他用∴上一点表示。太极不是具体物，也不是构成具体物的基元——气。太极是一个形式概念，是人的设定。这个设定在实证论者看来完全可以取消。但太极在方以智哲学中却是有意义的，它代表了他的一种识度，一种既在万物中又超绝万物的本体观念。说它无对待、不落四句（非有，非无，非非有，非非无）完全是为了强调本体不杂于现象这一面。因其不杂于现象，所以与现象界形成对待。但所谓绝待，又是“无对待在对待中”，本体与现象融通无二。下二点即互相对待之万物，他用太极所生之“两仪”来代表。此处所谓“生”取本体论之“生”而非宇宙论之生，是根据产生结果之意。因为太极与阴阳是不离不杂的关系，所以举一即可明三，举太极即包阴阳，举阴阳之一端即包阴阳之另一端。三身、三智、三谛等皆同一意思，即举一明三，一在二中，二以一统。下面中统内外以下，皆同一思维模式，即“上一点实贯二者而如环”。
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