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这是说，大至天地阴阳，小至一人之身，以至生死祸福、律吕医占，皆对立面的统一。无统一则无对立，无对立则无统一，“有一必有二，二本于一”，物概莫能外。方以智的这一观点取自中国古代物生有两、相反相成的思想，加上他对于《周易》的研究，对于自然现象的观察和现实生活的体验得出的，不能视为简单地因袭前人。
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方以智在论证二与一的关系时，说出了对立而连接的二种方式：一种是本体论的方式，一种是宇宙论的方式。宇宙论的方式指原本为一，由于它内部包含有分而为二的潜能或势用，故分而为二。本体论的方式指一之所以为一，本来由二构成；一即二，二即一；一与二非生与被生的关系，而是一种思辨的结果。方以智在论证天地阴阳等较抽象的范畴时，多取宇宙论的论证方法，而在论证较具体的事物如雌雄、水火时多取本体论的方法。另一些如坎离交济、河洛生克、生死倚伏等属于人的智识的设定时，更是取本体论的思辨方法。如：“太一分为天地，奇生偶而两中参。盖一不住一，而二即一者。”（《东西均·三征》）太一代表宇宙最高最先的混沌体，它是能生偶之奇。一不住一，谓太一由其本具的潜能和势用决定，必分而为二。雌雄、水火等则重在说它们必须在统一体中才能发生作用。离开了对待着的另一方，则没有意义。本体论的论证重在一本二，二本一，一即二，二即一。宇宙论的论证则重在一不住一，必表现为二。方以智的论述中，以本体论的论证为多。
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在方以智相反相因的思想中，对立面的相救相胜而相成是他特别重视的方面。这个观点是说，统一是斗争的统一，只有斗争（相胜）才能达到统一（相救相成）。他说：
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天地惟有阴阳动静耳，非可以善恶、是非言也。圣人体道尊德以立法，故名字之。一不住一，故用因二之一，以济民行。因二剔三，二实非三、非二、非一也。举其半而用其余，用余之半皆其半。则所谓相反相因者，相救相胜而相成也。（《东西均·反因》）
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这里方以智提出，阴阳动静不是价值观念，而是自然观念。圣人的作用是体认这种自然法则而以之为思想原则。这个原则就是，一是二之一，不是无差别的一。一因二而用，一与二为三。但须合观一、二、三，视其为一个对立统一中的成分。孤立地、析取地讨论，一与二与三皆无意义。因为是一个统一体，举其半而另一半必为所用，此所谓“成不独成”。所以，一个矛盾统一体，必是矛盾的双方互相补充（救）、互相斗争然后互相成就。方以智非常欣赏《中庸》中“万物并育而不相害，道并行而不相悖”这句话，认为它绝妙地表达了以上矛盾统一的思想。相害相悖是对立面的斗争，并育并行是对立面的统一。凡对立的双方都是互相补充、互相救正的，甚至消极的东西也是积极的东西所以成立的依据，如小人可以磨砺君子，祸患可以锻炼意志，危之然后能安，劳之然后能逸，怨怒然后中和，迅奋必先伏忍。故“反因即正因”。
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方以智的反因即正因，是他关于性情、善恶、理欲等方面的主张的理论根据：他主张性、善、理在情、恶、欲中，二者不一不异。方以智说：
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性馅乎情，理混乎欲澜，犹火与薪，依之即烈。问薪何如，岂能除之乎？不能除而必言除之，适得其平。（《东西均·公符》）
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意思是，性在情中，理在欲中，犹火在薪中，不能割裂。情与欲不能除，除则无性无理，但对于情与欲，又不能不言除。不能除而言除，最后的结果是性情理欲得到调谐。方以智反对尽除情欲，也反对放任情欲，认为此皆两偏。克制与放任的斗争，最后的结果是两者的统一。这就是方以智所谓“公符”。公符既指公理，又指现实。而公符就是理想与现实在历史中由斗争而统一，由不谐调而谐调的结果。公理即现实，此亦“凡现实的就是合理的”之意。他又说：
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天而人，人而天。继续之初，微乎危乎，成之皆阴承阳，而性在情习中。下地之时，善在恶中，理在欲中，前喻素彩是也。当知素在彩先，而有彩之后，素已在彩中矣。故曰：第一念是善，第二即恶。仁一，而甲坼之芽即二。（《东西均·公符》）
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这是认为，就人的性情善恶说，是天和人、先天和后天共同作用的结果。人出生之后，皆既有人性（微）也有人情（危）。性在情中，理在欲中。先天之性是善的来源，后天之情是恶的来源，现实的人皆先天后天不二，故善恶皆有。犹如图画，色彩与素底不二。方以智还认为，既然性善情恶，现实的人是性在情中而得公符，对待它的办法便是不特别在善恶上起意，不起意则善恶双泯，无善恶可言。这是第一义谛。
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方以智关于一与二的关系，总的说，是继承了中国古代关于两一的理论，其中一些比较具体的说法直接取自张载。张载关于两一有一十分精彩的论述，他说：“一物两体，气也。一故神（自注：两在故不测），两故化（自注：推行于一），此天之所以参也。”（《正蒙·参两》）意思是说，气中分为阴阳二种对立的势用，由阴阳的统一故气的作用神妙不测，由一气分为两种对立的势用，所以才有万物的化生。统一时有两端在，两端在运化中推行于一。张载还说：“两不立，则一不可见；一不可见，则两之用息。”（《正蒙·太和》）这是张载气论的中心观点，其太虚、太和、神化、性命诸范畴皆从这里推演出来。张载的思想对后世特别是气学派思想家影响很大。方以智关于两一、神化的某些论述有取于张载，但思考得更加精微。如方以智说：
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一而神，二而化，正谓化其一，而神于两也。一必用二，无言之行生也；两乃用一，上天之载无地。弄微言而屑越大义，与扶大义而不通微言，皆不知行生之载，全大全微者也。（《易余·性命质》）
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“一而神，二而化”与“一故神，两故化”相同，皆一与二为神与化的根据之意。“化其一而神于两”是说，“两故化”是由于两乃一之两，没有一则两之用不会发生，“神于两”是由于一之神必以二为作用。没有二则一之神无发用之地。故“一必用二”，“两乃用一”。一必用二，故天不言而四时行，百物生。两乃用一，故无声无臭之天非别为一物，乃即四时百物。方以智批评的，是偏于一与偏于二两种偏向，弄微言者偏于本体，多形上学之玄论，而遗四时百物。扶大义者则拘守目前，不知天人神化之妙。二者皆只知一端，陷于偏弊。方以智的根本观点是，以二为用，二因一乃神。他说：“因二为真一，执一为遁一，贞一则二神，离二则一死。”（《易余·中正寂场功》）也就是，正确的一，乃表现为二之一。如执一而不知二，则偏于一，此一亦终将不守。方以智的这些思想，论证较张载更为细密，二与一的对立统一关系更加突出，但张载的论证止于两一，而方以智在两一之外，还有大一。这是方以智与张载的重要区别。这个区别的根源在张载以气为最高概念，而方以智则以太极为最高范畴，太极是最高的统一体。所以，具体的两一之上还有生出此两一之大一。
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3.“三” 在方以智这里，对待之两端的矛盾统一是一个层次，在它之上还有本体与之形成另一层次，这个本体就是生出此对待之两端而又主宰、泯没此对待之两端的绝对的一。这两个层次的关系他用∴（读伊）来表示，∴也叫圆伊三点，他说：
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圆∴三点，举一明三，即是两端用中，一以贯之。盖千万不出于奇偶之二者，而奇一偶二即叁两之原也。上一点为无对待、不落四句之太极，下二点为相对待、交轮太极之两仪。三身、三智、三谛、三句皆不外此。总来中统内外，平统高卑，不息统艮、震，无着统理事。即真天统天地，真阳统阴阳，太无统有无，至善统善恶之故。无对待在对待中，设象如此，而上一点实贯二者而如环，非纵非横而可纵可横。（《东西均·三征》）
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这一段话集中表现了绝待之太极与对待之万物不离不杂的关系，与前述他的本体论完全一致。
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首先，方以智设定了一个超绝万物的本体——太极，他用∴上一点表示。太极不是具体物，也不是构成具体物的基元——气。太极是一个形式概念，是人的设定。这个设定在实证论者看来完全可以取消。但太极在方以智哲学中却是有意义的，它代表了他的一种识度，一种既在万物中又超绝万物的本体观念。说它无对待、不落四句（非有，非无，非非有，非非无）完全是为了强调本体不杂于现象这一面。因其不杂于现象，所以与现象界形成对待。但所谓绝待，又是“无对待在对待中”，本体与现象融通无二。下二点即互相对待之万物，他用太极所生之“两仪”来代表。此处所谓“生”取本体论之“生”而非宇宙论之生，是根据产生结果之意。因为太极与阴阳是不离不杂的关系，所以举一即可明三，举太极即包阴阳，举阴阳之一端即包阴阳之另一端。三身、三智、三谛等皆同一意思，即举一明三，一在二中，二以一统。下面中统内外以下，皆同一思维模式，即“上一点实贯二者而如环”。
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方以智的圆∴三点是一个总的思维模式，这个模式贯穿他的哲学的一切方面。这个模式的实质是万物皆相反相因，万物有一本体，这个本体与万物亦相反相因。方以智说：
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因对待谓之大因。然今所谓无对待之法，与所谓一切对待之法，亦相对反因者也，但进一层耳。实以统并，便为进也。有天地对待之天，有不可对待之天；有阴阳对待之阳，有不落阴阳之阳；有善恶对待之善，有不落善恶之善。故曰：真天统天地，真阳统阴阳，真一统万一，太无统有无，至善统善恶。统也者，贯也，谓之超可也，谓之化可也，谓之塞可也，谓之无可也。无对待在对待中，然不可不亲见此无对待者也。翻之曰：有不落有无之无，岂无不落有无之有乎？曰：先统后，后亦先；体统用，用即体矣。以故新其号曰“太极”而实之曰“所以”。（《东西均·反因》）
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这里反因指具体事物之对待，大因指超绝之本体，本体与具体事物是对待的关系，但也是统一的关系。这一对待与具体事物的对待不是同一层次。对待的层次可以是很多的，这些不同的层次共同组成一个递进的网络。这个网络的最后的末梢即太极。太极展开为阴阳有不同的层次。这里精彩的是，方以智对圆∴三点中上一点统下二点作了引申，这里统可表示为贯、超、化、塞、无等意义。贯即贯通，超即超绝，化即变化，塞即充塞，皆太极与阴阳关系中的不同表现。“然不可不亲见此无对待者”，意为无对待与对待有不杂的一面，如果只注意“无对待在对待中”，用对待来代替无对待，则亦陷于一偏。
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方以智这里设定一个形式的存在——太极，就是要表达这样一个意思：具体物不仅与他的对立物处于一个统一体中，而且与万物的总体处于一个统一体中。具体物不是单个的存在，它不但存在于小的对立统一中，而且存在于万物构成的大网络中。在方以智的设定中，具体事物多了一层关系，每一个对立统一体也多了一层关系，这就是和太极总体的关系。这里仍可看出华严宗影响的痕迹：不仅有事法界，还有理法界；不仅事事无碍，而且理事无碍，“一毛头即有无边海印”，每一事物皆在宇宙总体网络中。这是方以智识见宏阔的表现。
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4.统随泯 方以智在圆∴三点思维模式笼罩下制定了几组刻画事物存在和运动的概念，其中最主要的就是统随泯。这一组概念代表他对事物的存在方式的不同观法。方以智说：
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明天地而立一切法，贵使人随；暗天地而泯一切法，贵使人深；合明暗之天地而统一切法，贵使人贯。以此三因通三知、三性、三谓之符。覆之曰交、曰轮、曰几，所以征也。……暗随明泯，暗偶明奇，究竟通在泯随中，泯在随中。三即一，一即三，非三非一，恒三恒一。（《东西均·三征》）
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这段貌似吊诡的话包含着深刻的道理。“明天地而立一切法”，是从正面的、显著的、建设的方面着眼。从此处着眼，则可以说事物都是真实的，都是存在的，都是可以认识的。“随”即顺随事物表现出的相状、貌态、性质等去认识事物。这是顺着现实事物的“有”的方面去把握事物。从此处着眼，是为大众说法。这是孟子所谓“物交物，则引之而已”。这时事物在人认识中的形象，恰就是他在现实世界中的那样。即禅宗所谓“山即是山，水即是水”。这是认识事物的初始，还未有恢诡谲怪。
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“暗天地而泯一切法”则与之相反，是从负面的、隐微的、破坏的方面着眼。从此处着眼，则所见事物都是不真实的，都是虚假的，都是无从认识的。泯即泯灭，事物都改变了性质，天地易位，山水变色，这时的世界不能按事物本有的样态去认识，而是要换一种观法，这种观法不是人人都可掌握的，只有那些具有“负的智慧”的人，才具有这种观法。用这种观法去观万物，则见物皆非其本来面目，这就是禅宗所说的“山不是山，水不是水”的阶段。方以智认为，具有这种观法是很重要的，它的作用在于使人深刻。这需要一定的哲学识度，因为按实证的、科学的眼光，物就是它向人显现的那个样子，除了这些样子以外，余皆不可说，说即陷入形而上学的独断。方以智的高明处，正在于要人获得这样一个眼光，这样一个观法，透过种种耳目见闻的障碍，见出那些物不曾直接呈现给人的东西。这个“泯”字，不是叫人“夜间观牛，所见皆黑”，而是要人即明见暗，从随处得泯。即“即色空”而非“败灭空”。“暗天地而泯一切法”，暗者泯者在认识主体，非有暗之者，泯之者。