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自上古以来，太上历劫化现诸师之修炼成道，皆自定静之功，庶得道功克就，神通自在。迨宋金之初，重阳王祖师遇钟吕之传，始立全真之教，盖本经曰：养其无体，体故全真。是教则犹以坐圜守静为要。（《道门十规》）
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坐圜守静类似佛教所谓坐禅，但不讲禅定时的观想，要求涤除杂念，心无所滞，回到老子所谓“致虚极，守静笃”的状态。提倡修道者在研习经典的基础上，选择山明水秀，形全气圆之地创立庵舍，隐居静修。
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张宇初还对斋醮符箓的仪节，道派传人应具备的品德，道士参访云游应遵守的规范作了说明，建立宫观、修葺庵堂、庙产的管理等皆遗有定制。他的《道门十规》对后来道教特别是天师道的修行方向及各种具体仪规起了范导作用，对纠正由道教过分世俗化所引出的种种弊病也起了一定作用。
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张宇初是正一道天师中为数不多的有自己哲学思想的人，他清整道教的做法，可以看做他的哲学思想的具体实施。他的哲学思想以道、本、玄三个概念为基础，围绕这三个基本概念进行阐述。
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1.道——虚实统一 道这个概念到了明代道教哲学中，已经没有了万物之前的绝对者、万物的产生者这样的意思，而更多的是作为万有及万有存在和运动的总过程。道是即本体即流行的。明代的儒家学者特别是王门后学由于理论重心已转到心性方面，又由于道的含蕴差不多发挥已尽，对它已失去了申论的兴趣。而作为道教学者兼道门领袖的张宇初，却不能回避这个对道教说来属于纲领性的问题。张宇初说：
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至虚之中，坱圠无垠，而万有实之。实居于虚之中，寥漠无际，而一气虚之。非虚则物不能变化周流，若无所容以神其机，而实者有屈伸聚散存焉。非实则气之缊阖，若无所凭以藏其用，而虚者有升降消长系焉。夫天地之大，以太虚为体，而万物生生化化于两间而不息者，一阴一阳，动静往来而已矣。凡寒暑之变，昼夜之殊，天之运而不息者，昭而日星，威而雷霆，瑞而风雨霜露；地之运而不息者，峙而山岳，流而江海，蕃而草木鸟兽，若洪纤高下之众，肖翘蠕动之微，一皆囿于至虚之中，而不可测其幽微神妙者，所谓道也，理也。（《冲道》，《岘泉集》卷一）
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这里所说的虚，非绝对的虚无寥廓，而是太虚之气的本始状态。实，即形形色色的具体存在。所谓道即万物生生化化，永无止息的过程。“虚”是具体物变化运动的场所，“实”是一气屈伸往来。太虚之气有升降消长，两间之物有阴阳动静，万有在太虚中的运动变化就是道。说道重在其存在义，运动变化义；说理重在其顺而不妄，实有根据义。
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但张宇初也以心为太极，他在盛赞道的广大精微之后，转而论心，他说：
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故知道者，不观于物而观乎心也。盖心统性情，而理具于心，气囿于形，皆天命流行而赋焉，曰虚灵，曰太极，曰中，曰一，皆心之本然也。是曰心为太极也。（《冲道》，《岘泉集》卷一）
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心为太极，明显是受了邵雍的影响。所谓不观于物而观于心，指把对外物的研究转到反观内心上来。张宇初对道的描述最后归结为“太极”、“中”、“一”等一系列价值概念，而这些概念同时也为心所具有，道与心是对应的，道的存在状态就是心的存在状态。道之虚实合一即心统性情，道即理也就是理具于心。
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张宇初对道的阐述是为他的宗教修持作理论根据的，所以在对万有的存在状态进行描述后，紧接着的就是心如何应对太虚中的万物，张宇初说：
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凡物之形色纷错，音声铿戛，皆有无混融之不齐，而品物流行者，特气之糟粕煨烬也。人与万物同居于虚者也，然以方寸之微，而能充乎宇宙之大，万物之众，与天地并行而不违者，心虚则万有皆备于是矣，何喜怒欣戚哀乐得丧足以窒吾之虚、塞吾之通哉！庶乎虚则用其不勤矣。（《冲道》，《岘泉集》卷一）
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宇宙的本然状态即太虚与具体事物纷纭交错自然顺通而不为具体事物所窒塞。心之本然状态是虚灵不昧而不能不对万有之貌色形象发生反应。万有之貌色形象出入流转于心中而主体不对其起喜怒哀乐之念，则万物形象无窒碍充塞，心保持其虚灵的本然状态。心之用可以周给而用之不尽，这就是所谓道冲。在道冲状态下，心守静一，中虚而渊深，若镜之明，此时即老子所谓致虚守静，归根复命，抱一守中。
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张宇初所谓道冲是他所描述的宇宙本体，心之本体。本体是本然的、自然的，也是最符合价值理想的。这个理想实际上融合了儒家的修养方法：万物的运行出于其本性的必然性，自然而然，无窒无塞，在宇宙总图景中各安其位，各极其至。这就是儒家所谓“於穆不已”，“物各付物”，“鸢飞鱼跃”。这是实而虚的。这种实而虚的性质表现为心，就是方寸之微而能容纳天地之大，万物之众；物过而不执，无有喜怒得丧等，这种状态就是实现了心中固有之性。张宇初对道的描述既是道家的也是儒家的。
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2.本——儒释统一 张宇初的重要概念“本”，更是儒道调和的产物，他所谓本，即安身立命的方向。张宇初以儒家的经世、道家的出世相结合为本，他说：
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学必有本焉，经世出世之谓也。故学非所当务，则不足志矣。其所当务者，经世之学，则圣贤之道焉。……必求夫出世之道焉，则吾老庄之谓是也。（《慎本》，《岘泉集》卷一）
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张宇初眼中的儒家经世之学有两个方面，一是指儒家学说的核心内容道德性命仁义，一是指儒家之道的载体——六经。对这两个方面他都有论述。
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张宇初非常推崇儒家学者所宣扬的上古时期道德纯备、政治清明的状况，他说：
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三代之始，道在唐虞，后之言道者，必曰是焉。盖道明者三皇，德著者五帝，法备者三王。以尧舜禹汤文武之为君，尽君道也；皋陶伊傅周召之为臣，尽臣道也；孔子颜曾思孟之为师，尽师道也。千万世之所法者，未之有改也。（《慎本》，《岘泉集》卷一）
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三代之治是儒家所树立的理想，后世儒者提起它，不过是以一种理想反衬当时政治的黑暗和道德的陋劣。在张宇初这里，三代是道的体现。他相信道统说，并且相信理学家周程张朱接续上了这个道统，他认为道“蕴之为德行，发而为文章”，大可据以为天地立心，生民立命，小可据以治其身，炼身养气。
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张宇初还认为，儒家之士达则兼济天下，穷则独善其身，儒家隐逸之高士即道家。也可以说，道家中人大部分是先入世而后出世的。如果要追溯道家的起始，它与儒家同出一源，他说：
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道不行则退而独善，以全其进退于用舍之间而已矣。故高举远引之士，将欲超脱幻化，凌厉氛垢，必求夫出世之道焉，则吾老庄之谓是也。（《慎本》，《岘山集》卷一）
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如老子曾为周王朝史官，他著《道德经》是为了阐明内圣外王之道。鬻子、关尹、庄子、列子都曾为小吏，不得志而归隐为道家。故儒道同源，内圣外王为儒道共同的理想。
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张宇初熟悉儒家经典，认为儒家学说集中表现在六经中，他承袭先前儒家的说法，对六经的作用作了阐述：