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灵帝中平元年（184），朝廷被迫解除党禁，被赦的郑玄此时已享誉士林。自此而后，朝士豪强争相举荐，郑玄都不应：186年以平民装束见大将军何进，不应其府辟；188年被征为博士，不至，又被后将军袁隗举为侍中，以父丧不至；189年被董卓征，不应；191年避难徐州，徐州刺史陶谦对其颇为敬重；195年刘备继任徐州刺史，以师礼待之；196年受北海相孔融之邀回高密，作《戒子书》；197年袁绍邀其相会，表为左中郎将，不应，朝廷又征为大司农，“以病自乞还家”。
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献帝建安五年（200）春，郑玄病，袁绍令其长子袁谭遣使逼迫郑玄随军到元城（今河北大名东），六月卒。“遗令薄葬。自郡守以下尝受业者，缞绖赴会千余人。”(91)
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范晔在《儒林传》“赞”中不无遗憾地说：“斯文未陵，亦各有承。涂方流别，专门并兴。精疏殊会，通阂相征。千载不作，渊原谁澄？”(92)其实，他在《郑玄传》“论”中已经自答了“千载不作，渊原谁澄”的追问，即“郑玄括囊大典，网罗众家，删裁繁诬，刊改漏失，自是学者略知所归”。(93)的确，在很大程度上讲，郑玄穷其毕生才力综合两汉今古文之学，既是对汉代儒学尤其是经学发展的总结，又为后世儒学的光大奠定了文本和阐释的基础。
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今见郑玄著作比较完整的有《周礼注》、《礼记注》、《仪礼注》、《毛诗笺》，以及《周易注》中的《文言》、《说卦》、《序卦》、《杂卦》四篇注，它们都收录于《清人注疏十三经》中，中华书局有新式标点整理本行世。郑玄其他的著作都散逸了，少数残篇散见于后人的注疏之中。
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一、遍注群经
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如果说贾逵注重《诗》、《尚书》、《春秋》之学的话，马融则在融通今古文经学的同时，还注重子学，注解了《老子》、《淮南子》、《离骚》等。由于资料的缺失，如今我们难以知悉贾、马之学对郑玄的具体影响，但从郑玄的著作目录和流传至今的著作上，我们依然能看出郑玄承续了贾、马融通汉代今古学的趣向。从整个儒学演变的情形看，贾、马之作百不存一，而郑玄有关《诗》、《礼》的作品自唐太宗时代开始，就一直被视为士人的标准读本，并流传至今。撇开不可知的典籍流传过程中的失传因素不谈，这种情况起码说明郑玄的著作在汉后的世代儒者那里得到了广泛认可。而无论其原因如何，有一点毋庸置疑：从他们整个人生进程看，相较于贾、马二人，郑玄不仅更具儒者的君子品格，也更具“实事求是”的学者精神。因此，虽然贾、马、郑三人都有融通今古文经学之功，但郑玄在融通之外，既有总结之功，又有启发之用。
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皮锡瑞说：“今古之学若无郑注，学者欲治汉学，更无从措手矣！”(94)的确，郑玄对汉代经学的总结，最明显的证据即是他遍注群经。现据可考的史籍记载，把郑玄的著作列表（表十五）如下，再稍作申述。
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表十五 郑玄著作表
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说明：1．此表主要据王利器先生《郑康成年谱》中的“著述”部分内容，以及杨天宇先生《郑玄三礼注研究》第二章《郑玄著述考》的内容制成，择善而从。2．表中“纬”部一栏所列书目，并不表示郑玄事实上遍注了纬书，只是因为典籍中有证据证明郑玄曾注过某类“纬”下的某部或某几部纬书，故以类“纬”之名为其书目名，如郑玄曾注《春秋》纬《春秋运斗枢》，而《春秋》纬有十三种之多，我们无法证明郑玄没有注过其他《春秋》纬，故以《春秋纬注》名之，余者类推。3．表中“驳”目下，《发公羊墨守》、《针左氏膏肓》、《起穀梁废疾》虽没有“驳”之名，但考虑到三者是反驳何休之作，故归入“驳”类。4．“春秋”栏中《春秋左氏分野》、《春秋十二公名》的内容不可考，但其出现在《隋书·经籍志》“《春秋左传例苑》十九卷”注中，勉强以附录形式列入《春秋》类的“注”中。5．《隋书·经籍志》又载有《郑玄集》，但其时已亡，故篇目内容皆不可考，故不入本表。又，郑玄门人弟子编郑玄与弟子问答的《郑志》以及门人弟子所记郑玄之言而成的《郑记》，由于二者非郑玄亲著，且多散佚，也不入本表。6．郑玄尚有《戒子益恩书》未入本表，以其难以入类故。后文有论。
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由上表可知，郑玄不仅遍注群经，还注纬历术算等，这说明前引袁宏于《后汉纪》中说郑玄和马融“于篇籍之奥，无不精研”，范晔于《郑玄传》“论”中称其“括囊大典，网罗众家”，绝非虚言。就表中所示，应作申述的有如下几点：
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首先，郑玄所有述作名目中，“注”类作品最多。在“注”类中，郑玄对《书》、《礼》、《易》、《左传》以及众多纬书等都作了注，且以“礼”、“纬”二类居多。由于上述“说明”中的缘故，郑玄注纬名目多，并不说明注纬是其“删裁繁诬，刊改漏失”的主要内容。从上文生平介绍可知，其中年之后用力最多的是注“三礼”，而注纬大概是青壮年时受当时流俗影响所成。
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其次，参照第六章的“经注名目”表可知，“笺”是郑玄唯一使用的汉儒经注形式，而《毛诗笺》也是“笺”这一形式的唯一汉代作品。考郑玄《六艺论》：“注《诗》宗毛为主，毛义若隐略，则更表明；如有不同，即下己意，使可议别也。”(95)由此可知，“笺”是郑玄发明《毛诗》幽旨的一种经注方式。也就是说，这是郑玄独创的申述己意的注经方式。再考史籍，“谱”也是当时郑玄独用的方式，其《诗谱叙》曰：“此《诗》之大纲也。举一纲而万目张，解一卷而众篇明，于力则鲜，于思则寡，其诸君子，亦有乐于是与！”(96)两相参看，即知郑玄以《毛诗谱》来统率其“笺”，而“笺”反过来又申“谱”之义。如此咏注《诗经》篇章，郑玄乐在其中。考虑到汉时注《诗》儒者众多，而今三家《诗》已渺茫难知，独有郑“笺”的《毛诗》流传至今。这不能说没有郑玄此类经注的独创之功。
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再次，在非“注”类作品中，除了“谱”外，尚有“图”和“目录”。这说明，郑玄在通行的“注”之外，力求以更为直观简明的方式来呈现经的面貌。尤其是“目录”，正如我们在第四章已经指出过的，这是郑玄承续刘向之意整理注释“三礼”的重要门路。“三礼”流传至今，与郑玄这种努力是分不开的。详后文。
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至于非“注”名目中以“驳”和“答”类居多，其中又以与何休的论难居多，这是众所周知的郑何论战，已于第六章有论，在此略过。
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还有一个值得注意的问题是，郑玄遍注群经，其次序如何？按照清代礼学研究重镇黄以周在其《答郑康成学业次第问》中所论：以郑玄从学的先后论，先通《京氏易》、《公羊春秋》，次治《周官》、《礼记》、《左氏春秋》、《韩诗》、古文《尚书》，最后治《毛诗》；而以注经的先后论，则先注《周官》，次《礼记》，次《礼经》，次古文《尚书》，次《论语》，次《毛诗》，最后注《易》。(97)而皮锡瑞在其《六艺论疏证》中说：“郑学宏通，本先今而后古，著书次序，实始纬而后经。”(98)
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皮氏之论，是就今、古之学和经、纬之别而论，其意正好说明黄以周所论之理。
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二、辨彰“六艺”
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郑玄之遍注群经，并非随读随注，而是有着他自己对经纬子算历律等的总体理解。张舜徽先生在其《郑氏校雠学发微》中说：“《六艺论》虽已早佚，然就其残存者观之，知郑氏理董旧文，首在辨章六籍体用。”(99)下面，主要以严可均和马国翰所辑佚的《六艺论》为主，来看郑玄是如何看待“六艺”的。
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对于《诗经》，郑玄认为：
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诗者，弦歌讽谕之声也。自书契之兴，朴略尚质，面称不为谄，目谏不为谤，君臣之接，如朋友然，在于恳诚而已。斯道稍衰，奸伪以生，上下相犯，及其制礼，尊君卑臣，君道刚严，臣道柔顺。于是箴谏者希，情志不通，故作《诗》者以诵其美而讥其过。(100)
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