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从上述可以看出，罗钦顺尤所重者在心性方面。他所据以批评佛教，批评陆象山、王阳明及一切他认为异端之论者，皆主要在这个方面。重视心性理论，这是罗钦顺适应明代儒学理论重心变化而做出的自然反应。
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在理气论方面，罗钦顺与朱子分歧较大，盖朱子虽以天下未有无理之气，亦未有无气之理为前提，但朱子大量的理气先后、理气动静的讨论，以及以“所当然而不容已与其所以然而不可易者”言理，且有“理气决是二物”之言，更容易使人有分理气为二之感。罗钦顺看出朱子这一理论上的罅漏，意欲纠正之，故言理在气中。他说：
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理果何物也哉？盖通天地，亘古今，无非一气而已。气本一也，而一动一静，一往一来，一阖一辟，一升一降，循环无已。积微而著，由著复微，为四时之温凉寒暑，为万物之生长收藏，为斯民之日用彝伦，为人事之成败得失，千条万绪，纷纭胶而卒不可乱，有莫知其所以然而然，是即所谓理也。初非别为一物，依于气而立，附于气以行也。【9】
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这是说天地间实存的只有气，理是气上自然的条理，非别为一物。罗钦顺对于理的规定，比起程颐和朱子，要简单和直观得多。理是个含蕴非常复杂的概念，举凡一事物的根据、法则、条理、规律皆是理。程、朱对于理这一深刻的哲学概念的发掘与探讨，是对理气问题的深化，是对直观与常识的超越，是打开了一个形而上的境界。故朱子能以理气为基础展开为一个广大的思想系统，能在他的思想脉络中对科学、宗教、伦理、美学等诸形上领域及其关系作会通性思考。而罗钦顺则只涉及理的某个方面，虽然比朱子更符合常识，但规模和境界较朱子要小得多。程颐和朱子是在分理气为二的基础上将二者分开进行深入考察，然后再统合为一，罗钦顺则自始至终牢守气上认理之原则，故对理的探究未能深入，所得狭窄而拘限。宜其谓程颐与朱子于正见“小有未合”。而此小有未合，即理气未能统一。他所极力赞赏者，为程颢之浑沦圆一。
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关于理气，罗钦顺还有一段话非常重要：
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理只是气之理，当于气之转折处观之。往而来，来而往，便是转折处也。夫往而不能不来，来而不能不往，有莫知其所以然而然，若有一物主宰乎其间而使之然者，此理之所以名也。“易有太极”，此之谓也。……夫感应者，气也。如是而感则如是而应，有不容毫发者，理也。愚故尝曰：理须就气上认取，然认气为理便不是。此言殆不可易哉！【10】
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这里转折处便是条理、规则，条理、规则是气上自然显现出的。内不由于己，外不由于物。理与气各有其职能，实际发生运动变化的是气，气运动变化所遵循的规律和表现出的法则是理。此处所言，仍是罗钦顺一贯的说法。他在理气论上的观点，一言以蔽之，曰理在气中。
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罗钦顺在理气论上主理在气中，而在心性论上则主张天命之谓性，理一分殊，并且也服膺性即理。这就在性的来源上出现了明显的矛盾。理既在气中，且性即理，就不能言性出于天命，分殊之前有理一。如罗钦顺解释程颢“人生而静以上不容说”一句时就曾说：“人生而静，即未发之中，一性之真，湛然而已。”【11】这个解释遵循了朱子的中和之说，但也承认性理之独立性、绝对性。这与他一贯坚持的“气上认理”确已不能归一。这个矛盾，刘宗周即已看出，他在对罗钦顺的评论中说：
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心性之名，其不可混者，犹之理与气；而其终不可得而分者，亦犹之乎理与气。先生既不与宋儒天命、气质之说，而蔽于理一分殊之一言，谓“理即是气之理”，是矣，独不曰“性即是心之性”乎？心即气之聚于人者，而性即理之聚于人者，理气是一，则心性不得是二；心性是一，性情又不得是二。使三者于一分一合之间终有二焉，则理气是何物，心与性情又是何物？【12】
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黄宗羲承乃师之义，不仅在《明儒学案》之“师说”中高揭刘宗周以上评论之言，而且在“诸儒学案”中对罗钦顺此罅漏有更为显豁的批评：
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先生之论理气最为精确，……第先生之论心性，颇与其论理气自相矛盾。夫在天为气者，在人为心；在天为理者，在人为性。理气如是，则心性亦如是，决无异也。人受天地之气以生，只有一心而已，而一动一静，喜怒哀乐循环无已。当恻隐处自恻隐，当羞恶处自羞恶，当恭敬处自恭敬，当是非处自是非，千头万绪，感应纷纭，历然不能昧者，是即所谓性也。初非别有一物，立于心之先，附于心之中也。【13】
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刘宗周、黄宗羲师弟之理气论与心性论，有其理论之出发点与所要解决的问题，这些此处暂不讨论。但他们指出罗钦顺理气论与心性论的矛盾，却是正确的。
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罗钦顺之所以出现这样的矛盾，是因为他既想保持“天命之谓性”这一自《中庸》至二程以来把人作为一个性质上不同于任何生物族类的特殊动物来看待、来阐释，因而认为人性来源于天的传统，同时保持理一分殊在解释人、物在性质、功能、表现等诸多方面的圆活性、融通性、善巧性的优点，又要克服朱子以理为根本、以理统气所导致的理气二元倾向，以与明代初年曹端、薛瑄以来一直所追求的理在气中的主流趋势相应和。将这样多的理论内容和纠偏解蔽的学术意向糅合在一个体系中，不免有所渗漏。但他的这些努力，对此后将理气建基于一元论之上，弥缝其中的矛盾和罅漏，发展出东林、蕺山乃至王夫之、戴震的思想，都不能说不有助益。
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罗钦顺思想的一个重要之点就是对佛教和心学的批判。《困知记》中，涉及佛教的地方颇多，大部分是对儒佛心性论的辨别及对佛教的批评。对前辈儒者，他批评最多的是心学代表人物陆象山及其门徒杨慈湖。他也曾与当时名儒王阳明、湛若水、欧阳德、张邦奇（甬川）、崔铣（后渠）、李经纶等致书辩论，辩论的主要问题仍在心性方面。
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罗钦顺认为，儒佛之理论，最重要的区别在心性上，其他皆粗迹。心性之含蕴不同，故功夫亦不同。而心性之中，其异尤在性之一字。他在《困知记》中劈头即说：
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释氏之“明心见性”与吾儒之“尽心知性”，相似而实不同。盖虚灵知觉，心之妙也。精微纯一，性之真也。释氏之学，大抵有见于心，无见于性。故其为教，始则欲人尽离诸相而求其所谓空。空即虚也。既则欲其即相即空而契其所谓觉。觉即知觉也。觉性既得，则空相洞彻，神用无方。神即灵也。凡释氏之言性，穷其本末，要不出此三者。然此三者，皆心之妙，而岂性之谓哉！【14】
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此中对儒佛之别之大旨，及佛家思想之本质，提揭甚是深刻。其言佛学之功夫次第及其所得，所言尤其切至。在他看来，佛家所谓心，只一虚灵知觉，其所谓性，只一空境。儒家所谓心，除知觉之外，尚是性驻着之地，同时亦即是性发用为情之表显之地。儒家所谓性，乃人之生理，即人这一生物族类所以异于禽兽的独特本质。儒佛所言之心，内容上有相同的地方，但其所言之性，则完全不同，相去何啻千里。儒佛之别，其本质在对性的看法上。故可言释氏之学有见于心，无见于性。佛教之功夫，因无性之内容，故所求唯在心空。勘验其修学者所得深浅，亦唯在对空之觉解上。亦可说皆在心，不在性。因无见于性，故儒家所谓纲常伦理，佛家皆弃绝不讲。罗钦顺因此批评佛家“误天下后世之人，至于废弃人伦，灭绝天理，其贻祸之酷可胜道哉！”【15】此处虽沿用历代斥佛之论，但其真正用意在斥当世儒家之徒阳儒阴释，惑乱儒学，如张九成、陆象山、杨慈湖等人。他曾明斥张九成：“张子韶以佛语释儒书，改头换面，将以愚天下耳目，其得罪于圣门亦甚矣。而近世之谈道者，或犹阴祖其故智，往往假儒书以弥缝佛学，律以《春秋》诛心之法，吾知其不能免夫！”【16】攻击甚为严厉。
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作为一个儒者，罗钦顺卫道之心十分强烈，他最忧虑的，是佛教以其似是而非之心性论对儒家基本义理的溷乱。他所倾心敬服的，是程、张、朱子等大理学家对佛教的排击。他指出，异端之说，自古有之，其为害至大者，莫如佛教。特别是禅宗大兴后，倡直指人心，见性成佛之旨，其说更加玄妙。故儒士聪敏者喜其捷达，愚笨者利其神通，一入其门，渺不知返。特别是其中的高明之士，“其精神意气足以建立门户，其聪明才辨足以张大说辞，既以其道为至，则取古帝王精一执中之传，孔门一贯忠恕之旨、克己为仁之训，《大学》致知格物之教，《中庸》性道中和之义，孟子知言养气、尽心知性之说，一切皆以其说乱之。真妄混淆，学者茫然莫知所适。一入其陷阱，鲜复有能自拔者。故内之无以立大中至正之本，外之无以达经世宰物之用，教衰而俗败，不但可为长太息而已。向非两程子、张子、朱子身任斯道，协心并力以排斥之，吾人之不变于夷者能几何哉！”【17】此处对佛教之为害诚不无过甚之辞。对佛教有益于中国文化之处亦未能措眼，自不无褊狭之处。但他捍卫儒学之苦心，张大理学使之为学术中坚之意向却甚为明显。此点正《困知记》撰作之用心。
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罗钦顺早年从禅学入手，自谓受学以来，曾对佛学下过着实工夫，故其佛学造诣颇高。正因如此，他入室操戈，对佛教的批评很是深入，多能切中肯綮。他亟于辨清的，首在佛性之观念。佛性在他看来，不过“作用是性”。而儒家之徒之种种可怪之说，种种假借、依傍之论，多堕入“作用是性”套中。他说：
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昔达磨弟子波罗提尝言“作用是性”，有偈云：“在胎为身，处世为人，在眼曰见，在耳曰闻，在鼻辨香，在口谈论，在手执捉，在足运奔。遍现俱该沙界，收摄在一微尘。识者知是佛性，不识唤作精魂。”……此偈自是真实语，后来桀黠者出，嫌其浅近，乃人人捏出一般鬼怪说话，直是玄妙，直是奇特，以利心求者，安得不为其所动乎？然造妖捏怪者不止其徒，但尝略中其毒者，往往便能如此。吾党尤不可不知。【18】
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这是说，释氏所谓性，是指身心的自然功能，及事物的自然性质。觉解者知其为佛性之具体体现，不觉者执持为名相、妄想。此说本自平实，此后学佛者显其慧黠，弄出许多机锋公案，竞为玄妙奇特，以说佛性。儒门中人，亦起而仿效，以气之种种功能说性，入于佛教作用说性而不自知，抛却了孟子以来儒家性论之正统，此尤为可警惧之事。
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具见罗钦顺佛学造诣者尤在他对禅宗之重要经典《楞伽经》的分析与评论。他对此经的批评，集中在其中的以觉言性和以识言性二义。罗钦顺尝说：“佛氏之所谓性，觉而已矣。其所谓觉，不出乎见闻知觉而已矣。”【19】他认为，《楞伽经》之大旨，在“五法”、“三自性”、“八识”、“二无我”诸义。一切佛法，总括说来，皆不出此诸义所包括的内容。而此诸义，又不出所谓迷悟二途：有所觉之谓悟，无所觉之谓迷。执着诸相为迷，转识成智为悟。佛教的根本目的在使人觉悟。佛者，觉也。罗钦顺详细分析觉之义：
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觉有二义，有始觉，有本觉。始觉者，目前悟入之觉，即所谓正智也，即人而言之也。本觉者，长住不动之觉，即所谓如如也，离人而言之也。因始觉而合本觉，所以成佛之道也。及其至也，始觉、正智亦泯，而本觉朗然独存，则佛果成矣。……佛以离情遣着然后可以入道，故欲人于见闻知觉，一切离之。离之云者，非不见不闻无知无觉也，不着于见闻知觉而已矣。然则佛氏之所谓性，不亦明甚矣乎！彼明以知觉为性，始终不知性之为理，乃欲强合于吾儒以为一道，如之何其可合也！【20】
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此处对觉这一修佛根本目的及离情遣着的功夫标揭十分明白，其用意在于说明，佛教以知觉为性，与儒家之以理为性，其间分际甚明，不容混淆。儒佛二家都有人生出种种强说使之同，多见其为徒劳。
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对于佛家以识为性，罗钦顺分析更为细致，他指出，《楞伽经》四卷卷首皆云“一切佛语心品”，强调万法唯识，诸识唯心。故经中言识特详。罗钦顺对此经之六识、七识、八识作了详细分析，结论是：“诸识虽有种种名色，实无二体，但迷之则为妄，悟之则为真。苟能灭妄识而契真识，则有以超生死而证涅槃矣。真识即本觉也，涅槃即所觉之境界也。由此观之，佛氏之所谓性，有出于知觉之外耶？虽其言反复多端，穷其本末，不过如此。”【21】最后，罗钦顺还是归结到他对于儒佛根本宗旨的区别：吾儒以寂感为心，而佛氏以寂感为性。并批评儒佛中合同二者之谬：“佛氏以知觉为性，所以一悟便见得个虚空境界。《证道歌》所谓‘了了见，无一物，亦无人，亦无佛’是也。渠千言万语，只是说这个境界。悟者安有不省！若吾儒之所谓性，乃‘帝降之衷’，至精之理，细入于丝毫秒忽，无一非实，与彼虚空境界判然不同，所以决无顿悟之理。”【22】可以看出，他维护儒家的立场十分明确。