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顾宪成自言，为此数人辩冤、救援、护持，皆为国事，但皆陷入人事之纠纷。己之心只为是非邪正，不为私人交情。指为朋党，乃政敌打击、诬陷之借口。处于政治漩涡中之官吏，每人皆可有在某些事上政见相近者，但此政见相近者中不必事事皆相近，并且此相近中又有种种相左之处。不能指政见相近者为朋党。此理本极明白，人人皆知，但因涉及官吏进退升降、荣宠兴废之类身家性命之利益，尤其在万历、天启朝执政与私人，内阁与部员，齐、楚、昆、宣、浙各利益集团的斗争十分尖锐的时期，政见的不同演成党争似乎是不可避免的。顾宪成的严于是非邪正、君子小人之辨，在当时主要以利益斗争为考量准则的情势下是极难超然于党争之外的。就以李三才为例，顾宪成对李三才在反对矿监税使中所表现的为民请命、不恤权贵的精神大为赞赏，誉之为“豪杰之品”，特别赞赏他在遏止王锡爵复出上的积极作用，而王的复出，所关明朝当时政局甚大。故顾宪成在《自反录》中说：
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漕抚（指李三才）之可重，不特以其才，而以其节；不特以其有功于地方，而以其有功于世道；其有功于世道也，不特以其能御权阉，而以其能御权相；至其御权相也，又不特如乔道长所云“木偶兰溪（赵志皋）、四明（沈一贯），婴儿山阴（朱赓）、新建（张位）”而已，乃在遏娄江（王锡爵）之出耳。何者？娄江之再起，正否泰夬姤之一大机也。【3】
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其实，东林是有党派性的，不过这个党非小人结党营私之党，而是在政治活动中由相近的政见和相近的政治利益形成的派别。这个意义的党不仅应当存在而且实际上也是存在的。日本学者小野和子在她关于东林历史研究的著作《明季党社考》中说：
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如果要求改变政策，追求“天下之公”、“天下之理”的实现，那就不是靠言论，而必须用力量来改变言论，这就是朋党。这里的朋党，既不是过去的同乡形成的集团，也不是以座主、门生的关系个人的结合。正因为是以“天下之公”、“天下之理”形成的“公党”，因而是由君子组成的。而且这样的“天下之公”、“天下之理”决不是抽象的东西。【4】
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这是说，为了政治斗争的需要，为了加强力量，扩大阵线，结成党派是必须的，只要不是为了个人私利或因地域、关系等结成的利益集团。此点东林学派的创始者之一的高攀龙也曾说到过：
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欧阳公论朋党至矣，其曰小人无朋，唯君子有之。吾以为未尽也。唐虞之朝，九官为朋，四凶亦为朋，此两脉与天地相始终者也。……小人为图，则人各有心，而仇君子若天植其性，故不谋而合。……偏党之党，君子不党之党也；党类之党，则各与其党之党也。偏党之党不可有，党类之党不容无。君子之相与也，取其大节，掩其小疵，故末俗之雷同，持必察之独见。小人以君子为偏党，岂偏党哉！【5】
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这是说，政治之有朋党，自古而然，欲避而不得。圣如尧舜，其朝亦不免于党争。朋党可谓与天地相始终。欧阳修所谓“小人无朋，唯君子有之”之朋，乃孔子“有朋自远方来，不亦乐乎”之朋，指砥砺德义、夹辅学问之朋，非“小人朋比为奸”之朋。而政治中之朋党亦有辨，有君子之朋党，有小人之朋党。小人之朋党乃偏党之党，各怀其私心而结盟，以仇君子为共同职志。而君子之朋党，乃出于公心而形成的政见相同的阵营。此为党类之党。君子之党，出于公心，而末节处之不同容或有之。小人附和雷同，而怀私利之独见。故偏党之党，君子不齿；党类之党，不可不有。高攀龙还认为，历代未有不以朋党亡者。盖君主不喜朋党，因朋党使朝廷复杂化，难以驾驭。但政治又不能不有朋党。于是小人迎合君主此意而攻君子之党与为偏党，君子为避偏党之口实而疏离其党类。君子之阵线日削，势力日孤。而小人暗中结党以攻君子，而无偏党之名。缘此小人之营垒日强，气焰日张；君子被龁殆尽，终至亡国。此种情势历史上并不少见。高攀龙认为避免朋党亡国的关键，在君主能辨君子之党类与小人之偏党，从而进君子、退小人，天下由此而治。故天下治于君子之党，而非论党之有无也。此论带有很强的理想色彩。实际上，在政治中，不仅君子小人极难分辨，即能分辨，为保持各方政治力量的平衡，亦不能对所谓小人之党轻加斥逐。东林虽大体上为君子之党类，但因声名太重，所关当时政治者太大，故自觉不自觉卷入其中者甚多，而攀附者亦众，其间不能说绝无小人。而其中之君子，其行事作略亦不无可訾议处，故多有为小人之党所攻而无可辨白者。
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另从长远的政治眼光看，东林当时严辨君子小人，此点适所以自伤，于明末政局大有妨碍。对此，后人有较为持中的议论。如清儒朱一新（号鼎甫）说：
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东林讲徒盛于东南，厥后徇国难、为逸民者亦唯东南最盛。盖耳濡目染使然，非东南人性独善也。由此言之，讲学何负人国？东林声气太盛，遥执朝权，昧于“壮罔”、“用晦”之戒，亦非“思不出位”之义。后人当以为殷鉴。若其身在江湖，心存魏阙，非独君臣之义当尔，亦士大夫忧国之忱不容自己者也。使并此而无之，将君臣一伦泛乎若萍梗之偶相值，石隐者流且不可，况曾有位于朝者乎？薰莸莫辨，诸贤顾不得辞其责，而其中有别具苦心者，未可概论。【6】
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此论认为南明之时殉国诸君子，及明亡后隐居不仕之人，多受东林风节之濡染，流风余韵衍传数世，此其学对于当时及后世之影响。但东林讲学声名太盛，且裁量人物，讽议朝政，又与朝中之臣声气相通，遥相呼应，进而干预朝政，此不但昧于《易》韬光养晦之义，且有违“君子思不出其位”之训诫。此为后世士人当吸取之教训。但对东林之赤心热肠，锐身承当，身在草野而心忧国事的精神，又大加表彰，认为丧失此精神，将使士人忧国忧民的传统废坠不存。此诚深知东林之言。
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四库馆臣对东林学者的评论则自学者当暗修，不应聚徒讲评政治，且身在林下，不应锐身承当国事由此引起党祸着眼。此意具见顾宪成《泾皋藏稿》之提要，其中说：
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明末，东林声气倾动四方，君子小人互相搏击，置君国而争门户，驯至于宗社沦胥，犹蔓延诟争而未已。《春秋》责备贤者，推原祸本，不能不遗恨于清流。宪成其始事者也。考宪成与高攀龙，初不过一二人相聚讲学，以砥砺节概为事。追其后标榜日甚，攀附渐多，遂至流品混淆，上者或不免于好名，其下者遂至依托门墙，假借羽翼，用以快恩仇而争进取，非特不得比于宋之道学，并不得希踪于汉之党锢。故论者谓攻东林者多小人，而东林不必皆君子，亦公评也。足见聚徒立说，其流弊不可胜穷，非儒者暗修之正轨矣。唯宪成持身端洁，恬于名利，且立朝大节多有可观。其论说亦颇醇正，未尝挟私见以乱是非，尚非后来依草附木者比。【7】
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此虽对顾宪成个人之学问人品皆表敬仰，但对东林总体则持批评态度。其中谓攻东林者多小人，东林不必皆君子，其中小人攀草附木本为私仇之报复与官职之升迁，此亦实情。但四库馆臣是从清廷高压下士人之洁身自好专心学问之立场发言，与明末国事沸腾之局面下士人锐身承当之情势完全不同。谓暗修为学者正轨，此正东林亟亟辩驳者。如顾宪成对当时讲学不问世事之人极其鄙视，斥之为乡愿和功名利禄之徒。《小心斋札记》记载说：
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季时（顾允成）曰：“今人讲学只是讲学。”予（顾宪成）曰：“何也？”曰：“任是天崩地裂他也不管。”予曰：“然则所讲者何？”曰：“在缙绅只是明哲保身一句，在布衣只是传食诸侯一句。”予为俛其首。【8】
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顾宪成更明确指出：
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官辇毂，念头不在君父上；官封疆，念头不在百姓上；至于水间林下，三三两两，相与讲求性命，切磨德义，念头不在世道上，即有他美，君子不齿也。【9】
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高攀龙针对此等议论，自曝东林人士忧国之热肠：
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大抵吾辈罪名只在肠不冷。冷亦何难？恐逆天理耳。因思圣人在家则曰“吾其与闻”，在外则曰“必闻其政”。当时大段多事，不知何法免三家之忌？至匡人之围，桓魋欲杀，似不见饶。以先生之仁，直是于人无所不容，然见得是非极真，故世决放不过也。【10】
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认为士人不问国事易，不忘国事难。不忘缘于心不冷，心不冷缘于士人于国于民之责任之自觉。此为儒学相沿数千年之传统，乃天理之所在。但心热必招致当权者之忌恨，此在孔子即不免，更遑论顾宪成。凡不能独善其身而思欲救世者，世决放不过此等人。故此等人之悲剧结局，本早已心晰，不待旁人指点。而士人忧国忧民之传统，数千年传承，终是澌灭不得。高攀龙曾在致友人的书信中痛切指出：“诸人欲断东林脉，东林无官脉可断。若道脉，如何断得！”【11】认为讲学不废国事，就是承继儒家道脉。
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然以东林书院为中心的学者【12】，不管其讲学与否，皆人品磊落，风节可观，后世对这些人訾议不多。但政治上的东林党【13】，则其中多有小人。于东林恢复名誉后自附于东林者，更有小人。此点正是引起崇祯帝疑忌，并在寻求各政治力量平衡时对东林党人加以裁抑的重要原因。作为东林党人之遗属，对东林始末知之甚悉的黄宗羲，曾指出明亡与东林党人之关系：
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毅宗亦非不知东林为君子，而以其倚附者之不纯为君子也，故疑之。亦非不知攻东林者之为小人也，而以其可以制乎东林，故参用之。卒之君子尽去而小人独存。是毅宗之所以亡国者，和平之说害之也。【14】
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黄宗羲认为君子小人不并立，是非邪正不容混淆，故宣扬两党和衷共济之所谓“和平之说”不能成立。故与其说明之亡于两党之争，莫如说亡于崇祯帝之不能挺东林之君子，退反东林之小人，反因东林中有小人从而怀疑东林之主流谋国之忠，而用反东林者制衡之，遂使君子尽去，朝署为之一空。所以黄宗羲特别反对和平之说。对“东林中亦多败类，攻东林者亦间有清操独立之人”虽若首肯，但对所谓“东林持论虽高，但对当时筹边制寇等当务之急无有良策；攻东林者自谓孤立任怨，然对明末朝纲紊乱法纪不振的现实无有尺寸之功，徒以忮刻胜东林”等调停两可之说特别反对，力驳其似是而非。【15】
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对东林种种行为之辩护，以及严于君子小人、是非邪正之辨，是黄宗羲被说成“党人习气”的根据。但黄宗羲秉承东林而有之气节风骨，实明末清初士人出处大节之楷模，后人之訾议难掩其光辉。他在《明儒学案》中对东林党人的总评，十分恰切沉痛，是关于东林之评的有数文字：
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论者以东林为清议所宗，祸之招也。子言之：“君子之道，譬则坊与。”清议者天下之坊也。夫子议臧氏之窃位，议季氏之旅泰山，独非清议乎？清议熄，而后有美新之上言，媚奄之红本。故小人之恶清议，犹黄河之碍砥柱也。熹宗之时，龟鼎将移，其以血肉撑拒，没虞渊而取坠日者，东林也。毅宗之变，攀龙髯而蓐蝼蚁者，属之东林乎？属之攻东林者乎？数十年来，勇者燔妻子，弱者埋土室，忠义之盛，度越前代，犹是东林之流风余韵也。一堂师友，冷风热血，洗涤乾坤。无智之徒，窃窃然从而议之，可悲也夫！【16】
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