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“灵魂”一词，英文为soul，是指与“肉体”相对应的非物质方面。相当于中文“灵与肉”中的那个“灵”，西文“物质与精神”中的那个“精神”。其说在西洋哲学中至关重要，可说是西洋哲学的“半壁江山”。所有的“唯物论”与此有关，所有的“唯心论”亦与此有关。又由于其输入之时，正当中国明末“心学盛行”之期，两种“心学”相碰撞，就极有可能造成以西洋“灵魂”之学释读中国“心学”的学术格局，这又是“儒西之争”的一个重要方面，当然亦是“佛西之争”或“禅西之争”的一个重要方面。
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兹先撮述“灵魂”之学在西洋的演进过程。古希腊哲学中“灵魂”被视为生命之原则。泰勒斯以“灵魂”为事物内部所固有，是事物运动变化之内在动力，一如磁石吸铁是因磁石有“灵魂”。阿那克西美尼视灵魂为“气”，人而能抟为一体，即赖此“气”。赫拉克利特则以“逻各斯”为“灵魂”所固有，“灵魂”具有思想与理智之功能，具有意识之功能，人之智慧即在于认识“逻各斯”，听从“逻各斯”。毕达哥拉斯学派则分“灵魂”为生气、心灵、表象三部分，其中“心灵”系“灵魂”之理性部分，为人所独有。又接受“灵魂不死”之说，认为“灵魂”依命运之规定而轮回。德谟克利特则以“原子”释“灵魂”，认为“灵魂”是由圆形、表面光滑之“原子”构成，故是能动的；又认为“灵魂”与“理智”同类，能产生感觉与思想。
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苏格拉底以“灵魂”为活动事物所具自己活动之力量，因而“灵魂”被视为人体生命之源，人体呼吸与再生之力量。柏拉图提出神赋予世界以“灵魂”、“世界灵魂”弥漫全宇宙之观点，认为有形事物受“灵魂”主宰与统治，是非独立的与有死的。又以“实体”释“灵魂”，作为平常意义上之个人是实体，作为个体死亡后能活下来者亦必是实体。又认为人之“灵魂”由理智、意志、欲望构成，把“灵魂”与有理性、意志、行动之个人等同。
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亚里士多德撰《论灵魂》，以“形式—质料”之说释“灵魂”，认为“灵魂”与肉体是不可分离的，“灵魂”乃是一切生命体之原因与基础。他分“灵魂”为营养的、感觉的与理性的三种，分别对应植物、动物与人类。人类“灵魂”中营养与感觉部分随人体生灭而生灭，理性部分则独立于人身实体，不随人体生灭而生灭，故是不朽的。此不朽之部分，即是所谓“心灵”。他以为“灵魂”乃肉体之“隐德莱希”与“能动的合目的性”，它是高于肉体的，因而只有它才是人之“本质”。斯多葛派（Stoics）则以“白纸”喻“灵魂”，外物映之则有“印象”，加工印象则有“表象”，回忆表象则成“观念”，加工观念（如通过判断推理等）则有可靠之知识。卢克莱修分“灵魂”为灵魂、心灵两部分，心灵又含理性、意志等。此两部分均是有死的。生命与感觉源于灵魂与肉体之结合。
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中世纪经院哲学以“上帝”释“灵魂”，认为“个人灵魂”乃上帝在人当中之“影象”；又视“灵魂”为上帝之创造，如托马斯·阿奎那。“灵魂”高于肉体、“灵魂”是肉体的本质等观点，得到普遍认同，如托马斯·阿奎那认为“灵魂”之智慧能力（他以为“灵魂”有感觉与智慧两种能力）完全不受肉体束缚，约翰·邓斯·司各脱认为“灵魂”是肉体的本质形式，布鲁诺认为“宇宙灵魂”乃是物质运动之内在原因。
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布鲁诺与毕方济同是意大利人，但布鲁诺活动的时间比毕方济稍早，且前者反叛天主教，而后者献身于天主教。1582年毕方济出生时，布鲁诺刚刚出版其一系列著作，如《论原因、本原与太一》（1584）、《论无限、宇宙与众多世界》（1584）、《论英雄热情》（1585）、《论单子、数与形》（1590）等。1592年，布鲁诺被指控为异端，落入宗教裁判所之手，此时毕方济刚好十岁。在布鲁诺1600年被烧死于罗马百花广场十年之后，毕方济抵达澳门（1610），开始其华土传教事业。又十四年后撰成《灵言蠡勺》，既是输入西洋宗教之书，又是输入西洋哲学之书，对于F. 培根（1561—1626）之前的西洋哲学，特别是西洋灵魂哲学，大致上都作了介绍。培根的《新大西岛》一书，与《灵言蠡勺》同年出版（1624）；之前培根著有《论说文集》（1597）、《学术之进步》（1605）、《新工具》（1620）等。
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F. 培根被马克思视为“英国唯物主义和整个现代实验科学的真正始祖”〔33〕，他关于“灵魂”的学说，也完全是“近代性”的。如他以“神经活动”释“灵魂”，以“真正的物质”释“灵魂”，以“分子之最初运动”释“灵魂”等等。当然他并未完全摆脱经院哲学的影响，如区分“人之灵魂”与“动物灵魂”，并视前者源于“上帝一口气”等。灵肉关系入近代，以“精神与物质”、“思维与存在”、“心与身”、“心与物”等等的名目，再次进入西洋哲学讨论的中心话题，如笛卡尔、洛克、莱布尼兹、贝克莱、休谟、康德、黑格尔、费尔巴哈等大哲，无不致力于此。只是不在毕方济《灵言蠡勺》的介绍范围之内。
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毕方济于天启甲子（1624）七月撰《灵言蠡勺·引》，论及“灵魂”之学与西洋哲学的关系，云：“亚尼玛（译言灵魂，亦言灵性）之学，于费禄苏非亚（译言格物穷理之学）中为最益，为最尊。古有大学，牓其堂曰：认己。谓认己者，是世人百千万种学问根宗，人人所当先务也。其所称‘认己’何也？先识己亚尼玛之尊，亚尼玛之性也。若人常想亚尼玛之能，亚尼玛之美，必然明达世间万事。如水流花谢，难可久恋，惟当罄心努力，以求天上永永常在之事。故格物穷理之君子，所以显著其美妙者为此。推而齐家治国平天下，凡为人师牧者，尤宜习此亚尼玛之学，借此理以为齐治均平之术。”〔34〕“灵魂”之学是西洋哲学（“费禄苏非亚”）中最为重要的部门之一，介绍“灵魂之学”，自然也就介绍了“西洋哲学”。苏格拉底“认识你自己”（“认己”）之说，在这里再次被介绍到中国，这是中国学界应当重视的。
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《灵言蠡勺·引》又说：“盖亚尼玛之学，理居其至崇高之处，以临御亚尼玛之欲能怒能（说见篇中），可以驾驭使之从理。凡诸情之动能节制之，治人之法，一切临御驾驭节制之势，略相似焉。君子在上，以恩德柔善良，欲能之象也；以威棱御强梗，怒能之象也；以法制禁令消弭乱萌，节度诸情之象也。亚利斯多曰：医者欲疗肉体之病，尚须习亚尼玛之学，治人者疗灵心之病，其须习也殆有甚焉。等而上之，欲论天上之事，其须知此，又更有甚焉者。”〔35〕亚里士多德（“亚利斯多”）的哲学在这里再次被介绍到中国，也是中国学界应当重视的。
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《灵言蠡勺》又说：“盖从亚尼玛可以通达天神无质者之情状，而亚尼玛还想本己之性，亦略可通达天主之性。为依其本性所有诸美好，可溯及于诸美好之源故也。故古昔典籍，无不赞叹亚尼玛，谓之甚奇。如曰亚尼玛为世时与永世，两时间之地平。（世时者有始有终，永世者无始无终。天下万物皆有始有终，天主无始无终。亚尼玛有始无终，在天主与万物之间，若周天十二宫，六宫恒在地上，六宫恒在地下，而地平在其中间，为上与下分别之界限也。）如曰亚尼玛为有形之性与无形之性，两性之缔结。如曰亚尼玛为宇宙之约（谓上则为天主之肖像，天神之相似，下则为万物之所向）是也。故亚吾斯丁曰：费禄苏非亚总归两大端，其一论亚尼玛，其一论斯。亚尼玛者，令人认己；论斯者，令人认其源。论亚尼玛者，使人可受福；论陡斯者，使人享福。今略说亚尼玛四篇，一论亚尼玛之体，二论亚尼玛之能，三论亚尼玛之尊，四论亚尼玛所向美好之情。总归于令人认己而认陡斯，以享其福焉。方之本论，未免挂一漏万，聊当嚆矢，以待异日详之耳。”〔36〕奥古斯丁（“亚吾斯丁”）的哲学及西洋各种“灵魂”之说，在这里首次被介绍到中国，也是中国学者应当重视的。
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《论亚尼玛之体》又论及“逻辑在先”与“时间在先”之区分：“何谓成于赋我之所，赋我之时？以明非造成之初先造几□□□。原居天上，与天神同，或他贮，随时取用也。又非欲赋予时先化成，后赋予也。又非肉身之外造成灵魂，并合为一也。日造肉身，肉身已成，日造灵魂而赋之新，新非故。即成时，便赋界，即赋畀时，便成。成与赋，但有原先后，无有时先后。（时先后，如器先造而后用，如水先源而后委也。至如日光一照，若高若下，同时俱有，特从金水月天而至于地，不得言由地而至于月水金天。此谓原先后。却非日光某时先至金水月天，某时后至于地，故无时先后。又若父子等相因而有之物，亦有原先后而无时先后，何者？当无子时，不可谓父，有子而可谓父，故父子之称，同时俱有。）”〔37〕此处区分“逻辑在先”（“原先后”）与“时间在先”（“时先后”），提出“但有原先后，无有时先后”之重要命题，不仅是中文文献中的第一次，不仅是中国哲学史上的第一次，更有助于深化中国哲学中“理气先后”之类深层问题的讨论，完全是一个“近代哲学”问题，值得中国学术界关注。
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在论述“心”与“亚尼玛”之关系时，《论亚尼玛之体》再次涉及“逻辑在先”与“时间在先”的区分：“又从此推，或言人心为亚尼玛之所，但居中心而制百体，如国主居朝，宰制四境。此亦非也。亚尼玛全在全体而活其体模，其体若在一分，即全在其分，而活其分，模其分，无有方所，何得言但居中心而遥制各方？然亚尼玛虽全在所在，活之模之，而每于中心施为运用，诸关生命之事，如身中之火，身中之血，皆从心而出，若水自泉源，分别枝派。故谓心为亚尼玛之初所，又为亚尼玛之终所。初所云者，非谓初居中心，次及各分也。为诸关切生命之事，由心运用，故运用之初，似在心始。终所云者，非谓先在诸分，退归于心。而人命终为诸关生之事，既由心运，及于末际，诸分谢事，心犹运用，渐至终绝，故运用之末，似在心终也。盖亚尼玛在心而在诸分，活心而活诸分，模心而模诸分，无有时先后，止有原先后耳。”〔38〕此处完全是用中国哲学中“理一分殊”、“月印万川”的模式，释读“人心”与“亚尼玛”之关系，“在心而在诸分，活心而活诸分，模心而模诸分”，就是一个“月印万川”的模式。可知这个模式的实质就是“逻辑在先”而无“时间在先”，“无有时先后，止有原先后”。又可知这个“逻辑在先”的思维，是约400年前中西哲学讨论中经常使用的模式。
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以上是《灵言蠡勺》第一篇《论亚尼玛之体》主要内容的转述与分析，可以看出，它对西洋哲学的介绍，已有相当的深度与广度。该书第二篇《论亚尼玛之灵能》，又涉及“论记含者”，介绍西洋“记忆”理论；“论明悟者”，介绍西洋“知性”学说；“论爱欲者”，介绍西洋“情感”学说。第三篇（属于卷下）《论亚尼玛之尊与天主相似》，从性、模、行三个方面，论证“亚尼玛”之至真至善至美可“相似”于“天主”，表面上是一个宗教的宣传，实际是对西洋哲学的介绍，其“内核”是哲学的。尤其对奥古斯丁的哲学，述之甚详。第四篇（亦属卷下）《论至美好之情》，虽不再以介绍西洋哲学为重点，但其所论，却可为中国哲学中“大美”、“大善”之最好注脚。差别只在中国哲人不在“大美”、“大善”之上加上一个“主”，而西洋哲人要在“大美”、“大善”之上加上一个“主”。一讲“无主”之“大美”、“大善”，一讲“有主”之“大美”、“大善”，其“大”可互释。西洋哲学入近代，放弃了“主”，同时也就放弃了“大”字与“至”字，因而就与中国哲学完全背道而驰了。他们不知去掉“主”，也是可以讲“大”讲“至”的。
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总之通过《灵言蠡勺》，诸多西洋哲学的核心内容在约400年前被介绍到中国来，这是不容否认的。
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在16世纪末、17世纪初，西方哲学家在干什么呢？我们可以把1623年前后五年的事情说一说。1618年英国的弗兰西斯·培根被封为威尔拉姆男爵，德国的开普勒开始撰写《哥白尼天文学概要》。1619年法国的笛卡儿再次从军，在诺伊堡冬营中领悟“学问之方法”。荷兰的格劳秀斯写成《论基督教的真理》，德国的开普勒写成《宇宙的调和》。1620年英国的F. 培根正在撰写《科学的新工具》，意大利的康帕内拉写成《论物的知觉与魔法》。1621年英国的F. 培根辞去公职，专事著述。法国的巴索写成《自然哲学》。1622年德国的伯麦写成《走向基督之路》。
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1623年法国的帕斯卡出生，英国的F. 培根写成《学问的权威与进步》，意大利的康帕内拉写成《太阳城》。1624年法国的伽桑狄写出《对于亚里士多德学派的逆说的研究》，英国的赫尔伯特写出《真理论》。1625年英国的F. 培根出版《论文集》，次年培根逝世。荷兰的格劳秀斯出版《战时及平时法》。1627年英国化学家、物理学家波义耳出生。1628年英国的哈维写出《论心脏与血液的运动》。〔39〕
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从以上背景我们可以知道，《记法》、《童幼教育》、《西学凡》、《灵言蠡勺》等书在中国的刻印，正值“西洋近代哲学”发源的时期。所以这些书没有把“西洋近代哲学”介绍到中国来，但却把“西洋近代哲学”之前的“西洋哲学”介绍到中国来了。
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第二节 明确以“西学”指称欧洲学问
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《破邪集》〔40〕所载《辨学蒭言》（自叙一，辨凡五），可能是中国学术史上明确以“西学”指称欧洲学问的首部中文著作。
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“三山陈侯光”所撰《辨学蒭言》已明确地将“儒学”与“西学”对举：“近有大西国夷航海而来，以事天之学倡，其标号甚尊，其立言甚辨，其持躬甚洁。辟二氏而宗孔子，世或喜而信之，且曰圣人生矣。余详读其书则可异焉。孔子言事人而修庸行，彼则言事帝而存幻想；孔子言知生而行素位，彼则言如死而邀冥福；孔子揭太极作主宰，实至尊而至贵，彼则判太极属依赖，谓最卑而最贱。”〔41〕第一项涉及“无主”与“有主”之对立，第二项涉及“营生”与“营死”之对立，第三项涉及“太极”与“反太极”之对立，均是中西哲学要讨论的根本问题，非仅为宗教之争也。
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《辨学蒭言》之“自叙”接下来判定“西学”之性质：“其以时王之赏罚为轻也，则无君之罪甚于杨；其以亲之鞠育为小也，则无父之罪甚于墨；其以理谓非性之本有也，则外义之罪甚于告子。独讬事天事上帝之名目以行其谬说。呜呼！大西借儒为援，而操戈入室，如螟特附苗，其伤必多。乃崇其学者半为贵人，为慧人，愚贱如小子设起而昌言排之，则唾而骂者众矣。虽然，孔子之道如日中天，大西何能为翳。惟夷教乱华，煽惑浸众，恐闲先圣者，必愤而不能默也。”〔42〕“借儒为援”是陈侯光对当时“儒西之争”格式的一种概括。
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陈侯光《辨学蒭言》正文共五章，分别为：“西学辨一”，讨论“祭论”中西异同；“西学辨二”，讨论“爱论”中西异同；“西学辨三”，讨论“德论”中西异同；“西学辨四”，讨论“主论”中西异同；“西学辨五”，讨论“理论”中西异同。全书就是一部“中西哲学比较”之专著。
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第一章交代背景说：“大西有利玛窦者，言航海数万里而至中华，以天主之教倡，复引《诗》、《书》所称上帝为证，其友庞、毕、艾、龙辈相与阐绎焉，著书数十种，世之疑信者半。有客过东庠居士，东庠居士问客。”〔43〕然后用对话体讨论中西哲学异同。东庠居士问客：“自古迄明，郊天飨帝，孰得而行之？”客答：“天子也。”东庠居士曰：“诸侯祭封内山川，大夫祭宗庙，士庶人祭先祖，圣人祭礼有定典矣。惟天至尊而无对，则燔柴升中，非君不举焉。凡经书所载，祀圆丘，类上帝者，孰非禹汤文武也。玛窦令穷簷蔀屋，人人祀天，僣孰甚焉。且上帝不可形形，不可像像，玛窦执彼土耶稣为天帝，散发披枷，绘其幻相，渎孰甚焉。夷书亦云道家所塑上帝俱人类耳，人恶得为天皇帝耶？在道家则讥之，在彼教则崇之，抑何相矛盾也。且彼谓耶稣即上帝，是禹汤文武周公孔子所昭事者，诬耶稣也，诬禹汤文武周公孔子也，适所以自诬也。”〔44〕
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第二章中客以“醉西教”的身份出场，问：“子尊上帝而不敢僣不敢渎，则闻命矣。然玛窦谓天主化生天地万物，乃大公之父也，又时主宰安养之，乃无上共君也。人凡爱敬不忘者，皆为建祀立像，岂以大父共君而不仰承拜祷之，则亦至无忠至无孝矣。”东庠居士答曰：“此真道在迩而求诸远者也。……今玛窦独尊天主为世人大父，宇宙公君，必朝夕慕恋之，钦崇之，是以亲为小而不足爱也，以君为私而不足敬也，率天下而为不忠不孝者，必此之言夫！……玛窦之言曰：近爱所亲，禽兽亦能之，近爱本国，庸人亦能之，独至仁君子能施远爱。是谓忠臣孝子与禽兽庸人无殊也，谬一。又曰：仁也者乃爱天主，则与孔子仁者人也、亲亲为大之旨异，谬二。又曰：人之中虽亲若父母，比于天主独为外焉。虽外孝而别求仁，未达一本之真性也，谬三。又曰：宇宙有三父，一谓天主，二谓国君，三谓家君，下父不顺其上父而私子以奉己，若为子者听其上命，虽犯其下者不害其为孝也。嗟乎！斯言心亦忍矣，亲虽虐必谕之以道，君虽暴犹勉之至仁，如拂亲抗君，皆藉口于孝天主可乎？谬四。又曰：国主于我相为君臣，家君于我相为父子，若比天主之公父乎？以余观之，至尊者莫若君亲，今一事天主，遂以子比肩于父、臣比肩于君，则悖伦莫大焉，复云此伦之不可不明者，何伦也？谬五。就五谬而反复玩味，谓余言苛耶，非苛耶？吾人居尧舜之世，诵孔孟之书，乃欲举忠孝纲常而紊之，而废之，以从于夷，恐有心者所大痛也！”〔45〕