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如《畸人十篇》之第五篇，名“君子希言而欲无言”，以西洋哲学的“默教”证儒家“木讷近仁”之说。曹给谏问：“吾幼读孔子木讷近仁及利佞之说，即有志于减言，且闻贵邦尚真论，今愿闻禁言之法，言幸以告我，以证圣人之旨，以坚此寡言于同□□。”
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西士回答说：“西陬一大贤格剌得氏，其教也以默为宗，帷下弟子每七年不言则出，出其门者多知言之伟人也。是默也，养言之根矣，根深养厚而株高干枝盛也。又尝出一名师，教人论辩，所著格物穷理诸书，无为为比，至今宗用之。而其人每静默希言，或问之曰：子自不言，何能教人言？对曰：子不见夫砺石乎，己不动不利能使刃利焉。凡器之小而虚，则其声扬，器之大而充，则无音。何谓？小人中无学问，惟徒以言高耳；君子充实而美，斯无言也。善行为善言之证也，行也，无音而言矣。……造物者制人，两其手，两其耳，而一其舌，意示之多闻多为而少言也。其舌又置之口中奥深，而以齿如城，以唇如郭，以须如檩，三重围之，诚欲甚警之，使訒于言矣。不尔，曷此严乎？”〔84〕
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此篇以“希言”、“减言”、“不言”为核心，专门讨论中西哲学中的“语言”问题，可以视之为四百年前中国哲学史上的一篇“语言哲学”专论。
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十、以西哲之“成见”颠覆中国“仁者以天地万物为一体”之观念
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如《代疑篇》所列第四项争论。此项争论题为“答物性不同人性人性不同天主性条”，开篇即讨论中国哲学中最核心之观念——“仁者以天地万物为一体”。其言曰：“问：仁者以天地万物为一体，儒先至言也，今欲辟轮回之非而曰人物不同性，人与天主性尤迥绝，果儒先之言尽非乎？曰：儒先之言，自有所为为，隘视吾身者守其一膜，与天地万物绝不相关，泛视天地万物者任其惨舒荣悴，与吾身绝不相涉。是以自私自利，相戕相贼，宁知原来同一炉冶，故明儒特醒之曰：是吾一体，分虽殊而理则一，派虽别而源则同，如见入井之孺子而怵惕，见堂下觳觫而不忍见牕，□之草与自家生意一般，皆实境实情，惟仁者见其然焉。然云以之为体，则彼亦一体，此亦一体，不可强而同明矣。”〔85〕彼亦一体，此亦一体，并不妨碍天地万物为一体；只有在“西式思维”的格局下，才妨碍之。
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该篇又说：“今夫明镜在悬，万象摄入其中似乎实有，然而摄者虚象也，光去则不留，体移则尽换，镜与影原非同体，岂不昭然！若论性体不同，诸篇自有明解，姑摘言之。如草木依类而生，依期而长，止有生魂而不知趋避，是无觉魂也。禽兽有草木之生长，而能趋能避，是有觉魂然不论义理，是无灵魂也。人魂兼有三能，能辩理之是非，别人之可否。禽兽有是乎？今言草木不同于禽兽，人皆信之，独谓禽兽不同于人性，无有信者，则轮回之说溺其见，而又一体之说成其讹也。”〔86〕
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“性不同”则不能为“一体”，这是西洋哲学的“成见”，实不足以颠覆中国“一体之论”。目之性在“视”，耳之性在“闻”，心之性在“明”，足之性在“行”，如此迥异，各行其是，如何能抟为“一体”呢？西洋哲学以为不能，以之为“讹”，恰恰忽略了一项最基本事实：“人体”乃是宇宙中最妙之“机体”，目、耳、心、足等等，就共处于这个“机体”中，共同完成这个“机体”特定之职能，如何能说“性”不同就不可以为“一体”？草木之性不同于禽兽之性，禽兽之性不同于人之性，此三者抟为“一体”，又如何不可以呢？天地万物均不同“性”，但却共同成就宇宙这个最大的“机体”，这就是中国哲学中“仁者以天地万物为一体”的观念，这个观念西洋哲学至今不能领会。
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该篇又说：“尝谓人有三世，母腹一世，出胎一世，归天堂一世。在胎不盈一掬，自谓至适，不知人世之宽也。出胎见天覆地载，方骇广大无比，又不知天堂之无穷无际也。天堂之与人世，人世之与母胎，广狭不同量矣。此人性、天性之别也。学者不明此理，徒见一体之说，脍炙已久，袭舛承讹，遂至泛滥无极。卑者认物为我，与众生轮回，既无了脱之期；高者认天犹凡，谓福尽降生，宁有敬事之念。悞认一体，流弊至是，不可不深辩也。”〔87〕以“人有三世”而证“一体之说”之误，似很难立足。
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总之《代疑篇》全书是代中儒向西学提问，又代西儒答复并从而反驳中学，故自中儒一方言是“代疑”，自西儒一方言亦可谓为“代答”。名《代疑篇》可，名《代答篇》亦未尝不可。作者杨廷筠以自问自答之体裁，在明末全面展开“中西之争”与“儒西之争”，以之为“近代儒学”之源始，不亦宜乎。
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十一、以西洋哲学中之“材料”与“形质”释读中国哲学之“气”
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如《三山论学记》载：“观察公曰：谓二气之运旋者非乎，抑理也？曰：二气不出变化之材料，成物之形质，然则物之准则，依于物，而不能物物。《诗》曰有物有则，则即理也，必先有物，然后有理，理非能生物者。如法制禁令，治之理也，指法制禁令而即为君乎？谁为之发号施令而抚有四国也？若云理在物之先，余以物先之理归于无主灵明，为造物主。盖造物主未生万有，其无穷灵明必先包涵万物之理，然后依其包涵而造诸物也。譬之作文，必先有本来精意，当然矩镬，恰与题肖者，立在篇章之先，是之谓理。然而谁为之命意构句，绘章琢句，令此理跃然者？可见理自不能为主，当必有其主文之人。繇此观之，生物之理，自不能生物，而别有造物之主无疑矣。”〔88〕
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此处艾儒略以西洋哲学中的“材料”与“形质”释读中国哲学之“气”，显然是扞格不入的。他又在“理”之先加上一个“主”，认为万物之先必有“造物主”存在，以西洋哲学中的“时间在先”与“实质在先”释读中国哲学中的“理物先后”，以“有主哲学”解构中国“无主哲学”，显然亦难奏效。然却是典型的“中国近代哲学”的思维格式。
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又如《万物真原》之《论元气不能自分天地第四》所载，中士问：“天地之先，惟有一气，其清者分而为天，其浊者分而为地，此乃天地之根也，何复论造物主哉？”艾儒略答：“气者不过造物之材料，非可自造物也，且据云分而为天，分而为地，则已有分之者，果元气之能自分乎？元气之说，夫何所考？或者不知天地来繇，姑举元气以为天地之根柢。然以理推论之，凡物受生，必有四所以然，而后能成。曰质者，曰模者，曰造者，曰为者，缺其一必不能成物。而论凡物之生，又分两种，有生成者，有造成者，两种俱赖四者而成。试论生成之物，如人以形躯为体质，以灵性为模，以父母为造作，以父母继嗣之本意为为。再观造成之物，如瓦器以土为质，以式为模，以人工为造，以其所适之用为为。万物皆然，则天地之先纵有元气，亦断不能自分为天地万物，必有造之之主明矣。
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“又，凡造物者必先有其物，当然之象在明觉中，因照内心之象，然后能成其物也。譬如工匠造器，必先有器之象了于胸中，然后能信手造出，如无此象，便懞然不能措手矣。今元气更无灵觉，不能明了天地之象，何能造天地哉？又，凡造物者必在物体之外，如工匠造器，必不分其体为器皿，须以他物造之，其工匠固在他物外也。今元气浑在物物中以成万物，是元气为物体而不在外，仅可为质者、模者，而不可为造者、为者也。”〔89〕
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此处以“材料”释“气”，乃是中国近代哲学家以“质料”释“气”的始作俑者；又以亚里士多德“四因说”（“四所以然”）驳斥中国哲学之“元气说”，亦肇中国哲学所谓“近代化”之端。
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十二、以“物之元质”释读“太极”
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如《三山论学记》载：“相国曰：太极也者，其分天地之主也。儒略曰：太极之说，总不外理气二字，未尝言其为有灵明知觉也。既无灵明知觉，则何以主宰万化？愚谓于天地犹木瓦于宫室，理也者，殆如室之规模乎？二者缺一不得。然不有工师，谁为之前堂后寝、庖湢门墙，彼栋梁而此榱桷也？向呈拙述物原之论，师相谓深入理窟，正合今日之所举矣。儒者亦云：物物各具一太极。则太极岂非物之元质，与物同体者乎？既与物同体，则囿于物而不得为天地主矣。所以贵邦言翼翼昭事，亦未尝言事太极也。”〔90〕
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以“物之元质”而释读“太极”，不正是三百余年后诸多“中国近代哲学家”努力为之，乐于为之的吗？这是一种“实体主义”的思维，这是一种“本质主义”的思维，以“实体主义”释读中国哲学，以“本质主义”释读中国哲学。此种所谓“近代化”，是起始于明末，而非清末，更非民国之后。
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十三、以西洋“原罪”说释读中国哲学之“恶”
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如《三山论学记》载：“相国曰：人之善恶赏罚既不可免，则天主生人，何不多善少恶，善或不可多得，何不荐生贤哲之君？君仁莫不仁，君义莫不义，而天下万世治平不亦休哉？曰：父母生子，岂不欲皆贤，以身为范而督教之，然有不肖者，此乃其子之过，何可委咎厥父耶？人性原无异禀，天主至善，岂有赋予恶性之理？故人之生也，天主赋以明悟之知使分善恶，又赋以爱欲之能使便趋避，知能各具，听其自传。第其原罪之染未除（原罪之染，详见别篇），则本性之正已失，明悟一昏，爱欲顿僻，由是趋避之路，因而渐歧。其为善恶之分者一也。形躯受之父母，则血气有清浊，所谓禀气是也。禀气乃灵性之器具，或有良易冲和者，或有躁虐暴戾者，生平举动多肖之而出。其为善恶之分者二也。
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“人所居处，五方风气不同，习尚因之各异。见闻既惯，习与成性。其为善恶之分者三也。然天主所爱者善，无不多方启翼之，所恶者恶，无不多方儆诫之。但人不愿为善，顾愿为恶，而天主强之于善，无有是理。人各有所为之善恶，自应各受善恶之报，而谓天主不加，亦无是理。若使天主赋性于人，定与为善，不得为恶，虽造物主之全能无不能者，顾必如此而后方为善，则为善者天主之功，岂得谓为人之功也哉？如天主生火，其性本热，民赖以生，然非火之功也；日之光，万方毕照，日亦曾有何功可赏？缘火之热、日之照，非其本心则然，其性定于此，不自知其然而然也。赏罚上主不爽，善恶听人自造，盖如此已。
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“至论笃生贤君，亦以此可推。夫帝王士庶，同是赋禀，然帝王之力无所不举，能为善则功德甚大，苟为恶则罪愆亦甚大。是非天主定其善恶，亦世主之自为善恶也。吾教大行之地，则代有圣哲，主持教化，政平俗美，上下和乐，熙熙穆穆，此岂大主偏厚此一方人耶？上下皆尊崇圣教，自不肯为非也。彼不知上有至尊之畏而恣意妄为者，则极之不律，民将何从？风俗浸漓，乱贼踵接，自贻伊慼而责望于天主，谓将有靳焉，非通论矣。”〔91〕
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此处艾儒略以西洋“原罪”说释读中国哲学之“恶”，乃是一个全新的视野。又以“有主哲学”而对决“无主哲学”：西士以为覆非天之功、载非地之功、光明非日月之功，故不当敬祭天地日月，而当敬祭其主宰者；中士则以为覆即天之功、载即地之功、光明即日月之功，故当敬祭天地日月，故中土才有天坛、地坛、日坛、月坛之置。“有主哲学”造成西洋之“一神教”，“无主哲学”造成中土之“多神教”。
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十四、中西两种“灵魂观”之对决
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