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尽管哲学史向来被描述为柏拉图思想与亚里士多德思想相互斗争的历史，但是，亚里士多德从未想过要与柏拉图完全决裂，毕竟，柏拉图是他整整二十年的老师、朋友。亚里士多德赞同柏拉图，认为事物的形式至为重要。不过，亚里士多德主张，事物的形式就在事物之中，而不在事物之上或之外的某个地方。与柏拉图相比，亚里士多德更像是科学家而不是哲学家。据说，柏拉图学园门楣上有言，不学几何者不得入内。与此相反，亚里士多德的吕克昂则堆满了科学展品、收集的岩石、植物、动物标本。与早期的哲学家不同，他不但相信感官，而且运用感官，去观察、收集标本和做实验，当然，我们必须要说，在某些情形下，他更相信理性而不是真实的实验。（许多世纪之后，伽利略通过实验表明，大石头并不比小石头下落快，这与理性的推理相反——也与亚里士多德未经检验的预期相反。）
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正如他的老师柏拉图，亚里士多德也追寻万物的本质，这也是理性的事业。因此，亚里士多德的哲学有大部分在分析理性和推理的方式——逻辑、归类和解释、“辩证法”（或对话式辩论）甚至修辞。但是，亚里士多德认为，如果根据形式来解释理性，就只能依赖于“空洞的言辞和诗意的隐喻”。
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然而，亚里士多德的哲学也包括某种“超越”，不过，它超越的不是感性经验，而是事物的现实状态。他强调的不是事物当前所是，而是它们的潜能。正如我们指出的那样，亚里士多德并不回避这个世界存在变化。相反，他接纳这个事实，并且在自己的哲学中为某种变化，比如自我实现、成长和发展，留有特殊的位置。尤为重要的是，他是生物学家。甚至亚里士多德在《诗学》（Poetics）中对希腊悲剧的说明，也来自生物学。在亚里士多德的“有机”的艺术模型中，戏剧要像身体的器官那样共同运作。
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亚里士多德的身份以及他对自然主义解释的强调，并没有让他放弃古老的泛灵论，即泰勒斯所说的“万物有灵论”。不过，这些所谓的“诸神灵”根本上来说就是事物本身的生命原则，即它自己的形式，当然，这里的“形式”包括亚里士多德所说的事物的功能。比如种子，如果只是根据它的构成以及它当前的形式和特征，是无法得到充分理解的。要理解种子，就必须考虑其长成某种植物的潜能，为了理解这点，就必须承认它具有某种内在原则，即引导着它发展的蓝图。当然，亚里士多德不知道我们现在所谓的脱氧核糖核酸或 DNA，也不知道较为原始的“基因”概念。不过，他确实知道特定的种子无疑会长成特定的植物，动物只能生出同类的幼崽，而孩子们的长相和行为举止与他们的父母很像。
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因此，亚里士多德哲学的核心特征就是目的论（实际上这是他与柏拉图共有的特征，不过柏拉图并没有这样加以强调），即万物都具有目的性。不可否认，石头的目的简单而迟钝——呆在某处一动不动，或者在适当的时候下坠。（人们不应该认为它们是有意决定这样做的，当然，至于石头可能有意识这种想法，亚里士多德是不会认真对待的。）植物和动物则有更加复杂的目的，植物和动物的构成部分也有更加复杂的功能（它们的共同目的就是让植物或动物生存）。
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当然，人的行动各有目的，但他们的根本目的，即人类生活的目的，决不能简单被理解为特定的人甚至整个社会的人认为想要的东西。在这方面，苏格拉底的方案就重新进入了视野，即向人们表明，他们想要的许多东西根本上是不值得追求的，至少不是那么值得追求。根据亚里士多德的说法，人类生活有一个目的，毫无疑问，它正是苏格拉底所提倡的目的：认识人是具有理性能力的动物，并依照理性过有德性生活。
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不过，在我们进入亚里士多德的伦理学之前，重要的是理解他独创性的形而上学，它在与柏拉图的形式论的竞争中，至少奠定了后来六十代人的研究方向。他的哲学、他的目的论的基本原则，远离了宇宙生成论，即不再试图去说明宇宙的起源，而是导向宇宙以及其中万事万物的性质问题。确实，亚里士多德根本没提出某种宇宙生成论，在他看来，宇宙永恒存在，没有开端也没有终结。但是，他的确有必要说明事物之潜能的观念——它可以且将会成为什么——以及规定和引导这种潜能的内在原则。
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对于柏拉图而言，形式规定了个别事物，而且与个别事物不同，然而对于亚里士多德而言，事物的形式只不过是引导性的内在原则。柏拉图有时会说存在某种唯一的形式，无限多的个别事物所“分有”的形式（在前苏格拉底哲学家们那里，有时被称作“多中之一或一与多”的问题），然而，亚里士多德主张，最终存在的无非是个别事物，这匹马、这棵树、这个人。亚里士多德进而强调，并不存在超越的实在，没有所谓的形式世界，只有世间的个别事物。
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亚里士多德在称呼这些个别事物时，用了特别的名称，即实体。个别的人——比如苏格拉底——就是一个实体。一匹马、一棵树或一条狗，都是一个实体。理解苏格拉底或一匹马、一棵树、一条狗，无需去看苏格拉底、一匹马、一棵树以及一条狗之外的东西（比如形式）。当然，事物由部分构成。苏格拉底、马和狗都有腿、毛发、眼睛和鼻子。树则有叶、干、枝和根。但是，这些部分相互组合形成完整的个体。显而易见，这里再次以生物学作为典范。
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重要的是要理解，亚里士多德既强调个别事物的独立存在，又主张事物有其特征或属性这个显而易见的观念的重要性。前苏格拉底哲学家们认为事物由基本要素构成，事物如何变化，它们如何从一种事物转变为另一种事物，这样的问题就成了谜团。实际上，这是个显然的矛盾。亚里士多德则避免了这样的问题。根据他的说法，实体是具有属性的基质。实体本身并不会消失，比如说炉子不再热而变冷了，苏格拉底曾经有头发如今秃顶了。
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并非事物的所有特性都同等重要。有些是本质的——它们规定着实体本身；另一些是“偶然”的——依附性的、非本质的，它们可能呈现是在事物中，但是，即使它们没有呈现在事物之中，事物也仍旧是其本身。苏格拉底没有了头发，也仍旧是苏格拉底。但是，如果苏格拉底变成了青蛙——当然，这不是一只特别能说会道且有德性的苏格拉底式青蛙，而是一只非常普通的只会呱呱叫的青蛙，那么这只青蛙就不会是苏格拉底。事物的本质是由这类属性构成，它们使事物是其所是，而事物只要没有了它们则不再是其所是。比如，苏格拉底的本质包括如下事实：他是人，也是哲学家。相比之下，苏格拉底的发型只是苏格拉底的附属性质，和他的真正本性无关。这种对个别实体和本质的务实谈论，是亚里士多德哲学的核心，它消除了诉诸柏拉图所说的神秘形式的需要。
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回顾前苏格拉底哲学家，我们就会明白，希腊思想在很大程度上源自他们早期关于万物本性和实在本性的思索。为了回应早期唯物主义者的还原论和原子论者乏味的多元论，亚里士多德恢复了世界原初、常识的丰富性，而且并未因此牺牲掉前苏格拉底哲学家们提出的敏锐洞见。他接受他们关于宇宙的基本“质料”的各种提法，称赞他们所取得的进步，并且指出他们过度窄化了对于世界的解释。其中某些过分强调了质料而忽视了形式的重要性。为了回应巴门尼德和芝诺那些令人困扰的论证，亚里士多德认同赫拉克利特，主张变化的实在性。亚里士多德表明，巴门尼德混淆了“是”这个动词的两种不同意义，第一种意义指示存在，第二种意义指的是“谓词‘是’”，这个“是”断言实体具有属性或特征。确实，不可能无中生有。但是，作为存在的“是”与作为谓词的“是”的众多不同应用是相互兼容的，现在可能是冷的事物，能够变成热的。现在的橡子能够变成橡树。有存在，也有生成。而且它们同样真实，根本没有矛盾。
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赫拉克利特曾经假定，逻各斯是所有变化的基础。为了取代逻各斯，亚里士多德假定了“运动和静止原则”，它们是每个存在者自身内部的变化原则（但它们自身不会变化）。但是，亚里士多德至少有个观念看似与赫拉克利特的逻各斯相应，那就是他的神的概念，它是所有运动的基本原则，即“第一推动者”。我们更多是通过亚里士多德而不是在他之前的希腊人获得关于神的明确观念，亚里士多德的神完全脱离了神人同形同性论，它是原则而不是人。色诺芬尼曾提出一神的观念，用来取代古希腊流行宗教中神人同形同性的诸神。巴门尼德完全可以通过宗教的方式加以解释，柏拉图通过苏格拉底提出的概念也常常可以作神学解释。但是，后来所谓的“哲学家的神”（毫无崇拜意味）是亚里士多德赋予我们的。
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一定不要以为，亚里士多德的神只是自然原则，就像18世纪“自然神论者”的上帝那样，不过是驱动宇宙发展的“第一因”而已。神不会只是显现，然后就消失不见。在亚里士多德那里，关键问题集中于目的论。每种活动都有一个目的，它是存在于其终结处的理想，它不处于存在世界之外，而在活动本身之中。尽管如此，但若以回望的眼光来看，亚里士多德还是可以被视为给后来基督教的上帝概念提供了绝佳的基础。宇宙本身的终极目的、除去所有质料而在自身中存在的唯一形式，就是神。神是永恒的，是自身完满的。他是全部的现实，是最终目的，是渴望，是所有事物向往和（力图）实现各自潜能的目的。同时，神是完全现实的活动，是纯粹的思考活动，是“思考自身的思想”。这个神与后来统治基督教的上帝有何共同之处，这是极具争议性的难题，至今仍充满争议。
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有关神的纯粹物理学观念（推动世界运转的第一因）与有关神的目的论观念（作为世界的终极目的）之间的差异，突显出亚里士多德核心的“原因”概念的复杂性。人们可以说“原因”这个词容易令人误解，甚至很不成功，因为“原因” 在今天往往被用来排除目的论观念，甚至就此而言已经成了物理学理论的基石。比如，生物学中的因果说明通常就是用来取代目的说明的。进化论和自然选择理论，就是用来取代传统的创造论，后者通常被认为是上帝意志的表达，是指向某个自然目的的。因此，当要否定人是出于自己的理由选择某种行动时，就可以说他是以某种方式“被引起”（无异于“被强迫”）。
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亚里士多德区分了四种不同的“原因”，但对于亚里士多德而言，一种“原因”就是一个解释原则，是某个“理由”、某个“因为”。通常我们所谓的原因，多半是直接的自然原因，它只是某种原因。四种原因分别是：质料因，即构成事物或活动的质料；形式因，即引导和解释发展的形式、本质、内在原则；目的因，即目标、目的，“那个要达成的东西”，活动所针对的对象；动力因，即我们通常所谓的原因，开启或停止某个活动的直接触发者或“推动力”。
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在最近关于因果关系的叙述中，尤其是由于现代科学革命，事件的“原因”一般被理解为刚好先于事件的变化条件，它们最好地说明了事件的发生。8号球滚向底袋的原因是它受到5号球的撞击。群畜乱窜的原因是狗弄散了畜栏。她失败的原因是听从了顾问的不适当建议。（又或者，你的同事在被雨淋湿之后抱怨说，暴雨的原因是我们忘记了带伞，当然，这种说法很荒谬。）
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相比之下，亚里士多德的质料因现在只是偶尔被用作原因，比如，“毯子烧着的原因是它由易燃材料制成。”就原因的当代意义而言，亚里士多德的的形式因甚至更少被视为原因，罕见的例外或许是如下这样的说法：“计划失败的原因在于设想失误。”数字命理学家可能也会说到形式因（比如，“13是个不幸的数字，而你正好是在13排”），但是，即便这类解释被视为“原因”，它的地位也极其可疑。
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在科学中，目的因不再是可接受的，这或许是亚里士多德的方案与现代思维最为不同的地方，这不只是术语上的不同。我们提到过，进化论就是这样的领域，目的论解释被抛弃，取而代之的是纯粹（有效）的因果说明。几乎所有生物学领域都显示出同样的倾向。门外汉或许会说，植物的叶子转向阳光是为了接受更多的照射，但是，优秀的植物学家会指出，植物茎细胞中的水分增多，所以植物会扭向某个特定方向。门外汉会说，心脏的目的是向全身各处输送血液，但是，生理学家会坚持认为，心脏是循环系统中的动力器官，在不断收缩中将血液输送至全身各处。门外汉（或者电视节目《自然》［Nature］的讲解员）或许会说，羚羊有角是为了保护自己、进行交配和吸引雌性。但是，任何头脑清醒的生物学家都会坚持认为，因为羚羊正好有角，这些角现在可用于保护自己；雌性羚羊碰巧对那些有角的公羊更有兴趣，因此，较多的雄性羚羊天生就具有较大角的基因，而较多的雌性羚羊天生就对有较大角的公羊更有兴趣。恰巧被鹿角吸引到雄鹿群中，因此更多的雄性羚羊天生具有更大鹿角的基因，更多雌性羚羊天生会被雄鹿鹿角吸引。
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（当然，亚里士多德会反对这样的进化论点。他认为，物种不会进化。每个物种都是永恒的，在亚里士多德看来，认为物种通过自然选择的突发事件应运而生的观念极为荒谬。）
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这些解释若不涉及生命物，就不会产生什么争议。没有哪个现代科学研究者会像亚里士多德那样，认为石头倾向于落到恰当的位置，行星和恒星受欲望驱动，或者说，磁石确实“吸引着”金属片。然而，如今甚至是人的行为都难以用“目的因”来说明，即目的论的解释难以令人满意。自觉的科学心理学家坚持认为，人的行为不过是刺激——反应，即原因和结果。欲望不是根据它们的目的（即所欲求之物）得到解释，而是被当作激发行动的状态。确实，在当代“心灵哲学”中有非常强有力的运动主张，欲望根本不真实，它只是源自亚里士多德的陈旧解释的“大众心理学”的残余。这些理论家认为，将来我们会把所有的行为解释为神经状态和神经事件，换言之，完全根据亚里士多德所谓的动力因进行解释。
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倘若亚里士多德的目的论有道理，对于困惑的读者甚至专家而言，形式因与目的因难以区分开来的说法或许令人感到欢欣鼓舞。活动的目的可能就是它的定义，即它的形式因。我们不妨来看看钓鱼活动。根据定义，钓鱼就是设法抓住鱼。但是，钓鱼的目的也是抓住鱼。由于绝大多数或至少许多人类活动都是根据其目的加以定义的，因此形式因无非就是目的因。不过，数学为我们提供了形式因的无数例子，亚里士多德之所以称毕达哥拉斯为哲学家，就是因为后者发现了形式因。而在柏拉图那里，形式就是“分有”它们的万物的（形式）原因。
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质料因的发现要归功于前苏格拉底哲学家们，例如泰勒斯、阿那克西曼德、阿那克西美尼和赫拉克利特。正如我们所提示过的那样，亚里士多德也不是这些哲学家的再现；但是，这样的说法使得亚里士多德可以把之前的整个哲学史解释为通向他的一系列发现。他对目的论或目的因的强调，使他既可以融合柏拉图说过的东西，又可以根据最终目的（包括宇宙本身）来解释所有人类行为以及通常而言的自然。这幅激动人心的画面，即使“不科学”，也足以让哲学家和非哲学家们兴趣盎然，至今仍对人们有很大启发。
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在我们最后转向亚里士多德的伦理学之前，或许应该再次回到我们的哲学戏剧中再三出现的角色，即人的灵魂。我们已经指出过，在早期希腊思想和埃及思想中，灵魂很可怜，除非加以具化，它是在任何意义上都无法存在的幻影。在某些希腊哲学家看来，特别是德谟克利特，灵魂没有什么特别的，无非是原子而已。但是，由于毕达哥拉斯和俄耳甫斯教，灵魂具有了新的含义。它或许仍需要身体，但它可以通过轮回转世寻找新的身体。而且，由于毕达哥拉斯、苏格拉底和柏拉图，灵魂成了理智和德性的居所。它成了形式世界的构成部分，它自身就是永恒的。然而，亚里士多德拒斥了形式世界。那么，他对于灵魂有什么看法呢？
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首先，亚里士多德认为灵魂不仅是人这种存在者的形式，也是所有生命物的形式。特别是，动物也有形式。正是它们的形式（而不只是它们的质料）使得它们得以存活。当然，它们的形式包括它们的各种不同功能，包括吃、呼吸、移动和感觉。但是，亚里士多德毫不犹豫地把动物的形式称之为“灵魂”（anima）。因此，植物也有形式，尽管它们的功能更加有限。（亚里士多德从他大量的田野调查中发现，植物与动物之间的分界线并不能够那么容易分辨。）不过，就植物像有生命的存在者那样具有运行功能而言，植物也具有灵魂。
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