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自爱利亚学派起，哲学家们不再把目光停留在自然界中的某一个元素（水、火、气等）或一种规定性的事物（数）作为万物本原，他们开始理性思考，寻找能普遍解释宇宙整体的事物。
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公元前5世纪至公元前4世纪，唯物主义出现了一种新的观点，认为本原是许多物质微粒，它们构成多种多样复杂的事物。亚里士多德称为“元素论”，元素是物质，具有物理性质，与毕达哥拉斯学派的数不同，元素是不可感的物质微粒，不同于伊奥尼亚学派提出的物质整体状态，如水、火、气等。元素可能是“四根”，也可能是“种子”，或者是“原子”。四根说和种子说是原子论的理论先驱。
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恩培多克勒，生于公元前495年，卒于约公元前435年。据说，他也是巴门尼德的学生。他认为自然界中的四大元素水、火、气、土是构成自然界的基本要素，称它们为“四根”。世界万物都是由这四大元素按照不同的比例混合而成，并随着这种结合方式的变化而变化，或者消失。四根是不会变化的，每一种元素都是绝对的存在，性质状态十分稳定，是“永远的一”。在恩培多克勒的眼里，不变的四根混合或者分离，以不同的比例构成各种感性事物，这些感性事物构成了整个自然界。
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恩培多克勒认为，四根本身没有组合和分离的能力，它们的分合需要外力才能完成。这外力是“爱”与“恨”，“爱”使四根相互结合，“恨”使四根分离。“爱”与“恨”在希腊语的意思是“友好”和“争吵”。他把四根的分合、自然界的合力和斥力与人类情感作类比。虽然恩培多克勒运用了“爱”与“恨”比喻物质世界的运动变化，但并不代表他把自然本原与人类道德混淆。他设定四根之外的力量来解释四根的运用变化，表现出朴素唯物主义直观的局限性。
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阿那克萨哥拉，生于约公元前500年，卒于约公元前428年。既是哲学家，又是物理学家、化学家、天文学家、数学家，他与古希腊政治家伯里克利是好朋友。他的哲学思想在希腊哲学史上具有不可替代的重要地位。
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阿那克萨哥拉认为，万物的本原是无限的“种子”，他在物质性的世界中寻找万物的本原。在他看来，世界上任何东西都不会无中生有，万物的本原是多种形状、颜色和味道，却无法看见的“种子”。
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根据阿那克萨哥拉的说法，“种子”的性质有以下几点：一、种子是无限的，数量和种类都是无限的；二、“种子”是混合而存在的；三、“种子”本身没有运动的能力，只能通过外力产生作用；四、“种子”有永恒的属性。
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另外，“理智”也是阿那克萨哥拉哲学思想中的重要观点，他是西方哲学史上第一个把“理智”上升到高于物质的哲学家。他所说的“理智”，具有永恒、无限、无形、独立的特点，是一个新的概念。相比于恩培多克勒的“爱”与“恨”的比喻修辞，“理智”的概念更加具有概括性和思辨性。理智知晓一切，并且主宰一切有灵魂的东西。
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阿那克萨哥拉在欧洲哲学史上做出了巨大的贡献，体现在三个方面。一是阿那克萨哥拉第一次把哲学从外邦带入希腊，影响了后来的苏格拉底、柏拉图和亚里士多德等伟大的哲学家；二是第一次把看不见的“种子”作为万物本原，使自然哲学更加深入地探讨事物内部；三是阿那克萨哥拉第一次把精神上的东西“理智”作为本原，为后来的哲学革命奠定了基础。
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原子论的创立与发展
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留基伯（约公元前500年-约公元前440年），是伊奥尼亚学派的思想家，他最早创立原子论，被称为“原子论之父”。他不仅继承了伊奥尼亚学派的科学理性主义哲学，而且受过巴门尼德和芝诺的影响。据说，留基伯曾经与巴门尼德一起研究过哲学，但是他们的观点完全对立。他认为，存在和非存在都是存在的，这就是原子和虚空，是事物生成的缘由。留基伯尝试把巴门尼德和恩培多克勒的学说调和，发展原子论。因为他们的思想与近代科学的观点相近，避免了许多在哲学上易犯的错误。
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人们对留基伯的了解极少，提到原子论的代表人物，更多的是他的学生德谟克利特。
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德谟克利特（约公元前460年-公元前370年），是伟大的唯物主义哲学家和希腊人中第一个百科全书式的学者，是希腊文化史上仅次于亚里士多德的第二博学的人。据传，他曾跟阿那克萨哥拉学习，也与苏格拉底探讨过哲学。他丰富了留基伯的原子理论，提出新的原子论，用虚空和原子都是客观存在的悖论来表达他的观点。他认为，原子和虚空是万物的本原，原子是由坚固的、无缝隙的、紧密的物质构成，不可分割，内力和外力都不能使其破碎。他还提出，虚空是原子存在和运动的根本条件，是原子存在的容器和原子运动的前提。假如空间是填满的，原子就没有运动空间，事物也就无法形成。原子在虚空的运动中形成万物，一旦原子分离，事物就会消失。在他看来，万物生成的根本原因在于虚空和原子。虚空概念是德谟克利特做出的巨大贡献，是西方哲学史上第一次提出“空间”的理论。
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德谟克利特还认为，原子是充实的，所以是“存在”；虚空是稀疏空虚的，所以是“非存在”。“非存在”不是纯粹的虚无，不是不存在，而是相对充实的原子而言，虚空是不充实的，“存在”与“非存在”都是实在的。这种看起来十分诡异的观点，事实上是因为对存在进行无穷可分才导致非存在。
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在德谟克利特看来，原子在虚空中处于永恒运动的状态，原子自身的运动是它们本质特征之一，事物运动的原因是原子本身的属性决定的。原子和原子所构成的物体的运动都是由动作和承受引起的。他区分了原初的运动和继起的效果，称其为冲动和反应。这个观点对亚里士多德的动力学观点产生了巨大的影响。德谟克利特还猜想：原子在没受到阻力的情况下将进行匀速直线运动。他主张原子的大小和形状都有区别，结合的次序和位置也有不同，以此来说明万物性质的不同。因此，在德谟克利特的思想里，原子的质相同，量有大小、形状、次序和位置四种区别。同时，他还在西方哲学史上最先提出两种性质学说，认为物体的形状、大小、结构和运动是物体本身固有的第一性质，颜色、气味、滋味是第二性质，不是物体本身所固有的。德谟克利特还认识到感觉具有主观性，也具有局限性。认识分为真实的和模糊的，模糊的认识是视觉、听觉、嗅觉、味觉和触觉。
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德谟克利特还提出“旋涡运动”的说法。他认为宇宙在最初时，无限的虚空中存在着无限多、大小不一、形状各异的原子，它们朝不同的方向凌乱地运动，相互碰撞，形成旋涡运动。类似的原子会在旋涡运动中聚集在一起。比如火元素是圆形的、光滑的、最精细的和最活泼的原子聚集在一起形成的；土元素是钩形的、粗糙的、较大的原子结合起来形成的。其他的一些相同的原子聚集起来，成为水、气元素。这四大元素再聚集成万物。在无限的虚空中，原子形成的旋涡有无数个，所以从旋涡中产生的世界也是无数个。德谟克利特认为天体起源于旋涡运动，这个观点对于天体演化论具有重要意义，近代哲学家笛卡儿和康德都是根据他的旋涡学说提出近代科学中新的旋涡说。更值得注意的是，德谟克利特认为世界有无数个，都是有生有灭的，没有东西无中生有。原子是永恒的，不生不灭，它们构成元素、物质和世界，这是物质形态的转化。再者，世界的产生、成长和消亡都具有必然性，这个必然性就是自然界中固有的运动变化规律和事物的因果制约关系。
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在认识论上，德谟克利特继承了恩培多克勒的“流射说”，提出了著名的“影像说”，利用原子论说明人的认识活动，对近代西方哲学的经验论提供了重要的借鉴作用。
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德谟克利特的思想汇合了理性主义与经验主义，他意识到，理性地认识事物会比感性认识更加真实。他也清晰地知道，理性的认识与感性的认识不可分割，理性以感性为出发点，才能避免理性陷入空想。
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简而美的哲学小史 ◇第二章◇从苏格拉底到亚里士多德
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希腊哲学的“古典时期”，大致是公元前5世纪到公元前4世纪40年代，希腊被马其顿统一前的100多年。当时正是希腊城邦体制步入衰落的时期，也是希腊哲学发展最繁荣的时期。
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相比于早期希腊哲学，古典时期的希腊哲学以雅典哲学为主。这一时期的希腊哲学主要通过逻辑论证来进行研究，研究对象与范围扩大到人和社会、社会公正、国家性质、人生意义等方面。纵观整个希腊古典哲学发展的历史，苏格拉底的学说为之奠定了坚实的基础，之后的柏拉图、亚里士多德都在此基础上做出了伟大的贡献。
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智者学派的普罗塔哥拉
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