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伊丽莎白的近臣们以及沃尔辛厄姆请求女王处死玛丽。在整整17年里，他们一直试图说服女王采纳他们的建议，但伊丽莎白并不想成为现代史上第1个亲手下令处死另一个君主的国王。然而，1586年仲夏，当沃尔辛厄姆向女王禀报他们成功破获了一起针对女王的阴谋时，她动摇了。安东尼·巴宾顿（Sir Anthony Babington）是一个出身高层的英国天主教徒，他与同伙谋划绑架、谋杀伊丽莎白，把玛丽扶上王位。这个阴谋是经过玛丽首肯的。毫无疑问，沃尔辛厄姆精心修改了玛丽的信件，使得她看上去比实际上更像一个同谋。但在硝烟弥漫、杀气森森的政界，结果就是一切。伊丽莎白怒不可遏，那种狂怒是都铎王朝专制君主的特色。在致沃尔辛厄姆的信函中，她写道：“在这种情形下，毫无回旋余地，我们应把仁慈丢到一边，采取极端措施。
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在审讯前，通常会向受刑者展示各种各样的刑具，这是审讯的第1阶段。这些骇人的拥有巨大破坏力的刑具让人不寒而栗，受刑者脑海中立即浮现出各种惨不忍睹的画面，这已经足够使他们乖乖合作了。
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如果他们不老实坦白，我命令你把他们带到拷问架旁边，先对其进行威吓。倘若森然的刑具仍不能使其开口，你应让他们尝尝拷问架到底什么滋味，直到你认为目的达到为止。”最后，玛丽被监禁，巴宾顿和15名同犯被拖到伦敦塔关押。两名沃尔辛厄姆的间谍被释放，剩余的14人以叛国罪被处以绞死、挖出内脏、四马分尸。
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这是伊丽莎白即位28年以来第1次下令执行的恐怖司法杀戮，这很可能暗示了时代的变迁。1586年9月20日，巴宾顿和6名同伙被公开处死，在死亡到来之前，他们眼睁睁地看到同伴们被一个一个地劈开身体，拖出内脏，砍成碎片。公众对这一血腥场景的反应是欢欣鼓舞的，人群始终在兴奋地鼓掌，伊丽莎白同样如此。第2天，剩余的7个谋反者被简单地公开吊死。这是大不列颠最后一次施行绞死、挖出内脏、分尸的酷刑。第2年的2月，苏格兰女王玛丽在佛泽林盖城堡（Fothering Castle）里被砍头，行刑在外人不得入内的情况下私密进行。
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谋反者与苏格兰女王不是死于伊丽莎白统治下的全部人员。在她统治时期，拉肢架、绞刑架、绞索这些工具从来没有闲置，各种各样的偷鸡摸狗之徒被残忍地迫害。小偷在第1次行窃被抓时将失去一只耳朵，再犯则割掉另一只耳朵，第3次偷窃就被吊死。妓女也同样，初犯失去一只耳朵，第3次被抓就被割掉鼻子。
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1584年，即巴宾顿阴谋破获的两年前，尼德兰统治者、奥兰治的威廉亲王（William of Orange）不幸遭到谋杀。荷兰在世纪初沦为了西班牙的政治和宗教附庸。威廉成功地将西班牙人驱逐出去，因而声誉日隆，成为欧洲最受爱戴的统治者之一。一个叫巴尔萨扎·杰勒德（Balthazar Gerard）的宗教狂热分子在1584年刺杀了威廉。他被一群愤怒的民众抓获，在当地守卫赶到之前，众人已将他打得半死，然后在他的伤口里抹上大把大把的盐，用斗篷包裹全身，扔到白兰地与醋的混合液中浸泡，直到守卫赶到，他才保住性命。他被拖到当地监狱，在接下来的18天，遭到反复折磨与拷问。第1天，他被带到一个公共刑台上，犯下不赦罪恶的那双手被迫猛地插进一大锅滚烫的沸水中，奇怪的是他竟然未流露出丝毫的痛苦表情。第2天，他被再次带到刑台上，砍掉双手，他再次表现出了惊人的冷静，仅有的反应就是满不在乎地把残肢从台上踢下去。在接下来的11天，他的身体被刑具一点点残害，支离破碎，烧红的铁钳把他的肉一块一块撕扯下来。最后一天，他被绑到火刑柱上慢慢地烤，不一会儿，施刑人将火熄灭，把他放下来——已被烧得如焦炭般漆黑——接下来，他要遭受轮刑的折磨，熬了难忍的6个小时后，他终于如愿以偿地被勒死了。
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不幸的是，这件叫人咋舌的残暴事情并未给欧洲的宗教冲突与司法恐怖画上句号。事实上，在当时以及之前和之后的几百年里，宗教迫害一直都是欧洲最重大的事情之一。尤其是在西班牙，宗教裁判所为了净化世界，对任何敢于挑战其权威的人大开杀戒，无所不用其极。
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宗教裁判所（The Inquistion）并非西班牙首创，其初始用意也不是施行宗教与社会恐怖。“inquisition”这个词的意思很简单，即“官方、司法审讯”，在此语境下，宗教裁判所意指罗马天主教会对可能的异端行为进行审讯。晚至1139年，教会所允许的惩罚异端的唯一方式是革除教籍。这显然威慑不了那些顽固不化的异端。可疑的异端分子被世俗权威或一群愤怒的基督徒杀死时有发生，但是，这种行为受到教会的严厉谴责。事实上，即使如克莱尔沃的圣伯纳德（St Bernard of Clairvaux,1090~1153年）那样德高望重的权威人物也曾说过：“信仰不是靠强迫，而是靠说服产生，”然而，这种宗教宽容态度在他过世后随之烟消云散。
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这是忏悔的人和不顺从的罪人在朝圣或宗教仪式中佩戴的“念珠”（rosary），他们可能为了展示信仰之坚定而自愿佩戴，也可能是由于某种罪过而被迫接受的一种苦行。挂在信徒脖子上的以支撑整个念珠重量的铁链上面布满了尖钉。
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基于一个原则即异端邪说是对上帝犯下的严重罪过，1198年，教皇英诺森三世（Pope Innocent III）开始鼓励信徒搜捕、侦破和摧毁异端。然而，英诺森并不主张教会应卷入此事，直到1229年，教皇格里高利九世（Pope Gregory IX）批准成立了一个修道士团体，专门负责侦破异端，这些修士被称为宗教审判官（Inquisitor or Private Investigators of Heresy）。4年后，格里高利九世致信法国主教们，告知他们宗教裁判所的存在，并督促他们配合它的工作。不过直到此时，宗教裁判所并无意——事实上也的确没有权力——对受审嫌疑人进行肉体残害。
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对异端的标准惩罚是侮辱性的苦行，比如被迫去某一圣地朝圣，或在长袍上缝上一个“十”字。只要受罚之人矫正了罪愆，且做了适当的自我惩罚，耻辱便得到了洗刷，他们会重新被教会接纳。只有在极少数情况下，即异端者拒绝承认他们的错误，或继续坚持传播异端邪说（据估计，这种情况不到10%）时，才会将他们交由世俗政府进行司法审判和惩罚。多明我会和方济各会（Franciscans）成立了新的宗教法庭，但即使在这些知识丰富、训练有素的修士中，对于什么行为能够构成应受惩罚的异端罪，以及苦行和世俗司法惩罚的力度应该有多大，都存在巨大争议。
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纪伯纳（Bernardo Gui）是一名多明我会修士、宗教审判官，F·默里·亚伯拉罕（F.Murray Abraham）在电影《玫瑰之名》（Name of the Rose）中的演绎让人不寒而栗。1307~1324年，经他判定的异端分子多达1000人，他还把自己的工作方法和经验详细记录下来，集结成一本394页的煌煌巨著《审判异端指南》（The Conduct of Inquiry Concerning Heretical Depravity）。该书总共5章，前3章讨论程序问题，比如审讯疑犯的程序以及怎样组织法庭。第4章是对有关罗马教皇告谕如何界定宗教裁判所权力的老调重弹。最后一章详细阐述哪些行为构成异端罪——至少在他看来是这样。这本早期教会的畅销书最有意思之处，在于教导宗教审判官如何向可疑的异端问讯。正如现代社会的知名律师所惯用的伎俩一样，永远不要让证人掌握主动权。提出的问题应该尽可能地刁钻古怪且布满陷阱，回答时稍有疏忽，措辞不当，便可能使最无辜之人被贴上异端的标签。在此过程中，关键在于让证人思维混乱、失去判断。本书与其他因素一起，奠定了宗教裁判所的基调。
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当纪伯纳正为著书而忙碌劳累时，教皇克莱门特四世（Clement V）下令以异端罪搜捕圣殿骑士团成员——主要是因为他们富可敌国，权势滔天，甚至使教皇和法国国王眼红。骑士团遭受灭顶之灾。当法王菲利浦四世（Philip IV，又称为美男子菲利浦）忙于大肆搜捕、折磨、烧死圣殿骑士时，英国国王爱德华二世（Edward II）则显得更为理智——他拒绝合作，教皇在英国一无所获。于是，他致信爱德华说：“我们获悉，你因酷刑违背你们国家的法律而禁止使用；但是，没有任何国家的法律能逾越教规，我们的法；因此，我命令你立即对这些人施以酷刑。”这位神圣的教父后来又加上的一句，“你已经显示了对异端的偏爱，这使你的灵魂陷于危境”，使得这封信对爱德华来说更像是一个凶兆了。爱德华勉强屈服，下令逮捕英国的圣殿骑士团成员，但是国王还是提前发出了预警，尽量留给大多数人充足的时间逃到苏格兰安全地带。
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到1401年，离圣殿骑士团被摧毁已有70多年了。烧死异端在英格兰已经合法化，因此国际性的宗教裁判所体系开始形成。可疑的异端分子被教会逮捕，交由世俗机构审讯：教会还是不希望亲自实施身体伤害而弄脏了圣洁的手。整个程序非常简单，一旦发现可疑的异端分子，教会法官会对被控者作出如下宣判：“既然教会对你这类异端无能为力，我们特此把你交给世俗法庭，并尽我们最大努力劝谏他们遵守教会原则，保全尔等之性命和身体，远离死亡。”接下来的一句才是关键：“只要你完全承认异端指控”。毫无疑问，被控者最终会认罪；如果拒绝认罪，他们也会被一直折磨到认罪。
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当被控者“自愿地”承认了罪过时，会被带回教堂接受教会的审判，但是教会仍无权施加任何比革除教籍更严重的惩罚。一旦异端罪确定，疑犯被再次带到世俗法庭接受二次审判，（除非法庭甘愿冒着激怒罗马教廷的危险）他们最后总是会被绑到火刑柱上，高高的树枝一直堆积到脚底，他们将在这里结束生命。
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意大利法学家巴尔多鲁（Bartolus,1313~1357年）的法律著作促使火刑成为最盛行的异端处决方式。他认为，在烈焰中死亡实际已被基督认可。根据圣经《约翰福音》（Gospel of John）第15章第6节：“人若不常在我里面，就像枝子丢在外面枯干，人拾起来，扔在火里烧了。”这种纯粹按照字面意思来理解耶稣把不虔诚的人比作树枝的隐喻的思路是现代人无法理解的，不过宗教裁判所似乎非常乐于如此而为。它至少讲清楚了一个问题，即在任何情况下，与官方教义相违都是绝对不能容忍的。这是否能增加去教堂做礼拜的人数就不得而知了，不过它把对生命和灵魂的恐惧带给了每一个人。随着宗教裁判所对异端的迫害（和民众对它的恐惧）蔓延到整个欧洲，更大规模的异端迫害出现在多元文化的西班牙。
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在中世纪盛期，西班牙（Spain）是由无数弹丸小国、彼此争斗不休的君主国、不同族群和宗教团体组成的一个分裂碎化的多语种社会。从8世纪早期以来，西班牙大部分地区被信仰伊斯兰教的摩尔人（The Moors）统治着。从那时起，信仰基督教的西班牙人就开始了漫长艰辛的收复失地运动，直到1492年收复格拉纳达城（Granada），摩尔人才最终被驱逐出去。摩尔人在长达7个多世纪的占领期间吸纳了一部分犹太人进入西班牙，进一步为这个多元文化的社会增添了复杂性。当摩尔人最终失去这块土地时，犹太人同样被驱逐出境，或被迫改信基督教。自然而然地，恐慌逐渐在人们心底蔓延，人们担忧的是这些改宗的人只是假装信奉基督，而私下里仍秘密信奉自己的宗教，西班牙人急切地想要对这些外来者进行彻底的大清洗。早在西班牙国王斐迪南与伊莎贝拉（Ferdinand and Isabella，他们资助了哥伦布的探险）共治时期的1478年，两人就请求教皇西斯笃四世（Pope Sixtus IV）允许他们组建本土化的宗教裁判所。此建议可能是伊莎贝拉提出的，这个念头是由她的私人告解神父——一个狂热仇外的多明我会修士托马斯·德·托尔克马达——所激发的。在托尔克马达和大主教的劝告下，教皇同意了国王的请求，并发出一道教皇敕令。就这样，西班牙宗教裁判所产生了，托尔克马达成为第1任大审判官。
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在西班牙宗教裁判所主持的审判大会上，异端分子被处决的场景。两个被铁矛支撑的裸体男人即将被绞死。另外两个异端分子穿长袍带帽子，表明他们的罪过已经因为自我惩罚而得到洗清。
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宗教裁判所为揭露“异端阴谋”而施用的种种酷刑。图片从左到右，可以依次看到：一个带足枷的受刑者被火烧炙和打上烙印，中间的另一个人在忍受注水刑的折磨（有一个特制的“床”，用来排出和循环利用施刑所用的水）。然后可以看到一个可怜的家伙在被用滑轮折磨。最右边是大审判官以及一丝不苟地记录整个过程的书记员。