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尽管历时弥久的西班牙恐怖统治主要针对的是改信基督教的犹太人和伊斯兰摩尔人，但名列“黑名单”的人也包括尚未皈依基督教的犹太人和摩尔人、共济会会员、天主教异端和不断涌现的可以统称为“新教”（Protestant）的基督教非天主教派成员。为提高镇压效力，他们鼓励民众与当局合作，检举、揭发邻居、友人、家庭成员中的可疑分子。一旦被告发，程序是一成不变的，无论证据看起来多么荒诞不经，都会被宗教审判官仔细审查，以决定该证据是否充分到可以进行逮捕——而证据总是充分的。为了保证告密者不受公众谴责，他们的名字和裁判所其他程序一样，总是秘而不宣的。
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“开花梨”可以插入受刑者的嘴部、阴道、肛门，然后慢慢扩张，越来越大，直到撑破器官（施用于嘴部时，可导致牙齿和颚骨碎裂）。我们考察了许多这一类的刑具，发现它们不仅仅是一些黑暗年代酷刑室所用的制造痛苦的工具，它们还总是制作精良，其构造甚至极富艺术性。制造者以此为荣，且深深陶醉于自己的作品带给受刑者的非人的折磨。
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当逮捕令发出后，一群宗教审判官、牧师和全副武装的士兵冲到疑犯家里——通常是在深夜。若疑犯拒捕，那么他们会把他结结实实地捆起来，把一个形状如梨的金属装置塞进他的嘴里。当转动另一端的手柄时，“开花梨”（The Pear）就慢慢张开，直到疑犯的上下颚被撑破，同时伴随着牙齿碎裂和下巴脱臼。当疑犯被关在宗教裁判所的地牢里时，他们的财产会被没收，对此，官方的说法是财产用来支付他们在监禁和审讯期间产生的费用。
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因惧怕酷刑折磨，被告发的人当然情愿招供，但是大多数情况下他们并不清楚自己因何被指控，因而不可能坦白或者进行自我辩护。在初审结束后，疑犯被拖进用黑色布幔围得严严实实的地下室，在房间另一头的桌子后端坐着一名宗教审判官、一名监察员、一位秘书。还有通身一袭黑袍、只露出两只眼睛的施刑人，肃然立于其旁的是众多可怕的刑具。这些人都知道一个事实，而受刑人却丝毫不知，即接下来的酷刑折磨将分为5个不同的阶段，首先，对疑犯进行口头恫吓，告知他将被施以酷刑。其次，向他展示刑具。第三，将疑犯脱光，蒙上他的眼睛。第四，施行酷刑。最后，再给他一次坦白的机会。如果此时他仍然坚持自己是清白的，那么就对他无限制地反复施行第4步和第5步，直到他或她认罪，或死掉。这一程序不分年龄、性别、社会地位，通用于所有人。施刑的种类与方式的选择完全是随机的，唯一的决定因素是审判官和监察员的情绪，以及手头上可以利用的酷刑设施。在缺少精巧的刑具时，审判官非常乐于使用备用的古老刑具——鞭子和长绳。一个葡萄牙书记员的文字记录了鞭笞在宗教裁判所是多么普遍：
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任何犯错的人都逃不掉一顿狠狠地鞭打。他们被剥光衣服，被几个大汉按到地上，背部朝上，其他人用因涂过熔化的沥青而变得硬邦邦的粗绳子残忍地鞭打他，直到他的背部溃烂。
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在类似案件中，有一次，一个14岁的男孩因莫须有的罪名被鞭笞至死。还有一次，被打的是一个妇女，她挨鞭子的原因是有人听到她说：“我不知道教皇是男是女，但是每天我都听到关于他的美妙的事情……“6天后，她死于鞭伤。一个葡萄牙珠宝商因被疑为共济会会员而遭到逮捕，遭受了骇人的折磨，以下是他的亲身经历：
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“把我的衣服剥光后……他们把一个铁颈圈套在我的脖子上……然后在每只脚上套上铁环……他们用尽全力拉拽我的胳膊和腿，然后用小指般粗细的两根绳子分别缠在两个胳膊上，另外两条绳子缠住腿。4根绳子分别穿在木支架的洞里，由4个大汉同时用力拉紧绳子，（绳子）深深地嵌入肉中，深可触骨，鲜血不断涌出……他们发现如此酷刑尚不能从我这里挖出任何有用信息……6周后，他们让我见识了另一可怖酷刑。他们拉伸我的胳膊，使手掌向外翻，用绳子捆住每个手腕处，机器拉动绳子，带动手掌不断朝外翻转，然后使两只手在身后慢慢接近，手背几乎相触，这样我的肩膀便从关节处脱位，血从我的嘴里汩汩涌出。”
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当一个犹太人医生伊萨克·奥洛比（Isaac Orobio）被捕后，一直被关押在宗教裁判所的地牢里，3年之后才进行审讯。审讯时，他们用细绳子将他的两只大拇指紧紧绑在一起，用力勒紧绳子，血便从指甲缝里涌出。这样做的目的是先吸引他的注意力，然后施刑人用力将他朝墙上掷去。之后，迫使他坐在一个狭窄的凳子上，墙上固定着几个滑轮，每个滑轮垂下一根绳子。这些绳子分别绑在他的四肢上，然后用滑轮用力拉紧绳子，这时从犯人身下拿走凳子，使他整个身体被绳子拉住而悬在空中。
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当英国人威廉·利思戈（William Lithgow）被疑为密探而逮捕后，他被施以当时西班牙宗教裁判所最常用的一种酷刑。他们掰开他的嘴，插入一个漏斗，把水不断地由漏斗灌进他的嘴里。他的胃被撑得鼓鼓的，几乎要爆掉，喉咙里也都是水，水从嘴里、鼻孔里不断溢出。为了防止他吐出水，他们会用绳子扎住脖子，然后迫使他在地牢的地板上不停地来回翻滚，当他难受得快要昏过去时，他们用绳子拴住他的大脚趾，将他头朝下吊到空中。这时才解开脖子上扎的绳子，让他将一肚子的水吐出。然后他被戴上镣铐并送回到牢房。
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这是一把“审讯椅”（Inquisition Chair），有时候亦称“女巫椅子”（Witches Chair），或直呼其为“王座”（The Throne），图片清晰展示了它的功能。不过，首先应考虑到这一刑具是用来吓唬人的——因为酷刑的第一阶段就是向受刑者展示刑具的破坏力，希望他们一看到那可怕的玩意儿就立马招供了。毫无疑问，坐于其上将会无比的痛苦，真正的剧痛来自紧紧压住犯人大腿的布满长钉的木板（座位上面）和环绕胫骨的钉子板（座位前面）。椅子的侧面有凸出的圆槽，木棍可以穿进去，这样整个装置就变成了一个轿子——也许用来向观众展示。自然，一旦受刑者被皮带紧紧固定在椅子上，很可能会被施以其他更加暴虐的刑罚。
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这些骇人的事情不可避免渐渐传到罗马教皇那里。西斯笃怒不可遏，他立即致信斐迪南：
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两个惨遭拉肢刑的可怜人。其中一人被用梯子拉肢（我们将在本书后面的章节中讨论），另一人在桌子上拉肢，作为注水刑的从刑。本书正文中对这一普遍施用的怪癖刑具有详尽的描述。操纵拉架滑轮的施刑人身体倾斜，似乎是在用火把烤炙受刑者的肚子。如果正在进行的酷刑不能达到预定的目的，图片中间的滑轮正在等待着这两个不幸的人。
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许多真诚虔敬的基督徒，由于受到敌人、对手、奴隶和其他劣等人的指证——被不正当地——在缺乏任何调查的情况下，被囚禁在世俗监狱里，像一个顽固的异教徒那样备受酷刑折磨和谴责，他们被剥夺财产，交到世俗当局手里处死，这毒害了他们的灵魂，也为公众树立了一个有害的恶例，招致多数人的反感愤慨。
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斐迪南不得不对国内的宗教机构施加压力，教皇的态度才趋于平和，西班牙宗教裁判所得以继续对有罪之人进行混乱地讨伐。
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西班牙宗教裁判所最热衷于使用吊刑（garrucha）——使用滑轮折磨犯人。犯人双手被反绑在背后，绳子系在手腕上，用天花板上的滑轮将绳子一点点往上拉，将犯人慢慢吊到空中。这样，犯人的肩关节会逐渐脱臼。当犯人在空中挣扎了一会儿后，绳子可能被忽然松开，使犯人一下子坠落到地上，或者一次下降一段距离，使肩关节一次次忽然受力。如果这些还起不到预期效果，就在犯人脚上系块大石块，继续重复刚才的过程。
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把受刑者的手腕在背后反绑在一起，用绳子系住手腕将他慢慢悬吊到高空。他的肱骨立即被锁骨和肩胛骨从关节连接处撬开，这一骇人的刑罚对身体的伤害是胸背的永久性扭曲。倘若把重物（如上图展示的那种）绑在犯人的脚上，痛苦会加剧，直到身体撕裂，就像使用长凳和梯子的拉肢刑一样。最终，受刑者会瘫痪、死亡。
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一个偶然的事件让我们窥见了外界对宗教裁判所的内幕的无知与忽视达到了怎样的地步。当金匠劳伦斯·卡斯特罗（Lawrence Castro）拜访宗教审判官唐·佩德罗·葛雷诺（Don Pedro Guerreeto）先生时，他被邀请参观房间内部，包括审讯室。他走在地下室里，穿过一个又一个铁门，听到里面传来阵阵撕心裂肺的尖叫声和呻吟声。当他要离去时，唐·佩德罗问他的感受，他说：“这里简直是地狱，”这样的话在当时足以构成巨大的亵渎了。因此，他因侮辱神圣的宗教裁判所而丧失了全部财产，且被当街鞭笞示众，肩膀打上烙印，充作帆船奴隶而服一辈子苦役。
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