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任何犯错的人都逃不掉一顿狠狠地鞭打。他们被剥光衣服，被几个大汉按到地上，背部朝上，其他人用因涂过熔化的沥青而变得硬邦邦的粗绳子残忍地鞭打他，直到他的背部溃烂。
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在类似案件中，有一次，一个14岁的男孩因莫须有的罪名被鞭笞至死。还有一次，被打的是一个妇女，她挨鞭子的原因是有人听到她说：“我不知道教皇是男是女，但是每天我都听到关于他的美妙的事情……“6天后，她死于鞭伤。一个葡萄牙珠宝商因被疑为共济会会员而遭到逮捕，遭受了骇人的折磨，以下是他的亲身经历：
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“把我的衣服剥光后……他们把一个铁颈圈套在我的脖子上……然后在每只脚上套上铁环……他们用尽全力拉拽我的胳膊和腿，然后用小指般粗细的两根绳子分别缠在两个胳膊上，另外两条绳子缠住腿。4根绳子分别穿在木支架的洞里，由4个大汉同时用力拉紧绳子，（绳子）深深地嵌入肉中，深可触骨，鲜血不断涌出……他们发现如此酷刑尚不能从我这里挖出任何有用信息……6周后，他们让我见识了另一可怖酷刑。他们拉伸我的胳膊，使手掌向外翻，用绳子捆住每个手腕处，机器拉动绳子，带动手掌不断朝外翻转，然后使两只手在身后慢慢接近，手背几乎相触，这样我的肩膀便从关节处脱位，血从我的嘴里汩汩涌出。”
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当一个犹太人医生伊萨克·奥洛比（Isaac Orobio）被捕后，一直被关押在宗教裁判所的地牢里，3年之后才进行审讯。审讯时，他们用细绳子将他的两只大拇指紧紧绑在一起，用力勒紧绳子，血便从指甲缝里涌出。这样做的目的是先吸引他的注意力，然后施刑人用力将他朝墙上掷去。之后，迫使他坐在一个狭窄的凳子上，墙上固定着几个滑轮，每个滑轮垂下一根绳子。这些绳子分别绑在他的四肢上，然后用滑轮用力拉紧绳子，这时从犯人身下拿走凳子，使他整个身体被绳子拉住而悬在空中。
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当英国人威廉·利思戈（William Lithgow）被疑为密探而逮捕后，他被施以当时西班牙宗教裁判所最常用的一种酷刑。他们掰开他的嘴，插入一个漏斗，把水不断地由漏斗灌进他的嘴里。他的胃被撑得鼓鼓的，几乎要爆掉，喉咙里也都是水，水从嘴里、鼻孔里不断溢出。为了防止他吐出水，他们会用绳子扎住脖子，然后迫使他在地牢的地板上不停地来回翻滚，当他难受得快要昏过去时，他们用绳子拴住他的大脚趾，将他头朝下吊到空中。这时才解开脖子上扎的绳子，让他将一肚子的水吐出。然后他被戴上镣铐并送回到牢房。
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这是一把“审讯椅”（Inquisition Chair），有时候亦称“女巫椅子”（Witches Chair），或直呼其为“王座”（The Throne），图片清晰展示了它的功能。不过，首先应考虑到这一刑具是用来吓唬人的——因为酷刑的第一阶段就是向受刑者展示刑具的破坏力，希望他们一看到那可怕的玩意儿就立马招供了。毫无疑问，坐于其上将会无比的痛苦，真正的剧痛来自紧紧压住犯人大腿的布满长钉的木板（座位上面）和环绕胫骨的钉子板（座位前面）。椅子的侧面有凸出的圆槽，木棍可以穿进去，这样整个装置就变成了一个轿子——也许用来向观众展示。自然，一旦受刑者被皮带紧紧固定在椅子上，很可能会被施以其他更加暴虐的刑罚。
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这些骇人的事情不可避免渐渐传到罗马教皇那里。西斯笃怒不可遏，他立即致信斐迪南：
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两个惨遭拉肢刑的可怜人。其中一人被用梯子拉肢（我们将在本书后面的章节中讨论），另一人在桌子上拉肢，作为注水刑的从刑。本书正文中对这一普遍施用的怪癖刑具有详尽的描述。操纵拉架滑轮的施刑人身体倾斜，似乎是在用火把烤炙受刑者的肚子。如果正在进行的酷刑不能达到预定的目的，图片中间的滑轮正在等待着这两个不幸的人。
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许多真诚虔敬的基督徒，由于受到敌人、对手、奴隶和其他劣等人的指证——被不正当地——在缺乏任何调查的情况下，被囚禁在世俗监狱里，像一个顽固的异教徒那样备受酷刑折磨和谴责，他们被剥夺财产，交到世俗当局手里处死，这毒害了他们的灵魂，也为公众树立了一个有害的恶例，招致多数人的反感愤慨。
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斐迪南不得不对国内的宗教机构施加压力，教皇的态度才趋于平和，西班牙宗教裁判所得以继续对有罪之人进行混乱地讨伐。
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西班牙宗教裁判所最热衷于使用吊刑（garrucha）——使用滑轮折磨犯人。犯人双手被反绑在背后，绳子系在手腕上，用天花板上的滑轮将绳子一点点往上拉，将犯人慢慢吊到空中。这样，犯人的肩关节会逐渐脱臼。当犯人在空中挣扎了一会儿后，绳子可能被忽然松开，使犯人一下子坠落到地上，或者一次下降一段距离，使肩关节一次次忽然受力。如果这些还起不到预期效果，就在犯人脚上系块大石块，继续重复刚才的过程。
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把受刑者的手腕在背后反绑在一起，用绳子系住手腕将他慢慢悬吊到高空。他的肱骨立即被锁骨和肩胛骨从关节连接处撬开，这一骇人的刑罚对身体的伤害是胸背的永久性扭曲。倘若把重物（如上图展示的那种）绑在犯人的脚上，痛苦会加剧，直到身体撕裂，就像使用长凳和梯子的拉肢刑一样。最终，受刑者会瘫痪、死亡。
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一个偶然的事件让我们窥见了外界对宗教裁判所的内幕的无知与忽视达到了怎样的地步。当金匠劳伦斯·卡斯特罗（Lawrence Castro）拜访宗教审判官唐·佩德罗·葛雷诺（Don Pedro Guerreeto）先生时，他被邀请参观房间内部，包括审讯室。他走在地下室里，穿过一个又一个铁门，听到里面传来阵阵撕心裂肺的尖叫声和呻吟声。当他要离去时，唐·佩德罗问他的感受，他说：“这里简直是地狱，”这样的话在当时足以构成巨大的亵渎了。因此，他因侮辱神圣的宗教裁判所而丧失了全部财产，且被当街鞭笞示众，肩膀打上烙印，充作帆船奴隶而服一辈子苦役。
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这里所讨论的宗教裁判所的酷刑给受刑者所造成的痛苦是超乎想象的，不过这些刑具都是世俗社会发明的。若时间和金钱允许，宗教裁判所有时候会自行研制一些非常复杂和怪诞的刑具。例如，有一个刑具状似一个大鼓，内部可装一个犯人，鼓的内壁全是粗短的边缘如剃刀般锋利的铁片，当滚动鼓时，里面的受害者的皮会被剥掉。
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从当时的报告中我们得知，有时不幸的受害者会被扔进一个巨大的烤炉里，像烤牛肉那样来回翻烤。有时，炙烤仅限于身体的某一部位。在名为“西班牙椅子”（Spainish Chair）的酷刑中，受刑者被用皮带绑在椅子上，脚锁在足枷里，旁边是烧得旺旺的炭火盆。为了防止受害者的脚被迅速烤焦，通常会在他的脚上涂抹油脂。当然，还有古老而简单的拉肢架，施刑人从犯人身上扯出的不仅是四肢，还有他想得到的信息。但是比起这些极富创意的刑具来说，拉肢架是世俗社会发明的。
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倘若犯人在审讯中幸存下来，他们会变得特别服帖，愿意承认宗教裁判所想要施加给他们的任何指控。之后，他们会受到囚禁，等待审判。和审讯一样，审判一般也在私下进行。和酷刑室一样，法庭也被黑色布幔裹严，房间唯一的饰物是耶稣受难像——也许意在提醒被控者，这是官方教会的程序，又或许是在向他们暗示其命运的结局。当庭吏出现并高呼“肃静！肃静！肃静！神父莅临！”时，穿长袍的宗教审判官鱼贯而入，各自就坐。大审判官摇动一个小银铃宣示审判开始。被告是孤立的，无人替他辩护，而起诉方则可以请出女人、儿童、其他异端分子、犹太人、摩尔人、奴隶和罪犯来做证。被告只能请成年的男性基督徒来作证——然而很少有人愿意冒着成为被告席上一员的风险这样做。倘若被告拒绝做证或提供的证词违反了起诉方事先制订好的计划，或者翻供，他们将会被带往酷刑室，重温那些痛苦的记忆。
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可怕的是，当一个被控的疑犯在自己的朋友中向宗教裁判所揭发出一定数量的异端分子后，他本人会被赦免，并被教会重新接纳。对于低程度的合作者，宗教裁判所会判处他们在地牢里囚禁几年或者几个月；很少有人能在地牢里存活那么长时间，但这总比烧死在火刑柱上强。唯一能避免面对未知命运的方式就是认罪，认罪的人也会被烧死，不过令人欣慰之处在于，他们在投入烈焰前已经被勒死了。
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在西班牙，一种非常便捷的处决方式是通过穿入椅子背部小孔里的皮带勒死犯人。这种方式因为简单方便也被宗教裁判所采用。西班牙宗教裁判所自始至终都是对公正和宗教的荒诞嘲讽。
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审判之后，犯人将参加公开的宗教审判大会，这是宗教裁判所为战胜那些撒旦释放到上帝之国的邪恶力量而举行的一个公众庆典。为尽可能吸引民众的注意，庆典一般在节假日举行——数以千计的观众驻足观看数以千计的受害者被公开凌辱、残忍杀害。在官方庆典开幕式的大游行中，人们会看到宗教裁判所的修士们出现在队伍的前列，紧随其后的，是悔过之人（清白的人），他们身穿黑衣，手持巨大的蜡烛，那是他们信仰改过的标志。后面跟的是接受改造的人，无论采取了什么手段，他们总算逃过了死劫；在他们所穿黑袍的后背上，绣上了倒置的火焰。接下来是将死之人——他们后背上绣的火焰是向上的，这一组人被武装士兵严密押解，耶稣会士紧随其旁，为他们做临终忏悔。队伍的最后，是骑着骡子的宗教裁审判官和骑白马的大审判官。