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许多真诚虔敬的基督徒，由于受到敌人、对手、奴隶和其他劣等人的指证——被不正当地——在缺乏任何调查的情况下，被囚禁在世俗监狱里，像一个顽固的异教徒那样备受酷刑折磨和谴责，他们被剥夺财产，交到世俗当局手里处死，这毒害了他们的灵魂，也为公众树立了一个有害的恶例，招致多数人的反感愤慨。
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斐迪南不得不对国内的宗教机构施加压力，教皇的态度才趋于平和，西班牙宗教裁判所得以继续对有罪之人进行混乱地讨伐。
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西班牙宗教裁判所最热衷于使用吊刑（garrucha）——使用滑轮折磨犯人。犯人双手被反绑在背后，绳子系在手腕上，用天花板上的滑轮将绳子一点点往上拉，将犯人慢慢吊到空中。这样，犯人的肩关节会逐渐脱臼。当犯人在空中挣扎了一会儿后，绳子可能被忽然松开，使犯人一下子坠落到地上，或者一次下降一段距离，使肩关节一次次忽然受力。如果这些还起不到预期效果，就在犯人脚上系块大石块，继续重复刚才的过程。
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把受刑者的手腕在背后反绑在一起，用绳子系住手腕将他慢慢悬吊到高空。他的肱骨立即被锁骨和肩胛骨从关节连接处撬开，这一骇人的刑罚对身体的伤害是胸背的永久性扭曲。倘若把重物（如上图展示的那种）绑在犯人的脚上，痛苦会加剧，直到身体撕裂，就像使用长凳和梯子的拉肢刑一样。最终，受刑者会瘫痪、死亡。
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一个偶然的事件让我们窥见了外界对宗教裁判所的内幕的无知与忽视达到了怎样的地步。当金匠劳伦斯·卡斯特罗（Lawrence Castro）拜访宗教审判官唐·佩德罗·葛雷诺（Don Pedro Guerreeto）先生时，他被邀请参观房间内部，包括审讯室。他走在地下室里，穿过一个又一个铁门，听到里面传来阵阵撕心裂肺的尖叫声和呻吟声。当他要离去时，唐·佩德罗问他的感受，他说：“这里简直是地狱，”这样的话在当时足以构成巨大的亵渎了。因此，他因侮辱神圣的宗教裁判所而丧失了全部财产，且被当街鞭笞示众，肩膀打上烙印，充作帆船奴隶而服一辈子苦役。
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这里所讨论的宗教裁判所的酷刑给受刑者所造成的痛苦是超乎想象的，不过这些刑具都是世俗社会发明的。若时间和金钱允许，宗教裁判所有时候会自行研制一些非常复杂和怪诞的刑具。例如，有一个刑具状似一个大鼓，内部可装一个犯人，鼓的内壁全是粗短的边缘如剃刀般锋利的铁片，当滚动鼓时，里面的受害者的皮会被剥掉。
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从当时的报告中我们得知，有时不幸的受害者会被扔进一个巨大的烤炉里，像烤牛肉那样来回翻烤。有时，炙烤仅限于身体的某一部位。在名为“西班牙椅子”（Spainish Chair）的酷刑中，受刑者被用皮带绑在椅子上，脚锁在足枷里，旁边是烧得旺旺的炭火盆。为了防止受害者的脚被迅速烤焦，通常会在他的脚上涂抹油脂。当然，还有古老而简单的拉肢架，施刑人从犯人身上扯出的不仅是四肢，还有他想得到的信息。但是比起这些极富创意的刑具来说，拉肢架是世俗社会发明的。
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倘若犯人在审讯中幸存下来，他们会变得特别服帖，愿意承认宗教裁判所想要施加给他们的任何指控。之后，他们会受到囚禁，等待审判。和审讯一样，审判一般也在私下进行。和酷刑室一样，法庭也被黑色布幔裹严，房间唯一的饰物是耶稣受难像——也许意在提醒被控者，这是官方教会的程序，又或许是在向他们暗示其命运的结局。当庭吏出现并高呼“肃静！肃静！肃静！神父莅临！”时，穿长袍的宗教审判官鱼贯而入，各自就坐。大审判官摇动一个小银铃宣示审判开始。被告是孤立的，无人替他辩护，而起诉方则可以请出女人、儿童、其他异端分子、犹太人、摩尔人、奴隶和罪犯来做证。被告只能请成年的男性基督徒来作证——然而很少有人愿意冒着成为被告席上一员的风险这样做。倘若被告拒绝做证或提供的证词违反了起诉方事先制订好的计划，或者翻供，他们将会被带往酷刑室，重温那些痛苦的记忆。
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可怕的是，当一个被控的疑犯在自己的朋友中向宗教裁判所揭发出一定数量的异端分子后，他本人会被赦免，并被教会重新接纳。对于低程度的合作者，宗教裁判所会判处他们在地牢里囚禁几年或者几个月；很少有人能在地牢里存活那么长时间，但这总比烧死在火刑柱上强。唯一能避免面对未知命运的方式就是认罪，认罪的人也会被烧死，不过令人欣慰之处在于，他们在投入烈焰前已经被勒死了。
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在西班牙，一种非常便捷的处决方式是通过穿入椅子背部小孔里的皮带勒死犯人。这种方式因为简单方便也被宗教裁判所采用。西班牙宗教裁判所自始至终都是对公正和宗教的荒诞嘲讽。
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审判之后，犯人将参加公开的宗教审判大会，这是宗教裁判所为战胜那些撒旦释放到上帝之国的邪恶力量而举行的一个公众庆典。为尽可能吸引民众的注意，庆典一般在节假日举行——数以千计的观众驻足观看数以千计的受害者被公开凌辱、残忍杀害。在官方庆典开幕式的大游行中，人们会看到宗教裁判所的修士们出现在队伍的前列，紧随其后的，是悔过之人（清白的人），他们身穿黑衣，手持巨大的蜡烛，那是他们信仰改过的标志。后面跟的是接受改造的人，无论采取了什么手段，他们总算逃过了死劫；在他们所穿黑袍的后背上，绣上了倒置的火焰。接下来是将死之人——他们后背上绣的火焰是向上的，这一组人被武装士兵严密押解，耶稣会士紧随其旁，为他们做临终忏悔。队伍的最后，是骑着骡子的宗教裁审判官和骑白马的大审判官。
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诵经结束后，一个牧师布置好断头台，然后开始宣读判决，象征性地把犯人交到世俗机构手里，并伪善地请求他们不要以任何方式伤害这些可怜的迷途羔羊。接着，受刑者将被带离，因为世俗机构将要核查他们的案件。一两个小时足够完成几千个司法审核，然后带受难者回到庭院，并询问他们希望选择哪一种宗教来完成死亡仪式。那些声称自己虽久经非人的酷刑折磨，仍然是一个好的天主教徒的人将会在绑到火刑柱上之前被提前勒死，而其余的人将被活活烧死。当受害者被绑到火刑柱上之后，人群中爆发出阵阵尖叫。施刑人将火把戳到留着胡子的人（大部分是犹太人）的脸上，火舌迅速舔去他们的胡子，烤黑他们的脸。最后，柴堆点燃了，受刑者将被死亡吞噬，他们发出声嘶力竭的尖叫、呼喊，脂肪从焦黑的烧得噼啪作响的皮肤流出，他们活活忍受着肢体被慢慢烧得残缺不全，变成一截截的焦炭。
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西班牙好像并不满足在自己的国度散布这瘟疫似的死亡恐怖，在整个16世纪，低地国家（比利时、荷兰和尼德兰）处于西班牙王室的严密控制下，他们同样受到西班牙宗教裁判所的迫害。1568~1573年，大约18000名荷兰人被宗教裁判所处决，大部分人死于新教信仰，其中多数人被烧死，一些人被溺死，还有一些人被活埋。让人觉得不可思议的是，直到1808年遭到拿破仑军队侵略的时候，西班牙仍然存在宗教裁判所。虽然在1816年教皇已断然下令禁止刑讯逼供，但迟至1821年，酷刑才被正式废止。1481~1808年，超过33000名西班牙人，包括男人、女人和儿童被活活烧死，2万多人被酷刑折磨和监禁，并被剥夺所有财产。至于究竟有多少人死于酷刑折磨仍然是个未知数。在托尔克马达担任大审判官的17年中，仅他一人就把一万多人送上火刑柱，并把多达10万人送进监狱。我们不禁心怀期望，希望在西班牙宗教裁判所存在的3个多世纪里，世界的其他地方能够走出司法恐怖的泥沼，他们究竟能否达此目标呢？留待下一章详解。
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这一具有传奇色彩的装置有两个基本形式：（1）西班牙样式的装置依靠转动后面的螺杆使铁项圈向后拉，使犯人窒息而死；（2）在加泰罗尼亚的版本中，铁钉刺穿、粉碎犯人的颈椎骨，同时迫使整个颈部前倾，气管被铁项圈折断，犯人死于窒息和脊椎断裂。如果施刑人一时兴起，受刑者所受煎熬的时间可以不断延长。
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上图：在这幅描绘西班牙宗教裁判所宗教审判大会的图画中，可以看到远处一整排的异端正被火烧。在他们前面（从左到右）依次是：一个男人被吊到柴堆上方慢慢翻烤；刺刑以及相对残忍的利剑斩首。
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另一个集体火刑的场景。这一木刻画描绘了23个犹太人在大火中挣扎。他们被指控为了完成逾越节仪式而谋杀基督教儿童，这是整个欧洲反犹主义常用的借口。罪名的确定采用与检验巫觋和异端一样的方法。一旦残忍的酷刑折磨使被控者供认，那么这一“供认”会被作为确定罪名的证据。
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