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除了基本法所特别列举的全国性法律之外，特别行政区一般只适用基本法以及特区所制定的法律。两部基本法的第18条规定，在特别行政区实行的法律包括基本法、符合基本法的原有法律和特区立法机关制定的法律。除列于基本法附件三者外，全国性法律不在特别行政区实施。全国人大常委会在征询其所属的特区基本法委员会和特别行政区政府的意见后，可对列于附件三的法律作出增减，但任何列入附件三的法律，限于有关国防、外交和其他按基本法规定不属于特别行政区自治范围的法律。如果全国人大常委会决定宣布战争状态，或因特别行政区内发生特区政府不能控制的危及国家统一或安全的动乱而决定特区进入紧急状态，中央政府可发布命令将有关全国性法律在特别行政区实施。目前，附件三的全国性法律主要包括《国籍法》、《外交特权与豁免条例》、《领事特权与豁免条例》、《领海及毗连区法》、《国旗法》、《国徽法》以及有关国都、国歌、国旗与国庆日的决议。1997年7月，第八届全国人大常委会第26次会议决定对香港基本法附件三作部分增减，增加了《香港特别行政区驻军法》等法律。1999年12月，第九届全国人大常委会第十三次会议通过了澳门基本法附件三的全国性法律之决定，增加了《专属经济区和大陆架法》与《澳门特别行政区驻军法》。这些全国性法律并不触及到特别行政区的基本制度。
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特别行政区只适用基本法、特区所制定的法律以及基本法所特别列举的全国性法律。
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香港基本法第160条、澳门基本法第145条规定，除由全国人大常委会宣布为同基本法抵触者外，特别行政区在成立时的原有法律采用为特别行政区法律；如以后发现有的法律与基本法抵触，可依照本法规定和法定程序修改或停止生效。1997年2月23日，第八届全国人大常委会第二十四次会议根据这一条款通过了《关于根据〈基本法〉第一百六十条处理香港原有法律的决定》，审议了香港特别行政区筹备委员会关于处理香港原有法律问题的建议，列举了它认为抵触《基本法》的香港原有条例、附属立法及其部分条款，并对香港基本法在某些方面的应用作了解释。
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第七，特别行政区在司法方面具有高度自治权，但对于“国家行为”没有管辖权，且受制于中央对基本法的解释。两部基本法的第19条都规定，“特别行政区享有独立的司法权和终审权。”特别行政区法院除继续保持原有法律制度和原则对法院审判权所作的限制外，对特别行政区所有的案件均有审判权。但特别行政区法院对国防、外交等国家行为无管辖权。特别行政区法院在审理案件中遇有涉及国防、外交等国家行为的事实问题，应取得行政长官就该等问题发出的证明文件，上述文件对法院有约束力。行政长官在发出证明文件前，又须取得中央人民政府的证明书。
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特别行政区的司法机构具有高度的自治权，但对于“国家行为”没有管辖权。
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香港基本法第158条、澳门基本法第143条规定，基本法的解释权属于全国人大常委会。后者授权特别行政区法院在审理案件时对基本法关于特别行政区“自治范围内的条款自行解释”。在审理案件时，特别行政区法院对基本法的其他条款也可解释。但如特别行政区法院需要对基本法关于中央政府管理的事务或中央和特别行政区关系的条款进行解释，而该条款的解释又影响到案件的判决，那么在对该案件作出不可上诉的终局判决前，应由特别行政区终审法院提请全国人大常委会对有关条款作出解释。在引用该条款时，特别行政区法院应以全国人民代表大会常务委员会的解释为准。但在此以前作出的判决不受影响。在对基本法进行解释前，全国人大常委会应征询其所属的特别行政区基本法委员会的意见。
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基本法的解释权属于全国人大常委会，特区法院可自行解释基本法关于特别行政区自治范围内的条款。
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案例 香港的“马伯里”走得太远了？“吴嘉玲等诉入境事务处案”[86]
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香港基本法第22条第4款规定：“中国其他地区的人进入香港特别行政区须办理批准手续，其中进入香港特别行政区定居的人数由中央人民政府主管部门征求香港特别行政区政府的意见后确定。”第24条规定，“香港特别行政区居民……包括永久性居民和非永久性居民。”第2款把“永久性居民”定义为：“（一）在香港特别行政区成立以前或以后在香港出生的中国公民；（二）在香港特别行政区成立以前或以后在香港通常居住连续七年以上的中国公民；（三）第（一）、（二）两项所列居民在香港以外所生的中国籍子女”。在1999年1月29日下达的判决中，香港终审法院处理了基本法第24条第2款第3项所产生的争议，而这项判决本身以非常方式在内地和香港产生了激烈争议。
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香港终审法院对基本法的解释在内地和香港产生了激烈争议。
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1997年7月1日，香港临时立法会制定了《人民入境（修订）（第2号）条例》。该条例附表1第2段修改了以前的规定，引入了基本法中所未提到的父母与子女关系要求。第2（a）段规定，只有“父亲或母亲已在香港定居或已享有香港居留权”，在香港出生的中国公民才能成为永久居民；第2（c）段规定，对于永久居民在香港以外所生的中国籍子女，其父亲或母亲在子女出生时须已获得香港居留权，该子女才能成为永久居民。附表1第1（2）段定义了父母与子女关系。对于非婚生子女，任何母亲与其非婚生子女之间都被视为存在“父母与子女的关系”，但对父亲的规定则不同：“只有当该子女其后因父母结婚而获确立婚生地位，该男子与该子女之间才存在有父亲与子女的关系。”7月10日，临时立法会制定了《入境（修订）（第3号）条例》，并规定从7月1日起实施。该条例规定，对于根据第2号条例附表1第2（c）段凭血缘关系而成为永久居民的人士，必须持有有效的旅行证件及居留权证明书，才能确立其永久居民身份。根据入境处于7月11日发布的“公告”，居民权证明书必须在当地公安厅出入境管理处提出，而不可来香港提出。出入境管理处负责发放通行证，分为单程证和双程证。单程证一般是发给前来定居的人，受定额限制；双程证则一般发给非为定居来港的人。只有单程证才是第3号条例所指的有效旅行证件，且如果没有大陆出入境管理处批准的单程证，即使香港入境处批准了居留权申请，亦不能确立居民身份。
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原告是几位在内地出生的中国籍公民，在1997年7月1日或之前来到香港，其父亲都已是符合条件的香港居民。他们向香港入境处申请居民身份，但遭到拒绝并被拘留。原告们宣称，他们应享有基本法第24条第2款第3项所授予的居留权。入境处处长则根据第3号条例所引入的计划，坚持原告必须具有附贴有居留权证明书的单程通行证才能确立其居民身份，而原告无一具有单程通行证。原告中还有一位非婚生女孩，母亲在其一周岁即去世，因而根据第2号条例不可能和其生父建立父女关系。各原告提出司法复核，请求推翻入境管理处的决定。但负责初审的原讼庭法官维持了入境处的决定，判定原告败诉，且这项决定在上诉后受到高等法院的维持。再次上诉后，香港终审法院考虑了第2号条例和第3号条例有关规定的合宪性问题，并撤销了下级法院的决定。法院是否具有审查立法的权力，本身是一个相当敏感的问题。然而，终审法院不但判决它显然有权审查特区立法机构所制定的法律，而且认为它有权审查全国人大及其常委会所制定的法律，从而引起了中国的强烈反应。
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终审法院不但判决自己显然有权审查特区立法机构所制定的法律，而且甚至认为它有权审查全国人大及其常委会所制定的法律。
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根据基本法第19条所保障的独立司法权和终审权，终审法院认为特区法院具有“宪法赋予法院的司法管辖权”（constitutional jurisdiction）：
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在行使《基本法》所赋予的司法权时，特区的法院有责任执行及解释《基本法》。毫无疑问，香港法院有权审核特区立法机关所制定的法例或行政机关之行为是否符合《基本法》，倘若发现有抵触《基本法》的情况出现，则法院有权裁定有关法例或行为无效。法院行使这方面的司法管辖权乃责无旁贷，没有酌情余地。因此，若确实有抵触之情况，则法院最低限度必须就该抵触部分，裁定某法例或行政行为无效。……行使这方面的司法管辖权时，法院是按《基本法》执行宪法上的职务，以宪法制衡政府的行政及立法机构，确保它们依《基本法》行事。
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如果法院审查香港立法或行政行为的权力是“毫无疑问”的，它是否有权根据基本法去审查全国人大及其常委会制定的法律则“一直引起争议”。但终审法院仍然坚持“特区法院确实有此司法管辖权，而且有责任在发现有抵触时，宣布此等行为无效”。终审法院的理由似乎是基本法赋予特区的“高度自治”和“独立的司法权”（第2条），《中英联合声明》以及基本法第5条保证“原有的资本主义制度”50年内不变。尽管基本法规定解释权属于全国人大常委会，但人大常委会授权特区法院解释基本法的各项条款，且法院有义务“依照”包括基本法在内的适用于特区的法律审判案件，（第8、18、84、158条）而“香港特别行政区立法机关制定的任何法律，均不得同本法相抵触”。（第11条）法院因此认为，“为了行使司法管辖权去执行及解释《基本法》，法院必须具有上述的司法管辖权去审核全国人民代表大会及其常务委员会的行为，以确保这些行为符合《基本法》”。
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关于解释基本法的方法，终审法院注意到“宪法是一份具有灵活性的文件，旨在配合时代转变和适应环境的需要”。因此，法院采取了相当灵活宽泛的目的性解释方法：
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终审法院对基本法采取了灵活宽泛的目的性解释方法。
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解释《基本法》这样的宪法时，法院均会采用考虑立法目的这种取向……因为宪法只陈述一般原则及表明目的，而不会流于讲究细节和界定词义，故必然有不详尽及含糊不清之处。在解决这些疑难时，法院必须根据宪法本身及宪法以外的其他有关资料确定宪法所宣示的原则及目的，并把这些原则和目的加以贯彻落实。因此，在确定文件的真正含义时，法院必须考虑文件的目的和有关条款，同时也必须按文件的背景来考虑文本的字句，而文件的背景对解释宪法性文件尤其重要。
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关于基本法的目的，终审法院主要考虑了《联合声明》所阐述的基本方针和政策，包括“一国两制”、国家统一与高度自治原则。法院注意到基本法第三章一开始就界定了香港居民的类别，然后列举了受保障的各项自由，包括永久居民所享有的居留权。“这些自由是两制中香港制度的重心所在。”为了使之获得充分保障，法院“应该采纳宽松的解释”。对于永久居民的类别，法院认为基本法第39条规定为“继续有效”的《公民与政治权利国际公约》“尤其有助于解释”。
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宪法解释还将参照《公民与政治权利国际公约》。
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终审法院认为，基本法第24条所保障的居留权是一项“核心权利”，因而采取了“一种宽松的取向”，且这种取向不受第22（4）条的影响。根据法院的解释，第22（4）条及根据其所制定的内地法律仅适用于非永久居民的人士，而不适用于永久居民。如果申请人享有基本法第24条所赋予的居留权，那么即使他在内地，也不受内地出入境管理处对单程证和配额数目的限制；否则，同样拥有永久居民身份的人就受到了不同对待，也使永久居民进入香港的权利受到内地行政机关的控制，从而将削弱特区的自治权，而这并不是第22（4）条的原意。因此，内地规定居民要有出境批准才可进入香港的法律“当然可以全面在国内执行，但却不能作为一项宪法的基础来规限《基本法》所赋予的权利”。然而，第3号条例却同样要求在内地的永久居民必须先持有单程证才可享受居留权，因而这部分条例被判决“违宪”。
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法院认定基本法所保障的居留权是一项核心权利，判决单程证规定过分限制了这项权利。
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终审法院还考虑了第3号条例规定追溯力的条款，并引用了《公民与政治权利国际公约》第15（1）条对事后制刑的禁止。下级法院认为，该条例虽然规定了追溯力，但禁止根据具有追溯力的条文对任何提出指控并定罪，因而仍然有效。但终审法院认为追溯条文仍然可能造成不公正的民事后果和其他不利影响，因而判决违宪。
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