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同时，苏联驻新疆的两个领事馆，即驻乌鲁木齐和伊宁领事馆虽然同意苏籍干部加入中国籍，并长期留在中国工作，在具体受理苏籍干部退籍问题时却设法刁难，多方了解中国处理苏籍干部的方针，试图在此问题上对中国施加压力，以使中方做出让步，允许苏籍干部继续留在中国的国家机关中。苏联总领事曾提出：苏籍干部在党政军机关担任着各种不同的职务，尤其是伊犁苏籍干部的数量很大，他们不愿意退籍。这个问题的解决要靠本人自愿，中苏双方只能说服不能强迫。由此，从1960年5月到1961年3月向苏领馆提出退籍申请者均未获得批准。[50]
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苏联政策发生上述变化，应该说是别有所图的。毕竟，在中国的党政军机构中保留有苏籍干部，有利于苏联对新疆的影响和控制。伊犁地区有不少隐瞒苏侨身份的干部经常与苏联领事馆联系，汇报中方内部情况，提供各种情报，包括中共中央绝密文件。甚至有的民族干警还秘密领取苏联领事馆的工薪。在以后的伊塔事件中，苏籍干部成为坚决逃跑的一类人，其中有地方民族主义情绪或对党和政府不满者，还成为煽动、组织及胁迫群众外逃的首要分子。个别上层人士在伊塔事件后则宣称“领事馆撤走了，我们还有地下领事”。[51]
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第三，苏联方面开始利用苏中邮件往来及广播宣传，鼓动中国公民去苏。
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1960年代初，苏方通过集体农庄、区乡政府往新疆各地投递信件，提供各类非法证件，寄赠报刊等宣传品，引诱中国边民去苏。苏联哈萨克广播电台对新疆的维吾尔语广播1950年曾自动撤销，但到1961年上半年又重新恢复，经常播放去苏人员的录音讲话、访问记录等，赞美苏联，煽动民族分裂情绪，且频率和播出时间都与中方的维吾尔语广播电台相近，很容易为新疆地区的民众收听。[52]
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与此同时，已越境去苏的人员也频繁与其中国境内的亲友通信，或邮寄米、面和肥皂、棉布等中国定量供应的物品，宣传苏联生活的优越，劝说他们到苏联去。1961年至1962年，来自苏联的信件、邮包猛增。特别是有的人利用亲友关系写信鼓动担任劝阻外逃工作的干部去苏，直接破坏中方进行的这项工作。[53]第四，1962年4～5月，苏联方面直接参与了煽动并接应中国边民外逃的活动。
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1962年新疆伊塔事件期间苏联驻伊宁领事馆及伊犁地区苏侨协会向中国边民滥发苏侨证。图为伊犁地区尼勒克县公安局查封的苏方发出的出生证样本
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1961年冬和1962年春，苏联驻伊宁领事馆副领事季托夫（又译迪道夫）等人先后6次到塔城专区进行非法活动，共接见当地居民4743人次。尤其是1962年4月，季托夫在塔城擅自召开大会，煽动群众外逃苏联，并曾往返苏联两次进行联系。其后，当地居民的外逃情绪得到渲染，形成一种舆论氛围，边民非法越境去苏行动随即开始。从4月中旬至5月末，伊犁、塔城地区参加外逃的总人数为74570人，其中非法越境去苏的有61361人，带走大小牲畜23万头，大车1500多辆。[54]
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在中国边民外逃的过程中，苏联边防军一改过去与中国边防站举行会晤，遣返中方越境人员的做法，于边界上有组织、有计划、有步骤地开口子，接运、安置外逃人员。各接待站配有医生、救护车、流动售货车，苏方一些党政军警和特务机关人员坐镇接待站。当大批群众逃跑越境时，苏方在边界铁丝网上开了几处口子，夜晚用探照灯、红绿信号弹或汽车灯照明，指示逃跑方向，并派出大卡车到边界线上接运外逃人员至集中点，登记和分发钱粮后很快内送，安置于各地的集体农庄。苏方还散布“关口子”等谣言，传令以后过去的人要多带牲畜财产，在口子上要等到生产队大多数人到齐后才放他们过去等，促成了几次大批边民逃苏的高潮。[55]
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1962年中国边民逃苏时所轧出的马车路，路直通苏联霍尔果斯边卡南第一个暸望台以南60～100米的口子。图上马车路的位置距该瞭望台约2公里
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边民越境事件发生后，伊犁州各级党委迅速动员各方面力量，深入边境地区，进行了大量的、艰苦的教育和劝阻工作。在反外逃工作初期，采取说服教育的方法，坚持“不开枪、不动武、不与群众发生冲突”的原则，积极劝阻，制止外逃。4月29日自治区党委发出《迅速制止边境地区群众非法越境的宣传教育要点》，各边境地区反复进行“要点”的宣传教育和解释工作，使很多群众的思想情绪稳定下来，不再外逃。与此同时，伊犁州还采取政治教育与武装力量相结合的方式开展工作。由生产建设兵团组织民兵进行武装巡逻警戒，维护社会治安，在中苏边境执行巡逻任务，依法惩处少数组织逃跑、造谣惑众、扰乱治安的为首分子，遏止了越境事态的蔓延。[56]
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5月初，塔城、霍城等地的大规模外逃行动基本得到控制后，伊宁市的群众性外逃活动仍在继续发展。29日晚，在一些人（其首要都是持有苏联护照或自称苏侨的人）的煽动下，要求去苏联的群众冲、砸了伊犁州人委和区党委。在“五二九”事件中，闹事者曾三次到苏联领事馆汇报情况和请示办法，苏方均把他们推到中国政府方面，一再申说：如中国政府同意，就让他们去苏联，促使这些人更坚决地向当地政府闹事，强迫地方领导人写出准许他们去苏的命令书等。苏领事、副领事、秘书等还接见了闹事的首要分子和聚集在领馆门前的闹事群众。此外，冲击州人委的人有重点地专门抢夺外事分处的文件档案，事后的次日，苏领馆秘书不经中方许可即携带邮袋回国。[57]
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边民外逃带走了大量牲畜、车辆，以及造成60万亩耕地荒芜的情况，加上政府机关、企业被捣毁，粮食、物资等被抢劫，伊塔事件造成的损失达1亿元以上。[58]
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1962年5月4日苏方为便于中国边民外逃，在中苏边界中国霍城县空特拜地区切断铁丝网所开的口子
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5月30日，在中国方面的强烈抗议下，苏联边防军被迫停止接运伊犁外逃居民，封锁了边界。[59]事件发生后，新疆自治区党委也迅速加强了伊犁全州的边防机构。1962年4～8月，增设边防站58个，并由生产建设兵团新设了一批国营农场，以加强边境控制力量。6月底，大批边民的外逃行动基本被制止；8月底，沿边地区的社会秩序也基本稳定下来。[60]
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鉴于边民祖国观念严重混乱和淡薄的情况，伊犁州党政领导机构开始对全州进行“三一”思想教育，即宣讲“一个党——中国共产党，一个祖国——中华人民共和国，一条道路——社会主义”，加强对少数民族的爱祖国的宣传教育，使之理解新疆伊犁是祖国的领土，维吾尔族和哈萨克族等民族是祖国的少数民族之一，不是苏联人；宣传祖国的伟大和做中国人的光荣。[61]
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与此同时，中苏双方互发照会、提交备忘录，进行外交交涉。在这场“笔墨官司”中，中国政府连续指控苏联搞颠覆、武装叛乱，步步进逼，调门愈提愈高。中共中央则进一步确定了“利用外逃事件，挤走苏联驻华领事馆，把苏联搞颠覆活动的领馆、苏侨协会、商务处的祸根从根铲除”，有步骤地“分期分批搞”，让苏方的机构“自己走”的方针。[62]
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第一步在新疆实施，以使新疆成为中华人民共和国的新疆，而不再是别人的新疆。5月，中国方面查封了苏联在新疆伊犁、塔城、昭苏、乌苏、特克斯等地的苏联侨民协会。是月，中方就新疆边民外逃事同苏方交涉时指出其驻乌鲁木齐和伊宁领事馆的非法活动，苏方关闭了这两个领事馆。10月，根据中方的要求，苏方又关闭了设在乌鲁木齐的商务代表处和新疆其他两个口岸的商务机构。伊犁、塔城地区边民大规模外逃事件至此告一段落。第二步在东北等地进行。9～12月，查封了东北、内蒙古地区的苏侨协会的总会、分会、小组和侨民代表处；关闭了设在苏联外贝加尔（满洲里对面）和格罗捷阔渥（绥芬河对面）的商务机构。苏联方面随之关闭了驻哈尔滨和上海的两个总领事馆，以及设在满洲里、集宁、广州、上海、大连等中国口岸的商务机构。结果是中苏之间的领事关系中断，苏联在中国“就剩光杆大使馆”了。[63]
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此外，中国政府还进一步严格苏联侨民身份的界限，规定：新疆少数民族中凡同时持有苏联护照和新疆公安机关颁发的外侨居留证的人才是合法苏侨，只有苏领馆所发护照，无新疆公安机关外侨居留证的人，其苏侨身份不能被承认，其所持护照为非法证件，须予没收；同时开始清理在华苏侨。5月30日，公安部、外交部联合发出通知，指出：根据中央对苏联侨民问题的指示精神，目前在处理苏联侨民申请出境问题的时候，“应当放宽尺度，简化手续”。“苏联侨民要求回归苏联的，应当迅速批准，尽快使其离境。”通知要求各地在对现有苏侨人数加以核实，对未处理的申请出境案件做一清理，先迅速处理一批。为了加快这一过程，通知特别规定：“苏联侨民要求去资本主义国家的，一般都可以批准，尽快使其离境。对这种人，过去要先经过苏联领事馆同意，才由我方签发出境证件。今后只要他们提出申请，就可以签发出境证。领馆同意与否是侨民本人的事，我们可以不去过问”。“苏联侨民中的政治嫌疑分子和接触一般机密的人申请出境，一般不要阻留，应当迅速批准，让其离境’“申请出境的苏联侨民，如有未了民刑案件和债务纠纷，应当尽快设法解决”。“苏联侨民的中国籍直系亲属，要求一同出境，可以听其随走”。“我留学生带回的苏籍妻子，如果要求回苏联的，可以批准。但她们的丈夫要随走的，不能同意。”等等。关于苏侨离境的时间，通知要求大体以批准后一个月为限期，不可过长，而且到期不走的须予以督促。[64]此时，苏联方面声称还要开口子，搞中国边民外逃的活动；苏哈萨克斯坦报纸、电台大事宣传说，哈萨克人都是苏联人，是一家，反对汉族统治，应成立独立国家；新疆外逃人员的首领还组织了维吾尔共和国筹备委员会。鉴于这种情况，中国方面认为，搞颠覆活动已成为苏联对中国新疆的政策。[65]因此可以说，中国这时的加速遣侨行动的方针与前述1954年和1955年的有关方针相比，已经有了质的变化，其初衷不再是配合苏联的计划，支持苏联的建设，而是要全面清理在华苏侨，以期尽快铲除苏联在中国，尤其是在新疆地区的社会基础，所谓“遣侨这是同修正主义进行斗争的一个方面，要把修正主义在我区的腿子拔掉，我们就要想办法挤其出境”，[66]彻底肃清苏联的影响。
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此后至1963年，根据中国外交部与苏方达成的协议，新疆方面简化手续，进行遣返苏侨的收尾工作，其中1963年侨务工作的主要任务就是全部遣送完苏侨，对坚决不走的苏侨严加管理。这两年伊犁地区共遣返苏侨7419人，中国籍家属37528人。[67]1964年伊犁地区分四批遣返俄罗斯四教派分子100户、559名之后，全疆的苏侨不过500多人，[68]苏联在新疆的社会基础表面上被清理干净了。但是，苏联侨民的遣返实际上形成了一条返国苏侨与其留在中国新疆境内的亲属、社会关系进行联系的渠道，随着这种沟通的日趋频繁，中苏两国关系恶化后，返国苏侨与新疆各族人民之间剪不断的关系，事实上，成为新疆地区社会心理动荡的一种新的潜在性因素。[69]
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1963年初，新疆自治区党委在向各地通报中苏边境情况时，指示伊犁区党委和边境地区地、州委加强军事和边防工作，落实各项战备措施。是年末，自治区人委颁布了《边境禁区管理规定》。1963年秋至1964年春，伊犁州又根据自治区的有关命令和规定，划定了边境禁区、边境管理县和管理区。[70]新疆的外事工作开始逐渐走上了“进一步突出备战，突出反修，以针对苏联现代修正主义、帮助苏联人民革命为中心”的道路。[71]
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伊塔事件的发生虽然与苏共二十二大后中苏两党意识形态上的矛盾冲突加深加剧有关，迄今却还没有足够的证据表明苏共决策层直接策划了这次事件。但不管怎样，事件的结果是严重影响了中苏两国之间的关系，影响到中共决策层对国家安全利益的考虑。而这个期间中共党内总结“大跃进”运动的教训时出现的一种否定毛泽东设计的中国发展道路的倾向，则进一步促使毛泽东下决心迈出了与苏联决裂的步子。