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第二个不属于情报部却发挥情报作用的单位是特别行动部（Special Operations Division），是美国缉毒署的行动部（Operations Division）的一个组成部分。特别行动部建立于1994年，人员从几十人已经发展为几百人。美国缉毒署2004年总结报告称，情报界认为特别行动部“在与其他机构进行情报数据分享和协调工作上，是最具前瞻性的单位之一”。情报界某位成员称，特别行动部提供的“线索”对其行动有至关重要的作用。最近，来自情报界、尤其是国家安全局的消息显示，特别行动部也提供其他方向的线索来协助犯罪调查。但这些线索被应用在“平行结构”中，通过重造一个调查痕迹来掩盖原始消息来源。该部早期目标是拉丁美洲的毒品垄断，在扩展之后还包括了毒品反恐、有组织犯罪和黑帮。
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美国情报界（第7版） 第六章 联合司令部情报机构
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除了由美国国防部和军方总部管理的机构在执行情报任务外，各联合军事司令部内也一直进行着大量的情报工作。这些司令部的任务、责任、部队结构和职责地理区域在“联合司令部计划”（Unified Command Plan）中有详细的规定。该计划是由参谋长联席会议起草、由总统批准的。“联合司令部计划”的最新版本是两份总统备忘录的主题：第一个签发于2011年4月6日，批准了初版；第二个签发于2011年9月12日，批准了对计划的许多修改。
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正如国家安全机构的其他部门一样，2001年9月11日的恐怖袭击对联合司令部计划有着极其重要的影响。就在这次恐怖袭击的1个月内，据相关报道称，美国开始考虑建立一个全新的“美洲司令部”以强化西半球的防御能力，并考虑扩展美国特种作战司令部的权力，使其可以实施条条块块，不只是简单地向区域司令官提供军事力量。除此之外，设想中“最激进和最富争议的变化”，是抛弃把世界分给4个区域司令官的结构。
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这些区域司令部的司令官以前被称为总司令（Commander in Chief），负责直接指挥实施职责地区内的军事行动，使用他们管辖下的下属司令部的军事力量。从技术上讲，命令由总统下达给国防部长，然后再下达给每个联合司令部的司令官，无需经过参谋长联席会议，但是在国防部长认为必要时，参谋长联席会议主席将负责监督。
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虽然区域司令部存留了下来，自2002年初以来，又有两个指挥部被建立起来；另外有一个司令部被改组，一个被彻底废止，还有一个则被废止并被另一个司令部吸纳。到了2008年，“联合司令部计划”被签发，美国太空司令部（U.S.Space Command, SPACECOM）被撤销，其重点成员司令部——美国空军太空司令部（Air Force Space Command）被划归进美国战略司令部（U.S.Strategic Command, STRATCOM）。由2011年总统备忘录批准的变更，包括重新调整北极区职责、将解散美国联合部队司令部（U.S.Joint Forces Command, USJFC）的付诸文件、扩大战略司令部打击大规模杀伤性武器（weapons of mass destruction, WMD）的职责，以及把联合战争分析中心（Joint Warfare Analysis Center）的任务从联合部队司令部转移到战略司令部。那些更激进的建议还包括合并某些地理区域的司令部，并由联合特遣部队取而代之，但没有被采纳。
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因此，目前共有6个区域指挥司令部：非洲司令部（Africa Command, AFRICOM）、中央司令部（Central Command, CENTCOM）、欧洲司令部（European Command, EUCOM）、北方司令部（Northern Command, NORTHCOM）、太平洋司令部（Pacific Command, PACOM）和南方司令部（Southern Command, SOUTHCOM）。另有3个司令部具备全球范围职责：美国特种作战司令部、美国战略司令部和运输司令部（U.S.Transportation Command, TRANSCOM）。
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联合司令部的情报职责，包括为司令部和更高当局提供情报分析，并对在司令部战区内从事的国家侦察和其他敏感搜集行动进行监管。直到1991年，情报分析职能通常会被分配给若干个统一或下属的司令部。但是，在《重组国防部情报计划》（Plan for Restructuring Defense Intelligence）中，国防部负责指挥、控制、通信和情报的助理部长特别要求将太平洋、大西洋和欧洲司令部及其成员司令部的分析中心合并为各联合情报中心，由各联合司令部的总司令直接领导。很明显，其他司令部也将按此行事。据认为，这样的举措“不仅能通过消除重复性工作节省资源，还能通过提高效率强化对总司令及其成员的支持”。按参谋长联席会议的国家军事战略（National Military Strategy）的描述，联合情报中心是“确保为作战总司令及战区军事力量提供高效情报的主要单位”。
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联合情报中心的形成导致了太平洋舰队情报中心（Fleet Intelligence Center, Pacific）、欧洲防御分析中心（European Defense Analysis Center），以及欧洲和大洋洲舰队情报中心的解散。它们的职责和人员被分配给新的联合情报机构。在夏威夷，太平洋司令部下属的5个规模较大的情报组织，包括太平洋舰队情报中心，都并入了太平洋联合情报中心（Joint Intelligence Center, Pacific）。
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重组国防部情报计划，允许联合司令部和成员机构中的情报人员以J2/情报处的形式保留下来，其目的是为了“支持对实施当前军事行动的计划工作和提供有重点的情报需求清单”。1997年11月，大约有4000人服务于各种各样的联合情报中心；当时的减员10%的公告在近几年被撤销。2006年4月3日，国防部长唐纳德·拉姆斯菲尔德签发了一道指令，在国防情报局建立了一个联合情报行动中心，并且在每个联合司令部都要建立类似的机构，这样可以为作战司令官提供更好的情报支持。
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2007年10月，根据《联合情报中心/联合分析中心军事情报项目实施研究》（Joint Intelligence Centers/Joint Analysis Center Military Intelligence Program Implementation Study, JMIS），将联合司令部情报处（包括联合情报中心）的雇员移交给国防情报局的进程开始了。在该进程完成之前，超过4000人和20亿美元的可用资金被转入国防部情报局。
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非洲司令部
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2007年2月6日，小布什总统公布了建立一个统一作战司令部负责非洲大陆的计划（埃及除外，因为埃及被保留在中央司令部的管辖范围）。国会研究处的一份研究认为，这个新的非洲司令部“之所以产生，部分原因是出于对国防部将非洲职责分配给3个区域司令部的担忧，据说这种分配会带来协调方面的挑战”。除此之外，据说伊拉克战争和阿富汗战争对欧洲和中央司令部提出了过高的要求。
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非洲司令部2007年10月1日成立时，是欧洲司令部的下一级司令部，于2008年10月1日变成了完整运作的司令部。根据其任务描述，“（司令部）与跨国机构和国际伙伴合作，应对危机，阻止和打击跨国威胁，发展美国的国家利益，促进地区的安全、稳定和繁荣。”2014年3月，非洲司令部司令官在参议院军事委员会作证时，确认了该司令部的“当务之急”是打击暴力极端主义和增强东非的稳定，打击暴力极端主义和增强北非、西非的稳定性，保卫美国公民和设施的安全，增强几内亚湾的稳定，打击圣主抵抗军。
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非洲司令部总部位于德国斯图加特的凯利军营，由于非洲司令部负责的大多数国家以前由欧洲司令部负责，因而大多数负责非洲事务的人员都驻扎在斯图加特，还有一个原因是，非洲领导人不接受在非洲建立司令部。大约有2000人被派往这个司令部，包括军人、联邦文职雇员和承包商人员。他们当中有1500人在总部工作。其项目通过设置在大约38个国家的安全合作办公室和武官办公室进行协调。司令部联络官员还有驻扎在位于埃塞俄比亚的非洲联盟总部、位于尼日利亚的西非国家经济共同体总部和位于加纳的科菲安南国际维和部队培训中心。
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非洲司令部的成员司令部包括了总部在意大利维琴察的美国非洲集团军和位于意大利那不勒斯的美国海军非洲部队。海军部队的主要任务是提升海上安全能力和非洲伙伴的能力。还有两个军事机构位于斯图加特的美国空军非洲部队和美国海军陆战队非洲部队。最后两个成员司令部是有2000人的非洲之角联合特遣部队，其总部位于吉布提的雷蒙尼营，以及位于斯图加特的美国特种作战司令部所属的非洲特种作战司令部。
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情报和知识发展处（Intelligence and Knowledge Development Directorate, J2）是非洲司令部总部的机构，组织结构如图6.1所示。其总部位于斯图加特，分部分别位于英国的莫尔斯沃思、佛罗里达州坦帕和华盛顿特区。该处“执行情报行动；为非洲司令部总部、下属机构和特定的伙伴机构管理情报搜集、分析、编制、分发和知识发展”。有200人被派往位于斯图加特的J2，253人被派往莫尔斯沃思。欧洲司令部的联合情报中心也位于此地（直到其迁往克劳登皇家空军基地，预期将于2016年开始联合情报中心的建设）。坦帕分部显然是与美国特种作战司令部的情报中心协作工作。
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图6.1 非洲司令部J-2组织机构
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中央司令部
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美国中央司令部成立于1983年1月1日，是快速部署部队的继承者。其总部位于坦帕的麦克迪尔空军基地，设定的职责区域是中东和波斯湾地区的国家、东北部非洲国家和西南亚洲国家。随着苏联的解体，它还负责土库曼斯坦、乌兹别克斯坦、吉尔吉斯斯坦、塔吉克斯坦和哈萨克斯坦。其职责区域还包括阿富汗、巴林、埃及、伊朗、伊拉克、约旦、科威特、黎巴嫩、阿曼、巴基斯坦、卡塔尔、沙特阿拉伯、叙利亚、阿拉伯联合酋长国和也门。
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2014年，中央司令部的司令官向国会确认了十大优先级任务。前5个是：（1）从“坚持自由”行动（Operation ENDURING FREEDOM）转变，支持一个“区域一体化的、安全的、稳定和持续发展中的”阿富汗；（2）防止大规模杀伤性武器的扩散；（3）应对伊朗的不利影响；（4）管理和控制叙利亚内战的潜在后果和中东的其他“断层”冲突；（5）打击基地组织。