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联合情报中心的形成导致了太平洋舰队情报中心（Fleet Intelligence Center, Pacific）、欧洲防御分析中心（European Defense Analysis Center），以及欧洲和大洋洲舰队情报中心的解散。它们的职责和人员被分配给新的联合情报机构。在夏威夷，太平洋司令部下属的5个规模较大的情报组织，包括太平洋舰队情报中心，都并入了太平洋联合情报中心（Joint Intelligence Center, Pacific）。
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重组国防部情报计划，允许联合司令部和成员机构中的情报人员以J2/情报处的形式保留下来，其目的是为了“支持对实施当前军事行动的计划工作和提供有重点的情报需求清单”。1997年11月，大约有4000人服务于各种各样的联合情报中心；当时的减员10%的公告在近几年被撤销。2006年4月3日，国防部长唐纳德·拉姆斯菲尔德签发了一道指令，在国防情报局建立了一个联合情报行动中心，并且在每个联合司令部都要建立类似的机构，这样可以为作战司令官提供更好的情报支持。
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2007年10月，根据《联合情报中心/联合分析中心军事情报项目实施研究》（Joint Intelligence Centers/Joint Analysis Center Military Intelligence Program Implementation Study, JMIS），将联合司令部情报处（包括联合情报中心）的雇员移交给国防情报局的进程开始了。在该进程完成之前，超过4000人和20亿美元的可用资金被转入国防部情报局。
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美国情报界（第7版） [:1702968354]
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非洲司令部
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2007年2月6日，小布什总统公布了建立一个统一作战司令部负责非洲大陆的计划（埃及除外，因为埃及被保留在中央司令部的管辖范围）。国会研究处的一份研究认为，这个新的非洲司令部“之所以产生，部分原因是出于对国防部将非洲职责分配给3个区域司令部的担忧，据说这种分配会带来协调方面的挑战”。除此之外，据说伊拉克战争和阿富汗战争对欧洲和中央司令部提出了过高的要求。
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非洲司令部2007年10月1日成立时，是欧洲司令部的下一级司令部，于2008年10月1日变成了完整运作的司令部。根据其任务描述，“（司令部）与跨国机构和国际伙伴合作，应对危机，阻止和打击跨国威胁，发展美国的国家利益，促进地区的安全、稳定和繁荣。”2014年3月，非洲司令部司令官在参议院军事委员会作证时，确认了该司令部的“当务之急”是打击暴力极端主义和增强东非的稳定，打击暴力极端主义和增强北非、西非的稳定性，保卫美国公民和设施的安全，增强几内亚湾的稳定，打击圣主抵抗军。
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非洲司令部总部位于德国斯图加特的凯利军营，由于非洲司令部负责的大多数国家以前由欧洲司令部负责，因而大多数负责非洲事务的人员都驻扎在斯图加特，还有一个原因是，非洲领导人不接受在非洲建立司令部。大约有2000人被派往这个司令部，包括军人、联邦文职雇员和承包商人员。他们当中有1500人在总部工作。其项目通过设置在大约38个国家的安全合作办公室和武官办公室进行协调。司令部联络官员还有驻扎在位于埃塞俄比亚的非洲联盟总部、位于尼日利亚的西非国家经济共同体总部和位于加纳的科菲安南国际维和部队培训中心。
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非洲司令部的成员司令部包括了总部在意大利维琴察的美国非洲集团军和位于意大利那不勒斯的美国海军非洲部队。海军部队的主要任务是提升海上安全能力和非洲伙伴的能力。还有两个军事机构位于斯图加特的美国空军非洲部队和美国海军陆战队非洲部队。最后两个成员司令部是有2000人的非洲之角联合特遣部队，其总部位于吉布提的雷蒙尼营，以及位于斯图加特的美国特种作战司令部所属的非洲特种作战司令部。
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情报和知识发展处（Intelligence and Knowledge Development Directorate, J2）是非洲司令部总部的机构，组织结构如图6.1所示。其总部位于斯图加特，分部分别位于英国的莫尔斯沃思、佛罗里达州坦帕和华盛顿特区。该处“执行情报行动；为非洲司令部总部、下属机构和特定的伙伴机构管理情报搜集、分析、编制、分发和知识发展”。有200人被派往位于斯图加特的J2，253人被派往莫尔斯沃思。欧洲司令部的联合情报中心也位于此地（直到其迁往克劳登皇家空军基地，预期将于2016年开始联合情报中心的建设）。坦帕分部显然是与美国特种作战司令部的情报中心协作工作。
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图6.1 非洲司令部J-2组织机构
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美国情报界（第7版） [:1702968355]
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中央司令部
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美国中央司令部成立于1983年1月1日，是快速部署部队的继承者。其总部位于坦帕的麦克迪尔空军基地，设定的职责区域是中东和波斯湾地区的国家、东北部非洲国家和西南亚洲国家。随着苏联的解体，它还负责土库曼斯坦、乌兹别克斯坦、吉尔吉斯斯坦、塔吉克斯坦和哈萨克斯坦。其职责区域还包括阿富汗、巴林、埃及、伊朗、伊拉克、约旦、科威特、黎巴嫩、阿曼、巴基斯坦、卡塔尔、沙特阿拉伯、叙利亚、阿拉伯联合酋长国和也门。
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2014年，中央司令部的司令官向国会确认了十大优先级任务。前5个是：（1）从“坚持自由”行动（Operation ENDURING FREEDOM）转变，支持一个“区域一体化的、安全的、稳定和持续发展中的”阿富汗；（2）防止大规模杀伤性武器的扩散；（3）应对伊朗的不利影响；（4）管理和控制叙利亚内战的潜在后果和中东的其他“断层”冲突；（5）打击基地组织。
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除了总部的处室，中央司令部有4个兵种成员司令部（美国空军中央司令部、美国陆军中央司令部、美国海军中央司令部和美国海军陆战队中央司令部），以及另外3个下属实体（安全援助办公室、美国中心特别行动司令部、联合航空航天行动中心）。它的成员司令部中，陆军和空军司令部的总部位于南卡罗来纳州萨姆特的索肖空军基地；美国海军司令部位于巴林岛的海军支持行动基地；海军陆战队和特种作战司令部位于麦克迪尔。在科威特和卡塔尔也有司令部和下属设施。中央司令部各部门中总部有2140人，兵种成员司令部有3268人，其他下属实体有589人。
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到2014年6月，总部人员中有1169人为中央司令部的情报机构情报处和中央司令部联合情报中心（Joint Intelligence Center, Central）工作。情报处通过“实施全资源搜集、分析、融合、测向、编制和分发”，向中央司令部司令官、成员司令部、美国使馆驻该国的小组、总统和国防部长“提供威胁预警、测向情报和评估报告”。如图6.2所示的情报处组织架构图所示，它的主要成员包括了5个分部：情报、监视和侦察（Intelligence, Surveillance, and Reconnaissance, ISR）；行动；计划；资源和需求；反情报与安保部门（X），其主要致力于搜集工作。据中央司令部的司令官称，该处与国家情报总监办公室保持着一个“紧密的工作关系”。
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图6.2 中央司令部情报处组织机构图
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如图6.3所示，为司令部提供的分析性情报支持来自情报处和中央司令部联合情报中心，其任务是为中央司令部司令官提供全源情报和预警、行动情报和评估，以满足战时和和平时期的需求，为成员司令官提供以任务为导向的情报支持，并制作和分发完整的情报。它的主要成员机构是分析和情报编制部门（南亚和中亚部、伊朗部、近东部、地区部和非国家威胁部）和测向和地理空间准备部门（联合定位因素部、地理空间情报部和作战序列部）。
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图6.3 中央司令部联合情报中心（JICCENT）组织架构图
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美国情报界（第7版） [:1702968356]
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欧洲司令部
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