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多数情况下实行中书省分领六部院寺监施政。六部听命于中书省，独立性仍比较小。
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明清内阁军机处掌枢机六部施政
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宰相制废止，中枢组织由皇帝御用秘书班子（明内阁、清军机处及内阁）充任。这类御用秘书班子与前一阶段群体宰相比较，虽也是群体，但没有宰相名分，没有正规的办事机构，完全设在皇宫内，而且，一般不能以中枢组织的名义向六部寺监及地方官府发布政令公文，也不接受呈送中枢组织的上行公文，只负责审阅臣下给皇帝的题奏，帮助皇帝草拟诏书或与议军国大事。总之，作为朝廷中枢组织的内阁和军机处，已不是皇帝之下较独立的权力机关，而只是秉命于皇帝的御用秘书班子。
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中央行政节制机关取消，以六部为中心的部门施政体系正式建立。六部在施政中取得相对的独立性，或有权向其他寺监和地方官府颁布公文，发号施令。
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与宋元比较，朝廷官职设置及统属关系，出现了一定程度的精简趋势。一批省、院、寺、监或撤销，或被置于六部统辖之下，有利于提高行政效率。
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皇帝在御用秘书班子的辅佐下躬领庶政，朝廷行政结构和权力运行，开始以皇帝一人为中心。中央权力机构由原来的皇帝、宰相、各部门三级构建，变为皇帝和各部门二级构建。无论朝廷决策，抑或权力运转，皇帝的独裁专制均趋于极端化。
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[1]《汉书》卷四十《陈平传》。
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[2]《汉官旧仪》卷上。
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[3]安作璋、熊铁基《秦汉官制史稿》上，齐鲁书社1985年。
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[4][5]《汉书》卷四十二《申屠嘉传》。
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[6]《汉书》卷五十二《灌夫传》。
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[7]《后汉书》卷四十六《陈忠传》。
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[8]《通典》卷二十二《职官四》。
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[9][10]《文献通考》卷五十一《职官考五·尚书省》；卷五十二《职官考六·历代尚书》。
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[11]《后汉书》卷六十三《李固传》。
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[12]《无极山碑》光和四年八月丁丑诏书。
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[13][14]《文献通考》卷五十一《职官考五·尚书省尚书令》。
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[15]《晋书》卷三十四《羊祐传》。
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[16]《三国志》卷十四《刘放传》。
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[17]《三国志》卷二十二《陈矫传》。
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[18]《通典》卷二十一《职官三·中书省》。
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[19]《廿二史札记》卷八《南朝多以寒人掌机要》。
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[20]《晋书》卷二十四《职官志》。
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