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由于中枢组织与行政节制机构的分离，运行环节有所增加，施政效率受一定影响。这又是魏晋尚书省及其诸部曹起而取代三公九卿充当施政机关的原因之一。但尚书台设于宫内，对皇帝依附性较强，可以减少皇帝与宰相间的权力分配摩擦，保持最高决策的一元化。
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魏晋南北朝三省递代秉钧六部九卿复合施政
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尚书、中书、门下三省递代充中枢组织，不仅使宰相群体进一步扩大到三省长官范围之内，而且三省在中枢组织中的地位轻重也有明显变动。有人说，东汉“政归尚书，魏晋政归中书，后魏政归门下”（《困学纪闻》卷十三《汉魏晋政柄所归》），大体反映了上述动向。
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尚书省逐渐演化为中央行政节制机关，取代原三公府的地位和职能。以尚书省六部为主，以九卿为辅的复合施政体制基本形成。
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无论是中枢组织，抑或施政机关，常处于新旧交替状态，前后变动较大，不够稳定。这既与政权频繁更迭有关，也和三省六部制取代丞相九卿制的历史性过渡不无联系。
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隋唐三省协同秉钧六部寺监复合施政
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群体宰相体制进一步发展。无论是隋和唐初三省长官并为宰相，或是后来的政事堂、中书门下，都是群体。宰相中的轮流秉笔和奏闻议政制度不断完善。
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确立了中书省拟诏，门下省审复，尚书省执行的三省协同辅政程序。三省既分工，又协作，居于皇帝之下中央行政权力运转的核心。三省协同体制，使中枢宰相辅政在机务与行政节制权分离的基础上，又将中枢组织的机务交给中书、门下二省共同承担，增加了运转环节，对行政效率不无影响。这也是三省制享年不永的原因。
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在尚书省六部、九寺五监复合施政过程中，尚书省充当行政节制机关，协调六部与寺监的政务联系，地位十分重要。六部分掌主要政务和政令编制。九寺五监担负次要政务，并较正式地被置于尚书省及六部的统辖之下。
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谏议机制趋于系统化和制度化，并能对朝廷决策及权力运行，发挥一定积极效用。
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宋代中书、枢密二府秉钧使院部监施政
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*《文献通考》卷五十八《职官考十二》说，号称“西府”的枢密院“在中书之北”。另，宋代中央官府职事、隶属统领关系前后变化较大。因此，各官府间暂用单黑线。
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三省几乎形同虚设，既不多介入行政中枢的机务，又不充任行政节制机关。
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中枢组织中书门下等迁入宫内，与枢密院对掌行政、军事。群体宰相虽重新集机务和行政节制于一身，但参与决策权、财政权等常被分割或削弱。皇帝与群体宰相的权力分配摩擦仍在继续。
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使、院、部、监等施政机构重叠，冗杂混乱，既加重官费，又影响行政效率。
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元代省院台秉钧六部院寺监施政
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三省制消亡，中书省退至外朝，独立充当朝廷行政中枢。同时仍维持群体宰相体制，并与枢密院、御史台分掌行政、军事、监察（与秦、西汉类似）。
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皇帝沿用怯薛近侍介入机务的草原传统，内廷怯薛与省、院、台大臣内外衔接配合，在朝廷决策和权力运转中发挥重要作用。
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院寺监设置的数量、品级更为冗滥，尤以皇室事务及宗教事务等官为甚。