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显然，这类机构主要有3种：以面向消费者为主、以大型电商或移动社区为依托的创新型第三方支付机构，例如财付通、支付宝；以电信运营商为依托的创新型第三方支付机构，例如天翼支付；以面向企业为主、已经深入多个行业供应链的第三方支付机构，例如汇付天下、快钱。
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对这类互联网银行机构的监管，需要探索一些新的方式、方法。由于这些机构实际上主要都运用了电子货币，企业的信息流、支付流、资金流走虚拟空间，对监管方来说就是要解决在完全的虚拟空间如何开展金融监管的相关具体原则、方法、技术、系统和流程。其中，可能要打破目前这些机构的内部数据流是个“黑匣子”的不被监管状态。
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此外，在具体准入操作中，可以考虑过渡性方式。
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一种方式是，不打破现行的政策规范，要求第三方支付机构母公司另行成立子公司从事银行业务，允许第三方支付机构与其开展业务合作。
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另一种方式是，在对第三方支付机构备付金监管措施完善、行业管理相对规范的条件下，要求第三方支付机构利用客户备付金以外的资金从事金融业务。
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资金来源可以是第三方支付机构自有资金，相当于从事小额贷款公司业务；也可以是第三方支付机构客户同意开展理财的资金，相当于从事互联网金融业务。当然，后者需要配套出台相关监管政策，从而保护金融消费者的知情权和总体资金安全。
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在实践中，对于创新的规范与监管往往滞后于创新本身。因此，不打破现行政策规范的做法更易于操作。
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远期考虑：增设互联网金融机构监管类别，向有条件的第三方支付机构发放互联网金融机构牌照
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参照国际经验，未来中国实行金融混业监管是个大方向。也可以再向前一步，发放互联网金融机构牌照。根据银行业务、基金业务、证券业务按照混业经营、混业管理的思路，允许第三方支付机构发挥IT和互联网特性，开展更广泛领域的金融+IT试点工作。有条件的制造业、服务业企业和传统商业银行也可以申请互联网金融机构牌照。
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这一做法比发放互联网银行牌照更具前瞻性。两者的差别主要体现在两个方面。
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一方面，互联网金融机构不设门店网点，其业务领域比互联网银行宽泛。
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另一方面，互联网金融机构准入要求“一行三会”等国务院有关机构要强化自身在未来金融改革中的第一监管者职能。因为，我们今天看到的在第三方支付、P2P、众筹等互联网金融创新模式，归根结底是电子货币在新电子认证技术手段下，更好地服务于新型电子交易的发展结果。电子货币的发展反过来又加速了新型电子交易的发展变化。
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电子货币被新型电子交易、新型电子认证技术手段推动，本身也在不断发展变化。另外，并也不排除电子交易发展加速，会加快比特币等新型虚拟电子货币的普及过程。
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因此，由“一行三会”等国务院有关机构承担起互联网金融机构准入和监管职能，加强功能监管，有利于更好地适应未来的金融管理需求。
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财税政策
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目前，一些地方已把第三方支付机构纳入“营改增”政策试点范围，不少地方政府也同意第三方支付机构参照金融机构享受金融扶持政策，或按照高新技术企业享受相关财税政策。这些政策实施对推动第三方支付发展起到了积极作用。
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但有关支付机构交易凭证的税收管理规定，与B2B发展中第三方支付机构提供服务的发展要求不相适应，应研究制定相应的管理办法。
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使用第三方支付服务时，企业客户遇到的最大问题是，信息流和资金流、物流虽然是完全一一对应的，但在银行回单上无法完整体现。具体来说，收款企业的银行回单只能显示收到支付机构付来的一笔款项，付款企业的银行回单只能显示一笔付到支付机构的款项，从而收、付款企业均无法提供银行回单，以证明真实的资金流向是从付款企业到收款企业的。
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根据国家税务总局发票管理的有关规定，增值税专用发票开具应当与实际交易相符。企业在使用创新型电子支付服务时，发票上记载的实际收、付款企业名称与银行回单上记载的信息（交易另一方为支付公司）不一致，这就导致了企业（特别是大型企业）虽然认可支付机构提供的支付交易凭证，却因可能会被税务机关认定为偷税漏税而不敢使用。这使支付机构无法有效开展B2B电子支付业务，制约了支付行业的发展速度。
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如果税务主管部门能够认定符合一定要求和规范的支付机构的支付凭证，可以作为报税做账的凭证，将大大推动第三方支付机构在B2B支付领域的发展，推进中国商务的电子化。
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法律法规
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支持第三方支付机构的发展，关键还要解决几方面的法律问题。
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提高非金融机构支付服务的法律位阶
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中国对非金融机构支付服务的规范管理始于2010年6月中国人民银行颁布的《非金融机构支付服务管理办法》（2号令），该办法属于法律体系中的法律、法规、部门规章中的最低层级。此后所有的制度规范均较2号令平级或位阶更低（如规范性文件）。横向比较来看，欧美发达国家关于非金融支付服务机构的监管法律体系均达到法律层级，例如，美国出台的《统一货币服务法》、欧盟出台的《电子货币指引》，其约束力更强，有助于不同政府部门间的协同和规范管理，更好地支持支付服务产业的发展。
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由于法律位阶不足，因此，对于支付机构的管理存在一些问题。
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