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如果两个项目并不互斥，那么两个项目都值得投资。然而由于它们互斥，因此你只能选择其一，要么项目A（IRR更高），要么项目B（NPV更高）。
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表2-8以及图2-2展示了从0~30%不同折现率下项目A和项目B的NPV。
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表2-8 项目A和项目B的NPV表
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图2-2 项目A和项目B的NPV图
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注意项目B（虚线表示）在折现率为0~15.09%时有更高的NPV。项目A（实线表示）在折现率超过15.09%后有更高的NPV。15.09%是两个项目的交界点，在该折现率上它们的NPV相等（都为27.98）。项目B在交界点前有更高的NPV，而项目A在交界点后有更高的NPV。
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当净现值法和内部收益率法对两个互斥项目得出不一致的结论时，项目的选择应该基于净现值法。即具有更高NPV的项目B更具有投资价值，这是由于内部收益率法有一项不合理的再投资收益率假设。[1]理论上，当你用特定的折现率来折现现金流时，隐含的意义是你能以相同的收益率再投资你所获得的现金流。在NPV计算中，两个项目的折现率均为10%。而在IRR计算中，项目A的折现率为21.86%，项目B的折现率为18.92%。
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问题是你到底能以多少收益率把从项目中回收的现金流再投资出去？10%、21.86%还是18.92%？当假设必要收益率为10%时，资金成本假设为10%——即假设可以找到其他投资收益率为10%的项目抑或是用这笔资金偿还需支付10%利息的债务。而21.86%或18.92%都不意味着你可以以这么高的收益率对所产生的未来现金流进行再投资（如果真的能以这么高的收益率再投资，那么在NPV计算时就应当用这些高折现率而非10%了）。由于NPV用的是最实际的折现率，即资金的机会成本，因此当衡量互斥项目时应当使用净现值法。
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在衡量互斥项目时同样会造成净现值法和内部收益率法结果冲突的因素是项目规模。你愿意投资一个高收益率的小项目呢，还是低收益率的大项目？有时，低收益率的大项目具有更高的NPV。这样的情形如例2-5所示。
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例2-5 项目规模引起的净现值法和内部收益率法的冲突
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项目A和项目B有着相似的未来现金流形式，但项目A的初始投资额较小。两个项目的现金流、NPV以及IRR如表2-9所示。两个项目的折现率都为10%。
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表2-9 具有不同规模的两个项目的现金流、NPV以及IRR
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如果它们并不是互斥项目，则都值得投资。然而你只能从中择其一，要么选择投资项目A（有较高的IRR），要么选择项目B（有较高的NPV）。
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表2-10以及图2-3对0~30%的不同折现率分别计算了两个项目的NPV。
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表2-10 两个项目的NPV表
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图2-3 两个项目的NPV图
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注意项目B（虚线）在折现率为0~21.86%时有更高的NPV。项目A（实线）在21.86%以后有更高的NPV。在21.86%这个临界点上两个项目有相同的NPV（25.00）。在临界点之前，项目B有更高的NPV，在临界点之后，项目A有更高的NPV。当用10%折现率的情况下，答案很明显——选择项目B，即规模较大的项目，因为其NPV较高。