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第一，“两费”和罚没收入的监控难题。在相当长的时期内，工商部门对于“两费”坐收坐支，只是每月报送财政部门收支情况，年终报送财政年度决算。对于罚没收入，国家虽然一再强调罚没收入的返还必须是先上缴财政，再由财政按照一定比例返还，禁止工商部门自行截流、挪用罚没款。但是，这种规定在罚没收入由工商部门收取再上缴财政部门的情况下，难以得到完全落实。[80]这种监控难题使得财政部门对工商经费采取差额拨款或者自收自支的管理方式，阻碍了工商所经费体制改革的推行。
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市场管理费使用的原则是“取之于市场、用之于市场”，个体工商户管理费用于个协和个体工商户的服务费用。但是，在实际操作中，国家却难以有效地监控到它们的收取数额和具体开支。根据“两费”的财务管理规定，这时期，“两费”都是预算外资金，并且也不存在预算外收支两条线管理，工商部门对它们坐收坐支，由工商所收取，上交县区级工商局，然后县区工商局按照一定提成比例上缴市、省以及国家工商行政管理局，余下的由县区工商局统一收支管理。“管理费要专款专用，结余不上缴，不纳工商所得税，转入下年度使用，其它部门或单位不得调用。”财政部门对于“两费”的管理规定只是要求，工商局每月报送财政部门收支情况，在年终报送财政年度决算。[81]这样，大量的预算外资金掌握在工商部门，财政完全无法有效监控工商部门这部分经费的收支。
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在工商部门“两费”越来越庞大的情况下，地方财政如果对工商所全额拨款，就会使得工商部门拥有过多的经费用于财政监控之外的开支，部门间行政经费和人员经费差距就会非常大。因此，在国家行政体系中，“吃杂粮”的部门往往是有大量预算外资金的部门，比如，公、检、法、司、工商。它们也正是90年代国家第一批推行收支两条线的五个部门。
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对于罚没收入，在允许罚没收入提成的同时，虽然国家反复强调罚没收入应先入库再统一由财政部门返还，并禁止工商部门坐支截留，然而，这时期，在罚没收入管理规定中，罚没款是由工商部门统一收取，再上缴国库，财政部门常常不得不面对如何防止工商所以及工商局的坐支截流问题，罚没收入分成成为改善工商部门坐支截留激励机制的方法之一。
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因而，我们可以看到，这时期，国家面对的工商所经费难题并不完全等同于财政经费不足的问题，即并不意味着影响国家基础权力演变的经费体制问题就是国家缺少足够的财政经费来供给国家机构的问题。工商所经费得不到保障不再仅仅是由于财政经费缺乏，最初由于经费不足而采用的这种经费体制反过来造成了工商所的经费保障问题。在监控难题下，财政部门即便有足够的财政收入，也往往不拨付工商所充足的财政经费，而实行某种实际上的差额拨款，要求工商部门从“两费”和罚没收入返还中补足工商所经费。一方面，克服对于预算外资金的监控不足，另一方面，防治罚没收入坐支截流和加强对于应罚则罚的监控。因而，不管地方财政收入是否缺乏，如果工商所不能完成“两费”和罚没收入任务，工商所公用经费以及人员工资、奖金都可能无法得到保障。在这种经费体制下，工商部门有最强烈的激励去追求“两费”和罚没收入，因而，也就出现了将组织收费和罚没收入情况与工商所经费划拨、职工奖金福利挂钩等现象。
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第二，收缴分离和罚缴分离。工商所经费体制改革要求有效地防止工商部门截流、挪用、坐收坐支“两费”和罚没收入，确保工商部门的相关收入都上缴财政。为此，国家逐步将“两费”纳入预算内管理，并实行罚没收入执罚和执收分离、“两费”收费和缴费分离。
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1993年收支两条线改革要求所有的预算外资金全部纳入预算内管理。但是，这时期收费和罚没款都是由工商部门统一收缴，再上缴财政。《规定》只是强调：“各级执法、执罚部门和单位所取得的经费收入、罚没收入，应在3日内上缴国库。”[82]在收费部门和单位直接征收下，隐瞒截流，坐支挪用现象严重。因而，这次收支两条线改革没有得到很好的落实，绝大部分收费资金游离于预算管理之外。[83]
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1998年收支两条线改革中，国家开始推行行政性收费收缴分离和罚没款罚缴分离，确保国家能够监控规费和罚没收入的收支。对于罚没款，财政部和国家工商行政管理局下文要求工商部门的罚没收入收缴实行执罚和执缴分离，缴款单位和个人直接将罚没款交缴银行，再由银行缴交当地财政金库。[84]由此，较为有效地解决了罚没款坐支截流的问题。同时，国家规定，包括“两费”在内的预算外资金由省级工商行政管理局（未纳入省以下垂直的市级工商行政管理局）集中汇缴省级财政预算外资金专户。该帐户只能用于预算外收入收缴，不得用于执收单位的支出。“两费”中应缴上级财政的部分，由财政局按月返拨工商局，由工商局直接上交上级工商局。[85]
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2000年，“两费”纳入预算管理，全面推行收缴分离，即市场管理费和个体工商户管理费由执缴单位和个人直接交缴银行，由银行解缴地方金库。[86]
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国家确保“两费”和罚没款收入足额上缴财政，使得工商部门不再拥有大量的流于财政控制之外的部门经费。从下表可以看到，1999年，国家下文将罚没收入实行执缴和执罚分离后，2000年工商部门上缴财政罚没款比上一年度增加三倍多；在2000年，国家在收缴分离的基础上将“两费”纳入预算管理后，2001年工商部门交缴财政的行政性收费已经比2000年增加了四倍多，此后，随着各省的逐渐贯彻落实，工商交缴财政的行政性收费继续上升。
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图4—1 1993—2004年工商行政管理行政性收费和罚没收入表
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数据来源：《地方财政统计资料》（1993—2004年）。
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从下表也可以看到，从2000年来，基层工商管理机构的经费实际支出数和财政经费拨款数日渐趋近。这表明，游离于财政控制之外的基层工商机构经费支出逐渐减少，同时，基层工商机构的经费日渐来源于财政拨款，即在“收”方面财政部门日渐能够将工商所经费纳入管理之下，在“支”的方面财政日渐能够保障工商所经费，从而呈现出良性的发展趋势。
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并且，仅从中央财政一级的数据来看，1998年开始推行收支两条线之初，地方工商行政管理机关就共上缴中央财政27，263万元，这比1997年（12，065万元）增加了2.26倍。[87]
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图4—2 基层工商管理机构经费实际支出和财政拨款数（2000—2004年）
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数据来源：《地方财政统计资料》（2000—2004年）。
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3.收支脱钩改革：改变激励制度框架
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虽然国家通过将“两费”纳入预算管理和实行收缴、罚缴分离使得工商部门不再拥有大量的财政监控之外的部门资金，并确保工商部门不出现截流、坐支等问题，但是，财政部的对策并没有从根本上解决可能出现的“应收不收，应罚不罚”的监控难题。收支挂钩是财政部门监控工商部门做到“应收则收”、“应罚则罚”的监控手段。在1998年“两费”实行预算外资金两条线管理后，财政部门却依然要采取收支挂钩的经费管理方式。因为“两费”的增加及其相应返还款的增加不仅使得工商部门获益，它也使得财政部门自身分成收入增长，通过收支挂钩，财政部门从预算外资金中分一份羹，这是这时期产生收支挂钩的重要因素。为了推动收支脱钩，国家将“两费”纳入预算管理，并在强调保障工商所经费的同时，深入收支两条线改革。
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第一，收支挂钩是国家监控工商部门“应收则收、应罚则罚”的手段。
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罚没收入的退库返还政策一直是国家监控“应罚则罚”或者追求罚没收入增长的有力手段。在财政经费管理体制中，对于收费收入和罚没收入比较少的部门，财政部门“不在乎”它们的收入，因而，财政部门往往能够保障这些部门的经费，在对这些部门进行全额拨款的同时，要求这些部门的收费和罚没收入全额上缴财政而无退库返还。[88]但是，对于罚没收入很多的部门，如果财政部门不实行罚没收入返还，这些部门就往往会对行政执法非常松懈，查获的案件要么做人情不处罚，要么就以私人或者单位的经济利益交换行政处罚的减免。这样，对于财政罚没收入是很大一笔损失。[89]因而，罚没退款返还的收支挂钩管理体制难以得到改革。
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对于市场管理费而言，从60年代到90年代中期，工商部门对“两费”坐收坐支，财政部门不需要将“两费”收上来，因而，也不存在“应收则收”的监控问题，财政部门也就不需要通过“收支挂钩”来监控“两费”的收入。[90]
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当财政部门对“两费”等收入实行预算外收支两条线后，收支挂钩成为了财政部门的监控手段。1998年收支两条线改革中，“两费”实行预算外资金两条线管理。国家工商局下文强调，各级工商行政管理机关不得对基层工商行政管理所（站、队）下达收费指标；不得将收费收入与个人利益挂钩；取消各种形式的超收超缴分成奖励办法；上级主管部门要建立定期结算制度；严禁所收款项长期滞留在基层工商行政管理所（站、队）。[91]但是，当财政改革“两费”坐收坐支、将它上缴财政专户管理、实行预算外资金管理时，财政部门同样存在监控工商部门做到“应收则收”的问题，收支挂钩同样就被用于保障“两费”收入，监控工商部门不以市场收费和罚没的减免来换取私人利益或者单位利益。