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稳定工商所体制的关键性发展是1991年《工商行政管理所条例》的颁布及此基础上的《工商行政管理所初级规范（试行）》的贯彻实施。1991年4月1日，经国务院授权颁布的《工商行政管理所条例》以法规形式重申：“工商所是区、县（含县级市，下同）工商行政管理局（以下简称区、县工商局）的派出机构。工商所的人员编制、经费开支、干部管理和业务工作等由区、县工商局直接领导和管理。”同时规定：“工商所按经济区域设立。”[100]
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同年，在《工商行政管理所条例》的基础上，国家工商行政管理局制定了《工商行政管理所初级规范（试行）》，开始推动全国工商所的规范化达标建设，凡未取得初级规范达标合格证的工商所，不得自行行使监督管理权。[101]而初级规范中最基本的一条就是，工商所要理顺隶属关系，坚持按照经济区域设立的原则，纠正以任何形式将工商所下放到乡、镇、街道的做法，工商所的人员编制、经费开支、干部管理和业务工作由派出它的工商行政管理局直接领导和管理。[102]
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广州市从1992年下半年开始初级规范建设，1994年10月，越秀区首先完成了工商所初级规范达标任务，区内原来第一到第七工商所负责个体户综合管理，第八到第十四工商所负责农副产品市场、工业品市场专业管理。[103]在规范化建设后，按照经济区域设置工商所，将原来的十四个工商所按管辖的经济区域调整为九个所，并规范了所的名称，全部统一为区（县）工商行政管理局工商所。[104]
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1999年，广州市工商行政管理机关按照垂直管理体制运作，在机构管理、编制管理、党组织和干部管理、财务经费管理方面实行市以下垂直。[105]在实行垂直管理的同时，广州市规定：工商所按照一街一所设置，必须符合经济区域设置的原则，广州市的设所经济指标数为辖区的企业不少于100户，个体工商户不少于200户和市场摊位数不少于900个，未达到上述指标的不能设置工商所。并且，“工商所正副职领导的任免和重大奖罚事前应征求街道意见，会同街道进行考察，由区分局作出决定并执行。若双方意见分歧较大不能统一的，由区组织人事部门确定。”并且还要求工商所指派一名领导参与街道城市管理机构工作，并派员参加街道联合执勤队，工商所可根据工作情况对派出人员进行调整，除执行任务外，派出人员的日常工作仍在工商所。[106]从广州的改革方案中可以看出，街道仍然能在一定程度上影响工商所的运作，但是从总体来看，通过集中工商所的机构和编制管理权有助于稳定工商所作为县区级工商局的派出机构的体制。
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2.工商所人员正规化
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90年代，国家从4个方面来推进工商所人员正规化建设：（1）重新核定工商所编制，将工商所人员纳入行政编制序列，并在此基础上将工商所机构、编制管理权集中在省级（以及未实行省以下垂直的市级）工商部门；（2）推行管办脱钩，将市场服务人员和部分协管员从工商所中分离出去；（3）规范工商所行政执法资格；（4）“两费”收缴分离和罚没款罚缴分离以及将“两费”纳入预算管理。
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首先，工商所重新核编。1996年，全国工商所统一核定编制，编制内人员纳入行政序列；同时，要求各地停止雇用协管员，留用协管员不能上岗执法。
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1988年中央提出转变政府职能的要求后，国家工商行政管理局根据新的“三定”方案，开始有计划地开展编制调研工作，对地方经济发展状况、工商人员的工作负荷、人员结构状况、身体素质状况、基本工作条件等情况进行了调查摸底。从1992年到1993年，国家工商局与中央编办联合组织进行了工商所人员编制调研，并制定了全系统编制体制课题研究计划，委托7个省市工商局进行调研。调研组的覆盖面遍及219个省市，工作对象从最基层的工商所、个体户到省市管理部门。在此基础上，对江苏进行重点解剖，以苏北、苏中、苏南为三个发展层次，进行测算分析，形成了《关于对江苏省基层工商所核编调查情况的报告》，初步拟定了分类型进行工商所核编的办法。此后，国家工商局又邀集上海、吉林、安徽、新疆等省市工商局，一同研讨工商所编制测算办法，在分类核编基础上，进一步提出以工商所管理业务为基础，参照经济发展状况、人口、民族地域等因素进行核编，确定了工商所核编的基础性方案。之后，开始广泛征求核编意见，要求各地对工商行政管理人员编制进行试算。[107]到1996年，核编方案正式形成，核编的标准是按照人口数、工商业户数、个体和私营企业户数、市场个数计算，在以工商所数核定基数时，考虑人口因素。[108]
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1996年，中央机构编制委员会办公室、人事部、国家工商行政管理局共同发布《关于重新核定工商行政管理所人员编制及有关问题的通知》，经国务院批准，重新核定全国工商所行政编制总数363，338人。“这次重新核定的工商所编制为行政编制，原使用的事业编制一律核销，其经费开支统一列入各级财政供给范围。”[109]
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并且，《通知》规定，编制的使用范围“不包括各地聘用的协管员、县以上工商行政管理局机关及所属事业单位、市场中介服务机构和群团组织的人员”。“各地自行聘用的协管员，要区别情况，逐步予以解聘或清退；确因工作需要一时难以离开的少数协管员可继续使用至1996年底。但这部分人员只应从事劳务性工作，不能顶替工商行政管理人员上岗执法；市场中介服务机构也可从协管员中选用部分人员。今后，各地工商行政管理部门不再自行招聘或使用协管员。”[110]在这次核编的基础上，各地工商所在两年左右的时间里开始人员过渡工作，分批开展国家公务员考录。[111]
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表4—1 1996年工商所核定编制
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数据来源：《人事部政策法规汇编》第19卷，1997年4月，第20—21页。
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在广东省，1997年工商所纳入公务员序列，全省核编26，927人，根据局政策配备3000个左右事业编制，分流4，000人。[112]广州市1996年冻结工商所机构编制和人员。在1998年将市以下垂直改革与工商所编制管理收归市局结合起来，布置工商所核编和纳入公务员编制工作，按照1998年文件核定的编制数，清理整顿工商所队伍。[113]广州市要求，工商所在重新核编后，所使用的专项行政编制要全部用于已经核编的工商所，不得挪作它用，如超出工商所范围，市工商局将会同编制和人事部门收回编制。核编后的工商所，将统一实施国家公务员制度，对新进工商所人员按照《国家公务员录用暂行规定》进行录用。[114]
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其次，市场管办脱钩。市场开办和管理分离后，工商部门不再开办和经营市场，只是负责各类市场的管理，这使得工商所不再负责市场清洁、水电、摊位分配等事务，从而将市场物业管理人员从工商所分离出去。
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1995年7月3日，国务院办公厅下发《转发国家工商行政管理局关于工商行政管理机关管办脱钩的通知》，开始推行工商行政管理部门与市场分离的工作。“办管脱钩”是按照政事分开的原则，把市场物业管理和中介服务分离出来，成立事业性质的市场服务机构，在产权隶属关系不变的情况下进行机构、财物、人员、职能的分离。
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在人员分离方面，在落实机构“三定”方案和工商所定编的基础上，市场管办脱钩将富余人员分流到市场服务机构。由此，将各地聘用的市场服务人员以及一部分市场协管员从工商所分流到了市场服务机构。按照政企分开、精干人员的要求，全国清退了4.7万名市场协管员，把4.58万名市场服务人员从行政执法序列中分离出去。[115]广东省工商系统市场办管分离中，分离市场2824个，分流1.1万人到市场物业机构。[116]在广州市，管办脱钩中共分离了177个市场，市场管理人员900多人。[117]向市场移交的服务人员中录用干部占6.9％，聘用制干部占2.7％，计划外合同制工人占73.1％，计划内合同工人占17.3％。[118]
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再次，规范行政执法资格认证，集中行政处罚权限。执法资格明确了工商所协管员、超编人员和事业编制人员没有行政执法权，从而将他们排除在市场执法工作之外。
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1996年，全国人大颁布《中华人民共和国行政处罚法》，在全国范围内推动对于行政执法资格的清理，通过规范行政执法人员资格认证，进一步促进了工商所人员的正规化。
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根据《行政处罚法》和《广东省〈行政执法证〉管理办法》，申领《行政执法证》的行政执法人员必须是在编的行政执法人员，并且，须经相关法律、法规培训考试，经考核合格，方能申领《行政执法证》。广州市则根据国家和广东省的要求，对全市行政执法队伍进行了为期三个月的清理和整顿，重新明确了全市行政执法队伍的执法主体资格，强调执法队伍中的临时工不得单独执法。在清理和整顿的基础上，对全市近万名的行政执法人员进行岗位培训、考核和审批，对符合条件的重新颁发了“广州市人民政府行政执法证”或“广州市人民政府行政执法监督检查证”。[119]
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2006年6月，工商行政管理部门的行政执法证又进行了新的改革，工商行政执法证的核准与管理权收归国家工商行政管理局，全国工商执法人员统一领取工商行政管理行政执法证。同时，它还进一步严格了行政执法人员资格认定，要求领取执法证的必须是在规定的行政执法岗位的国家公务员，把大量的工商所事业编制人员排除在行政执法人员之外。[120]
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最后，工商所经费体制改革使得工商部门拥有的预算外部门经费减少，工商部门雇用超编人员和协管员的经费也相应削减，促进了工商所人员正规化建设。财政部就指出，由于地方部门的编外人员一般都是依赖于预算外资金供给，因而，将预算外资金全部纳入预算管理，实行收缴分离和罚缴分离，使得地方部门没有额外的部门经费，这必然导致编外人员经费将失去来源。针对这种问题，财政部就规定，在国务院有关部门研究提出妥善解决人员超编问题的办法之前，可采取过渡办法，即在一定时间内财政只安排超编人员的个人经费，不再安排公用经费。[121]
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总之，从下图中我们可以看到，在1998年前后，全国工商所人员编制数和实际在职人数逐步靠近，超编现象逐步改善。同时，协管员数量也大体呈现逐步下降的趋势。
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