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虽然谢卫楼和大多数传教士一样对世俗教育表示怀疑，但他仍然继续学校的工作。他和同事们都认为有必要把年轻一代训练得更加开明，包括传授给他们世界历史、地理和几何学等知识。第一届传教士大会之后，一个专门负责编撰西学教科书的委员会（School and Textbook Series Committee）成立起来，谢卫楼作为委员会的成员，不断努力从事出书的工作，并且认为这个委员会的成立，象征着中国基督教教育被肯定的发展趋势。事实上也正是如此，在此之后的13年中，宣教士们对靠办教育传播福音的方法已经再无怀疑，代之而起的争论是进行什么样的教育，这似乎才更接近教会学校办学目的的讨论。学校教科书委员会在1890年再次召开的传教士大会上更名为“中国教育会”，其职能不再是仅仅出版教科书，还增加了促进在华教育的兴趣、增强从事教育工作人员之间的合作、处理与教育有关的各种事宜等宗旨，并且规定大会每隔三年召开一次。作为第一个专业性的团体，中国教育会的成立，标志着传教士的教育工作已经开始注重专业化了。
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虽然如此，谢卫楼对传教和世俗教育关系的看法在根本上却没有转变。潞河男塾在传教士工作专业化的进程中发展为潞河书院，1893年谢卫楼被选为校长，他上任后便开宗明义地说明书院“办学的崇高目标，是为不同阵线的基督教工作供应基督徒员工”。之后一直到1900年，谢卫楼不断地表达了类似的观点。
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但是外在环境和谢卫楼的理念形成了一种张力，一般家长或是学生只注重西方科学知识，这可以让他们将来在社会上找到一份好的职业。谢卫楼对此作出了自己的应对，在《基督教教育：它在传教活动中的地位》一文中，他告诫来到潞河书院的学生以及家长：
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入读学生要明白清楚这是教会学校，所以是以宗教科为主；
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基督徒或基督背景的家庭子女有被录取的优先权；
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强调宗教气氛；
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教导学生面对基督事务而培养宗教情操；
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知识或智性的训练次于心灵的训练及培育。
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为了配合他的宗旨，潞河书院在课程上不教授英语，一方面是为了方便学生用母语学习，即使原则上用英语的词汇应该更好一些；另一方面，不教英语的主要原因是故意令学生们能够专心为教会服务，因为他们会利用学习英语作为踏脚石而进身于世俗的专业当中。诸如翻译、教师等职位的薪酬在当时比传教士的薪金都要高出三至五倍，谢卫楼担心教会培训出的年轻人会服务中国，而不为当地教会献身，或者有些预备做牧职或其他基督教服务工作的人被世俗工作牵走。在潞河书院，学生们在课余传教的行为是被鼓励的，甚至新生在入学考试结束的时候也会被派发到宣传教会的传单，而每天的祈祷、读经和唱诗以及每个星期的主日崇拜更是应有之义。
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汇文大学虽然和潞河书院有着共同的理念，但办学目的却更为广阔，除提供中国基督教工作者高等教育的机会之外，大学亦扩展其科学及基督教的知识予一般中国人，教育普罗大众，希望在基督教教育事业上走到前线。汇文大学的课程设置与潞河书院大致相同，主要是《圣经》及宗教研究、西方科学知识和中国研究。不过教授用的语言却很不同，在1888年，汇文大学已经开始让学生自己选择是用中文还是英文学习他们教授的内容。据刘广京《中国早期的基督教大学》记载，当时的校长李安德有两个考虑：一是用英语教授西方科学知识更容易涉及深入的知识讨论，很多的用字、词汇在当时还没有中文翻译；二是提供英语教育更加合乎市场需求不断增加的趋势，英语在当时市场中最有地位，也是进身于政府机关、海关以及商业贸易公司的必备技能。后来汇文大学干脆全部采用英语教学。
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汇文大学英文科的开设，吸引了很多学生入学。到1895年，这个在创办时只有3个学生的书塾，已经发展到125名学生，当初学校需要提供免费食宿的待遇来吸引学生，现在却吸引到一些中上层家庭的子弟，他们未必有基督教背景，但是他们的父母却愿意以较高的学费让他们进入学校学习。而在一建校就拥有7个学生的潞河书院，到1895年却只有70人，这一趋势在以后一直延续（见下表）。而在当时，潞河书院的政策仍然是维持免学费以及给就读的学生提供住宿，其学生主要来自低下阶层的基督徒子弟。
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华北协和大学与汇文大学历年在校学生人数对照表
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资料来源：“Statistical Report of Christian Colleges and Universities in China, 1924,” ER Vol. 17 (1925), p. 298; “Christian Educational Work in Chinese,” ER Vol. 3 (1910), p. 157;” D. Z. Sheffield,” CR Vol. 26 (1895), pp. 224—228; “Annual Report 1914—1915,” UBCHEA; P. West, Yenching University and Sino-Western Relations, 1916—1952, p. 126; E. H. Cressy, Christian Higher Education in China (Shanghai: China Christian Education Association, 1928), p. 27。数字与原始资料有出入者，以第一手资料为准。
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至于学制方面，汇文大学比潞河书院的系统更为完整，由小学、中学、预科以至大学，共16年，每个阶段4年，而潞河书院则是小学4年、中学3年、书院4年，共11年。作为发源时期的燕京大学前身，两所学校的办学目的以及专业水平的大致状况就是这样。
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燕京大学：1919-1952 [:1704754194]
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燕京大学：1919-1952 二、谢卫楼的转变与司徒雷登的继承
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1904年，潞河书院联合伦敦差会改组为华北协和大学，与汇文大学合并的计划仍然处于讨论的过程之中，除了第一章中所提及的障碍之外，办学方针的分歧也需要解决，其中最具争论性的一项是英语课程问题。一直以来，在是否教授英语的问题上，谢卫楼的态度都非常坚决，但是内外两个因素改变了谢卫楼的态度。在1901年，已经有学生提出希望学校教授外语，其中包括英语。英语在当时市场的需求越来越大。1906年，华北协和大学终于作出突破，改变政策，开始提供英语课程给学生选修。这个改变一方面是受到汇文大学的影响，另一方面则是依从中国政府教育部对于大学预科需分文理班的规定，当时华北协和大学感到最为困难的是教授中文，因为政府对于中文的要求严格，但是加开英文则是轻而易举的事情。1915年，华北协和大学决定完全改变政策，教授英语课，每星期上课一次。(2)
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谢卫楼的观点也在发生改变，他开始感到在服务神之余，有必要服务人，或者可以说，从服务人当中，唤醒新中国灵性上的需要，就是体认神的存在。与以前坚持直接传教相比，华北协和大学变得开明多了。高厚德也发觉，学生的宗教需要不是直接传教，而是靠老师的个别接触和帮助，或者参加其他团体如青年会或学生自愿团去吸收基督教的精神，利用渗透渐进的方法来吸引学生归信基督教，比直接布道或指定课堂教授《圣经》更为有效。这种团体传统在司徒雷登执掌燕京大学之后依然得到了延续。在这一阶段，华北协和大学的办学目标除了传教之外有了新的内容：建造学生性格，实现大学成立的理念；提高学术水平。这些内容看起来更加接近教育的本质。华北协和大学的这些转变，为它与汇文大学的联合进一步铺平了道路。
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相比之下，汇文大学的办学目的没有发生改变。1916年，刘海澜重申了1890年汇文大学成立时的目标，贝施福在此基础上作出了更详细、更全面的解释。他虽然认为每一个学生对于宗教信仰或将来的职业都有绝对的自由，但他越来越相信如果教育不渗透着宗教，不以道德教育引导学生，又或限制着基督教，则难以教化人类建造崇高的品格。两校很快便合并为燕京大学。尽管在司徒雷登的领导下，燕京大学的办学宗旨发生了与之前相比近乎脱胎换骨的变化，但是通过对过往历史的考察不难发现，司徒雷登对于燕大的改造，与之前存在着难以割断的内在联系。燕大之后的基督教化，便是直接发端于此，而其学术化的风格，也可以在这一时期看出端倪。
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尽管司徒雷登在回忆录中说自己是“带着一些想法去北京的”，但他更深深懂得，“燕大是整个传教事业的一个组成部分，它的兴办是为了给教会人员的子女提供受教育的机会，而更为主要的，是为了给教会培养工作人员”，因为“这正是燕大能在中国土地上得以创办的唯一理由，也是它获得经费支持的唯一希望所在”。
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虽然燕京大学继承了汇文大学和华北协和大学的传统，但是从两所大学的历史中，司徒雷登认识到传统教育直接传教的方式所引发的中国人的反感。而另一方面，作为一个生于中国、长于中国的传教士，也没有哪个传教士能像司徒雷登这样了解中国的传统文化。他深刻地观察到，之前强调基督教与当地文化之间冲突的恰当性，以及用基督教文化取代当地文化的不可能性。
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