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为了能够向中国政府顺利注册，除了取消强制学生参加宗教仪式和削减宗教课程的比例之外，司徒雷登对燕大的行政管理机构也进行了改革。1926年秋，在司徒雷登的主持下，燕大通过了经多次讨论修改的《燕京大学董事会细则》。细则规定，燕京大学董事会人数不超过34人，必须多数是中国人，妇女不少于1/5；校长和副校长分别为主席、副主席；董事会下设常务委员会、执行委员会、财政委员会、基建委员会；董事会年会在学年末召开，特别会议由校长召集；每三年举行换届会议。在最初阶段，司徒雷登不仅是董事会主席，又是由校长、副校长和各学院院长组成的常务会议主席，还是由校长、副校长及学校行政部门负责人组成的行政执行委员会主席。第二年的春天，在司徒雷登主持召开的董事会特别会议上，他又宣布：学校组织应有某种变化，在美国的托事部理事会是燕大的创立者，随着形势变化，现在他们控制下的学校财产应转交董事会；学校的行政委员会也应改组，需设立总委员会下辖几个委员会负责行政事务，并且，司徒雷登拟定了总委员会人选。
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也是在1926年，经过司徒雷登的刻意安排和大力推荐，四年前应聘任教的清代翰林吴雷川担任了燕京大学副校长。这是个非常不错的选择，尽管吴雷川没有丰厚的著作，但这并不影响他学者的地位，而且他有过担任浙江高等学堂监督（校长）和教育部佥事的经历，熟知中国的教育环境。在1929年燕大向南京政府立案注册之前，吴雷川被召到南京担任教育部次长，反映了他在教育界的崇高地位，并且在立案问题上对燕京的帮助很大。
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这样，教育部颁布的《外人捐资设立学校请求认可办法》中的六条条件，燕京大学已经完全具备了。1926年冬季，在司徒雷登的提议下，学校以“私立燕京大学”的名义向北京政府教育部呈文，请求按照该部颁布的外国捐资设立学校的请求认可六条办法予以稽核批示，报告中还特别说明学校已经按照有关规定增设了中国籍副校长，并改组了董事会，中国人已占了董事会的多数。
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有过新闻从业经历的司徒雷登深深懂得舆论的重要性(15)，为了向社会公众表明自己所认知的教育中国化的立场，在向北京政府申请立案的同时，他公开发表了《中国未来的教会教育》一文。在文章中，司徒雷登写道：“我们服务教职员及捐资帮助，无非表明一种好意，中国人尽可利用以谋其自身的利益。”燕京大学的立案报告得到了北京政府的批准，成为“第一个向教育部申请并获得正式批准的外国捐资开办的高等教育机构”。
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北伐结束后，取得全国政权的南京国民政府颁布了《大学组织法》。又是在司徒雷登的提议下，1929年初，燕京大学就按照《大学组织法》关于私立大学的相关法令，聘任吴雷川为校长，司徒雷登则被选为校务长。尽管这样暧昧模糊的职权分工非常奇特，但是满足了教育部的要求。
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当年秋季入学之后，还是在司徒雷登的建议之下，对学校董事会再次作了新的调整，新董事会由学校设立者的代表、教职员大会推举的代表、全国有声望的代表三方共21人组成，妇女不少于1/5。同时新的董事会举行了会议，选举孔祥熙为主席，颜惠庆为副主席，校长加入董事会，但无表决权。
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根据调整之后的章程，董事会有权制定和修改学校的组织大纲，选聘校长、委任校务长。董事会设立执行委员会，负责执行董事会议决事项，并于董事会休会期间，代行董事会一切职权，校务长为执行委员会当然委员。财政委员会负责监督学校财政，并辅助校务长处理学校财政。查账委员则负责每年聘请查账专家检查学校的各种账目。建设委员会监督学校的各种建筑并预拟建设方案。校长则负责学校行政、财务、执行情况的监督。司徒雷登虽然改任校务长，但仍然握有管理学校的实际权力，只不过他必须接受董事会的监督。
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不过，燕大向中国政府注册的过程，并非像叙述中这样顺理成章，宗教问题不仅使中国政府视教会大学为异端，成为燕大向中国注册的阻碍，同时也是教会内部反对教会大学向中国政府注册的理由。实际上，自燕大组建以来，教会内部对于司徒雷登的争议就从来没有停止过，而司徒雷登之所以积极配合中国政府所颁布的关于私立大学的种种法令，也存在着想凭借这一条件使学校摆脱美国纽约托事部制约的目的。实际上，让托事部保持完全信任并且不让他们感觉自己的权力受到剥夺是件相当困难的事情，必须经过长久的岁月方能达成。早在1925年，司徒雷登在提交给托事部的报告中就已经未雨绸缪。他是这样说的：
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真正合资格被委派为大学董事会的成员甚少，其实一些合格的中国基督徒，他们在中国人眼中具有声誉，亦可以加入董事会，无须特定由差会选派……托事部仍维持其最高控制权，保证能维持差会的利益。我承认要达成此一建议必有很多障碍，但我相信此举会大增与中国人友善的关系，而且还更易赚取中国人的经济支持。
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燕京大学：1919-1952
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1929年10月31日燕大隆重举行海淀新校舍落成典礼。参加典礼的校领导、来宾、教师走向会场。
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燕京大学：1919-1952 一系列的调整完成之后，燕京大学再一次向南京国民政府教育部申请立案。1929年12月，其立案申请被教育部批准，定名为“私立燕京大学”。
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立案之后的一个直接影响是学校必须进行国民党原则的教育，由一名叫作训导主任的人完成，其职责是向学生进行“党义”教育并且检查违背“党义”的行为。按照规定，这名主任虽然由大学任命，但必须经过国民党批准。不过，学生们对于这门课没有丝毫兴趣，除了每周一早晨举行纪念孙中山的活动——这是全国每所学校和政府机关的必行公事，内容是在国父孙中山像前肃立，同时背诵其“革命尚未成功，同志仍须努力”的遗训，党化教育在燕大很快就变得“虎头蛇尾”。尽管如此，燕大向政府立案在教会内部还是存在争议，有些人认为为了立案，燕大付出了太多的代价，比如放弃了强制参加基督教活动、把宗教课程改为选修，更重要的则是宗教学院被要求与燕大分离。面对质疑，司徒雷登的回答是：
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燕京大学章程中所陈述的宗旨，使它得以成为一所中国政府承认的私立大学。教育机构的宗旨必须是教育。至于这种教育应该具有道德精神性，已经有所表达。我们通过基督信仰的实践和教导，通过向我们的学生施加容易被他们赞许和接受的每一个影响，来进行这方面的工作。政府当局和普遍公众都十分理解这一点，并认为是完全妥当的。直截了当地表述这样的内容，在实际中不会使我们得到更多的宗教影响或者符合逻辑的同样的效果，而只可能使问题更加复杂。让我们再次指出，大学的宗旨是给予良好的教育，它包括对人的各方面的教育。经验似乎表明，由于实行这种政策，燕京——因此也包括与燕京相关的整个基督教事业——得到了中国各阶层的尊敬和友谊。与明确宣称我们既是一个宣传机构又是一所真正的大学，从而使自己处于一种尴尬地位相比较，这种做法传播福音的价值要大得多。
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对此，司徒雷登的同事、燕大的创校元老艾德敷以西方传教士的视角评价道：燕京的所作所为并不仅仅是为向政府立案而采取的策略，它表达了基督教政治家日益增长的战略意识。因为“在他们看来，学校的管理方式和精神以及学校人员基督教生活的力量，比之于作为公开的宣传工具和严厉的校规，能够更好地表现基督教的见证”。
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自此之后，燕大的管理体制不仅实现了中国化，“还比较成功地将一种外来的制度根植在中国大地上”。在回忆录《在华五十年》中，司徒雷登说自己原来的目标是“让中国人在教学、行政、宗教、财务和其他部门中发挥日益增多的作用，把学校最终办成一所中国大学，让人们仅仅在谈到其历史的时候，才想起它的西方渊源来”。在短短的十年时间里，他的梦想已经实现。
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燕京大学：1919-1952 [:1704754202]
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燕京大学：1919-1952 五、校长的人选问题
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尽管在吴雷川之后，燕大的校长职务一直由中国人担任或者代理，不过在陆志韦出任校长之前，人们逐渐认识到，校长只是一个忙于其他事务而不能密切关注校内行政的名人。孔祥熙正是按照这一方针于1937年被任命为燕大校长的。正如前文中叙述的那样，校长和校务长暧昧模糊的职权分工，仅仅是为了满足教育部的要求。吴雷川在校长任上并不是十分愉快。
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尽管对于燕京大学来讲，吴雷川是个不错的选择，但以今天的眼光来看，吴雷川并非一个具有现代意识的大学行政首长，也不甚了解西式大学的管理体制和教育内容，加上他不谙英语，很难在以英语为主的董事会上获得话语权。“我记不得他是否参加过教授会议，也许他参加过吧！在那种场合，英语几乎占了优势，偶尔也会用些中文，如有必要，也会找人做翻译。”里特尔（Richard H. Ritter）所说的情况道破了吴雷川的尴尬，尽管“吴雷川起初非常重视身为中国人校长的意义与重要性，不止一次地提醒自己的同事校长是一全权大学行政人员”，但“语言上的隔阂，根本引不起同事的共鸣”。“这种有职无权的处境当然令吴雷川不满，燕大校园内的洋化气氛与生活也使从未出过国、属于中国传统学者的他感觉不习惯。”“为免除如此尴尬的境遇，吴雷川不久就干脆不再参加董事会会议。到了1931年，又黯然提出辞呈，请求辞去校长一职，遭到婉言谢绝。之后复要求校长任期为两年，获得同意。”两年任期期满后，吴雷川离职。燕大校友韩迪厚也曾经写到这一情形：
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这样的两元制，和当时的东西文化交流一样，诸多矛盾。而1933年吴雷川的辞职，更引起一些无聊的揣测。实际上一般的想法不外争权和实利，这对于两位有人格的教育家来说是多余的。吴雷川急于要把燕大变为一个中国人的学校，但是，只要燕大必得向美国托事部伸手拿钱，此事就难办到。等到他了解到这一层，势必辞职。辞职后他为什么仍留在燕园呢？因为，燕大虽然和他的理想有距离，却仍然有一部分是他的理想，和其他学校毕竟不同。