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司徒雷登很快回到了学校，他迅速在燕园里升起了星条旗，并以校长的名义向驻北平的日本占领军当局致函，宣告燕京大学是美国财产，并坚决反对日军进入校园搜捕爱国进步学生。燕京大学校友林孟熹在多年之后发出这样的感叹：“星条旗啊！多少年来你曾在这块土地上留下令《独立宣言》蒙羞的可耻记录，可这一次却使你顿增光彩。”燕京大学不会逃离包围着它的危险，它要在北平继续办下去。
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早在1935年《何梅协定》签订之后，司徒雷登就预料北京迟早会落在日本人的手中，从那时起他就开始考虑燕大的去留问题。那一年年底，司徒雷登赴美国为燕大筹款时，就与纽约托事部同人会商，初步作出了燕大不南迁的决定，并致电燕大师生对他们留在燕园表示信任。电文指出：“托事部对燕京此后所采取之行动，将给予完满之合作与扶助。对司徒校务长在美时与托事部诸君所得之燕京决不南迁之决定，已经全体赞同。”同时《燕京新闻》也专门对此公开报道以稳定人心。然而，一旦中日开战，燕大留在沦陷区的这一决定还是引起了争议，燕大的去留问题再一次摆在司徒雷登面前。有相当一部分燕大师生对于这一决定表示出强烈的不满和抵制，一些中国籍教师和进步学生陆续离开学校，前往非沦陷区或投奔了抗日根据地。1933年毕业于燕大社会学系的费孝通，当时正在伦敦政治经济学院攻读人类学博士学位，在得知燕大还将继续在沦陷区办学的消息后，立即从伦敦致信司徒雷登，对其提出批评。费孝通指出，燕大的不关闭政策违背了中国政府关于阻止日本势力在中国生根的原则，日伪政权将会利用这件事宣传中日友好，从而断送燕大的美名。在成都的校友甚至联名写信，对燕大今后是否还能坚持其办学宗旨提出质疑，并要求燕大迁往成都。司徒雷登为此安抚校友们说，燕大不会背叛中国，也不会接受任何一项使燕大毕业生蒙羞的政策。
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司徒雷登本人也并非没有对自己的决定发生过动摇。1938年6月4日，他在写给董事会的长信中提到，尽管日伪政权还没有对燕大采取措施，限制它的活动，但仍然存在着扼杀其学术自由的危险，他建议除了哈佛燕京学社的中国研究和部分自然科学学科外，其他学科都应停办，并且还向董事会反映了中国籍教师不愿留在日占区工作，以及燕大的许多学生和校友也都反对燕大留在北京的决定等问题。同时，他还曾经致信成都西南联大，探讨在迫不得已的情况下将燕大搬到成都的可能性。
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在关于去留争执不下的当口，高厚德的一番理论，坚定了司徒雷登将燕大留在北平的决心。
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在学校行政上，高虽然没有属于校一级领导的、公开的、正式的头衔，但事实上，除司徒雷登以外，他在全校安稳地坐着第二把交椅。司徒雷登经常出差到美国或国内其他各地筹款和处理一些重要行政事务。每当司徒雷登外出，都是由高代理校务长职务。而司徒雷登的出差非常频繁，每年有三五次甚至六七次。一旦由高代理，学校一切法规、行政事务手续等，都得一成不变地遵照执行，不像司徒雷登在校时那样可以灵活变通。他处理问题一丝不苟，井井有条，对学校一切现行立法如数家珍。有一次代理司徒的职务时，他用两个桌子办公，一个是校务长桌，一个是教育系系主任桌。他正在校务长桌办公时，遇到一个来访者，谈的是教育系的问题，他就移到另一个桌子上才开始和他交谈。在行政领导上，他和司徒雷登对于一些问题的看法经常有些出入，但在重大问题上，一贯尊重司徒的意见，一经司徒决定，他就坚决执行。在各种会议上，只要有所决定，不管他赞成与否，第一个执行决议的就是他，而且总是十分坚决。
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高厚德认为，在看待燕大的去留问题时，应该更多地考虑到燕大所追求的最高理想是为中国人民谋福利，而不是单纯为某一个政治势力或某一种政府服务。由于“在人类生活中有许多基本的利益和要求，而政治关系只是其中的一个”，所以燕大必须留在北平，为华北的年轻人提供受教育的机会。高厚德不同意司徒雷登把是否自由视为燕大去留的最重要因素。他认为真理和献身才更具有价值，基督教精神要高于燕大精神，而为人类献身要比为国家献身更具有意义。他甚至希望司徒雷登扩大教育项目，接纳日本学生和日本教师。
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高厚德的一番话令司徒雷登有茅塞顿开之感，之前他只是觉得在美日没有处于战争状态的情况下，北大、清华等几所一流大学的南迁给日本占领区留下了一个高等教育空白，而没有想到在此之上还有着如此丰富的含义。正如他在后来写给托事部的信中所说的那样：“坦白地说，这一年对我们来说是实验性的一年，但已经形成了一种充满希望和建设性的一年，这就是：燕京的方针十分简单明确，我们将尽可能地友好和合作，避免一切不必要的刺激或者误解，除非我们的原则遭到侵犯。如果发生这种情况，我们将选择关闭学校并且承担后果……正处于战争之中的两个国家必须设法找到一种一起生存的方式。军事的胜利并不是最终的解决……我们现在正在探索一种可能的方式，看看是否能把日本人不断增长的影响引导到教学人员和课程方面……这将会充实我们的学术，扩大国际视野，为应该已经开始的复原和重建进程作出贡献。”
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而司徒雷登之所以坚持把燕大留在北平，除以上因素之外，还在于当时的国民政府也希望燕大能继续在北平办学，以便为华北广大青年提供一片自由求学的净土。据冰心回忆，因为不愿滞留在沦陷区，他们夫妇两人选择去大后方，但冰心当时怀有身孕，所以延至1938年才离开燕园。在他们向司徒雷登辞行的时候，司徒雷登再三挽留，并说他曾到过武汉，见了国民政府的教育部长陈立夫。陈立夫再三敦嘱他说：“燕大一定要在华北坚持下去。”
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实际上，燕京大学留在北平，也确实为沦陷区的“学生免受奴化教育提供了一片绿洲”。红学家周汝昌先生生前曾经向笔者如此口述当年他考入燕京大学的情况：
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燕京大学：1919-1952
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周汝昌在燕京大学的毕业证书。
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燕京大学：1919-1952
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陆志韦给周汝昌开的证明。
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燕京大学：1919-1952 1936年，我考入了天津南开中学高中，那里是闻名遐迩的南开大学的发祥地。我读高二那年，七七事变爆发了，自那以后，半亡国的生活经历就开始了。那时候，天津所有的教育部门都被伪华北政府控制，我是坚决不入那种学校去读书的，但是我还想考大学，就找了一个法国教会学校，考了那所学校的插班生。1939年秋天，我毕业考入燕京大学。为了什么选择了燕京呢？那年暑假我到北平拣选学校，只有燕京大学不受敌伪政权控制。说起来你们这代人大概不能了解，爱国在我们那一代的青年来说不是一个空洞的口号，对于一个爱国的青年来说，是宁死也不进敌伪学校的。
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查阅当年的《燕京新闻》，燕大学生注册人数在经历了1937年秋季的下降以后，逐年迅速增加：1937年9月，燕大注册学生人数仅为499人，至1938年底，在校学生已达945名，比上年秋季入学时几乎增加了一倍，为历年之冠。学生中以河北以及平、津三地学生居多，占50％。到1939年秋季，燕大在校生达到978人。1940年6月10日，司徒雷登主持召开了有32人出席的校务委员会，专门研究学校根据需求扩大招生规模的问题，针对在校学生增加而引起的一些学习和生活上的问题，会议确定要“以积极的态度应对”。到1941年秋季，燕京大学报到注册的学生更是达到了前所未有的1157人，其中男生810人，女生347人。“一个非常自然而又十分引人注目的结果，就是学生地方来源的变化。来自河北、山东和东北地区的学生不断增加，而来自广东和福建这些遥远省份的学生占了大多数。”
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尽管纽约在1937年7月19日收到的一封电报中说“校园迄今很平静”，但是实际上，日本人对于作为“抗日堡垒”的燕京大学一直虎视眈眈。就在纽约收到电报9天后的一个清晨，日本人轰炸了燕京校园附近的一个兵营，把司徒雷登从睡梦中惊醒，后来他在回忆录中说：“那是我第一次见到空袭，真是一次可怕的经历。校园里人人惊恐万状，连最荒诞的谣言亦信以为真。”而处于军事控制线另一边，在距北平75英里的清西陵度假的燕大教职员班美丽、韦尔巽和赵承信为了返回燕园，不得不乘火车到达广州，再从那里前往香港，又乘坐海轮抵达天津，再从天津坐火车到北平——为前往75英里外的目的地要旅行大约2000英里。
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为了应对新的环境，燕京大学再一次对自身进行了调整。在日本人占领华北以前，在校董会6月的会议上，担任了许多年校董会主席的孔祥熙被选为燕京校长，在他缺席时则由陆志韦代理，但是在日本人占领北平之后，作为中国国民政府的最高领导人之一，孔祥熙的身份显然不可能让他再担任一个处于日本控制区的大学的校长。陆志韦也感到，无论担任代理校长还是校长，他的身份都不合适。司徒雷登再次出任了校长。
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燕京大学：1919-1952 [:1704754222]
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燕京大学：1919-1952 二、校园里的战场